청구인은 대구직할시 서구 OO동 OOOOOOO 대 202㎡ 및 동지상건물 246.61㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 79.1.6 취득하여 90.11.15 청구외 OOO에게 양도하고 양도소득세 확정신고시에 양도가액 98,000,000원, 취득가액 40,000,000원, 필요경비 17,411,608원으로 신고하였다.

처분청은 대구지방국세청으로부터 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 조사결과를 통보받아 청구인의 확정신고 내용을 부인하고 취득 및 양도가액을 기준시가로 하여 양도차익을 계산하여 과세표준 및 세액을 결정한 뒤 92.9.16 청구인에게 양도소득세 56,893,950원 및 동방위세 11,490,910원을 부과하였다.

청구인은 이에 불복하여 92.11.11 심사청구를 거쳐 93.2.16 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 79.1.6 청구외 OOO로부터 쟁점부동산을 40,000,000원에 취득하여 90.11.14 OOO에게 98,000,000원에 양도하고 취득시 실지거래가액 40,000,000원과 수리비 16,500,000원을 필요경비로 공제하여 양도소득세 과세표준 확정신고 하였는 바, 처분청은 청구인이 확정신고시 제출한 매매계약서와 등기부상 소유자가 다르고 양도대금도 상위하여 신고한 실거래가액을 신빙성이 없다하여 기준시가로 결정하고 또한 수리비 16,500,000원도 인정치 않고 있으며, 매매계약서상 양도대금 98,000,000원의 지불내역이 확인내용과 계약서의 내용이 다르고 인근매매 실례와 비교할 때 저렴하여 인정키 어렵다고 하나, 청구인은 등기부상 소유자인 OOO으로부터 취득하지 않고 미등기 전매자인 청구외 OOO로부터 취득하였으며, 계약서상 대금 지불내역은 부동산 등기시 검인을 받기 위하여 작성한 것 일뿐 총 금액은 사실인데 이를 부인하고 기준시가로 결정한 것은 부당하며, 수리비 16,500,000원에 대하여는 청구외 OOO가 수리하였으나 그를 대신하여 그의 子 OOO이 확인한 것으로 수리한 것은 사실이므로 공제함이 타당하고, 기준시가에 의하여 과세하는 경우에 있어서도 양도차익이 실지양도가액인 98,000,000원을 초과할 수 없다고 할 것이므로 당초 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인은 쟁점부동산의 양도에 대하여 실지거래가액에 의한 방법으로 양도소득세 확정신고함에 있어서 취득 및 양도가액을 40,000,000원과 98,000,000원으로 하고 수리비 16,500,000원을 필요경비로 공제한 사실이 있고, 쟁점부동산을 등기부상의 명의자인 OOO으로부터 취득한 것이 아니고 미등기 전매자인 청구외 OOO로부터 매입하였다고 주장하나, 청구외 OOO는 청구인이 경영하는 OO종합식품에 근무한 적이 있는 자로서 등기부상 양도인인 OOO과 별개의 인물로서 OOO의 확인서 내용은 신빙성이 없으며, 양도대금 98,000,000원에 대하여 취득자인 청구외 OOO에게 확인한 바 계약금 및 중도금 없이 전세 보증금 67,000,000원을 제외하고 31,000,000원을 지급하였다고 하나 청구인이 제시한 계약서상 대금지급 내역은 계약금 중도금 잔금으로 구분하여 지급한 것으로 되어 있고 전세보증금에 대한 언급이 없는 점과 청구인이 주장하는 양도가액은 평당 160만원으로 90.11.14 현재 공시지가 평당 2,644,000원과 인근 매매실례가액 평당 4,017,000원 (OO동 OOOOOOO) 보다 현저히 낮아 신고내용을 인정할 수 없어 공정과세 위원회의 자문을 거쳐 기준시가로 결정한 처분청의 결정은 잘못이 없다고 인정되며 또한 청구인이 쟁점부동산을 수리하고 지급한 16,500,000원의 사실 여부를 확인키 위하여 청구외 OOO에게 확인한 바, 수리사실을 부인하므로 필요경비에서 제외하고 결정한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 ① 쟁점부동산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 계산할 수 있는지 여부 ② 쟁점부동산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 계산하는 경우 내부시설개조비 16,500,000원을 필요경비로 공제할 것인지 여부 ③ 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 계산하는 경우 양도차익을 실지양도가액 98,000,000원을 한도로 할 것인지 여부에 있다.

나. 소득세법 제23조 제4항과 제45조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제170조 제4항 제3호 규정을 모아보면, 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 및 취득가액은 그 자산의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의하는 것을 원칙으로 하되, 양도자가 예정신고 또는 확정신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 그 자산의 실지거래가액에 의한다고 규정되어 있다.

청구인의 쟁점토지의 실지양도가액 및 취득가액이 확정신고시 신고한 98,000,000원 및 40,000,000원이라고 주장하고 있으므로 먼저 쟁점토지의 실지양도가액이 98,000,000원인지 여부에 대하여 보면, 청구인이 제시한 부동산 매매계약서에는 쟁점부동산의 매매가액이 청구인이 주장하는 양도가액인 98,000,000원으로 기재되어 있고 양수인 OOO도 확인서에서 쟁점부동산의 취득가액을 98,000,000원이라고 확인하고 있다. 그러나 청구인이 주장하는 실지양도가액 98,000,000원은 그 양도당시 공시지가 186,261,000원 보다 현저하게 낮은가액이고 대구지방국세청장이 처분청에 통보한 조사결과 (부동산 22633-425, 92.8)에 의하면 평당가액도 1,600,990원으로서 인근부동산인 OO동 OOOOOOO의 매매실례가액인 평당 4,017,000원, OO동 OOOOOOO의 매매실례가액인 평당 4,878,000원 보다도 크게 낮은가액인 데다가 매매대금 지급과 관련된 금융자료를 전혀 제시하지 못하고 있으므로 실지양도가액이 98,000,000원이라는 주장은 신빙성이 없어 받아들일 수 없다고 할 것이므로 쟁점토지의 양도차익은 실지취득가액이 청구인이 주장하는 40,000,000원인지 여부와 관계없이 기준시가로 계산하여야 할 것이어서 이 부분에 관한 청구주장은 이유없다.

그리고 양도차익을 기준시가로 계산하는 경우 필요경비는 실지지출된 필요경비액에 의하는 것이 아니고 취득당시의 기준시가에 7/`100을 곱하여 계산한 금액으로 하는 것이므로 청구인이 주장하는 내부시설개조비 16,500,000원인 실지지출여부에 불구하고 필요경비로 공제할 수 없어 이 부분에 관한 청구주장은 이유없다 할 것이고 또한, 기준시가로 양도차익을 계산하는 경우 실질과세의 원칙상 양도차익이 실지양도가액을 초과할 수 없다고 할 것이나 쟁점부동산의 실지양도가액을 청구인이 주장하는 98,000,000원으로 인정할 수 없음은 위에서 본 바와 같고 이와 같이 실지양도가액이 확인되지 아니하고 있으므로 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액 98,000,000원을 초과할 수 없다는 이 부분에 관한 청구주장도 이유없다고 할 것이다.

다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.