가.청구인은 OOO OOO에 소재하는 OOOOO(주)(141-81-*****, 이하 “쟁점①법인”이라 한다)에서 2007.1.1. ～ 2007.8.31. 근무하다가 2007.9.1.부터 OOO OOO에 소재하는 (주)OOOO(113-81-*****, 이하 “쟁점②법인”이라 한다)에 근무한 후 2008년 5월 처분청에 2007년 귀속 종합소득세 확정신고를 하면서 쟁점①법인 및 쟁점②법인으로부터 2007년 귀속 근로소득 연말정산 환급세액을 지급받지 못하였다고 하여 환급세액 543,260원(이하 “쟁점환급세액”이라 한다)을 신고하여 환급받았다.

나. 처분청은 쟁점①법인과 쟁점②법인이 청구인의 근로소득지급명세서를 포함하여 정상적으로 연말정산을 신고하고 이에 따라 환급세액을 지급하였음에도 청구인이 2007년 귀속 종합소득세 신고시 환급받은 사실을 확인하고 이를 이중환급이라 하여 2010.2.16. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 647,360원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.15. 이의신청을 거쳐 2010.4.15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2007년도에 쟁점①법인과 쟁점②법인에 근무하였으나 회사의 어려움으로 2007년 귀속 연말정산분에 대하여 환급을 받지 못하여 2008년 5월에 기 납부한 소득세에 대하여 처분청에 종합소득세 확정신고를 하여 정당하게 환급받았음에도 이를 이중환급이라하여 과세하였으므로 이 건 처분은 취소함이 타당하다.

나. 처분청 의견

쟁점①법인은 2008년 1월 OOO세무서장에게 청구인 외 2007년 귀속 중도퇴직자 연말정산 신고서를 제출하였고, 환급세액 105,120원이 발생하였으나, 동 환급세액은 「소득세법 시행령」 제201조 제1항의 규정에 의하여 2008년 1월에 납부하여야 할 근로소득세에서 조정되어 환급되었으며,쟁점②법인은 2008년 2월 OO세무서장에게 2007년 귀속 연말정산 신고를하여 환급세액 13,001,200원이 발생하였으나, 「소득세법 시행령」 제201조 제1항에 의하여 2008년 2월에 납부하여야 할 근로소득세에서 조정되어 환급되었으므로 적법하게 환급이 이루어졌음에도 불구하고 회사로부터 환급세액을 지급받지 못하였다는 이유로 종합소득세 확정신고에 의해 환급을 받았는 바, 이는 이중환급에 해당하므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청이 근로소득자인 청구인과 원천징수의무자에게 이중으로 환급한 세액을 추징한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2009.12.31, 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)

제80조 【결정과 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제1호의 2 및 제1호의 3의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

제137조 【근로소득세액의 연말정산】①주된 근무지의 원천징수의무자가당해연도의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해연도의 근로소득금액 또는 퇴직하는 달까지의 당해연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 후당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.

② 제1항의 경우에 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세가 당해 종합소득산출세액에서 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 금액을 초과하는 때에는그 초과액은 당해 근로소득자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급하여야 한다.

(2) 소득세법 시행령

제201조 【근로소득세액 연말정산시의 환급】① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다.

② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 때에는기획재정부령이 정하는 바에 의하여 환급한다.

(3) 소득세법 시행규칙

제93조 【원천징수세액의 환급】① 영 제201조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 당해 원천징수의무자의 환급신청이 있는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 그 초과액을 환급한다.

② 제1항 단서의 규정에 의하여 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 소득세액 중 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에 이를 준용한다.

다. 사실관계

(1) 청구인이 2007년도 종합소득세 확정신고시환급세액 543,260원을 신고하여 환급받은 사실과 처분청이 이를 이중환급이라 하여 2010.2.16. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 647,360원을 결정·고지한 사실이 종합소득세 과세표준 확정신고서 및 결정결의서에 의하여 확인된다.

(2)쟁점①법인의 청구인에 대한 근로소득지급명세서에 의하면 청구인이 쟁점①법인에근무한 2007.1.1.～2007.8.31. 기간 중 2007년 급여총액 14,400,000원에 대하여 소득세 83,040원의 환급세액이 있는 것으로 신고한 사실이 국세통합시스템에 나타난다.

(3)쟁점②법인의 청구인에 대한 근로소득지급명세서에 의하면 청구인이 쟁점②법인에근무한 2007.9.1.～2007.12.4. 기간 중 2007년 급여총액 9,400,000원에 대하여 소득세 547,360원의 환급세액이 있는 것으로 신고한 사실이 국세통합시스템에 나타난다.

(4)국세통합시스템에 의하면 쟁점①법인은 제조업(인쇄)을 영위하는 법인으로 2006.3.13. 개업하여 2009.6.30. 폐업한 것으로 나타나며, 쟁점②법인은 제조업(상업인쇄)을 영위하는 법인으로 1967.2.1. 개업하여 2010.6.30. 폐업한 것으로 나타난다.

(5)국세통합시스템에 의하면 쟁점①법인은 2008년 1월 OOO세무서장에게 청구인을 포함한 중도퇴직자에 대한 2007년 귀속 근로소득 연말정산 신고서를 제출하였고 환급세액 105,120원이 발생하였으나 2008년 1월에 납부하여야 할 근로소득세에서 조정된 사실이 나타난다.

(6) 국세통합시스템에 의하면 쟁점②법인은 2008년 2월 OO세무서장에게 청구인을 포함한 2007년 귀속 근로소득 연말정산 신고서를 제출하였고 환급세액 13,001,200원이 발생하였으나 쟁점②법인이 2008년 2월에 납부하여야 할 근로소득세에서 조정되어 환급되었음이 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 원천징수세제에 있어 원천징수의무자가 원천납세의무자로부터 징수하여야 할 세액을 초과하여 징수·납부하였다면 이로 인한 국가에 대한 환급청구권은 원천납세의무자가 아닌 원천징수의무자에게 귀속되는 것으로, 이 사건의 경우 원천징수의무자인 쟁점①법인과 쟁점②법인이 청구인을 포함한 근로소득자의 연말정산에 대하여 환급신고하여 2008년 1월·2월에 납부할 세액과 정산한 사실이 국세통합시스템에 의하여 확인되므로, 청구인은 처분청에 환급신청을 할 수 없음에도 불구하고 2008.5.31. 2007년 귀속 종합소득세 확정신고시 쟁점환급세액을 신청하여 처분청이 청구인에게 쟁점환급세액을 잘못 환급한 사실이 확인되는 바, 쟁점환급세액을 이중환급이라 하여 이 건 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.