청구인은 79.10.23 토지구획정리사업중인 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 대지 266.9㎡를 취득하여 82.4.13 소유권이전등기를 이행하고 90.12.23 동 지상에 건물 637.23㎡(지하 및 지상 1층은 근린생활시설, 지상 2～4층은 주택, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 4층에서 거주하면서 나머지 부분은 임대에 공하다가 93.9.8 청구외 OOO등 2인에게 토지와 함께 양도한 후 단독주택으로 보아 토지는 실지거래가액, 건물은 기준시가로 양도차익을 계산하여 94.5월 양도소득과세표준 확정신고를 하였다.

처분청은 쟁점주택이 다가구주택에 해당되므로 청구인이 거주하는 4층부분과 그 부수토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대해서는 1세대1주택의 비과세 요건에 해당된다고 보아 과세대상에서 제외하고, 나머지 토지 및 건물부분은 주택이외의 용도로 사용한 것이기 때문에 과세대상으로 보아 취득 및 양도가액을 기준시가로 평가하여 94.10.17 청구인에게 93년도 귀속분 양도소득세 155,212,120원을 결정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 94.11.30 심사청구를 거쳐 95.2.25 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 쟁점주택의 경우 주택부분 면적 373.23㎡가 주택이외의 면적 217.97㎡ 보다 크므로 단독주택인 고급주택에 해당되고, 또한, 토지의 실지취득가액 2,648,455원과 쟁점주택의 실지양도가액 520,000,000원이 확인되므로 토지는 실지거래가액으로, 건물은 기준시가로 하여 양도소득세를 과세함이 타당하므로 쟁점주택을 다가구주택으로 보아 전체건물 중 청구인이 거주한 4층 이외의 부분을 기준시가로 양도차익을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인은 서울특별시로부터 직접 쟁점토지를 취득한 것이 아니고 79.10.23 청구외 OOO로부터 취득한 사실이 확인되므로 매도증서상의 매매가액 2,648,455원은 청구인의 실지취득가액이 아니며, 양도가액의 경우 4층 부분과 그 부수토지를 제외한 건물 및 토지의 기준시가가 702,004,348원인데 토지를 포함한 주택전체를 520,000,000원에 양도하였다는 청구주장은 신빙성이 없어 보이므로 기준시가로 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점주택을 다가구주택으로 보아 청구인이 거주한 4층 이외의 건물부분과 그 부수되는 토지의 양도로 인하여 발생한 소득이 1세대1주택의 비과세요건에 해당되지 아니한다고 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부와

(2) 비과세대상이 아닌 과세부분에 대하여 실지거래가액 신고액을 부인하고 기준시가로 과세한 처분의 당부

나. 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(1) 먼저 관련법령인 소득세법 제5조 제6호 자목 및 같은법시행령 제15조 제1항의 규정에 의하면 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년 이상 거주를 한 경우 동 주택 및 그 부수토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 비과세하되, 다만 같은법시행령 제15조 제5항(93.12.31 개정)에서 단독주택으로서 그 주택에 대한 지방세법상 과세시가표준액이 2천만원 이상이 되는 것 중에서 주택의 연면적이 264㎡ 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도가액이 5억원 이상이거나, 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495㎡ 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도가액이 5억원 이상인 경우 또는 공동주택(94.4.19 개정된 소득세법시행령 제6조의 2에서 규정하고 있는 다가구주택을 포함한다)으로서 주택의 전용면적(지하실 제외)이 165㎡ 이상이고 그 양도가액이 5억원 이상인 고급주택의 경우는 제외된다고 규정하고 있으며, 위 시행령 제15조 제3항에서 주택의 일부에 점포 등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 보되, 주택의 면적이 주택 이외의 면적보다 작거나 같을 경우에는 주택 이외의 건물은 주택으로 보지 아니하도록 규정하고 있으며, 동 시행령 같은조 제9항에서 소득세법 제5조 제6호 자목에서 지역별로 대통령령이 정하는 배율이라 함은 도시계획구역 안의 토지는 5배, 도시계획구역 밖의 토지는 10배라고 규정하고 있으며, 또한, 제11항에서 제1항의 규정에 의한 거주기간 및 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택의 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 기간을 통산한다고 규정하고 있다.

(2) 위의 규정을 모두어 보면 토지와 건물, 기존건물과 증축건물이 각기 독립적으로 과세대상 물건이므로 건물과 그 부수토지가 각각 기왕에 이미 비과세 요건이 충족된 경우에는 이를 새로이 비과세대상에서 제외할 규정이 없으므로, 『1세대1주택』을 소유한 자가 당해 주택을 신축 또는 증축하여 구주택이 1세대1주택의 비과세요건을 갖춘 상태에서 다가구주택을 공동주택의 범위에 포함시킨 93.12.31 위 소득세법시행령 개정일(적용례 : 94.1.1 이후 최초로 양도하는 분부터 적용) 이전에 양도한 경우에는 동 주택이 비록 소득세법시행규칙 제6조의 2(94.4.19 신설, 적용례 : 시행일인 94.4.19이 속하는 과세기간분부터 적용)의 규정에 의한 다가구주택의 요건을 구비하였다 하더라도 이를 다가구주택에 관한 규정을 적용하지 아니하고 그 주택의 신·증축시 증가된 건물면적과 구주택의 바닥면적의 일정배율(도시계획구역 안의 토지는 5배)을 초과하는 토지면적에 대해서만 과세대상(증가된 면적중에서 비과세요건을 충족한 경우에는 물론 비과세 됨)에 포함시키고 그 나머지는 비과세함이 타당하다 하겠다(국심 91서14, 91.5.7, 94서4618, 95.2.28, 같은 뜻임).

(3) 이 건 쟁점주택의 신축 및 양도 경위를 보면 청구인은 79.10.23 쟁점토지 266.9㎡와 건물 190.45㎡(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하여 10년 이상 거주하다가 90.7월 건물을 멸실한 후 90.12.24 쟁점주택을 신축하여 94.1.1(다가구주택을 공동주택으로 보는 시점) 이전인 93.9.8 양도하였고, 또한 쟁점주택의 경우 건축물관리대장상에 주용도가 다가구주택으로 되어 있을 뿐 만 아니라 쟁점주택의 양도당시 구주택이 1세대1주택의 비과세요건에 해당됨에는 다툼도 없다.

(4) 그렇다면 1세대1주택의 비과세요건을 갖춘 기존주택을 멸실하여 다가구 주택을 신축·양도한 쟁점주택의 경우 건물부분의 증가분 446.78㎡(다가구주택의 건물 연면적 637.23㎡에서 기존주택의 건물 연면적 190.45㎡를 차감)에 대하여는 비과세요건을 갖추지 못하였으므로 과세대상에 해당되고, 부수토지 266.9㎡는 기존주택에 따른 비과세한도인 577.7㎡(기존주택의 바닥면적 115.54㎡ × 5) 이내 이므로 과세대상에 해당되지 아니한다고 판단된다.

다. 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(1) 청구인은 ’82.1.18 서울특별시로부터 쟁점토지를 2,648,455원에 취득하였다고 주장하고 있으나, ’94.8.23 서울특별시장이 확인한 쟁점토지의 명의변경에 관한 사실확인서 및 등기부등본 등에 의하면 청구외 OOO이 ’71.2.6 서울특별시로부터 2,448,467원에 취득하여 ’71.5.5 청구외 OOO등 2인에게 양도하고, OOO외 2인은 ’74.5.3 청구외 OOO등 2인에게 다시 양도하는 등 8차례의 전매가 이루어진 후인 ’79.10.23 청구인은 8번째 명의변경자인 청구외 OOO로부터 취득한 후 ’82.1.18 환지확정 청산금 199,988원을 서울특별시에 납부하고 ’70.12.9 매매(OOO이 서울특별시로부터 취득한 날)를 원인으로 ’82.4.13 소유권 이전등기를 한 사실이 확인되므로 청구인이 실지 취득대금이라고 주장한 2,648,455원(’71.2.6 OOO이 서울특별시로부터 취득시 지급한 대금 2,448,467원과 ’82.1.18 청구인이 부담한 환지청산금 199,988원의 합계액) 중 2,448,467원은 청구인이 ’79.10.23 OOO로부터 취득할 때 취득대금이 아니고 위 OOO이 부담한 취득대금이며, OOO의 최초 취득시기와 청구인의 취득시기의 사이는 8년 8개월 정도의 기간이 경과하였을 뿐 만 아니라 8명의 명의로 전매가 이루어진 사실 등을 미루어 볼 때 위 2,648,455원은 쟁점토지의 실지취득가액으로 볼 수 없다 하겠다.

(2) 청구인은 쟁점주택(토지포함)의 실지양도가액이 520,000,000원이라고 주장하면서 검인계약서 및 양수자의 사실확인서를 제시하고 있는 바, 쟁점주택중 청구인이 거주한 지상 4층 주택과 그 부수토지의 면적을 제외한 건물 및 토지부분의 양도당시 개별공시지가가 702,004,348원인데 비해, 청구인이 제시한 전체 쟁점주택의 양도가액 520,000,000원은 개별공시지가의 74% 정도의 수준으로서 청구인이 쟁점주택을 시세보다 현저히 저렴한 가액으로 양도하게 된 동기나 사유등을 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라 검인계약서는 보통 양도자가 부동산 등기시 등기소에 제출하기 위해 작성하는 것으로서 매매당사자의 담합만 있으면 그 내용의 변경이 가능하므로 금융자료 등 객관적인 증빙에 의하여 입증하지 아니하는 한 이 검인계약서상 매매가액인 520,000,000원을 실지양도가액으로 보기는 어려우므로, 그 취득 및 양도가액을 기준시가로 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있고 나머지는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.