가. 청구인은 OOO 소재 OOO교회(이하 “OOO교회”라 한다)로부터 발급받은 기부금영수증에 근거하여 근로소득세 연말정산시 기부금 소득공제를 하였다.

나. OOO세무서장은 OOO교회에 대하여 2011.1.21.부터 2011.5.31.까지 기부금영수증 발행에 대한 일반부분조사를 실시하여 지정기부금단체 요건인 주무관청에 등록을 한 사실이 없어 OOO교회가 발행한 기부금 영수증은 기부금 소득공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아 2012.4.16. 청구인에게 종합소득세 2007년 귀속분 OOO원, 2008년 귀속분 OOO원, 2009년 귀속분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) OOO교회는 1984.3.14. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립되었고, 1993년 안양시 동안구청에 종교단체등록(등록번호 31094-00***)을 하였으며, 같은 해 관할세무서인 OOO세무서장으로부터 「국세기본법」제13조 제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인받았으므로 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서 열거하고 있는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당된다.

(2) 설령, OOO교회가「법인세법 시행령」에서 정한 적격의 기부금단체에 해당하지 않더라도 청구인이 오랜 기간 연말정산시 OOO교회가 발행한 기부금영수증에 의하여 소득공제를 받아왔음에도 과세관청에서 이에 대하여 아무런 지도나 제재조치를 하지 아니하였으므로 지금에 와서 기부금 소득공제가 부당하다 하여 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 적법한 지정기부금단체는 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목에서 규정한 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록한 단체이어야 하는데, OOO교회는 비영리법인의 설립허가를 경기도지사에게 신청하였다가 거부되어서 주무관청에 등록된 단체가 아니며, 이외 OOO교회에서 제시하고 있는 1993.10.15. OOO구청장이 발급한 종교단체 등록증명서는「부동산등기법」에서 정한 부동산 등기시 필요한 법인격없는 단체의 등기용 등록번호 부여절차에 따라 발급된 증명서에 불과하고, 1993년 OOO세무서장으로부터 「국세기본법」제13조 제2항에 의한 법인으로 보는 단체로 승인받은 것도 비영리법인에 대한 사업자등록일 뿐이므로 위 증명서 등에 의하여 OOO교회가 지정기부금단체로 주무관청에 등록된 것으로 인정할 수 없다.

(2) 신의성실의 원칙은 납세자의 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 언동인 공적인 견해표시가 있고, 납세자가 공적인 언동을 신뢰하였으며, 그 신뢰에 귀책사유가 없어야 함을 요건으로 하고 있으나, OOO교회의 기부금 공제와 관련하여 과세관청은 공적인 견해를 표명한 적이 없으며, 설령 묵시적 의사표시가 있었다 할지라도 이를 신뢰한 것에 귀책사유가 없어야 함에도 종교단체로 등록되지 아니한 OOO교회가 발급한 기부금영수증으로 신고를 한 납세자의 신뢰는 보호할 가치가 없다고 할 것이므로 이 건 과세처분은 신의성실원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① OOO교회가 지정기부금단체에 해당하는지 여부

② 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 심리자료에 따르면, OOO세무서장은 OOO교회가 2005년부터 2009년까지 발행한 기부금영수증을 기부금 소득공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아, 각 처분청에 아래의 <표>와 같이 과세자료를 통보한 것으로 나타난다.

OOOOOOOOO OOOOOO OOOO

(OO : O, OO)

(나) 국세청 통합전산망에 따르면, OOO교회는 1984.3.14. 창립하였고, OOO세무서장은 법인으로 보는 단체로 보아 1993.10.15.을 개업일로 하여 면세법인사업자로 직권등록한 것으로 나타난다.

(다) 심리자료에 따르면, OOO교회는 구 「부동산등기법」제41조의2제1항 제3호에 의한 부동산등기용 등록번호(31094-00***)를 1993.10.15.OOO구청장으로부터 부여받은 것으로 나타나고, 2010.12.31. 경기도에 비영리법인 설립허가 신청을 하였으나, 공익을 해하고 법인 설립 허가시 종교·사회적 갈등이 야기될 가능성이 높다는 사유 등으로 비영리법인의 허가가 불허된 것으로 나타난다.

(라) 동일한 취지의 다른 심판청구시 OOO교회의 신도인들은 OOO교회가 주무관청에 등록된 종교단체에 해당한다며 OOO세무서장이 발급한 고유번호증,「부동산등기법」에 따라 OOO구청장이 발급한 종교단체 등록증명서, 문화관광부장관이 2001년과 2002년에 발송한 종교단체 주요현황조사 협조요청 공문 등을 제출하였고, 청구인도 이 건 심판청구시 동일한 사실관계를 제시하고 있다.

(마) 살피건대, 처분청은 OOO교회를 적법한 지정기부금단체로 볼 수 없다고 보아 청구인이 한 동 교회 발행 기부금에 대한 소득공제를 부인하였는바, 「소득세법」제34조 제1항 및 같은 법 시행령 제80조 제1호와 「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 마목은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 주무관청에 등록된 지정기부금단체에 대한 기부금을 소득공제 대상으로 정하고 있으며, 「민법」제32조는 종교 등 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있으며,「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제3조는 위 민법 규정에 의하여 법인의 설립허가를 받고자 하는 자는 문화체육관광부장관(권한의 위임이 있는 경우는 그 위임을 받은 도지사)에게 법인설립허가신청서를 제출하도록 규정하고 있으나, OOO교회는 경기도청 등 주무관청에 등록된 사실이 나타나지 아니하므로 지정기부금단체에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 과세관청의 그 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 적극적인 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결 등 참조),

(나) 청구인은 OOO교회가「법인세법 시행령」에서 정한 적격의 기부금단체에 해당되지 아니한다 하더라도 과세당국에서 오랜 기간 동안 청구인의 연말정산시 제출한 OOO교회 발행 기부금영수증에 대하여 아무런 지도나 제재조치가 없다가 별안간 기부금 소득공제대상이 아니라 하여 과세한 처분은 신의칙에 위배된다는 주장이나, 과세관청이 OOO교회가 발급한 기부금영수증에 대하여 과세를 하지 않겠다는 의사표시를 한 사실이 확인되지 아니하므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.