2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 별지 1 기재와 같이 2011. 10. 4. 원고에 대하여 한 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분과 2013. 7. 10. 원고에 대하여 한 가산세 합계 OOO원의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 지방공기업법 및『OO공사 설립 및 운영에 관한 조례』에 따라 설립되어 면세사업인 여객운송업과 과세사업인 임대사업, 광고사업 등을 영위하고 있는 법인이다.

나. 원고는 2006년 2기부터 2011년 1기까지 과세사업과 직접 관련이 있는 매입세액과 사업과 관련이 없는 매입세액을 제외한 모든 매입세액을 면세사업과 과세사업의 공통매입세액으로 안분하여 부가가치세를 신고・납부하였다.

다. 피고는 '원고가 공통매입세액으로 안분하여 계산한 매입세액 중 전동차량 부품구입비, 선로설비 유지보수비 등 OOO원(이하 '이 사건 매입세액'이라고 한다)은 면세사업과 직접 관련이 있는 매입세액에 해당함에도 공통매입세액으로 안분하여 부가가치세를 신고・납부하였다'는 이유로 2011. 10. 4. 원고에 대하여 아래 표와 같이 부가가치세 및 가산세 합계 OOO원을 경정・고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2012. 1. 6. 조세심판원에 심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2013. 6. 18. '이 사건 매입세액 중 본사의 전력요금은 공통매입세액으로 보는 것이 타당하므로 이를 공통매입세액으로 하여 2008년 2기부터 2010년 2기까지 부가가치세의 과세표준 및 세액을 경정하고, 피고가 가산세에 대해서는 납세고지서에 그 산출근거를 기재하지 않았으므로 2006년 2기부터 2010년 2기까지 가산세를 취소한다'는 취지의 결정을 하였다.

마. 피고는 위 결정에 따라 원고에 대하여, 2011. 10. 4.자 부과처분 중 부가가치세의 세액을 아래 표와 같이 감액 경정・고지하였고, 2013. 7. 10. 가산세를 다시 부과・고지하였다(이하 '감액 경정된 2011. 10. 4.자 부가가치세 부과처분'과 '2013. 7. 10.자 가산세 부과처분'을 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 임대수익과 광고수익도 역사와 전동차를 매개로 하여 발생하므로 이 사건 매입세액은 면세사업뿐만 아니라 과세사업과도 관련이 있다고 볼 수 있다.

2) 임대사업과 광고사업은 여객운송업에 필수적으로 부수되는 사업에 해당하므로 임대사업, 광고사업에서 발생한 매출에 대한 부가가치세도 면제되어야 한다.

3) 원고는 2001. 3.경 피고에게 '면세사업에만 관련된 매입세액으로 판단된 비용 중 일부는 공통매입세액으로 보아야 한다'는 취지로 주장하면서 부가가치세 경정청구를 하였는데, 피고는 2001. 7.경 원고의 주장을 일부 받아들여 부가가치세 환급처분을 하였다. 또한 원고는 2004년 세무조사에서도 부가가치세 신고에 문제가 없다는 판단을 받아 이 사건 매입세액이 공통매입세액에 해당하지 않는다는 사실을 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 것이므로, 적어도 가산세가 부과되어서는 아니 된다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 '구부가가치세법'이라고 한다) 제17조 제2항 제6호는 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다'라고, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법 시행령'이라고 한다) 제61조 제1항 본문은 '사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 한다'라고 각 규정하고 있다.

살피건대, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 면세사업에만 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없는바(대법원 2013. 12. 26. 선고 2013두17336 판결 참조), 원고가 영위하는 임대사업과 광고사업이 역사의 운영과 전동차량의 운행을 전제로 한다고 하더라도 전동차량 부품구입비, 선로설비 유지보수비 등은 면세사업인 여객운송업을 위하여 필수적으로 소요되는 비용으로서 원고가 임대사업과 광고사업을 영위하지 않는 경우에도 당연히 소요되는 비용이라 할 것이므로, 이 사건 매입세액은 모두 면세사업인 여객운송업에만 관련된 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.

이에 대하여 원고는 임대사업과 광고사업을 수행함에 따라 전동차량 전력비, 역사물품 구입비, 역사시설 교체비, 역사시설 유지보수비 등이 추가로 소요되었다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 임대사업과 광고사업을 수행함에 따라 역사 및 전동차량 전력비, 역사물품 구입비, 역사시설 교체비, 역사시설 유지보수비 등이 추가로 소요되었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 위와 같은 주장을 받아들일 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

구 부가가치세법 제12조 제3항은 '면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다'라고, 구 부가가치세법 시행령 제3조 제2호는 '거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역은 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역으로 한다'라고 각 규정하고 있다.

살피건대, 원고가 영위하는 임대사업과 광고사업은 역사의 운영과 전동차량의 운행을 전제로 하지만, 원고가 임대사업과 광고사업을 영위하지 않더라도 여객운송업을 운영하는 데에는 아무런 문제가 발생하지 않으므로, 원고가 영위하는 임대사업과 광고사업은 여객운송업에 필수적으로 부수되는 사업에 해당한다고 볼 수 없다(실제로 원고를 포함한 대부분의 여객운송업자들이 더 많은 수익을 창출하기 위하여 임대사업과 광고사업을 영위하고 있다 하더라도 이러한 판단이 달라질 수는 없다).

또한 원고가 영위하는 여객운송업은 지하철을 이용하는 승객에게 용역을 공급하는 것인 반면, 임대사업은 임차인에게, 광고사업은 광고주에게 용역을 공급하는 것이 므로, 임대용역과 광고용역이 통상적으로 여객운송용역에 부수하여 공급되는 용역이라 고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 참조).

살피건대, 갑 제5호증의 기재에 의하면 피고가 2001. 7.경 '면세사업에만 관련된 매입세액으로 판단된 비용 중 일부는 공통매입세액으로 보아야 한다'는 취지의 원고 주장을 일부 받아들여 부가가치세 환급처분을 한 사실이 인정된다. 그러나 ① 당시 국세청 예규(국세청 부가 46015-4358, 1999. 10. 27.)도 '부가가치세가 면제되는 여객운송용역과 과세되는 부동산 임대용역 및 광고용역을 공급하는 사업자가 부가가치세가 면제되는 여객운송용역의 제공을 위하여 필수적인 재화나 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것'이라고 규정하고 있던 점, ② 과세관청은 과세표준과 세율을 결정 또는 경정한 후에도 그 결정 또는 경정에 오류나 탈루가 있는 경우 부과 제척기간이 도과하기 전까지는 이를 다시 경정할 수 있으므로 과세관청이 납세의무자의 경정청구를 받아들였다는 사정만으로는 재경정처분을 하지 아니하겠다는 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 보기 어려운 점, ③ 가사과세관청이 정기 세무조사에서 부가가치세 신고에 문제가 있다는 사실을 적발하지 못 하였다고 하더라도, 부가가치세 신고에 아무런 문제가 없다거나 과세관청이 이를 인정하였다고 판단하기 어려운 점 등을 종합하면, 원고가 주장하는 사정만으로는 원고가 이 사건 매입세액을 공통매입세액으로 안분하여 부가가치세를 신고・납부한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례