1. 원심은, ① 구 한국환경자원공사법(2009. 2. 6. 법률 제9433호로 폐지되기 전의 것)에 따라 폐비닐 재활용·처리·판매 등의 목적으로 설립된 공법인인 한국환경자원공사는 2005년 제1기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중에 농경지에 방치된 폐비닐을 무상으로 수거한 후 지역별 사업소에서 선별한 다음, 즉시 판매가 가능한 폐비닐은 가공 없이 직접 판매하고 그 외의 폐비닐은 자체적으로 재활용 처리를 하여 가공품 등을 생산·판매하며 자체 재활용 처리가 지연된 폐비닐은 외부업체에 위탁하여 처리하여 온 사실, ② 한편 원고는 2010. 1. 1. 한국환경공단법에 따라 한국환경자원공사의 재산과 권리·의무를 포괄승계한 사실(이하 ‘한국환경자원공사’와 ‘원고’를 통칭하여 ‘원고’라고 한다), ③ 그런데 피고들은 원고가 직접 판매하거나 자체 재활용 처리로 생산한 가공품 등을 판매한 것은 과세사업에 해당하지만 그 외에 외부업체에 위탁하여 처리한 것(자체 재활용 처리 후 외부 위탁처리한 부분을 포함한다)은 비과세사업에 해당한다는 이유로 ㉠ 외부 위탁처리와 관련된 매입세액과 ㉡ 국고보조금·단체보조금·환경개선특별회계 출연금(이하 ‘국고보조금 등’이라고 한다)을 비과세공급가액으로 보아 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항 을 유추적용하여 직접 판매 및 자체 재활용 처리와 관련된 공통매입세액을 과세사업의 공급가액과 국고보조금 등의 비율에 따라 안분하여 산정한 매입세액을 각각 불공제한 다음, 2010. 6. 1.부터 2010. 9. 5.까지 원고에게 각 부가가치세 부과처분을 한 사실 등을 인정하였다.

나아가 원심은, 원고가 수행한 폐비닐 수거·처리 용역은 원고의 폐비닐 판매사업에 불가분적으로 수반하여 발생하는 것에 불과하여 별도의 사업으로 보기 어렵고, 원고의 설립 근거가 된 법률이나 원고가 수행한 사업의 성격 등에 비추어 보더라도 원고는 전체적으로 보아 폐비닐을 재활용하는 단일한 과세사업을 수행하고 있을 뿐이며, 원고가 외부업체에 위탁처리 수수료를 지급하고 폐비닐을 처분하는 것은 시설 부족으로 인하여 수집한 폐비닐을 본래의 사업에 사용할 수 없게 되자 재고 관리 비용 등을 낮추기 위한 사업상 목적에 따른 것으로 볼 수 있으므로, 가공품 등의 생산 비용이나 위탁처리와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다는 이유로, 이와 달리 본 이 사건 각 처분은 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

가. 한국환경자원공사의 설립 목적은 기본적으로 공익적 목적에서 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 영위함에 있는 점, 기본적으로 비과세사업을 영위하는 사업자가 그 사업의 수행 과정에서 일부 과세사업을 영위하였다고 하여 사업 전체를 단일한 과세사업으로 보아 매입세액 전부를 공제하는 것은 원칙적으로 과세사업에 관련된 매입세액만을 공제하는 부가가치세제의 기본원리에 반하는 점 등을 종합하여 보면, 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리 등의 비과세사업을 수행하는 과정에서 재활용이 가능한 폐비닐을 판매하는 일부 과세사업을 영위하는 한국환경자원공사는 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 보아야 하므로, 폐비닐을 판매하는 과세사업에 관련되지 아니한 폐비닐 수거·처리 용역에 관한 매입세액은 과세사업에 따른 매출세액에서 공제될 수 없다.

한편 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액의 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다 ( 대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 의 규정을 유추적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호 의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 할 것이다.

나. 원고로부터 폐비닐이나 가공품을 구입하는 거래상대방은 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역과는 무관하게 폐비닐이나 가공품의 대가만을 지급하고 이를 구입할 뿐만 아니라 폐비닐이나 가공품의 생산이나 공급에 원고가 공익적인 목적에서 수행하는 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역이 통상적으로 수반한다고 볼 수도 없다. 또한 원고는 관련 법령에 따라 국가 및 지방자치단체로부터 직접적인 대가관계 없이 국고보조금 등을 교부받아 농업용 폐비닐의 수거·재활용 및 처리에 관한 업무를 수행하고 있으므로, 폐비닐이나 가공품이라는 재화의 공급 이외에 원고가 행하는 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역은 그 스스로의 설립 목적을 달성하기 위하여 행하는 비과세사업에 해당한다. 따라서 원고는 폐비닐이나 가공품의 공급이라는 과세사업 이외에 폐비닐의 재활용 처리 등의 용역의 비과세사업을 그와 별개로 겸영하고 있는 것으로 보아야 한다.

한편 피고들이 불공제 대상으로 삼은 매입세액 중 위탁처리와 관련된 매입세액은 과세사업인 폐비닐이나 가공품의 판매와 관련된 것이 아니므로 이를 매출세액에서 공제할 수 없을 것이나, 직접 판매 및 자체 재활용 처리와 관련된 공통매입세액은 그 실지귀속을 구분할 수 없고 원고가 지급받는 국고보조금 등은 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수도 없으므로, 원심으로서는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호 의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 계산한 다음, 이 사건 각 처분의 적법 여부를 판단하였어야 할 것이다.

그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 각 처분이 전부 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 부가가치세법상 단일한 과세사업의 영위와 과세사업 및 비과세사업의 겸영과의 구별 방법, 한국환경자원공사가 영위하는 사업의 성격에 관한 법리를 오해하여 과세사업과 비과세사업에 대한 공통매입세액의 안분계산 등에 관하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.