가.청구인은 1997.2.3. OOO 36-213 대 60㎡(이하 “종전토지”라 한다)를 취득하여 보유하던 중, 종전토지가 구「도시재개발법」에 따라 재개발되어 조합원의 자격으로 같은 곳 842 OOO 103-502(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 분양받아 1999.7.29. 사용승인되었으며, 2006.11.13. 쟁점신축주택을 OOO원에양도하고, 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득시까지에 대하여도 「조세특례제한법」제99조 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면소득은 쟁점신축주택을 취득한 후 5년 간 발생한 양도소득만 해당된다고 보아, 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.6. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 종전토지를 보유하다가 관리처분인가일 시점에 감정평가법인 등으로부터 평가를 받았으므로 「소득세법」제166조 제1항 제1호에 따라 종전토지의 양도차익과 신축주택 취득 후의 양도차익으로 구분이 가능하며, 이는 실지거래가액에 의한 양도차익의 계산방법에 해당하므로, 신축주택의 양도차익을 양도소득금액으로 하여 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식(이하 “쟁점산식”이라 한다)을 적용하여야 한다.

(2) 대법원 판결(2010두3725, 2012.6.28.)과 같이 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여야 한다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제166조 제1항 제1호에 따라 관리처분계획인가 전 양도차익과 관리처분계획인가 후 양도차익으로 구분하는 것은 양도자산의 양도소득금액을 산출하는 하나의 방법에 지나지 않으며, 「조세특례제한법」제99조 제4항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에는 쟁점산식을 준용하여 감면소득금액을 계산하도록 규정하고 있으므로, 전체 양도소득금액에 대하여 쟁점산식에서 분모의 “취득당시 기준시가”를 종전토지의 기준시가로 보아 감면소득금액을 계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식의 “양도소득금액”을 신축주택 취득 이후에 발생한 양도소득금액으로 보아 양도소득세 감면소득을 산출하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점신축주택의 양도소득세 계산시 「조세특례제한법」제99조의 규정에 따라 계산한 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세표준과 세액을 산출하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 1997.2.3. 종전토지를 취득하였고, 종전토지 소재지가 재개발되어 1999.7.29. 쟁점신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 2006.11.13. 쟁점신축주택을 양도하였다.

(나) 쟁점신축주택은 국민주택에 해당하며, 쟁점감면규정의 신축주택취득기간내에 사용승인되었다.

(나) 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득금액은 OOO원이며, 종전주택과 쟁점신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표>와 같다.

OOO

(다) 처분청은 쟁점감면규정의 감면소득금액 산정을 위한 쟁점산식 적용시에 “양도소득금액”을 종전주택을 포함한 전체 양도소득금액을 산입하여 감면소득금액을 계산하였으며, 처분청은 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득세 과세표준을 OOO원으로, 산출세액을 OOO원으로 경정하고,「소득세법」제90조의 규정을 적용하여 산출세액에해당 감면소득금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는비율을 곱하여 산출한 OOO원을 감면세액으로 보아 이를 산출세액에서 차감하여 결정세액을 산출하였다.

(2) 청구인은 쟁점산식의 “양도소득금액”을 「소득세법」제166조 제1항 제1호에 의하여 산출한 양도소득금액(쟁점신축주택 취득 이후에 발생한 양도소득금액)으로 보아야 하며, 감면대상소득은 양도소득세 과세대상소득금액에서 직접 차감하여야 한다고 주장하고 있다.

(3)쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법 시행령」제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) 제1항 및 제40조 제1항에 따라 「조세특례제한법」제99조 제1항 본문에서 “당해 부동산을 취득한 날부터5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음의 산식(쟁점산식)에 의하여 계산한금액을 말한다고 규정하고 있으며, 「소득세법」제95조(양도소득금액) 제1항에는 “양도소득금액은제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있다.

{양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(나) 살피건대,청구인은 「소득세법」제166조 제1항 제1호에 의하여 쟁점신축주택 취득 이후에 발생한 양도소득금액을 산출하여 쟁점산식을 적용하여야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법 시행령」제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) 제1항에 따라 같은 법 시행령 제40조 제1항의 쟁점산식으로 감면대상소득금액을 산정하도록 규정하고 있고, 쟁점산식의 양도소득금액은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액)이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)「조세특례제한법」(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) 제1항에는 거주자가 「조세특례제한법」제99조 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5연간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다.

(나) 살피건대,조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점, 「조세특례제한법」제99조 제1항은 신축주택을취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와그 이후에 양도하는 경우를구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고,후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로양도소득세를 감면하여야만 「조세특례제한법」제99조의 입법 목적을달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점신축주택의 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 쟁점신축주택의 양도에 따른 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.