1. 가산세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고,

2. 청구인이 OOO호를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하며,

3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가. 청구인은 1994.10.7. OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 OOO백만원에 취득하여 보유하던 중 위 주택 소재지 일대의 재건축으로 1998.9.18. 사용승인받은 OOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 분양받아 보유하다가, 2006.2.10. OOO백만원에 양도하고 양도소득세 예정신고를 하면서「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】를 근거로 5년간 발생한 감면세액 계산시 양도 당시의 기준시가에서 차감하는 취득당시의 기준시가를 쟁점주택의 취득당시(사용승인일) 기준시가인 OOO원으로 산정하여 감면대상 양도소득금액을 OOO원으로 계산 한 후 감면세액을 OOO원으로 하여 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 조특법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.30. 이의신청을 거쳐 2012.12.7. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조특법 제99조의 해석상 재건축 이전의 종전 주택분에서 발생한 양도소득금액도 감면대상으로 보아야 하고, 청구인이 양도한 주택은 IMF 외환위기 당시 신축되어 재건축 이전에는 실제로 양도차익이 발생하지 아니하였고 모두 신축주택 취득 후에 차익이 발생한 것이므로 청구인의 당초 신고내용은 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액을 감면한다는 법령에 부합한다. 따라서, 처분청이 실제 내용을 무시하고 종전주택 보유기간으로 차익을 안분계산하여 과세한 것은 부당하다.

(2) 과세관청이 공적인 견해표명을 하여 재건축 이전의 종전주택에서 발생한 양도소득도 감면대상으로 하는 비과세 관행이 정립되었음에도 이에 반하여 새로운 해석에 따라 부과제척기간이 임박해서 종전주택분에 대하여 감면대상으로 보지 아니하는 것은 신의성실원칙에도 위배된다.

(3) 청구인은「소득세법」등의 내용을 참고하여 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액을 과세표준에서 직접 차감하지 아니하고, 감면되는 소득금액이 전체에서 차지하는 비율에 의한 감면세액을 신고하였는바, 대법원 판례(대법원 2010두3725, 2012.6.28)와 같이 감면대상 소득금액을 과세대상 소득금액에서 직접 차감하는 방식으로 재계산한 세액을 초과한 부분(결정세액 기준으로 OOO원 및 그에 대한 납부불성실가산세 상당액)은 위법하므로 취소되어야 한다.

(4) 청구인이 종전주택분을 포함하여 양도소득세 감면을 신청한데에는 과세관청의 공적인 견해 표명, 그 동안의 국세 행정관행의 신뢰 등에 연유한 것이어서 정당한 사유가 있으므로 처분청이 본세에 가산한 납부불성실가산세를 취소되어야 한다.

(5) 처분청의 과세처분 중 납부불성실가산세는 납세고지서에 가산세의 산출근거 등의 기재가 없이 합계액만 기재되어 있고, 부과제척기간 경과가 임박한 상황에서 아무런 설명 없이 그러한 납세고지서에 의해 양도소득세를 부과하였는바, 이는 불복 여부의 결정 및 불복신청에 제약을 가한 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 2007.2.28. 개정전 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 「소득세법」제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 「부가가치세법 시행령」 제45조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 하도록 되어 있을 뿐 종전주택과 쟁점주택에 대한 양도차익을 구분하도록 규정되어 있지 아니하다.

조특법 제99조 및 같은 법 시행령 제99조에 의하면 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대해 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하고 있어 신축주택에 대해서만 감면할 뿐 구주택에 대한 감면은 되지 않는 것으로 명시되어 있고, 조특법 시행령 제40조에 규정된 감면소득계산 구조를 살펴보면 구주택 및 신주택에 대한 전체 양도소득금액에 대해 ‘양도당시의 기준시가’ 및 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’를 산정하여 ‘취득당시의 기준시가’를 차감하도록 되어 있어 분모와 분자의 기준시가를 ‘취득당시의 기준시가’를 신축주택의 취득시 기준시가로 적용하였을 경우 감면대상 양도소득금액은 전체 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액이 되어 구주택 및 신축주택의 양도소득금액 전부가 감면되어 관련 법령에 규정하고 있는 신축주택에 대한 감면의 원칙에 반함을 알 수 있으므로 청구인이 주장하는 종전주택분에 대한 양도차익이 없거나 종전주택분의 양도소득금액이 감면 대상으로 보아야 한다는 주장은 근거가 없다.

(2) 청구인은 종전주택에서 발생한 양도소득도 감면대상으로 한 비과세 관행이 정립되어 있음에도 새로운 해석에 따라 부과제척기간이 임박해서 종전주택분에 대하여 감면대상으로 보지 아니하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 조특법 제99조의 규정을 해석함에 있어서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해서는 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 일관되게 해석하고 있고(서면4팀-210, 2006.2.7., 재산46014-1000, 2000.8.16. 등), 국세청이 발간한 양도소득세 해석편람 및 실무해설 등에서도 신축주택에 대한 감면규정을 설명하고 있을 뿐 그 어디에도 종전주택이 감면대상에 포함된다는 공적인 견해표명을 한 적이 없으므로 신의성실의 원칙을 위배하지 아니하였다.

(3) 위에서 제시한 바와 같이 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액 계산은 전체양도소득금액에 대해 양도 및 취득당시의 기준시가 등을 감안하여 안분계산 후 종전주택분에 대한 양도차익에 상당하는 세액을 감면배제하여야 하고, 조특법 제99조 규정은 양도소득세 과세대상소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하도록 규정하고 있어 청구인이 주장하는 감면대상 소득금액을 과세대상 소득금액에서 직접 차감하는 방식의 계산식은 2010.1.1. 개정되어 이 건의 경우 적용되지 아니하므로 감면세액 계산방법은 정당하다.

감면대상 양도소득금액 계산 산식

(4) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 무지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 적용되는 조특법 시행령 제40조 제1항 산식 중 분모·분자의 취득당시의 기준시가를 신축주택 및 종전주택 취득당시의 기준시가로 해석하여 과세한 처분의 당부

(2) 이 건 과세처분이 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

(3) 양도세 계산시 위 시행령에 따라 계산한 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세하여야 하는지( 조특법 제99조), 산출세액에 과세표준에서 기본공제 후의 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산한 후 이를 산출세액에서 차감하여 과세하여야 하는지 여부

(4) 납부불성실 가산세를 과세한 처분의 당부

(5) 납세고지서에 가산세의 산출근거 등의 기재 없이 과세한 처분은 위법하다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 및 처분청이 제출한 항변자료 및 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 1994.10.7.청구인은 종전주택을 취득하였다가 재건축으로 1998.9.18.신축주택을 취득하여 보유하다가 2006.2.10. 신축주택을 양도하였고,신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2003.9.17.인 것으로 나타난다.

(나) 종전의 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에는「조 특법」제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양토소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증 교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라는 회신내용이 나타나고,

그 이후의 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업으로 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조 특법」제99조의3의 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라는 회신내용이 나타난다.

(2) 청구인은 종전의 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액(신축주택 양도가액-종전주택 취득가액)으로 일관되게 해석하고 있음에도, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 생산·소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한처분이 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장하고있다.

(3) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다.

청구인은 신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 적용되는 조특법 시행령 제40조 제1항 신식 중 분모·분자의 취득당시의 기준시가를 신축주택 및 종전주택 취득당시의 기준시가로 해석하여 과세함은 부당하다는 취지로 주장하나, 조특법 제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액” 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 외 다수 같은 뜻임).

(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구인은 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 신의성실원칙 및 소급과세금지 원칙에 위배된다고 주장하나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 이와 관련된 청구인의 주장도 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(5) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 당초 신고시 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액을과세표준에서 직접 차감하지 아니하고, 감면되는 소득금액이 전체에서차지하는 비율에 의한 감면세액을 신고한 사실이 확인된다.

(나) 청구인은 대법원 판례(대법원 2010두3725, 2012.6.28)와 같이 감면대상 소득금액을 과세대상 소득금액에서 직접 차감하는 방식으로 양도소득세를 감면하여야 하고, 이와 같은 방식으로 재계산한 세액을 초과한 부분(결정세액 기준으로 OOO원 및 그에 대한 납부불성실가산세 상당액)은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(다) 처분청은 종전주택분에 대한 양도차익에 상당하는 세액을 감면배제하여야 하고, 조특법 제99조 규정은 양도소득세 과세대상소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하도록 규정하고 있으며, 청구인이 주장하는 감면대상 소득금액을 과세대상 소득금액에서 직접 차감하는 방식의 계산식은 2010.1.1. 개정되어 이 건의 경우 적용되지 아니하므로 감면세액 계산방법은 정당하다는 의견이다.

(라) 살피건대, 조특법 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라, 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조특법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세 대상 양도소득금액에서 차감하도록 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 양도소득금액에서 직접 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라 할 것이다(조심 2013서987, 2013.5.16. 외 다수 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 이 건 양도소득세를 부과하면서 감면대상 양도소득금액을 과세대상 양도소득금액에서 직접 차감하지 아니한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(6) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

청구인은 과세관청의 세법해석과 관행을 신뢰하고 양도소득세를 신고·납부하는 등 청구인에게 납세의무를 해태한 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며, 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 회신하고 있지도 아니하는 등, 청구인에게 납세의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이다(조심 2013서18, 2013.5.29. 외 다수 같은 뜻임).

(7) 쟁점⑤에 대하여 본다.

(가) 처분청의 과세처분 중 납부불성실가산세는 납세고지서에 가산세의 산출근거 등의 기재가 없이 합계액만 기재되어 있고, 부과제척기간 경과가 임박한 상황에서 아무런 설명 없이 그러한 납세고지서에 의해 양도소득세를 부과하였는바, 이는 불복 여부의 결정 및 불복신청에 제약을 가한 위법한 처분이므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(나) 처분청의 납세고지서에는 가산세 세액의 합계액만 기재되어 있을 뿐 어떤 가산세가 어떻게 산출되어 부과되었는지는 나타나지 아니하고, 처분청이 청구인에게 가산세 산출근거 및 내역을 별도로 통보하였다는 사실 등은 심리자료에 나타나지 아니하며, 이 건 2006년 귀속 양도소득세를 부과제척기간이 얼마 남지 아니한 상황에서 이러한 납세고지서에 의해 과세처분한 것으로 나타난다.

(다) 살피건대, 가산세는 본세의 세목별로 그 종류가 매우 다양할 뿐 아니라 부과기준 및 산출근거도 제 각각이므로 납세고지서에 가산세의 산출근거 등이 기재되어 있지 않으면 납세의무자로서는 무슨 가산세가 어떤 근거로 부과되었는지 파악하기가 쉽지 않다 할 것이므로 납세고지에 관한 「국세징수법」제9조 제1항의 규정이나 개별 세법의 규정 취지는 가산세의 납세고지에도 그대로 적용되어야 마땅하다 할 것이며, 여러 종류의 가산세를 함께 부과하면서 납세고지서에 산출근거는 물론 종류조차도 따로 밝히지 않고 단지 가산세의 합계액만을 기재하고는 납세의무자가 스스로 세법 규정을 잘 살펴보면 무슨 가산세가 부과된 것이고 산출근거가 어떻게 되는지를 알아낼 수 있다고 하는 것으로 그 기재의 흠결을 정당화할 수는 없다.

또한, 납세고지서를 받는 납세의무자가 따로 법률 규정을 확인하거나 과세관청에 문의해 보지 않고도 무슨 가산세가 부과되었고 세액이 그렇게 된 산출근거가 무엇인지 알 수 있도록 본세와 마찬가지 수준으로 그 형식과 내용을 갖추어 세액의 산출근거 등을 밝혀서 고지하여야 할 것이고, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다 할 것이나(대법원 2010두12347, 2012.10.18. 참조), 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 의하여 납세의무자가 불복신청 등에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백하다면 그러한 납세고지서의 흠결이 보완되거나 하자가 치유될 수 있다 할 것이다.

이 건의 경우 처분청이 납세고지서에 가산세의 산출근거 및 내역 등을 구분 기재하지 아니하고 통지하여 흠결이 있는 점, 처분청이 부과제척기간의 종료가 임박하여 이 건 과세처분을 하면서 청구인에게 과세예고통지를 하지 아니하였고, 그 밖에 처분청이 조사과정에서 청구인에게 상세한 설명을 하는 등 납세고지서의 흠결이 보완되거나 하자가 치유되었음을 뒷받침하는 증빙제시가 없으므로, 가산세 산출근거 및 내역 등을 기재하여 다시 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 처분청이 납세고지서에 가산세의 산출근거 등을 구분 기재하지아니하고 통지한 처분은 잘못이라고 판단된다(조심 2013서18, 2013.5.29. 외 다수 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.