가. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)는 2002.1.15. 부동산개발 및 분양업을 목적으로 설립된 비상장법인이자 2006.12.31. 현재 「중소기업기본법」 제2조의 중소기업으로, 2004.10.29. 한국토지공사로부터 OOO 주택용지인 OOO 소재 대지 6,576㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 분양받아 그 대금을 완납하고 2007.5.28. 소유권이전등기를 하였다.

나. 청구인은 2007.5.25. OOO 발행 주식 OOO주(100%지분, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 김OOO 외 3인에게 OOO원에 양도한 후, 비상장 중소기업의 주식에 대한 「소득세법」 제104조 제1항 제4호의 세율(10%)을 적용하여 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 중부지방국세청장은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점주식 양도당시 OOO의 부동산 비율이 50%를 초과하여 쟁점주식이 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목의 자산(이하 “특정주식”이라 한다)에 해당한다고 보고 특정주식에 대한 「소득세법」 제104조 제1항 제1호의 누진세율(9%～36%)을 적용하여 2013.5.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.16. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 기업회계기준에 의하면 토지 구입 관련 계약금, 중도금의 지급액 등은 건설가계정에 계상되는 비용으로 분류되어 있으며, 국세청의 예규에서는 부동산과다보유법인의 주식여부를 판단함에 있어 건설가계정의 금액은 부동산 또는 부동산에 관한 권리의 자산가액의 합계액에 포함되지 아니하는 것이라고 명시하고 있으므로 OOO의 건설가계정에 해당하는 토지 구입 관련 계약금, 중도금 지급액을 부동산에 관한 권리의 가액으로 보아 쟁점주식을 특정주식으로 본 처분은 부당하다.

(2) 뿐만 아니라, OOO가 한국토지공사에 쟁점토지의 나머지 중도금과 잔금을 지급하지 아니하여 계약이 해제됨으로써 위더씨앤디에 위 계약금 등 지급액과 관련한 부동산을 취득할 권리가 없는 상태였으므로 위 가액을 OOO의 부동산에 관한 권리의 가액으로 하여 OOO의 부동산 보유비율이 50%이상이라고 본 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 가목의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’라 함은 계약 또는 법률에 의하여 부동산을 취득할 수 있는 권리의 원인은 발생하였으나 아직 매매대금 미지급 또는 목적물 미완성 등으로 취득시기가 도래하지 아니한 권리를 포함하는 것으로 부동산 매매계약을 체결하고 중도금의 일부를 지급한 매수인이 잔금을 지급하고 소유권을 이전받을 수 있는 권리도 이에 해당하는 것이므로 OOO가 분양받은 토지의 계약금과 중도금 지급액으로써 선급금으로 계상된 가액을 부동산을 취득할 수 있는 권리의 가액으로 보아 쟁점주식을 특정주식으로 보고 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

(2) OOO가 중도금을 연체하여 한국토지공사로부터 연체대금 지급의 독촉과 해제최고를 받았다는 사정만으로는 토지분양계약이 해제되었다고 보기 어렵고 OOO가 쟁점주식 양도이후 쟁점토지의 대금을 완납하고 소유권이전등기까지 한 것으로 확인되므로 쟁점주식 양도당시 OOO에게 쟁점토지를 취득할 권리가 없었다는 주장도 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 법인의 토지 매입 계약금·중도금 지급액을 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리 가액’으로 보고, 이를 포함한 부동산 자산 비율이 자산총액의 100분의 50이상인 해당법인 발행 주식에 대하여 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목(특정주식)에 대한 세율(누진세율)을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

(2) 쟁점주식 양도당시 토지매입계약이 해제되어 법인이 부동산을 취득할 수 있는 권리를 보유하지 아니하였는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) OOO가 2004.10.29. 한국토지공사로부터 쟁점토지를 OOO원에 분양받기로 하고 그 때부터 2006.12.29.까지 계약금, 중도금 등으로 OOO원을 지급하고 동 지급액을 유동자산(선급금)으로 계상한 상태에서 청구인은 2007.4.6. OOO의 100% 지분 전부를 OOO원에 양도하기로 하는 계약을 체결하고 2007.5.25. 그 매매잔금을 받았으며, 청구인이 OOO의 지분을 양도한 직후 OOO는 한국토지공사에 연체 중도금·잔금 총 OOO원을 지급하고 쟁점토지의 소유권이전등기를 하였다.

(2) 처분청은 OOO가 선급금으로 계상한 쟁점토지의 계약금·중도금 지급액을 부동산을 취득할 수 있는 권리의 가액으로 보고 쟁점주식 양도일 직전 사업연도말인 2006.12.31. 현재 OOO의 장부상 부동산 보유비율은 75%(자산총액 8억원 중 쟁점토지 분양대금 지급액이 OOO원)이라고 판단하여 쟁점주식에 대하여 특정주식에 대한 「소득세법」 제104조 제1항 제1호의 누진세율을 적용하는 것으로 하여 양도소득세를 과세하였다.

(3) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목, 제104조 제1항 제1호 및 동법 시행령 제158조 제1항 제1항 가목은 부동산과다보유법인(당해 법인의 자산총액 중 부동산 및 부동산에 관한 권리의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인)의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 누진세율에 의하여 양도소득세를 부과하는 것으로 규정하고 있다.

(나) 부동산과다보유법인 여부를 판단함에 있어 부동산에 관한 권리의 일종인 부동산을 취득할 수 있은 권리에는 부동산 매수인이 계약금을 지급한 상태에서 중도금·잔금을 완납하고 매도인에게 소유권이전을 청구할 수 있는 권리도 포함되는 것이므로(소득세법 기본통칙 94-1), OOO가 쟁점토지를 분양받아 매도인에게 계약금·중도금 일부를 지급하여 이후 잔금을 지급하고 동 부동산의 소유권을 취득할 수 있는 지위에 있는 경우 OOO는 동 지급액 상당의 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리를 보유하는 것으로 볼 수 있다.

(라) 따라서 OOO가 쟁점토지를 매수하기로 하고 지급한 계약금·중도금 지급액을 부동산에 관한 권리의 가액으로 보아 부동산과다보유법인여부를 판단하여 OOO 발행 주식의 양도에 대하여 누진세율에 의한 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구인은 한국토지공사가 OOO의 쟁점토지 분양대금 지급 연체를 이유로 분양계약을 해제하였으므로 청구인이 쟁점주식을 양도할 당시 OOO에게 쟁점토지 관련 부동산을 취득할 권리가 없었다고 주장하며 용지매매계약서, 한국토지공사가 OOO에게 보낸 분양대금 납입 독촉 및 계약해제 최고 공문을 제출하였다.

(나) OOO가 한국토지공사로부터 쟁점토지를 매수하기로 하는 계약을 체결하면서 작성한 계약서에서는 매수인이 대금지급을 지체하면 기한이익을 상실하며, 매도인은 매수인이 기한이익을 상실하여 매도인으로부터 전액의 변제를 요구받고도 14일 이내에 그 이행을 하지 아니하면 계약을 해제할 수 있는 것으로 기재되어 있고, 이에 따라 한국토지공사는 OOO가 중도금 및 잔금 지급을 연체하자 OOO에 2006.3.17.부터 2006.10.31.까지 3회에 걸쳐 대금지급독촉 및 계약해제를 최고하는 내용의 문서를 송부하였다.

(다) 한편, OOO가 쟁점토지의 중도금 및 잔금지급을 연체하고 있던 중 OOO의 지분 100%를 보유한 청구인은 OOO의 지분 전부를 양도하였고, 그 이후 OOO는 한국토지공사에 쟁점토지 잔대금을 일시에 지급하고 OOO 명의로 소유권이전등기를 하였다.

(라) 살피건대, 청구인은 한국토지공사가 OOO의 대금 연체로 쟁점토지 분양계약을 해제하였다고 주장하나, 한국토지공사가 OOO에게 보낸 해제최고문등은 OOO에게 미납대금 납부를 독촉하고 이를 납부하지 아니하면 계약을 해체하겠다는 최고의 내용일 뿐 계약을 해제한다는 내용이 아니므로 이로써 분양계약이 해제되었다고 보기 어려우며, 더욱이 OOO는 청구인이 지분을 양도한 이후 쟁점토지의 분양대금을 완납하고 이전등기를 하여 쟁점토지의 소유권을 취득한 것으로 확인되므로 청구인이 OOO 주식을 양도할 당시 OOO에게 쟁점토지를 취득할 권리가 없었다는 주장도 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.