가. 청구인은 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 발급받은 기부금영수증에 근거하여 근로소득세 연말정산시 기부금 소득공제를 하였다.

나. OOO세무서장은 OOO에 대하여 2011.1.21.부터 2011.5.31.까지 기부금영수증 발행에 대한 일반부분조사를 실시하여 지정기부금단체 요건인 주무관청에 등록을 한 사실이 없어 OOO가 발행한 기부금 영수증은 기부금 소득공제 대상에 해당되지 않는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 이를 소득공제하지 아니하고 2012.2.10. 청구인에게 종합소득세 2009년 귀속분 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) OOO는 1984.3.14. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립되었고, 1993년 안양시 동안구청에 종교단체등록(등록번호 OOO)을 하였으며, 같은 해 관할세무서인 OOO세무서장으로부터 「국세기본법」 제13조 제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인받았으므로 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서 열거하고 있는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당된다.

(2) OOO가 「법인세법 시행령」에서 정한 비적격의 기부금단체에 해당된다 하더라도 처분청은 오랜 기간 동안 청구인의 연말정산시 OOO가 발행한 기부금영수증에 대하여 아무런 지도나 제재조치를 하지 아니하였으므로 이제와서 기부금 소득공제가 부당하다 하여 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 적법한 지정기부금단체는 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서 규정한 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 단체이어야 하나, 1993.10.15.OOO구청에서 OOO에 발급한 종교단체 등록증명서는「부동산등기법」에서 정한 부동산 등기시 필요한 법인격없는 단체의 등기용 등록번호 부여절차에 따라 발급된 증명서에 불과하고, 1993년 OOO세무서장으로부터 「국세기본법」제13조 제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인받은 것은 비영리법인에 대한 사업자등록으로서 OOO는 지정기부금단체로 주무관청에 등록된 단체가 아니다.

(2) 신의성실의 원칙은 납세자의 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 언동인 공적인 견해표시가 있고, 납세자가 공적인 언동을 신뢰하였으며, 그 신뢰에 귀책사유가 없어야 함을 요건으로 하고 있으나, OOO의 기부금 공제와 관련하여 과세관청이 공적인 견해를 표명한 적이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① OOO가 지정기부금단체에 해당하는지 여부

② 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

나. 관련법령

〈쟁점① 관련〉

(1) 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

(2) 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제3조【설립허가의 신청】 「민법」 제32조의 규정에 의하여 법인의 설립허가를 받고자하는 자(이하 "설립발기인"이라 한다)는 별지 제1호 서식에 의한 법인설립허가신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)에 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다)를 첨부하여 문화체육관광부장관 또는 문화재청장(권한의 위임이 있는 경우에는 그 위임을 받은 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사 및 특별자치도지사를 말한다. 이하 "주무관청"이라 한다)에게 제출하여야 한다. 이 경우 주무관청은 「전자정부법」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 재산목록에 기재된 재산 중 토지 또는 건물의 등기부 등본을 확인하여야 한다.

(3) 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조【설립허가】① 주무관청은 법인설립허가신청의 내용이 다음 각 호의 기준에 적합한 경우에 한하여 이를 허가한다.

1. 법인의 목적과 사업이 실현 가능할 것

2. 목적하는 사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어있거나 확립될 수 있을 것

3. 다른 법인과 동일한 명칭이 아닐 것

(4) 소득세법 시행령 제80조【지정기부금의 범위】법 제34조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기부금"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당 하는 것을 말한다.

1. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 각 호의 것

(5) 법인세법 시행령 제36조【지정기부금의 범위 등】① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기부금"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체등"이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금에 한한다.

마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체

〈쟁점② 관련〉

국세기본법 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 심리자료에 따르면, OOO세무서장은 OOO가 2005사업연도부터 2009사업연도까지 발행한 기부금영수증을 기부금 소득공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아, 처분청에 과세자료를 통보한 것으로 나타난다.

(나) 국세청 통합전산망에 따르면, OOO는 1984.3.14. 창립하였고, OOO세무서장은 법인으로 보는 단체로 보아 1993.10.15.을 개업일로 하여 면세법인사업자로 직권등록한 것으로 나타난다.

(다) 심리자료에 따르면, OOO는 구 「부동산등기법」제41조의2제1항 제3호에 의한 부동산등기용 등록번호(OOO)를 1993.10.15.OOO구청장으로부터 부여받은 것으로 나타나고, 2010.12.31. OOO에 비영리법인 설립허가 신청을 하였으나, 공익을 해하고 법인 설립 허가시 종교·사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 비영리법인의 허가가 불허된 것으로 나타난다.

(라) 청구인은 OOO가 주무관청에 등록된 종교단체에 해당한다며 OOO세무서장이 발급한 고유번호증, 부동산등기법에 따라 OOO구청장이 발급한 종교단체 등록증명서, 문화관광부 종무국장이 2001년과 2002년에 발송한 종교단체 주요현황조사 협조요청 공문 등을 제출하였다.

(마) 살피건대, 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목은 적법한 지정기부금단체를 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 단체라고 규정하고 있는 바, OOO는 경기도청 등 주무관청에 등록된 사실이 나타나지 아니하므로 지정기부금단체에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구인은 OOO가 「법인세법 시행령」에서 정한 비적격의 기부금단체에 해당된다 하더라도 과세당국에서 오랜 기간 동안 청구인의 연말정산시 OOO가 발행한 기부금영수증에 대하여 아무런 지도나 제재조치가 없다가 별안간 기부금 소득공제대상이 아니라 하여 과세한 처분은 신의칙에 위배된다는 주장이나, 신의측 내지 금반언의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호하는 것이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용하는 것으로, 그 적용을 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰함에 있어 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고, 그에 따라 행위를 하였을 것, 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 등의 요건이 모두 충족되어야 할 것이나, 과세관청이 OOO가 발급한 기부금영수증에 대하여 과세를 하지 않겠다는 의사표시를 한 사실이 확인되지 아니하므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.