청구법인은 1999년 제2기부터 2000년 제2기까지 아래 표와 같이 가공매출 및 가공매입에 따른 부가가치세를 납부하였는데,처분청은 청구법인의 조세범칙행위에 대한 조사시 가공세금계산서수수에 따른 부가가치세를 경정결정하면서 감액된 세액OO,OOO,OOO원(이하 “쟁점환급금”이라 한다)은 자료상에 대한 환급세액이라 하여 환급거부하였다.

(OOOO O O)

이후 OO지방국세청장이 처분청에 대한 업무감사시 청구법인은 매출 및 매입이 전액 가공거래인 경우(사업자로 보지 아니함)에 해당하지 아니함에도 세금계산서합계표가산세를 부과하지 아니하였다(국세청 예규 개일OOOOOOOOOOO, 2001.8.30.)는 지적을 하자 처분청은 매출·매입처별세금계산서합계표가산세 OO,OOO,OOO원을 부과하면서 아래 표와 같이 당초 환급거부하였던 환급세액 OO,OOO,OOO원(쟁점환급금)을 국세환급가산금을 가산함이 없이이에 충당하여 2003.7.10. 청구법인에게 1999년 제2기분 부가가치세 O,OOO,OOO원 및 2000년 제2기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 경정고지하고, 2000년 제1기분 부가가치세 O,OOO,OOO원을 환급하였다.

(OOOO O O)

청구법인은 이에 불복하여 2003.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인이 가공매출·매입과 관련하여 부가가치세를 신고·납부하였음을 이유로 기왕에 환급거부하였던 쟁점환급금(OO,OOO,OOO원)을세금계산서합계표가산세를 부과하면서충당 및 환급결정하였으나 국세환급가산금을 가산하지 아니하였다.

그러나 2002.12.18. 신설된 국세기본법 제22조의 2는 감액경정과 증액경정의 효력을 독립적으로 규정하고 있는 바, 처분청이 청구법인의 당초 가공매입·매출과 관련하여 산출한 쟁점환급금에 대하여 국세환급가산금 O,OOO,OOO원을 지급하여야한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 세금계산서합계표가산세 부과시 충당한 쟁점환급금에 대하여 국세환급가산금을 가산하여 충당하여야 한다고 주장하고 있다.

그러나 환급세액이 발생한 2000년 제1기분 부가가치세 O,OOO,OOO원에 대하여 국세기본법 제52조에 의한 국세환급가산금을 경정결정일로부터 30일이 경과한 다음날로부터 기산하여 지급하는 것은 별론으로 하더라도 환급세액이 발생하지 아니한 1999년 제2기분 및 2000년 제2기분 부가가치세의 경우에는 환급세액을 충당하면서 동 충당시점까지 국세환급가산금을 지급할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 가공매출·매입세금계산서를 수수하면서 과다하게 신고납부한 부가가치세액을 처분청에서 감액경정함에 따라 환급세액(쟁점환급금)이 발생하였는 바, 동 환급세액을 국세에 충당하면서 국세환급가산금을 가산하지 아니한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

국세기본법(2000.12.29. 법률 제6303호로 개정되기 전의 것) 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】 ① 세무서장은 납세의무자가 국세 가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다.

국세기본법 제52조 【국세환급가산금】 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 국세환급가산금 이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

1. 착오납부 이중납부 또는 납부 후 그 부과의 취소 경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

(2~5호 생략)

6. 소득세법 법인세법 부가가치세법 특별소비세법 주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 매출 및 매입이 전액 가공거래인 경우에 해당하지 아니하는 바, 가공거래분에 대하여 세금계산서합계표가산세를 부과한 처분에 대하여는 청구법인도 불복하지 아니하고 있으며, 사실관계에 있어서도 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 처분청이 이 건 과세시 충당한 쟁점환급금은 과오납에 해당하므로 납부일로부터 충당시까지의 국세환급가산금 O,OOO,OOO원을 지급하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 매출 및 매입이 전액 가공거래인 경우에는 부가가치세법상 사업자로 보지 아니하는 것이나 매출이나 매입의 일부가 가공거래인 경우에는 사업자로 보는 것인 바, 가공매출 및 가공매입에 따른 부가가치세를 경정결정하면서 감액된 세액은 과오납으로 보아 국세환급가산금을 가산하여야 하며, 그 환급가산금의 기산일은 자진납부일의 다음 날로 하여야 하는 것이다(국심 2001구443, 2001.8.29. 참조).

(4) 판단

처분청은 이 건 과세시 충당한 쟁점환급금(OO,OOO,OOO원)에 대하여는 국세환급가산금을 지급할 수 없다는 의견이다. 그러나 이는 법적근거가 없을 뿐 아니라 거래의 일부가 가공매입·매출인 경우에는 동 세금계산서와 관련하여 납부한 세액은 과오납으로 보아야 하는 것이므로 쟁점환급금에 대하여는 국세환급가산금의 기산일을 납부일의 다음날로 하여 국세환급가산금을 지급하는 것이 정당하다고 판단된다(국심 2001구443, 2001.8.29.등 다수가 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.