가. 청구법인은 2008년 7월부터 2013년 3월까지 OOO 소재 특수관계자인 OOO(이하 “쟁점판매자”라 한다)로부터 의약품 및 의료기기 등을 수입하여 왔는데, 처분청은 해당 수입물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받았다고 보아 이를 부인하고 「관세법」 제33조에 따라 국내판매가격을 기초로 과세가격을 결정(이하 “제4방법”이라 한다)하여, 2013.7.1. 청구법인에게 관세 등 합계 OOO원을 경정․고지(이하 “원처분”이라 한다)하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.26. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2014.4.30. 위 수입물품의 거래가격이 특수관계에 영향을 받았으나 제4방법 적용시 국내판매가격에서 할인 및 장려금 등을 공제하지 아니한 채 과세가격을 산정한 부분에 대하여 재조사결정(조심 2013관285, 이하 “쟁점재조사결정”이라 한다)을 하였다.

다. 처분청은 쟁점재조사결정에 따라 재조사를 실시하여, 청구법인이 2008.7.14.부터 2012.12.31.까지 수입신고번호 OOO으로 수입한 의약품 및 의료기기(이하 “선행수입물품”이라 한다)의 과세가격을 제4방법으로 결정하여 청구법인에게 관세 등 합계 OOO원을 경정․고지(이하 “선행처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 선행처분에 불복하여 행정소송을 제기하였는데, OOO법원은 선행수입물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받았으나 제4방법을 적용하는 과정에서 동종․동류비율 산정시 비교대상업체 선정에 오류가 있고, 2012.7.1. 이전에 수입신고된 선행수입물품에 관세청장이 정한 바에 따라 산출한 통상적인 이윤 및 일반경비율(이하 “기준비율”이라 한다)을 적용하지 아니함에 따라 이윤 및 일반경비 인정신청 기회(이하 “인정신청권”이라 한다)를 부여하지 아니한 절차상 하자가 있다는 등의 이유로 선행처분을 취소하는 판결[OOO법원 2018.12.4. 선고 2017누40015 판결(2018.12.27. 확정), 이하 “선행판결”이라 한다]을 하였다.

마. 처분청은 처분청의 미상고로 확정된 선행판결에 따라 선행처분을 취소한 후, 선행판결에서 지적한 비교대상업체 선정 방법의 시정 및 2012.7.1. 이전 선행수입물품에 대해서는 기준비율 적용 및 인정신청권 부여 등 절차상 하자를 치유한 후, 선행처분 대상 중 수입신고번호 OOO으로 수입신고된 의약품 및 의료기기(이하 “쟁점물품”이라 한다)의 과세가격을 제4방법으로 결정하여, 2019.12.20. 및 2019.12.26. 청구법인에게 관세 OOO원, 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지(이하 “쟁점처분”이라 하다)하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여, 2020.3.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점처분은 특례제척기간 적용대상이 아니므로 취소되어야 한다.

특례제척기간은 ‘납세의무자의 청구를 인용하는 판결 또는 결정내용에 따라 새로운 과세처분이 불가피한 경우’를 위한 것(헌법재판소 2012.12.18. 선고 2002헌바27 결정, 이하 “쟁점헌재결정”이라 한다)이고, 특례제척기간 관련 규정의 “판결”이란 ‘그 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 행하지 않으면 안 되는 판결’을 의미(대법원 2005.2.25. 선고 2004두11459 판결)한다.

선행판결은 처분청의 과세가격 산정방법이 위법하므로 선행처분이 취소되어야 한다는 것일 뿐이므로 ‘그 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 행하지 않으면 안 되는 판결’에 해당하지 않고, 처분청이 선행처분 당시 제4방법에 의하여 적법한 자료로 과세가격을 산정하였다면 당초 청구법인이 신고한 가격이 적정하여 선행처분이 필요하지 않았을 것이므로 선행판결은 재처분이 필요불가결하고 재처분의 내용이 명확한 경우라고 볼 수 없다.

더구나 현재 관세청에서 운용 중인 심사정보시스템에 의하면 적정한 비교대상업체 선정 자체가 불가능하여 쟁점처분도 선행처분과 동일하게 비교대상업체 선정의 위법이 존재할 수밖에 없는바, 선행판결이 지적한 비교대상업체 선정의 위법성을 다시 쟁송절차를 거쳐 따져 보아야 하는 상황이고, 2012.7.1. 이전에 수입신고된 쟁점물품에 대해서는 구 「관세법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23602호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전 시행령”이라 한다)상 기준비율로 변경하여 적용하였으며, 청구법인의 인정신청도 배척하여 실질적으로 선행판결이 지적한 근거법령을 변경할 수 없다는 위법성이 그대로 존재한다.

특히, 선행판결에서 2012.7.1. 이전에 수입신고된 쟁점물품과 관련하여 지적한 ‘청구법인에게 인정신청권을 부여하지 아니하였다는 것’은 단순히 절차상 하자를 지적한 것이 아니라, 선행처분 당시 청구법인이 인정신청권을 행사하지 못한 이상 그 신청으로 인한 인정비율에 따라 부과되었을 세액을 알 수 없으므로 처분사유 변경을 허용할 수 없다는 것인바, 처분청이 쟁점처분시 청구법인에게 인정신청권을 부여하였다고 하여 그 위법성이 해소될 수 없다.

과세관청이 과세요건에 대한 입증책임을 다하지 못하여 과세처분을 취소한 판결이 확정된 경우 재처분을 허용하게 된다면 처분청에게 무한정 입증의 기회를 주는 상식에 반하는 결과가 발생하고, 이는 사실상 합리적인 과세가격 산정방법에 대한 책임을 납세자에게 전가하는 것이며, 결국 처분청은 합리적인 과세가격 산정방법 및 소송수행의 해태에 대한 아무런 책임도 부담하지 않는 부당한 결과가 된다.

따라서 쟁점처분은 「관세법」 제21조 제2항의 ‘판결에 따른 필요한 처분’에 해당하지 아니하므로 제척기간을 도과하여 위법하고, 처분청이 처분의 적법성에 대한 입증책임을 다하지 못하여 내려진 선행처분의 취소 판결을 무용화하는 것이므로 취소되어야 한다.

(2) 쟁점물품의 거래가격은 특수관계에 의해 영향을 받지 아니하였다.

처분청과 선행판결은 과세가격의 평가는 개별물품 단위로 이루어지므로 개별물품에 대한 수입가격을 정함에 있어 다른 수입가격을 감안하여 결정하는 것 자체가 특수관계에 영향을 받은 것으로 보아야 하고, 청구법인과 쟁점판매자가 목표이익률이 0% 미만인 수입물품의 거래가격은 조정할 수 없으므로 경쟁력이 있는 쟁점물품의 거래가격을 조정하여 청구법인의 전체 목표이익률을 조정하였다 하여 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받은 것으로 판단하였다.

그러나 청구법인은 특수관계를 이용하여 인위적으로 쟁점물품의 거래가격을 정한 것이 아니라 쟁점판매자와의 협상을 통하여 각 쟁점물품의 거래가격을 결정하였는바, 동종업계의 연도별 영업이익률의 범위 내에서 청구법인 전체의 목표 영업이익률(EBIT) 수준을 유지하면서 각 품목별 연간 예상매출액에서 연도별 평균 운영경비를 공제한 원가를 예상 수입가격으로 잡아 협상을 하는데, 다수의 품목을 동시에 거래하는 사업자들이 일괄 가격협상(Package Deal)을 통해 전체 이익수준에 따라 일부 품목의 가격은 양보하고 일부 품목의 가격은 유리하게 협상을 전개하는 것은 협상의 기본이자 거래 현실로 특수관계와는 관련이 없다.

예를 들어, 구매자는 OOO원에 물품을 구매하려고 하는데 판매자의 판매가격이 각각 OOO원인 A․B․C 물품을 개별물품별로 협상한다면 C물품에 대해서는 거래가 이뤄지지 않지만, 세 물품을 동시에 협상한다면 합계 OOO원에 매매계약이 성립될 수 있는바, 청구법인은 이익이 많이 남는 주력 의약품 외에 이익을 남기지 못하는 의료기기 등도 같이 판매하는데, 쟁점판매자가 원가 부담으로 청구법인의 가격인하를 받아들이지 않을 경우 청구법인은 수입원가 수준에서 판매하여야 하는 경우가 발생한다.

한편, 선행판결은 OOO(이하 “OOO등”이라 한다)와 관련하여 2009년 및 2010년 OOO등의 보험수가 및 국내 도매상에게 공급하는 가격이 거의 변동이 없었음에도 목표 영업이익률이 상승하고 수입가격이 인하된 것을 청구법인의 이익을 보전하기 위하여 특수관계를 이용하여 OOO등의 수입가격을 인위적으로 낮춘 것으로 판단하였으나, OOO등의 가격인하는 2011.8.12. 보건복지부의 「8.12. 약가제도 개편 및 제약산업 선진화 방안」에 따라 보험수가 인하가 예정된 상황에서 쟁점판매자와 협의하여 수입가격을 인하하게 된 것이고, 그 후 청구법인의 노력에 따라 OOO등이 보험수가 인하 대상에서 제외되었기 때문에 이익률이 높아졌을 뿐 수입가격을 인위적으로 조작한 것이 아니다.

또한, 선행판결은 청구법인이 전체 목표이익률(EBIT)을 영업이익 수준에 따라 조정한 것이 청구법인과 쟁점판매자 간 목표이익률을 조정하고 쟁점물품의 거래가격을 조정하는 방법으로 실현한 것으로 이는 특수관계에 있지 않았다면 있을 수 없는 일이라고 판단하였으나, 청구법인이 2010년 목표 영업이익률을 종전 5% → 8%로 인상한 것은 2008년 및 2009년 연이은 적자를 개선하기 위하여 수입가격 인하를 통한 원가절감 및 판매관리비 등을 절감한 것이고, 영업상황이 개선된 후에는 쟁점판매자로부터 수입가격 인상요구가 있어 2012년부터 다시 목표 영업이익률을 8% → 5%로 낮춘 것으로 특수관계의 영향과는 관계가 없다.

한편, 처분청은 쟁점처분시에도 개별 수입물품별로 거래가격의 특수관계 영향여부를 검토한 것이 아니라, 청구법인의 전체 목표 영업이익률을 산정하면서 쟁점물품별 이익률을 천차만별이 되도록 거래가격을 책정하였으므로 그 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받았다고 판단하였는바, 이는 전체 수입물품에 대한 가격결정 방식에 대한 것이므로 전체 수입물품에 대하여 거래가격을 부인하고 제4방법을 적용하여 과세하였어야 함에도, 제4방법에 따라 산정한 과세가격보다 거래가격이 낮은 쟁점물품에 대해서만 제4방법에 따라 과세하고, 제4방법에 따라 산정한 과세가격보다 거래가격이 더 높은 수입물품에 대해서는 환급해 주지 아니하고 거래가격을 인정하는 선택적 과세(Cherry Picking)를 한 것으로 관세평가방법을 순차적으로 적용하여야 한다는 「관세법」의 규정에 위반되고, 그 자체로 모순되며 자의적인 위법한 처분이다[OOO지방법원 2016.10.27. 선고 2015구합21347 판결 및 조심 2013관284(2014.9.3.), 같은 뜻].

(3) 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

선행판결은 제4방법으로 과세한 선행처분이 비교대상업체의 선정 및 동종․동류비율 산정 자료의 신뢰성을 담보할 수 없으므로 위법하다고 판단하였는바, 백 보를 양보하여 처분청이 제4방법으로 재처분을 할 수 있다 하더라도 선행처분의 위법성이 이미 확인되었으므로 청구법인이 제4방법에 따라 산출되는 과세가격과 거래가격의 차액에 대한 관세 등을 신고납부하지 아니한 데에는 어떠한 의무해태도 없고, 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점처분은 판결에 따른 필요한 처분에 해당하므로 특례제척기간 적용대상이다.

특례제척기간의 입법 취지는 선행처분의 취소가 확정된 경우, 재처분이 필요한 경우임에도 불구하고 통상제척기간에 의하여 재처분의 가능성이 차단되는 것을 방지하여 올바른 세법의 적용을 통하여 납세의무를 부담하게끔 보장하는 역할에 있고, 납세자에게 불리한 경우에도 적용되어야 한다는 견해가 통설적이며, 판례 및 헌법재판소도 같은 입장(쟁점헌재결정 및 대법원 1996.5.10. 선고 93누4885 판결, 같은 뜻)인바, 다수의 판결(대법원 2002.7.23. 선고 2000두6237 판결 등)에서도 기초적 사실관계가 동일하거나 과세단위가 동일한 경우에는 특례제척기간이 적용되고 이를 배척한 사례를 찾기 어렵다.

처분청은 선행판결이 지적한 하자를 치유하기 위하여 2012.7.1. 이전에 수입신고된 쟁점물품과 그 이후에 수입신고된 쟁점물품에 대해 각각 그 시기에 부합하는 적법한 방법으로 재처분하였고, 특히 쟁점처분시 재산정된 인정비율 및 동종․동류비율은 ‘불이익변경 금지 원칙’에 따라 선행처분시의 동종․동류비율보다 높은 경우에만 인정비율을 적용하고, 낮은 경우에는 선행처분시의 동종․동류비율을 적용하여 2009년 및 2012년 수입신고건은 감액이 발생하였고, 2008년, 2010년 및 2011년 수입신고건은 선행처분과 동일한 금액으로 재처분이 이루어졌다.

청구법인은 처분청이 쟁점처분시 2012.7.1. 이전에 수입신고된 쟁점물품에 대하여 개정전 시행령 등에 따라 기준비율을 적용하였고, 청구법인의 인정신청을 배척하였으므로 선행판결의 근거법령을 변경할 수 없다는 위법성이 그대로 존재한다고 주장하나, 선행판결은 근거법령을 변경할 수 없다고 판단한 것이 아니라 인정신청권을 부여하지 아니한 상태에서 처분사유를 변경할 수 없다는 것이므로 이와 관련된 청구주장은 선행처분의 하자를 모두 보완하여 처분의 근거법령을 바꿀 필요가 없는 쟁점처분과는 직접 관련이 없고, 처분청은 쟁점처분시 청구법인에게 2012.7.1. 이전에 수입신고된 쟁점물품에 대하여 인정신청권을 부여하였으나 청구법인이 제시한 인정비율은 청구법인의 품목별 매출총이익률로 기준비율의 100분의 120을 모두 초과하여 구 「관세법 시행규칙」(2012.2.28. 기획재정부령 제273호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전 시행규칙”이라 한다) 제6조에 따라 이를 인정할 수 없었다.

한편, 청구법인은 처분청이 쟁점처분시에도 관세청 심사정보시스템에 의해 비교대상업체를 선정하였으므로 선행판결에서 지적한 비교대상업체 선정 등 동종․동류비율 산정 오류의 위법성이 그대로 존재한다고 주장하나, 관세청은 2016.4.23. ‘제4세대 국가관세종합정보망시스템’(이하 “국종망”이라 한다)을 개통한 후, 2018년 12월말경 추가로 ‘CDW 테이블 구축 및 심사정보시스템’을 개선하여 제4세대 국종망 ‘이윤 및 일반경비 산정’ 화면에서 각 기업의 수입 당시의 업종 조회가 가능하게 되었는바, 쟁점처분시에는 선행판결에서 촉구한 바와 같이 수입 당시의 업종정보를 기초로 외감여부 및 감사의견 적정 등 다른 조건을 모두 충족하는 업체를 비교대상업체로 선정하는 등 동종․동류비율과 관련된 하자를 모두 치유하여 재처분하였다.

(2) 특수관계 영향여부와 관련된 청구주장은 확정된 선행판결에 반하는 것이므로 이유 없다.

청구법인은 선행판결이 확정되었음에도 불구하고 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받지 않았다고 주장하나, 선행판결에서는 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받았다고 명백히 판단하였고, 이는 그대로 확정되었는바, 이와 관련된 청구주장은 확정된 선행판결에 반하는 것이어서 이유 없다.

또한, 선택적 과세와 관련된 청구주장 역시 선행판결에 의해 배척되었으므로 이유 없고, 이와 관련하여 청구법인이 제시한 판례(OOO지방법원 2016.10.27. 선고 2015구합21347 판결)는 OOO법원에서 위 선행판결과 같은 취지로 취소(OOO법원 2017.6.30. 선고 2016누23820 판결)되었으며, 청구법인이 제시한 조세심판원의 결정(조심 2013관284)은 처분청이 과거 관세조사시 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받지 않았다고 판단하였던 사정 등을 들어 재조사한 사건으로 이 건과 그 사실관계 및 쟁점이 상이하므로 이 건에 동일하게 적용될 수 없다.

(3) 이 건 가산세 부과처분은 적법․타당하다.

쟁점물품의 거래가격은 청구법인과 쟁점판매자 간 특수관계에 의해 영향을 받아 저가로 신고되었고, 처분청이 정당한 세액을 산정하여 부족세액을 징수하면서 이에 대한 가산세를 부과한 것인바, 애당초 청구법인의 수입신고가격 자체가 잘못되어 과세처분이 불가피하였던 이상 청구법인이 쟁점물품 수입신고시 성실신고의무를 다하였다고 볼 수 없고, 그러한 사정은 선행판결에 의해 명백히 인정되었으므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 이 건 처분이 특례제척기간 적용대상이 아니라는 청구주장의 당부

② 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받지 아니하였다는 청구주장의 당부

③ 가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 OOO 소재 OOO의 자회사인 OOO가 각각 50%씩 출자하여 설립된 회사이고 쟁점판매자는 OOO의 자회사로 청구법인과 쟁점판매자는 「관세법 시행령」 제23조 제1항에 따른 특수관계자에 해당하며, 청구법인과 쟁점판매자는 청구법인의 품목별 예상 국내판매가격에서 예상 관세 및 운임, 예상 판매 및 일반관리비용 등을 고려하여 일정 목표이익률이 달성될 수 있도록 역산하여 쟁점물품의 거래가격을 결정하는데, 청구법인의 전체 목표이익률을 맞추기 위하여 개별품목별 목표이익률을 달리 산정하여 각 개별품목별 거래가격을 결정한 것으로 나타난다.

(나) 처분청은 2013.4.8.부터 2013.4.19.까지 청구법인에 대하여 관세조사를 실시하여 선행수입물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받았다고 보아, 2013.7.1. 원처분 및 쟁점재조사결정에 따라 2015.9.15. 선행처분을 하면서, 2012.2.2. 대통령령 제23602호로 개정된 「관세법 시행령」 부칙 제1조에 따라 2012.7.1. 이전에 수입된 선행수입물품에는 제4방법 적용시 종전 규정에 의한 기준비율 적용 및 인정신청권을 부여하고, 그 이후에 수입된 선행수입물품에는 개정된 시행령 제27조 제4항에 의한 동종․동류비율을 적용하였어야 함에도 불구하고, 2012.7.1. 이전에 수입된 선행수입물품에 기준비율을 적용하는 것보다 동종․동류비율을 적용하는 것이 청구법인에게 유리하다고 보아, 기준비율을 적용하지 아니하고(따라서 청구법인에게 인정신청권을 부여하지 아니하였다) 동종․동류비율을 적용하여 원처분 및 선행처분을 하였다.

(다) 청구법인은 이에 불복하여 행정소송을 제기하였는데, OOO법원은 선행판결에서 선행수입물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받았다고 판단하였고, 동일한 거래가격 결정방법을 선택한 다른 수입물품은 과세하지 아니하고 선행수입물품에만 과세하여 위법하다는 청구주장도 받아들이지 아니하였으나,

처분청이 제4방법 적용시 2012.7.1. 이전에 수입신고된 선행수입물품에 기준비율이 아닌 동종․동류비율을 적용하여 청구법인의 인정신청권을 박탈한 절차적 위법이 있고, 동종․동류비율 산정시 수입신고 당시의 동종․동류물품의 수입업체를 비교대상업체로 선정하였어야 함에도 처분 당시 업종을 기준으로 비교대상업체를 선정하여 관련 법령과 고시에 위배되어 위법하며, 소송자료만으로는 선행수입물품에 대한 정당한 세액을 산출할 수 없으므로 선행처분 전부를 취소한다는 취지로 판결하였고, 처분청 및 청구법인 모두 상고를 제기하지 아니하여 선행판결은 2018.12.27. 확정되었다.

(라) 처분청은 2019.1.18. 선행처분을 취소하고 청구법인에게 해당 세액을 모두 환급한 후, 2012.7.1. 이전에 수입신고된 쟁점물품에 대해서는 기준비율 통보 및 ‘인정신청’ 기회를, 2012.7.1. 이후에 수입된 쟁점물품에 대해서는 동종․동류비율 통보 및 ‘이의제기’ 기회를 부여OOO하였다.

(마) 청구법인은 2019.11.1. 처분청에 기준비율이 불합리하므로 청구법인의 이윤 및 일반경비율을 인정하여 달라는 취지의 ‘인정신청’을, 2019.11.14. 처분청에 쟁점물품에 대한 재처분은 불가하다는 취지 및 동종․동류비율을 적용하는 것이 불합리하므로 청구법인의 이윤 및 일반경비율을 적용하여 달라는 취지의 동종․동류비율에 대한 ‘이의제기’를 하였고,

관세평가분류원장은 청구법인의 ‘인정신청’과 관련하여 2019.11.11., 2019.11.19. 및 2019.12.2. 청구법인과 사전상담 및 의견조회 등을 거쳐 2019.12.7. 청구법인에게 ‘인정비율’을 통보OOO하였으며, 동종․동류비율에 대한 ‘이의제기’와 관련하여 2019.12.17. 청구법인에게 이의제기를 불수용한다는 취지와 함께 수입신고 당시의 업종을 기준으로 비교대상업체를 선정한 후 동종․동류비율을 산정하였다는 취지 등을 통보OOO하였다.

(바) 한편, 관세청 법인심사과장은 2018.8.30. 정보관리과장 및 정보개발팀장에게 징수시스템상 신용평가정보 업종 변경 이력을 심사시스템에 구축하여 이윤 및 일반경비 산정시 회계연도별로 해당 업종에 속하는 비교대상업체가 선정되도록 CDW 테이블 구축 및 시스템 개선을 요청OOO한 것으로 나타난다.

(사) 처분청은 2019.12.20. 청구법인에게 선행판결의 패소원인인 인윤 및 일반경비율(2017.7.1. 이전은 기준비율, 2017.7.1. 이후는 동종․동류비율)의 산정․적용 관련 오류사항을 치유하고, 인정신청권 부여 및 이의제기 기회를 부여한 후 최종적으로 결정된 인정비율과 동종․동류비율 및 이를 적용하여 쟁점처분을 한다는 취지를 통보OOO하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 보건대, 청구법인은 특례제척기간을 적용하여 다시 쟁점처분을 하는 것은 위법하다는 취지로 주장하나, 절차하자 등으로 처분이 취소되는 등 납세자에게 불리한 경우라 하더라도 특례제척기간에 그 하자를 치유하여 재처분할 수 있다 할 것인바(쟁점헌재결정 및 대법원 2002.1.25. 선고 2001두9059 판결 등, 같은 뜻임), 「관세법」 제21조 제2항 제3호에서 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 판결이 확정된 경우 그 날부터 1년이 지나기 전까지는 판결에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있는데, 쟁점처분은 선행판결 확정일부터 1년 이내에 선행판결의 하자를 치유하여 재처분된 것인 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 보건대, 청구법인은 쟁점물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받지 아니하였다는 등의 취지로 주장하나, 선행판결에서 이미 선행수입물품의 거래가격이 특수관계에 의해 영향을 받았다고 판결하였고, 그대로 확정된 점 등에 비추어, 이에 대한 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 보건대, 청구법인은 선행판결에서 선행처분의 위법성이 확인되었으므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 취지로 주장하나, 청구법인이 애당초 선행수입물품의 수입신고시 특수관계에 의해 그 거래가격을 낮게 신고하여 선행처분이 이루어졌고, 쟁점처분은 선행판결에서 지적한 제4방법 적용시 오류사항 및 절차적 위법사항만을 시정하여 당초 처분세액의 범위 내에서 재처분이 이루어진 것이므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」 제131조와 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 관세법

제21조[관세부과의 제척기간] ① 관세는 해당 관세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 지나면 부과할 수 없다. 다만, 부정한 방법으로 관세를 포탈하였거나 환급 또는 감면받은 경우에는 관세를 부과할 수 있는 날부터 10년이 지나면 부과할 수 없다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제1호부터 제5호까지의 결정ㆍ판결이 확정되거나 회신을 받은 날부터 1년, 제6호에 따른 경정청구일 및 제7호에 따른 결정통지일로부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결ㆍ회신 또는 경정청구에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

3. 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 판결이 있은 경우

제30조[과세가격 결정의 원칙] ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 거래가격을 해당 물품의 과세가격으로 하지 아니하고 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정한다. 이 경우 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 판단하는 근거를 납세의무자에게 미리 서면으로 통보하여 의견을 제시할 기회를 주어야 한다.

4. 구매자와 판매자 간에 대통령령으로 정하는 특수관계(이하 “특수관계”라 한다)가 있어 그 특수관계가 해당 물품의 가격에 영향을 미친 경우

제33조[국내판매가격을 기초로 한 과세가격의 결정] ① 제30조부터 제32조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정할 수 없을 때에는 제1호의 금액에서 제2호부터 제4호까지의 금액을 뺀 가격을 과세가격으로 한다. 다만, 납세의무자가 요청하면 제34조에 따라 과세가격을 결정하되 제34조에 따라 결정할 수 없는 경우에는 이 조, 제35조의 순서에 따라 과세가격을 결정한다.

1. 해당 물품, 동종ㆍ동질물품 또는 유사물품이 수입된 것과 동일한 상태로 해당 물품의 수입신고일 또는 수입신고일과 거의 동시에 특수관계가 없는 자에게 가장 많은 수량으로 국내에서 판매되는 단위가격을 기초로 하여 산출한 금액

2. 국내판매와 관련하여 통상적으로 지급하였거나 지급하여야 할 것으로 합의된 수수료 또는 동종ㆍ동류의 수입물품이 국내에서 판매되는 때에 통상적으로 부가되는 이윤 및 일반경비에 해당하는 금액

3. 수입항에 도착한 후 국내에서 발생한 통상의 운임ㆍ보험료와 그 밖의 관련 비용

4. 해당 물품의 수입 및 국내판매와 관련하여 납부하였거나 납부하여야 하는 조세와 그 밖의 공과금

제42조[가산세] ① 세관장은 제38조의3 제1항 또는 제6항에 따라 부족한 관세액을 징수할 때에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 징수한다. 다만, 잠정가격신고를 기초로 납세신고를 하고 이에 해당하는 세액을 납부한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 전부 또는 일부를 징수하지 아니한다.

1. 해당 부족세액의 100분의 10

2. 다음의 계산식을 적용하여 계산한 금액

　해당 부족세액 × 당초 납부기한의 다음 날부터 수정신고일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

(2) 관세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23602호로 개정되기 전의 것)

제27조[수입물품의 국내판매가격 등] ④ 법 제33조 제1항 제2호의 규정에 의한 이윤 및 일반경비는 일체로서 취급하며, 일반적으로 인정된 회계원칙에 따라 작성된 회계보고서로서 납세의무자가 제출하는 회계보고서를 근거로 하여 계산한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 바에 따라 조정한 이윤 및 일반경비를 적용한다.

1. 납세의무자가 제출한 회계보고서를 근거로 계산한 이윤 및 일반경비가 당해 물품이 속하는 업종에 통상적으로 발생하는 이윤 및 일반경비로서 관세청장이 정하는 바에 따라 산출한 이윤 및 일반경비의 범위에 해당하지 아니하는 경우

2. 납세의무자가 이윤 및 일반경비를 제시하지 아니하는 경우

제39조[가산세] ② 법 제42조 제1항 단서에서 “잠정가격 신고를 기초로 납세신고를 하고 이에 해당하는 세액을 납부한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

5. 신고납부한 세액의 부족 등에 대하여 납세의무자에게 정당한 사유가 있는 경우

(3) 관세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23602호로 개정된 것)

제27조[수입물품의 국내판매가격 등] ④ 법 제33조 제1항 제2호에 따른 이윤 및 일반경비는 일체로서 취급하며, 일반적으로 인정된 회계원칙에 따라 작성된 회계보고서를 근거로 하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다.

1. 납세의무자가 제출한 회계보고서를 근거로 계산한 이윤 및 일반경비의 비율이 제5항 또는 제7항에 따라 산출한 이윤 및 일반경비의 비율(이하 이 조에서 “동종ㆍ동류비율”이라 한다)의 100분의 110 이하인 경우: 납세의무자가 제출한 이윤 및 일반경비

2. 제1호 외의 경우: 동종ㆍ동류비율을 적용하여 산출한 이윤 및 일반경비

⑦ 납세의무자는 세관장이 산출한 동종ㆍ동류비율이 불합리하다고 판단될 때에는 해당 납세의무자의 수입물품을 통관하였거나 통관할 세관장을 거쳐 관세청장에게 이의를 제기할 수 있다. 이 경우 관세청장은 해당 납세의무자가 제출하는 자료와 관련 업계 또는 단체의 자료를 검토하여 동종ㆍ동류비율을 다시 산출할 수 있다.

부칙

제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제1조, 제34조 제2항, 제39조 제2항ㆍ제3항, 제135조의2부터 제135조의4까지, 제168조의2의 개정규정은 2012년 3월 1일부터 시행하고, 제1조의3 제6항, 제27조 제4항부터 제7항까지, 제35조, 제144조, 제147조, 제148조, 제153조의2, 제154조, 제187조 제6항, 제188조 제4항 및 제231조 제4항의 개정규정은 2012년 7월 1일부터 시행한다.

제2조[일반적 적용례] 이 영은 이 영 시행 후 최초로 수출입신고하는 분부터 적용한다.

(4) 관세법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제273호로 개정되기 전의 것)

제6조[납세의무자가 제시한 이윤 및 일반경비의 인정기준] ① 영 제27조 제4항 제1호의 규정에 의하여 납세의무자가 제출한 회계보고서를 근거로 하여 계산한 이윤 및 일반경비의 비율이 관세청장이 정하는 바에 따라 산출한 통상적인 이윤 및 일반경비의 비율(이하 “기준비율”이라 한다)의 100분의 120을 초과하는 때에는 당해 기준비율의 100분의 120에 해당하는 금액을 이윤 및 일반경비로 인정하며, 영 제27조 제4항 제2호의 규정에 의하여 납세의무자가 이윤 및 일반경비를 제시하지 아니하는 때에는 당해 기준비율에 해당하는 금액을 이윤 및 일반경비로 인정한다.

② 납세의무자는 당해 사업의 특성, 업종구분의 부적정 등으로 기준비율의 적용이 불합리하다고 판단되는 때에는 당해 수입물품을 통관하였거나 통관할 세관장을 거쳐 관세청장에게 당해 납세의무자의 수입물품에 적용하고자 하는 이윤 및 일반경비의 인정을 신청할 수 있다. 이 경우 관세청장은 당해 납세의무자가 제출하는 자료와 관련업계 또는 단체의 자료를 검토하여 당해 납세의무자의 수입물품에만 적용될 이윤 및 일반경비를 산출한 후 이를 적용할 수 있다.

(5) 관세법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제273호로 개정된 것)

제6조 ＜삭제＞

부칙

제2조[일반적 적용례] 이 규칙은 이 규칙 시행 후 최초로 수출입신고하는 분부터 적용한다.

(6) 수입물품 과세가격 결정에 관한 고시(2012.7.2. 관세청고시 제2012-19호로 개정되기 전의 것)

제4-5조[이윤 및 일반경비의 인정 신청] ① 납세의무자는 당해 수입물품이 속하는 업종의 기준비율이 없거나 기준비율을 적용하는 것이 불합리하다고 판단하는 때에는 규칙 제6조 제2항 규정에 따라 이윤 및 일반경비의 인정을 신청(이하 “인정신청”이라 한다)할 수 있다.

(7) 수입물품 과세가격 결정에 관한 고시(2012.7.2. 관세청고시 제2012-19호로 개정된 것)

제4-5조[동종·동류비율 산출] ① 동종·동류비율을 산출하기 위한 비교대상업체 선정은 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 동종·동류의 수입물품에 대한 품목번호의 범위는 납세의무자의 수입신고 실적을 고려하여 결정한다.

2. 비교대상업체의 업종범위는 당해업종과 연계업종을 고려하여 결정한다.

⑦ 세관장은 최종 확정된 동종·동류비율에 대하여 동종·동류비율 산출내역서(별지 제2호 서식)를 작성하여 납세의무자에게 통보하여야 한다.

제4-6조[동종·동류비율 이의제기] ① 납세의무자는 세관장이 통보한 동종·동류비율이 불합리하다고 판단될 때에는 영 제27조 제7항 및 제288조 제2항의 규정에 따라 납세의무자의 수입물품을 통관하였거나 통관할 세관장을 거쳐 관세평가분류원장에게 이의를 제기할 수 있다.