2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 'BB종합건설'이라는 상호로 건설업을 영위하는 사업자로서 서울 강북구 OO동 000-00에서 2003년부터 지하 3층 지상 15층의 주상복합아파트 신축사업(이하 '이 사건 신축사업')을 시행하기로 결정하고 2003. 3. 10. 위 아파트의 신축공사를 CC기업 주식회사(당시 상호는 CC건설 주식회사였음, 이하 'CC기업'이라고만 한다)에게 도급을 주었다.

나 원고는 2003년부터 이 사건 아파트 신축사업을 영위하고 있던 중 2006년 귀속 종합소득세를 신고하지 않았고, 2006년 2기 부가가치세에 관하여 공급가액(매출)을 6，972，547，000원으로 신고하였다.

다. 피고는 2008. 8. 18.부터 2008. 12. 31.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결 과, 원고가 과세표준 계산에 필요한 장부를 제출하지 못한다는 이유로 소득세법(2006.12.30.법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제2항, 제3항, 소득세 법 시행령 제143조 제1항 제1호에 따라 원고의 2006년 귀속 매출을 6，972，547，000원 (이 사건 신축사업 시행용역 대가 5，301，383，000원 + 분양수수료 수입 1，671.164，000원) 으로 보고, 여기에 단순경비율을 적용하여 산출한 소득금액 962，211，000원을 기초로 2009. 2. 9. 2006년 귀속 종합소득세 447，920，972원(가산세 포함)을 결정 ・ 고지하였다 (이하 '이 사건 부과처분')

라. 한편, 원고는 2009. 10. 22. 2006년 2기 부가가치세 확정신고시 매출액을 과다 계상하였다는 이유로 부가가치세 경정청구를 하였으나, 피고는 같은 달 26. 이를 거부 하였다(이하 '이 사건 경정거부처분').

마. 원고는 이에 불복하여 2009. 5. 6. 이의신청을 거쳐 2009. 9. 2. 조세심판원에 심 판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2010. 5. 11. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2, 19호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분 및 경정거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는 원고가 CC기업으로부터 사업시행 정산금 대신 제공받은 시행용역 대가 5，301，383，000원 및 분양수수료 1，671，164，000원을 원고의 수입금액으로 보았다 그러나 ① 위 시행용역대가 5，301.383，000원은 원고가 CC기업의 요구에 못 이겨 발행한 매출세금계산서상의 금액에 불과하고 실제로 원고가 대물로 받은 상가의 가치는 20억원에도 마치지 못하여 이후 위 상가건물이 저가로 경매에 의하여 처분됨에 따라 원고의 수입이 전혀 실현된바 없고，② 위 분양수수료 1.671.164，000원은 실제로 CC기업이 이 사건 아파트 신축사업을 운영하면서 지급한 비용인데, 원고에게 조세부담을 전가하기 위 하여 마치 원고가 CC기업에 분양용역을 제공하고 대가를 지급받은 것처럼 위장하기 위하여 원고로부터 이에 상응하는 매출세금계산서를 교부받은 것에 불과하므로, 이와 다른 전제에 션 이 사건 부과처분은 위법하다.

2) 위와 같이 시행용역 대가 5，301，383，000원 및 분양수수료 1，671.164，000원은 원고 에게 실제로 발생한 매출로 볼 수 없는 이상, 원고가 2006년 2기분 부가가치세에 관하여 신고한 매출액은 과다계상되어있으므로, 국세기본법(2010.1. 1. 법률 저119911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의 2 제1항 제1호에 의한 경정사유가 됨에도 이와 다른 전제에선 이 사건 경정거부처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다.인정사실

1) 원고는 이 사건 신축사업에 있어 인허가, 분양 및 광고에 대한 책임을, CC기업 은 시공 및 하자보수에 대한 책임을 각 부담하기로 하고 사엽을 진행하되, 2003. 3. 10. 원고가 CC기업으로부터 받을 시행사 정산금을 54억 5,000만원으로 확정하였다 다만 위 시행사 정산긍 중 원고가 우선 대물로 받게 될 상가의 물량과 향후 실제 분양률에 따른 잔여 정산금의 지급 문제를 놓고 CC건설과 여러 차례 논의를 거친 끝에 (갑 제8 내지 13호증 참조) 2005. 8. 1. 원고가 지급받을 시행사 정산금(즉, 사업시행 개발이익)에 갈음하여 지상 상가 4층 전체(401호부터 411호)와 지하층 BOI호(이하 위 상가들을 '이 사건 상가'라 한다)를 원고에게 이 전하여 주는 것으로 합의하였다(을 제 18호증의 1, 2 참조).

2) CC건설은 2005. 11.경 위 아파트를 건축하여 준공 및 사용승인을 받았다.

3)CC건설은 2006. 3. 31. 원고에게 이 사건 신축사업과 관련한 분양대행용역을 맡기기로 하는 용역계약을 체결하였다(을 제17호증 참조).

4) CC건설은 2006. 11. 6.경 원고에게 사업 목적으로 대여하였던 총 3，411，164，000 원 중 1，671，164，058원은 원고에게 지급할 분양수수료를 지급한 것으로 상계처리하고, 여기에 토지대금정산분을 제외한 나머지 대여금 6억 5，000만원 중 439，845，000원은 원고에게 당초 이전하기로 한 이 사건 상가 401호를 회수하는 것으로 갈음하기로 결정하였다(을 제9호증 참조).

5) 원고는 2006. 11. 30. CC기업으로부터 사업시행용역에 대한 대가 5，301，383，000 원을 지급받되, 원고가 이 사건 상가 중 401호를 제외한 나머지 상가(이하 '이 사건 나머지 상가')를 5，511，538，000원에 매입하는 것으로 합의하여 다음과 같이 세금계산서 처리를 하였다.

6) 원고는 2006. 12. 8. 이 사건 나머지 상가들에 대하여 자신의 명의로 소유권이전 등기를 경료하고, 이에 대한 분양을 시도하였으나 분양실적이 저조하여 위 상가들은 이후 모두 경매로 처분되었다.

[인정 근거] 갑 제I, 8 내지 13, 22(가지번호 포함, 이하 같다) 내지 25호증, 을 제6, 9 내지 11, 15 내지 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 부과처분에 대하여 가) 사업시행 용역 대가 부분

이 사건 l 매출세금계산서와 관련된 법률관계를 정리하여 보면, 원고가 CC기업으로부터 5，301，383，000원을 사업시행용역 대가로 받고, 통시에 원고가 CC기업으로 부터 5，511，538，000원에 이 사건 나머지 상가를 매입하였음을 세금계산서에 의하여 표시하고 있음을 알 수 있고, 이는 결국 원고가 이 사건 신축 사업과 관련된 사업시행용역 대가 5，301，383，000원에 갈음하여 그 부분 가액에 상당한 상가건물로 대물변제받은 것으로 평가된다. 살피건대, 위 인정사설 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 대물변제받은 이 사건 나머지 상가들의 가액은 당초의 상가분양가격과 일치하고 있고(을 제7호증 참조)4), 위 가액은 원고와 CC기엽이 상호 간 합의한 가격이므로, 장래 미분양으로 인한 손실이 예상된다는 사정만으로 그 가액 이 과다계상된 것으로 볼 수 없는 점，② 원고가 대물변제로 상가를 공급받은 이상, 사업시행용역에 대한 수입은 실현된 것으로 보아야 하고, 이후 원고가 위 상가를 분양하지 못하여 처분손실이 발생하였다는 사정은 그러한 사유가 발생한 해당 사업연도의 결손금으로 처리되어야 할 성질의 것으로 보이는 점(대법원 1997. 10. 14. 선고 96누14746 판결 참조), ③ 이 사건 나머지 상가들의 실제 가치가 20억원에도 미치지 못한다고 볼만한 아무런 증거가 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 사건 1 매출세금계산서와 관련한 수입금이 과다계상 되었다는 원고의 주장은 이유 없다.

나) 분양수수료 수업 부분

위에서 본 바와 같이 CC기업이 2006. 3. 31.자 분양대행용역계약에 근거하여 원고에게 1，671.164，000원 상당의 분양수수료를 지급하되, 위 금원의 지급에 갈음하여 원고가 CC기업에 갚아야 할 동액 상당의 차용금채무를 면제하기로 원고와 합의함에 따라 원고가 CC기엽에 발행해준 이 사건2 매출세금계산서에 어떠한 허위가 있다고 보기 어렵다. 나아가 위와 같은 거래가 실제로 존재하지 않았다고 볼만한 아무런 증거 도 없다 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

다)소결론

따라서 이 사건 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다.

2) 이 사건 경정거부처분에 대하여

위에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 신축사업에 따른 용역대가 및 분양수수료 수입을 실현하였다고 보는 이상, 위 공급가액 합계 6，972，547，000원을 매출로 산정한 원고의 2006년 2기분 부가가치세 신고에 국세기본법 제45조의 2 제l항 제1호 소정의 경정사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 이를 거부한 이 사건 경정거부처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.