청구법인은 원유정제처리업을 영위하는 법인으로 OO도 OO시 OO동 소재 공유수면을 원유중간기지로 활용하기 위해 1994.3.10 OO도지사로부터 공유수면매립법에 의한 면허를 취득하여 2001.6.27 매립지를 준공한 후 공공용지로 사용되는 매립지 22,814㎡를 제외한 잔여토지 207,099㎡(이하 “쟁점매립지”라 한다)를 취득하였다.

한편, 청구법인은 위 공유수면의 매립과 관련한 공사비에 대하여 1995～2001년까지의 부가가치세 매입세액 O,OOOOO원을 매출세액에서 공제하여 신고하였으나, 1999년 OO지방국세청장(1995～1998년분) 및 2002년 OO지방국세청장(1999～2001년분)의 조사시 위 매입세액이 토지의 조성등과 관련한 매입세액이라는 이유로 불공제하여 부가가치세 O,OOOOO원을 추징하였다.

처분청은 공유수면을 매립·준공한 후 그 대가로 매립지의 소유권을 취득한 경우에는 용역의 공급에 해당된다는 OO지방국세청장의 감사지적에 의거 동 매립지의 매립공사에 소요된 총사업비 OO,OOO,OOO,OOO원을 과세표준으로 하여 2003.2.18 청구법인에게 2001년1기분 부가가치세 O,OOO,OOO,OOO원을 결정고지하고,

또한 당초 OO지방국세청 및 OO지방국세청 조사시 토지의 조성등과 관련한 매입세액이라고 하여 불공제하였던 1995년1기～2001년1기분 부가가치세중 국세부과제척기간이 만료되지 아니한 1998년1기～2001년1기분 부가가치세 O,OOO,OOO,OOO원만을 직권으로 환급결정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.5.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 국세청과 국세심판원에서는 공유수면매립공사에 관련되는 매입세액을 토지조성 등을 위한 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제하다가, 국세청은 1998.5.9 공유수면매립공사비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하는 경우에는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당하는 것으로 유권해석을 변경하였고, 2001.6.28 국세청의 『공유수면매립공사 관련 업무처리지침』에서도 2001.6.30 이전에 준공인가를 받은 매립지의 경우 매립공사에 관련된 매입세액을 공제받은 경우에만 과세하도록 하고서도 청구법인이 2001.6.27 준공인가를 받은 매립지에 대하여 과세대상으로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 소급과세금지원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되어 부당하다.

(2) 설령, 쟁점매립지의 취득이 부가가치세 과세대상이라고 하더라도 처분청이 당초 토지조성 등을 위한 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제하여 추징한 1995년1기～2001년1기분 부가가치세중 1995년1기～1997년 2기분 부가가치세는 국세부과 제척기간이 만료되었다는 사유로 재경정하여 환급하지 아니하고 쟁점매립지의 취득에 대한 매출세액만 과세하는 것은 과세의 합목적성 및 형평성에 반하므로 부과제척기간이 도과되었다는 사유로 환급하지 아니한 매입세액에 상당하는 공사비 부분을 매출세액 과세대상에서 제외하여야 한다.

(3) 처분청이 당초 쟁점매립지 취득과 관련한 공사비에 대하여 토지에 대한 자본적지출이라고 보아 매입세액불공제까지 하고서도 추후 쟁점매립지 취득을 과세대상이라고 하여 부가가치세를 추징하면서 가산세까지 부과하는 것은 협력의무 위반에 대한 제재조치로는 너무 가혹하므로 청구법인에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓 할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보아 가산세부과는 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 국세청예규(법인46015-4613,1999.11.17)를 들어1998.5.9 이전에 공유수면을 매립·준공하고 당해 매립공사에 관련된 매입세액을 공제받지 아니한 경우에는 부가가치세가 과세되지 않는다고 회신하고서도 쟁점매립지의 취득에 대하여 과세하는 것은 부당하다고 주장하나, 동 회신은 1998.5.9 준공이 완료된 상태에 있는 경우에만 적용되는 것이고 2001.6.27 준공된 쟁점매립지에는 적용될 여지가 없는 것이므로 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장은 부당하고,

청구법인은 1999.11월 OO지방국세청에서 공유수면매립공사를 토지관련 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분 이후에도 부가가치세 신고시 계속적으로 동 토지관련 매입세액을 매출세액에서 공제하는 등 과세관청의 공적견해표시를 신뢰하는 어떠한 행위도 한 사실이 없었으며, 또한 2002.1월 OO지방국세청에서 매입세액을 불공제한 처분은 부가가치세법시행령 제48조 제6항(2000.12.29신설)의 “공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다”는 강행규정에 반한 처분이었으므로 이 건 처분이 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장은 부당하다.

(2) 청구법인은 매립지 취득과 관련한 매입세액중 부과제척기간이 경과한 매입세액에 대하여 환급하지 아니하고 매출세액만 과세하는 것은 과세의 합목적성 및 형평성에 반하며 기존의 국세청장의 심사결정례(심사법인99-459, 2000.2.5)에도 배치되는 것이라고 주장하나, 위 심사결정례는 손익의 귀속사업연도에 관한 것으로 “이중과세를 이유로 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 결과가 된다며 신고내용을 인정함이 합당하다”는 내용으로 이 건 부과처분과는 상이하고, 공사비중 부과제척기간이 만료된 분에 대응하는 매출세액을 과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하는 것은 아무런 법적근거가 없으므로 받아들일 수 없다.

(3) 공유수면매립공사용역을 제공하고 공공용지를 제외한 매립지의 소유권을 취득하는 경우 이는 부가가치세가 과세되는 용역의 공급에 해당되고, 과세되는 용역의 공급에 해당되는 이상 동 용역의 공급에 대한 세금계산서를 발행하고 이에 따른 부가가치세 신고를 하여야 함에도 이를 이행하지 아니하여 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건의 다툼은 (1) 공유수면매립면허를 받아 매립공사를 하고 취득한 쟁점매립지에 대하여 이를 용역의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분이 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위배되는지 여부 및

(2) 매립공사용역이 부가가치세 과세대상이라고 하더라도, 부과제척기간이 경과되어 환급받지 못한 매입세액에 상당하는 공사비 부분을 매출세액 과세대상에서 제외하여야 하는지 여부 및

(3) 매립지의 취득이 부가가치세 과세대상이라고 하더라도, 청구법인에게 그 의무이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아 가산세는 부과할 수 없는 것인지의 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하“공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만 부가가치세는 포함하지 아니한다.

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

부가가치세법시행령 제48조【과세표준의 계산】⑥ 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동 법에 의하여 산정한당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.(2000.12.29신설)

부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다.

부가가치세법 제22조【가산세】② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의1, 법인에 있어서는 100분의2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

국세기본법 제15조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의를 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(괄호생략)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. (단서생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제 받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고 기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 살펴본다

(가) OO지방국세청장은 1999.11월 청구법인이 쟁점매립지 공사와 관련하여 1995년1기～1997년2기에 수취한 세금계산서의 매입세액을 공제하여 신고한 데 대하여 동 매입세액을 토지조성 등과 관련한매입세액이라는 이유로 매입세액불공제하여 부가가치세를 추징하였고,

OO지방국세청장은 2002.2월 청구법인이 쟁점매립지 공사와 관련하여 1998년1기～2000년2기에 수취한 세금계산서의 매입세액을 공제하여 신고한 데 대하여 같은 이유로 매입세액불공제하여 부가가치세를 추징하였다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점매립지를 2001.6.27 준공인가받아 취득하자 이를 과세대상으로 보아 매립공사에 소요된 총사업비 OO,OOO,OOO,OOO원을 과세표준으로 하여 이 건 2001년1기분 부가가치세를 과세하고,

위 OO지방국세청장 및 OO지방국세청장이 1999.11월 및 2002.2월 경정시 토지관련매입세액이라고 보아 불공제하여 추징하였던 1995년 1기～2000년 2기 매입세액(O,OOOOO원)중 국세부과제척기간이 만료되지 아니한 1998년 1기～2000년 2기의 매입세액만을 다시 매출세액에서 공제하여 부가가치세 1,101백만원을 환급결정하였다.

(다) 공유수면매립지 취득과 관련된 과세관청의 유권해석 변천내용을살펴보면, 국세청장은 1993.10.13자 예규(부가46015-2447)로 공유수면매립과 관련된 매입세액은 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이라고 유권해석을 하였으나, 재정경제부장관은 1998.5.9자 예규(재소비46015-71)로 공유수면매립법에 의하여 공유수면매립면허를 받은 자가 공유수면을 매립·준공한 후 그 대가로 공사비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하는 경우에는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당된다고 종전의 유권해석을 변경하였으며, 국세청장은 1999.11.17자 예규(부가 46015-4613)로 위 재정경제부 예규는 공유수면매립법에 의하여 공유수면매립면허를 받은 자가 1998.5.9이전에 공유수면을 매립·준공하고 당해 매립공사에 관련된 매입세액을 공제받지 아니한 경우에는 동 매립지의 취득에 대하여 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이라고 그 적용시기에 대한 유권해석을 하였고,국세청은 2001.6.28자로 “공유수면매립공사 관련 업무처리지침”을 마련하여1986년 이전 매립면허분 및 정부투자기관의 매립공사를 포함하여 원칙적으로 2001.7.1 이후 준공인가를 받는 분부터 과세하고, 다만 2001.6.30 이전에 준공인가를 받은 매립공사중 매립공사에 관련된 매입세액을 공제받은 경우에만 과세하도록 다시 그 적용시점을 변경한 사실이 확인된다.

(라) 그러나 대법원판례에서는 위 국세청장의 유권해석이 있기 전인 1992년부터 공유수면매립면허를 받은 법인이 국가 등에 토지매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 매립지 중 일부 토지의 소유권을 취득한 것으로서 위 법인의 용역제공과 매립토지 일부의 소유권 취득과의 사이에는 경제적·실질적 대가관계가 있다고 봄이 상당하므로 매립지조성공사는 부가가치세의 과세대상이 되는 용역의 공급에 해당된다고 판시한 사실이 확인된다.(대법원 1992누2400 ,1992.9.25, 1995누15308, 1996.3.12 같은 뜻임)

(마) 청구법인은 2001.6.28자 국세청장의 “공유수면매립공사 관련 업무지침”에서 2001.6.30이전에 준공된 경우로서 매립공사와 관련된 매입세액을 공제받은 경우에만 공유수면매립지의 취득에 대하여 부가가치세를 과세대상이라고 유권해석을 하고서도 이에 반하여 과세하는 것은 소급과세금지원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이라고 주장하나,

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것(대법원 95누13746, 1996.1.23같은 뜻임)인 바,

이 건의 경우 위 국세청장의 업무지침은 과세관청의 내부문서에 불과하여 과세관청이 납세자에게 공적인 견해표명을 하였다고 보여지지 아니하고, 설사 공적인 견해표명이라고 하더라도 이미 1992년부터 공유수면매립지의 취득에 대하여 부가가치세 과세대상이라는 대법원의 반복된 판례가 있었던 점을 고려하면 위 국세청장의 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 해석이 아니며, 또한 관련법령인 부가가치세법시행령 제48조 제6항이 2000.12.29 신설되어 공유수면매립법에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다고 개정된 점으로 볼 때 위 업무지침은 강행법규에 위반된 유권해석으로 신뢰의 대상이 될 수 없으므로 이 건 과세처분이 소급과세금지원칙 및 신의성실의 원칙 등에 위배된다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

(바) 따라서 처분청이 2001.6.27 준공된 공유수면매립지의 취득을 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점2에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 1999.8월 OO지방국청장 및 2002.1월 OO지방국세청장은 당초 경정시 이 건의 매립공사비중 토지관련 매입세액이라고 보아 매입세액불공제하여 아래 <표1>과 같이 과세한 사실이 확인된다.

OOOOOOOOOOOO OOOO OOOO OOO OOOO

(OOO OOO)

(나) 그 후 처분청은 2003.2.18 쟁점매립지의 취득을 부가가치세 과세대상으로 보아 2001년 1기분 부가가치세 O,OOO,OOO,OOO원을 결정고지하면서 OO지방국세청장 및 OO지방국세청장의 조사시 토지의 조성등과 관련된 매입세액으로 불공제하여 추징하였던 1995년 1기～2000년 2기분 부가가치세 중 국세부과제척기간 만료전인 1998년 1기～2000년 2기분 매입세액만을 직권으로 공제하여 부가가치세O,OOO,OOO,OOO원을 환급결정하였다.

(다) 청구법인은 공유수면매립공사와 관련한 매입세액 중 부과제척기간이 만료하였다는 사유로 매출세액에서 공제하지 아니한 1995년 1기～1997년 2기분의 매입세액과 관련된 사업비를 준공시점(2001년 1기분)의 과세표준으로 보는 총사업비에서 차감하고 나머지 사업비만을 매출세액의 과세대상으로 보아야 한다고 주장하면서 아래 표<1>과 같이 과세대상 공급가액 계산명세를 제시하고 있다.

OOOOOOOOOO OOOOO OOO OOO O OOOO OOOOOO

(OO O O)

(라) 국세부과제척기간이란 국가가 결정·경정등 및 부과처분의 취소를 할 수 있는 기간을 의미하는 것이므로 제척기간이 만료하면 부과권이 장래를 향하여 소멸하게 되어 국가는 더 이상 아무런 결정을 할 수 없는 것(국심2002서3636, 2003.7.7, 재정책460702-28, 1998.4.11)이므로 처분청이 국세부과제척기간이 도과된 과세기간의 토지관련 매입세액을 환급하지 아니한 것은 일단 정당하다고 보여지나,

그렇다고 하더라도 장기의 공사기간이 소요되는 공유수면 매립공사에 대하여 처분청이 당초에 토지취득과 관련된 매입세액이라고 하여 불공제하여 과세한 후 다시 유권해석을 변경하여 매립공사준공시 총사업비를 과세표준으로 하여 부가가치세는 과세하고서도 과거에 불공제하여 과세하였던 매입세액중 국세부과제척기간이 도과된 과세기간의 매입세액을 환급하지 아니하는 것은 이중과세가 되는 문제점이 있어 불합리하다고 보아야 할 것이다.

(마) 또한 과세관청도 이중과세라는 문제점을 해소하기 위하여 위 청구주장과 같은 방법으로 과세한 사실이 국세청장의 과세적부심사결정(과적 201-1017, 2001.12.18)에서 확인되고 있으므로 이 건도 과거에 불공제한 매입세액 및 그 매입액에 상당하는 공급가액을 준공시의 총사업비에서 차감하고 나머지 부분에 대하여만 부가가치세를 과세하는 것이 이중과세 배제 및 공평과세에 부합하는 합리적인 결정으로 판단된다.

(바) 따라서 이 건은 준공시점의 총사업비인 OO,OOO,OOO,OOO원에서 국세부과제척기간이 도과되었다는 이유로 환급하지 아니한 매입세액 OOO,OOO,OOO원 및 동 매입세액관련 공사비 O,OOO,OOO,OOO원 합계O,OOO,OOO,OOO원을 차감한 나머지 금액 OO,OOO,OOO,OOO원만을 과세대상인공급가액으로 보아 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다고 판단된다.

(3)쟁점3에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점매립지의 취득을 부가가치세 과세대상으로 보아 2001년1기분 부가가치세를 과세하면서 세금계산서 미교부가산세 OOO,OOO,OOO원, 신고불성실가산세 OOO,OOO,OOO원 합계 OOO,OOO,OOO원을 가산세로 부과하여 이 건 부가가치세를 결정고지한 사실이 확인된다.

(나) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재이나, 단순한 법률의 무지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없는것(대법원 2002두66, 2002.8.23)인 바,

이 건의 경우 공유수면매립면허를 받은 자가 공유수면을 매립한 후 그 대가로 토지를 취득한 행위가 토지에 대한 자본적지출인지 아니면 용역의 공급에 해당되는지에 대하여 세법해석상 견해의 대립이 있어 처분청 역시 쟁점1에서 살펴본 바와 같이 여러차례 유권해석을 변경한 사실이 확인되고,

청구법인이 당초 쟁점매립지의 취득과 관련된 공사비의 매입세액을 부가가치세 과세대상으로 보아 매출세액에서 공제하여 신고한 데 대하여 과세관청(OO지방국세청장, OO지방국세청장)이 이 건 과세처분전인 1999.11월 및 2002.2월 2차례에 걸쳐 부가가치세 과세대상이 아니라고 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 사실이 확인되는 이 건의 경우 납세의무자인 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 경험칙에 부합한다고 할 것이다.

(다) 그렇다면 처분청이 공유수면매립지의 취득을 부가가치세 과세대상으로 보아 과세하면서 신고불성실가산세 OOO,OOO,OOO원을 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

(라) 다만, 세금계산서미교부가산세에 대하여는 청구법인의 쟁점매립지 취득이 부가가치세 면세대상이라고 하더라도 법인세법 제121조의 규정에 의한 계산서 교부의무가 있는 것이고, 청구법인이 계산서를 교부하지 아니한 사실이 확인되는 이 건의 경우 법인세법 제76조 제9항의 규정에 의한 계산서미교부가산세를 법인세로 부과하여야 하는 것이므로 결과적인 면에서 세금계산서미교부가산세는 면제할 수 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.