가. 청구인은 2007.5.1. 특수관계자인 주식회사 OOOOOOO(이하 “OOOOOOO”이라 한다)과 청구인 소유의 서울특별시 OOO OOO OOOOOO 소재 대지 1,097.3㎡(이하 “쟁점대지”라 한다)를 OOOOOOO에게 신축건물(OOOO) 부지로 장기 임대하면서 OOOO 착공일부터 준공일까지 임대료는 준공일 이후 임대료에 가산하여 받기로 계약을 체결하고, OOOO의 준공일까지 쟁점대지 임대료에 대한 종합소득세 신고를 하지 않았다.

나.부산지방국세청장은 청구인에 대한 조사 결과 청구인이 쟁점대지를 OOOO 착공일부터 준공일까지 OOOOOOO에게 저가로 임대한 것으로 보고 계약상 약정임대료와 적정임대료의 차액에 대하여 과세하도록 과세자료를 처분청에 통보하였고,이에 따라 처분청은 2010.5.13. 청구인에게 2007년 귀속분 59,411,640원, 2008년 귀속분 83,571,460원, 합계 142,983,100원의 종합소득세를 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2010.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

건축기간이 포함된 장기임대계약에서 건축기간의 임대료는 다소 낮게, 건축 이후의 임대료는 시가보다 다소 높게 약정한바, 전체 계약기간을 기준으로 하면 약정임대료가 처분청이 산정한 적정임대료보다 높으므로 동 임대계약은 경제적 합리성이 있는 행위임에도 건축기간만을 따로 떼어내어 저가임대로 보아 약정임대료와 적정임대료와의 차액에 대하여 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

개인이 특수관계자에게 부동산을 무상 또는 저가임대하는 경우 「소득세법 시행령」제98조 제2항 제2호의 규정에 의한 부당행위계산의 유형에 해당하는지 여부는 과세기간별로 판단하여야 하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 특수관계자에게쟁점대지를 신축건물의 부지로 장기임대한 용역 중 건축기간의 임대료에 대해서만 부당행위계산 부인을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제41조【부당행위계산】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제47조【부동산임대소득의 수입시기】부동산임대소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.

1. 계약 또는 관습에 의하여 지급일이 정하여진 것 : 그 정하여진 날

2. 계약 또는 관습에 의하여 지급일이 정하여지지 아니한 것 : 그 지급을 받은 날

3. 임대차계약에 관한 쟁송(괄호 생략)·판결·화해 등이 있은 날. 다만, 임대료에 관한 쟁송의 경우에 그 임대료를 변제하기 위하여 공탁된 금액에 대하여는 제1호에 규정하는 날로 한다.

제98조【부당행위계산의 부인】 ① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다.

1. 당해 거주자의 친족

2. 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족

3. 당해 거주자의 종업원 외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족

4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30 이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인

5. 당해 거주자와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 이사의 과반수이거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인

6. 제4호 또는 제5호에 해당하는 법인이 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50이상을 출자하고 있는 법인

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

2. 특수관계 있는 자에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

3. 특수관계 있는 자로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 경우

4. 특수관계 있는 자로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우

5. 그 밖에 특수관계에 있는 자와의 거래에 따라 해당 과세기간의 총수입금액 또는 필요경비를 계산할 때 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우

③제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

④제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.

(3) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 청구인의 자(子) OOO이 대표이사로 있는OOOOOOO과 2007.5.1. 쟁점대지에 대한 임대차계약을 체결한바, 계약의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 임차료는 월 5,200만원으로 정하고, 매월 말일까지 갑이 지정하는 금융기관에 부가가치세를 포함한 금액을 입금시켜야 한다. 단,건물 착공일로부터 건물사용 승인시까지 기간의 임대료에 대하여는 건물사용 승인일이 속하는 월부터 같은 기간 동안 매월말 2,600만원을 가산하여 지급한다.

(나) 임차료는 2년마다 쌍방 합의하에 조정을 하기로 한다.

(다) 임대차기간은 건물 준공일로부터 10년간으로 한다. 단, 갑은 을이 건축허가를 얻기 위하여 필요한 ‘토지사용승낙서’ 등 일체의 협조를 하여 주어야 한다.

(2) OOOOOOO은 서울시 OOO OOOOOOOOO OO OOOO OOOO과 공동으로쟁점대지1,097.3㎡와 OOO OOO OOO OO 대지 1,097.2㎡, 합계 대지 2,194.5㎡에 2007.5.1.부터 지하7층 지상19층 연면적 34,931.59㎡의 OOOO을 신축하여, 2009.12.3. 서울특별시 OO구청장으로부터 사용승인을 받은 것으로 감리용역계약서, 사용승인서 등에 되어 있다.

(3)청구인은 2007.5.1부터 OOOO 사용승인일까지의 임대료 수입에 대한 일체의 신고를 하지 않았고, OOOO 사용승인일이 속하는 2009년 12월부터 <표1>과 같이 매월 공급가액 78,000,000원의 매출세금계산서를 교부하고, 동 공급가액을 부가가치세 매출세액으로 신고하였음이 부가가치세 신고서 등에 나타난다.

<표1> 세금계산서 교부 내역

(OO O O)

(4)부산지방국세청장은 청구인과 특수관계자인 OOOOOOO이 위 토지임대차계약서에 따라 착공일(2007.5.1)부터 2009.11월까지 월 2,600만원, 준공일이 속한 월부터 이후 10년간 월 5,200만원에 임대하기로 약정한 사실을 확인하고, <표2>와 같이 과세기간별로 계산한 토지 저가 임대에 따른 부당행위계산 부인금액을 수입금액에 가산하여 종합소득세를 추징한 것으로 조사종결보고서에 되어 있다.

<표2> 토지임대 관련 시가 계산 내역

(O, OOO)

(5) 청구인은전체 계약기간을 기준으로 하면약정임대료가 처분청이 산정한 적정임대료보다 많다고 주장하는바, 전체 계약기간을 기준으로 하면 2007년 5월부터 2009년 11월까지 31개월간 월 26,000,000원씩 806,000,000원, 그 이후 10년간 월 52,000,000원씩 6,240,000,000원으로 약정임대료 총액은 7,046,000,000원이고, 동 기간동안 처분청이 산정한 약정임대료는 월 42,234,500원씩 6,377,409,500원이므로, 청구인의 주장과 같이 약정임대료가 적정임대료보다 668,590,500원 많은 것으로 계산된다.

(6) 위 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 보건대, 청구인은 전체 계약기간을 기준으로 하면 약정임대료가 처분청이 산정한 적정임대료보다 높음에도 건축기간만을 따로 떼어내어 저가임대로 보는 것은 부당하다는 주장인바, 「소득세법」제41조 제1항은 납세지 관할 세무서장 등은 사업소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있으므로, 부당행위 해당 여부는 거주자와 특수관계자와의 거래를 기준으로 판단하여야 하고, 부당행위에 해당하는 경우에 부인해야 할 금액의 계산은 과세기간별로 이루어 져야 할 것으로 보인다.

그렇다면, 10년 이상의 장기임대차 거래에 있어서 동 거래가 부당행위에 해당하는지는 과세기간별로 구분하여 개별적으로 판단할 것이 아니라, 거래 전체에 대하여 종합적으로 판단하여야 할 것인데, 쟁점토지의 장기임대용역은 전체 계약기간을 기준으로 약정임대료가 적정임대료보다 많고, 임차료를 2년마다 쌍방합의하에 조정하기로 약정한 점에 비추어 볼 때, 당해 거래가 부당행위에 해당한다고 보기 어렵다.

따라서, 건물신축 기간 중 약정임대료의 지급시기를 정당한 사유 없이 미루어 그 이자상당액을 특수관계자에게 제공한 것으로 보아 부당행위 계산부인을 적용할 것인지는 별론으로 하더라도, 처분청이 과세기간별로 부당행위 해당 여부를 판단하여 건물신축기간의 약정임대료가 적정임대료보다 낮다고 보아 청구인에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.