가. 청구인은 1983.3.28. OOO 대 509.4㎡(2002.2.24. OOO 대 443.3㎡와 같은 동 OOO 대 66.1㎡로 분할되었으며 이하 “쟁점토지”라 한다) 및 동 지상 건물 245.96㎡(1층 143.61㎡, 2층 102.35㎡로서 이하 “쟁점건물”이라 하고 “쟁점토지”와 “쟁점건물”을 “쟁점부동산”이라 통칭한다)를 취득하였고, 2009.10.7. 김OOO 외 2인에게 양도한 후 2009.10.28. 양도소득세 예정신고시 쟁점토지 전체에 대하여 장기보유특별공제 OOO원을 적용하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다.

나. 서울지방국세청장(감사관)은 처분청에 대한 종합감사시 상업지역에 소재하는 쟁점토지 면적 중 쟁점건물 바닥면적(143.61㎡)의 3배를 초과하는 부분(78.57㎡ = 509.4㎡ - 143.61㎡×3)은 비사업용 토지이므로 위 초과면적분에 해당하는 장기보유특별공제를 부인하여 양도소득세를 추가 경정·고지할 것을 감사지적하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점토지 양도에 따른 장기보유특별공제액 중 OOO원을 부인하여 2011.11.7. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.1.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지 지상에는 건축물대장상 표시된 쟁점건물 이외에 무허가 건물 약 231㎡(바닥면적)가 있었고 쟁점부동산 양도시 토지면적 509.4㎡는 실제 건축물 바닥면적의 3배인 1,123.8㎡이내에 해당하므로 쟁점토지 전체를 사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제금액을 산정하였던바, 이에 대하여 서울지방국세청장은 처분청에 대한 감사시 쟁점토지 지상에 무허가 건물이 있음을 간과하고 건축물관리대장상 바닥면적을 기준으로 하여 그 바닥면적의 3배를 초과하는 부분을 비사업용토지로 보아 과세를 하였으나,

청구인이 1978.7.30. 쟁점부동산을 임차할 당시부터 OOO에서 자재창고로 쓰이던 무허가건물이 소재하고 있었으며, 쟁점부동산의 양수자 또한 무허가 건물이 있었음을 확인하였고, 그러한 사실은 청구인이 2011.9.1. OOO구청장에게 정보공개청구한 2008년, 2009년 항공사진, 말소일반건축물대장(위반건축물), OOO구청장으로부터 수령한 항공사진적출사항 시정명령 통지서, 위반건축물(무허가건물)에 따른 건축이행강제금 납부통지서 등에 의하여 확인된다.

이와 같이 쟁점부동산의 실제 현황을 가장 확실하게 알고 있는 강북구청장도 인정하고 있던 무허가건물을 제외한 후 용도지역별 적용배율을 곱한 면적을 초과하는 부분(78.57㎡)을 별도합산과세대상토지에서 제외하여 과세하는 것은 「국세기본법」제14조가 규정한 실질과세원칙을 위반한 것이며, 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시에도 있었던 무허가건물에 대하여 2005.1.5. 시행된 「지방세법」제182조의 과세대상 구분과 2006.1.1. 시행된 「소득세법」제104조의3 비사업용 토지 조항을 적용하는 것은 소급과세금지원칙도 위배한 것이다.

나. 처분청 의견

「지방세법」제182조 제1항 및 같은 법 시행령 제131조의2 제1항 단서에 의하면,「건축법」등 관계법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 별도합산과세대상토지에서 제외하여 종합합산과세대상 토지로 구분하도록 규정하고 있으며, 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호 나목에서 「지방세법」제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 종합합산과세대상 토지는 비사업용토지에 해당한다고 규정하고 있는바,

청구인이 제출한 OOO구청장의 항공사진 촬영 약식현황도, 쟁점부동산을 매수한 김OOO 외 2명이 작성한 확인서 등의 심리자료에 의하면, 쟁점토지 지상건물이 공장 및 창고 등 영업용 건물로 사용된 것으로 확인되나 청구인이 주장하는 무허가건물 231㎡는 공장및 영업용 건물로 당초부터 허가 등을 받지 아니한 건축물이므로 동 건축물의 부속토지는 종합합산과세대상 토지이며, 그동안 별도합산과세대상토지로 잘못 구분되어 과세되었더라도 쟁점토지의 일부는 비사업용 토지에 해당하는 것이다.

따라서, 상업지역에 소재하는 쟁점토지 면적(509.4㎡) 중 쟁점건물 바닥면적(143.61㎡)의 3배(430.83㎡)를 초과하는 부분(78.57㎡)은 비사업용 토지이므로 관련한 장기보유특별공제 OOO원은 공제대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

무허가건축물을 제외한 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 건축물 부속토지를 산정한 후 이를 초과하는 부분을 비사업용 토지로 하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제95조 [양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

표1

┌─────────┬─────┐

│ 보유기간 │ 공제율 │

├─────────┼─────┤

│3년 이상 4년 미만 │100분의 10│

├─────────┼─────┤

│4년 이상 5년 미만 │100분의 12│

├─────────┼─────┤

│5년 이상 6년 미만 │100분의 15│

├─────────┼─────┤

│6년 이상 7년 미만 │100분의 18│

├─────────┼─────┤

│7년 이상 8년 미만 │100분의 21│

├─────────┼─────┤

│8년 이상 9년 미만 │100분의 24│

├─────────┼─────┤

│9년 이상 10년 미만│100분의 27│

├─────────┼─────┤

│10년 이상 │100분의 30│

└─────────┴─────┘

제104조의3 [비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」또는 관계법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황·관계법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

(2) 소득세법 시행령 제168조의11 [사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위] ① 법 제104조의3 제1항 제4호 다목에서 "거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

7. 하치장용 등의 토지

물품의 보관ㆍ관리를 위하여 별도로 설치ㆍ사용되는 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등(「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 매년 물품의 보관ㆍ관리에 사용된 최대면적의 100분의 120이내의 토지

(3) 지방세법 제182조 [과세대상의 구분] ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2.별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 다음 각목의 1에 해당하는 토지

가.공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하는 임야

다. 제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조동항 각호외의 부분 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지와 동조동항의 규정에 의한 고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지

라.「산업집적활성화 및 공장설립에관한 법률」제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령이 정하는 토지

마.가목 내지 라목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

(4) 지방세법 시행령 제131조의2 [별도합산과세대상토지의 범위] ① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서"대통령령이 정하는 건축물의 부속토지"라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만,「건축법」등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지를 제외한다.

1. ～ 2. (생 략)

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 관련 부동산 등기부등본, 건축물대장, 토지이용계획확인서, 서울지방국세청장의 과세전적부심사결정문 등의 심리자료에 의하면,

(가) 청구인은 1983.3.28. 아래 <표1>과 같은 쟁점토지 및 건물을 매매취득하여 2009.10.8. 김OOO 외 2인에게 양도하였고, 청구인이 보유한 기간 쟁점토지에 대한 재산세는 별도합산과세되었는데,

(나) 양도당시 공부상 나타나는 쟁점건축물의 바닥면적은 143.61㎡이며, 쟁점토지는 도시지역 내 일반상업지역 내에 위치하고 있었다.

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(2) 청구인의 양도소득세 과세표준 신고서 및 처분청의 양도소득세 경정결의서, 감사결과 과세예고통지 등의 심리자료에 의하면,

(가) 청구인은 쟁점부동산 매매계약서상 양도가액에 취득가액을 환산가액으로 하여 양도차익을 계산한 후 쟁점토지 등에 대하여 장기보유특별공제OOO를 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였으며,

(나) 처분청은 쟁점토지(509.4㎡) 중 쟁점건물 바닥면적(143.61㎡)에 상업지역 적용배율(3배)을 곱한 면적(430.83㎡)을 초과하는 부분을 건축물 부속토지가 아닌 것으로 보아 그에 상응하는 장기보유특별공제(OOO원)의 적용을 배제하였는데,

쟁점토지상 무허가건물이 존재하더라도 동 건축물의 부속토지는 별도합산과세대상 토지에서 제외되는 것이며, OOO구청장이 쟁점토지 전체에 대하여 별도합산과세대상으로 하여 재산세를 부과한 것을 착오에 의한 것이거나 관련 법령을 따르지 아니한 잘못된 처분이라는 의견이다.

(3) 이러한 과세처분와 관련하여 청구인이 제출한 증빙은 다음과 같다.

(가) 쟁점부동산 매수자 김OOO 외 2인 및 중개인 중 1인인 이OOO의 확인서(2011.9.5.)에는 쟁점부동산에 대하여 2009.7.6. 매매계약을 하였으며, 건축물대장상 건축물 면적이 143.61㎡로 되어 있으나 실지 뒷마당에 약 70～80평(240㎡)의 창고용 무허가건물이 있는 것을 확인하고 계약을 한 것이라는 내용이 기재되어 있다.

(나) 폐쇄지적(임야)도 등본 및 무허가건물사진을 보면, 창고용으로 사용되고 있는 상당한 면적의 무허가건물이 나타나지만 구체적 면적 및 촬영시점은 불분명하다.

(다) 청구인의 정보공개청구에 따른 OOO구청장이 청구인에게 송부한 쟁점토지 지상에 대한 2008년, 2009년 항공사진 촬영에 따른 약식현황도에는 2008년, 2009년 당시 쟁점토지 지상에는 쟁점건물 이외에 무허가건물이 존재하는 것으로 나타난다.

(라) OOO구청장이 청구인에게 발송한 항공사진 적출사항 시정명령 통지서 및 쟁점건물 일반건축물대장(위반건축물)을 보면 OOO구청장은 아래 <표2>와 같이 2008.11.16. 및 2009.1.23. OOO에 대한 2007년 항공사진판독결과 위 대지상 나타나는 각 약 10㎡(항공사진번호 24-3-13), 20㎡(항공사진번호 24-3-12)의 창고(근생)용 위반건축물에 대한 시정(철거)을 청구인에게 요구하였는데, 건축물대장상 쟁점건물은 위반건축물로 표시(2008.12.15., 2004.4.2.)되었다가 2009.4.27. 위반건축물표기가 해제되었고, 쟁점부동산 양도 이후인 2009.12.15. 건물이 말소된 것으로 나타난다.

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(마) 건축이행강제금 영수증을 보면, 서울특별시장이 2007년 항공사진측량에 따라서 OOO 소재 과세물건에 대하여 청구인에게 OOO원의 건축이행강제금을 부과하였고, 청구인은 이를 납부한 것으로 나타난다.

(바) 이외 청구인의 폐업사실증명원을 보면, 청구인이 쟁점부동산에서 1978.7.30.～2001.11.30.간 동성산업사라는 상호로 제조업(임편직)을 영위한 것으로 나타나고, 이외 아래 <표3>과 같이 청구인은 제조업 폐업이후에도 부동산임대업을 영위하였고, 청구인 외 천광상사 등 다수의 사업자등록이 나타난다.

OOOOOOOOOOOOOOO OOO OOOOO OO

(4) 살피건대, 처분청은 쟁점건물에 「지방세법 시행령」제131조의2 제2항에서 규정한 용도지역별 적용배율(도시지역내 상업지역인 쟁점부동산의 경우는 3배)을 곱한 면적을 초과하는 부분은「지방세법」상 재산세 별도합산과세대상이 되는 토지에서 제외되어 종합합산과세대상이므로 이를 비사업용 토지로 보아야 한다는 의견이나,

(가) 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호는 쟁점토지와 같은 대지에 대해서 건축물의 부속토지로서 재산세 별도합산과세대상이 되는 경우(나목) 이외에도 토지의 이용상황 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 경우도 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하였고, 그러한 경우에 대하여 같은 법 시행령 제168조의11 제1항 제7호는「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지 등 물품의 보관ㆍ관리를 위하여 별도로 설치ㆍ사용되는 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등으로서 매년 물품의 보관ㆍ관리에 사용된 최대면적의 100분의 120 이내의 토지를 규정하고 있는바,

(나) 위 규정은 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등에 대한 구체적인 정의를 규정하고 있지 아니하며, 다만 물품의 보관ㆍ관리를 위하여 별도로 설치ㆍ사용되는 토지로만 규정하고 하치장 등을 사용함에 있어 설치허가나 신고 등에 관한 제한 규정을 두지 아니한 만큼, 사실상 하치장 등으로 사용하면 직접 사용한 것으로 보는 것이고, 토지소유자가 직접 사용하여야 한다는 제한규정도 두고 있지 아니한 이상 소유자 또는 임차인이 사용하는 경우에도 적용대상이 된다 할 것이다(조심 2010서1144, 2010.9.30. 같은 뜻임).

(다) 청구인이 제출한 증빙에 의하면 쟁점토지 지상에는 쟁점건물 이외에 무허가건물이 존재하였고, 그러한 사실에 대하여는 처분청도 인정하고 있으며, 더 나아가 쟁점부동산 매수자의 확인서, 2007년 항측사진 판독결과 및 그에 따른 시정명령통지서 등 쟁점부동산 관할 강북구청장의 공문서, 청구인이 제출한 폐쇄지적도 및 무허가건물 사진, <표3>에 기재된 것과 같이 쟁점부동산에 등록되었던 사업자내역 등의 내용을 종합하면 쟁점토지 상 무허가건물은 창고로 사용되었다는 청구인의 주장은 타당한 측면이 있다.

(라) 한편, 동 무허가건물이 창고로 사용되었다고 하더라도 실제 창고로 사용된 면적은 항공사진(약 30㎡로 표시됨), 매수자의 확인서(204㎡로 나타남), 청구인의 심판청구서(약 231㎡)의 기재내용이 상이하는 등의 사정으로 확정할 수 없으며, 청구인은 1978년 입주시점부터 창고용으로 사용되었다고 하나 그 사용기간 또한 확인되지 아니하는 측면이 있다.

(마) 따라서, 이 건 심판청구는 쟁점토지상 무허가건축물이 창고로 사용된 사실을 일부 인정할 수 있지만 그렇다고 하더라도 창고용으로 실제 사용된 면적 및 기간을 확인할 수 없어서 그에 따른 필요한 처분을 할 수도 없으므로 이에 대하여 처분청에서 재조사하여 그결과에 따라서 쟁점토지 중 비사업용 토지로 본 78.57㎡의 비사업용 토지여부를 결정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.