2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 중 원고의 제②주장에 관한 판단 부분에 아래 제2항 부분을 추가하고, 제8면 제1항 이하 부분을 아래 제3항과 같이 고치는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가하는 부분

『오히려 앞서 든 증거들에 갑 제21, 42 내지 45, 74호증(각 가지번호 포함), 을 제4호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 귀속토지는 대부분 1필지의 토지 중 일부분씩만이 하남시에 귀속된 것으로 나타나므로, 원고가 당초부터 이 사건 귀속토지를 하남시에게 무상으로 귀속시킬 의도로 이 사건 귀속토지가 포함된 토지를 취득하였다고 보기는 어려운 점, ② 원고가 2006. 5. 17. 최초 건축허가신청 당시 제출한 건축허가신청서에 첨부된 건축설계도면상으로는 하남시에 무상귀속 시킬 예정인 토지의 면적이 총 183.61㎡에 불과하고, 대상 토지의 위치도 최종적으로 확정된 부분과 상이한 것으로 나타나는 점, ③ 원고는 2006. 6. 19. 피고의 건축허가신청에 대한 보완사항을 반영하여 피고에게 보완서류를 제출하였는데, 위 제출서류 중 하나인 건축설계도면상으로 기부채납 예정면적이 183.61㎡에서 496.75㎡로 증가되었으나, 여전히 최종적으로 확정된 면적에 비하여 상당히 작을 뿐만 아니라, 그 위치도 확정된 부분에 완전히 포섭되어 있다고 보기 어려운 점, ④ 원고는 건축허가신청을 한 2006. 5. 17. 무렵부터 피고가 건축허가신청서 보완통보를 한 2006. 9. 19.까지 이 사건 귀속토지를 포함한 대부분 토지의 취득을 완료하였는데, 피고는 그 이후인 2006. 10. 2.에도 여전히 원고에게 ‘사업지 전면부 35m 도로의 부지 역시 공공시설로 조성하여 무상귀속 되어야 한다’는 취지의 보완통보를 하고 있던 상황이므로, 이 시점까지도 하남시에 무상으로 귀속될 토지 부분이 특정되거나 그 귀속에 관하여 원고와 하남시 사이에 확정적인 의사의 합치가 있었다고 보기는 어려운 점, ⑤ 이 사건 건축허가 당시 하남시에 무상귀속될 토지의 면적은 당초보다 대폭 늘어난 1,118.02㎡로 되었다가 그 후 심사결정 과정에서 이 사건 건축허가 이후 원고가 취득한 하남시 신장동 (지번 1 생략){을 제4호증에는 그 지번이 (지번 2 생략)으로 기재되어 있으나, 오기로 보인다} 토지 1㎡은 비과세 규정의 대상이 된다는 이유로 과세부분에서 제외된 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 귀속토지를 취득하여 등기한 후 이 사건 건축허가시점에 비로소 이 사건 귀속토지에 관하여 하남시와 사이에 기부채납 등의 합의가 이루어졌다고 보아야 할 것이다.』

3. 고치는 부분

『가) 지방세법 제29조 제1항 제2호 , 제30조 제1호 에 의하면 등록세의 납세의무는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 성립하고, 신고하는 때에 그 납세의무가 확정되며, 앞서 본 바와 같이 지방세법 제138조 제1항 , 지방세법 시행령 제101조 제1항 제5호 에 의하면, 이 사건과 같이 과밀억제권역인 서울특별시에서 법인 설립 이후의 부동산등기에 대하여는 지방세법 제131조 , 제137조 가 규정한 당해 세율의 3배에 해당하는 세율을 적용하되, 주택법 제9조 의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 위하여 주택건설용으로 등기하는 부동산에 대하여는 중과세율을 적용하지 않는 것으로 되어 있으므로, 납세의무자는 재산권 등 권리의 등기 또는 등록하는 시점에 있어서 자신의 사용목적과 객관적인 용도에 맞게 지방세법 제131조 , 제137조 소정의 일반 세율 또는 제138조 제1항 소정의 중과세율을 적용하여 등록세를 신고·납부하여야 한다.

한편, 건축물의 용도나 그 면적은 건축허가 또는 그 변경허가시가 아니라 최종적으로 사용승인시에 확정되고, 이에 따라 그 부지인 토지의 용도 또한 이 시점에서 객관적으로 확정된다 할 것인데, 건축물의 사용시점에서 확정된 토지의 용도가 당초 등록세를 신고·납부할 당시의 용도와 달라지는 등 등기·등록 이후의 사정변경 등 후발적 사유로 인하여 객관적인 용도 등이 변경되었다면 납세의무자는 수정신고(당초 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액보다 적은 경우 등, 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 지방세기본법 제50조 참조) 또는 경정청구(당초 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 등, 지방세기본법 제51조 참조)를 통하여 구제받을 수 있는 반면, 과세관청으로서는 중과세율 적용 대상 면적 증가나 감소 등 후발적 사유로 납세의무자가 납부하여야 할 등록세액이 변경되는 상황이 발생한 경우에는 객관적인 토지의 용도를 토대로 지방세법령에 따라 등록세 증액경정처분 또는 감액경정처분을 함으로써 적정한 조세정의를 실현할 수 있다.

그러나 이와 같이 토지의 용도가 객관적으로 확정되기 이전이라 하더라도 납세의무자가 당초 신고·납부한 등록세액에 잘못이 있는 것으로 밝혀진 경우 과세관청이 이를 근거로 한 증액경정처분 또는 감액경정처분 등을 할 수 있음은 별개의 문제이다.

나) 그런데 이 사건의 경우, 원고가 2006. 5. 17. 피고에게 이 사건 각 토지상에 주상복합아파트 1동을 건설하는 내용의 건축허가신청을 하였고, 그 후 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지에 관하여 이 사건 각 등기를 마친 사실, 원고는 이 사건 각 토지에 관한 이 사건 각 등기에 따른 등록세액을 신고·납부할 당시 이 사건 각 토지 위에 허가신청서에 첨부된 설계도면과 같은 주상복합아파트를 건축하려고 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고로서는 위에서 본 등록세에 관한 법리에 따라 이 사건 각 토지의 등록 당시 객관적인 용도별 면적 비율에 따라 주거용으로 사용할 부분에 대해서만 일반 세율을 적용하고, 나머지 부분은 중과세율을 적용하여 등록세를 신고납부 하였어야 함에도 이와 달리 이 사건 각 토지가 전부 주거용 건물에 제공됨을 전제로 일반 세율을 적용하여 등록세를 신고·납부함으로써 등록세를 과소신고·납부 하였다고 할 것이고, 피고는 이와 같은 과소신고·납부가 되었음을 전제로 이를 바로잡기 위하여 이 사건 각 처분으로써 이 사건 등록세의 신고·납부 당시 확인되는 이 사건 건물의 용도별 면적 비율을 토대로 증액경정처분을 한 것이므로, 이 사건 각 처분에 어떠한 잘못이 있다고 할 수 없다.

원고는 이 사건 각 처분 이후 이 사건 건물에 관하여 사용승인이 이루어졌고, 위 사용승인으로 이 사건 건물의 용도별 면적 비율이 확정되었으므로, 사용승인시의 이 사건 건물의 용도별 면적 비율을 토대로 하지 않은 이 사건 각 처분은 위법하다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 건물의 용도별 면적은 사용승인시 최종적으로 확정되므로, 등록 당시 객관적인 상황에 맞게 등록세를 신고·납부하였더라도 등록 당시의 객관적인 상황이 후발적으로 변경됨으로써 등록세액도 변경되어야 할 경우 납세의무자는 수정신고 또는 감액경정청구를 통하여, 과세관청은 증액 또는 감액경정청구를 통하여 각 과소 또는 과다신고한 등록세액을 추가납부 또는 징수하거나 환급받거나 환급할 수 있다 할 것이나, 이 사건 각 처분은 위에서 본 바와 같이 당초 신고·납부한 등록세액이 후발적으로 감액 또는 증액되는 사유가 발생하였음을 전제로 이루어진 것이 아니라, 원고가 당초 신고·납부한 등록세액 자체가 그 당시 객관적인 상황에 맞지 않게 정당한 세액보다 과소신고하였음을 문제삼아 이루어진 것이므로, 원고가 주장하는 사유는 이 사건 각 처분의 적법성에 아무런 영향을 미치지 못한다.

따라서 원고의 제③주장도 이유 없다.』

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.