가. 청구인은 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 1983.1.15. 매매를 등기원인으로 하여 1995.6.22. 누나 최OOO으로부터 OOO 임야 40,859㎡(이하 “전체토지”라 한다)의 소유권이전등기를 접수하였고, 전체토지 중 지분 40,859분의 9,900(이하 “쟁점토지”라 한다)을 2011.5.17. OOO에 양도한 후 쟁점토지의 양도가액은 실지거래가액인 OOO원, 취득가액은 취득시기를 1995.6.22.로 보아 환산한 가액인 OOO원으로 하여 2011.7.5. 양도소득세 예정신고‧납부를 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지의 등기부등본 및 OOO시청으로부터 조회받은 소유권이전 관련서류에 의하면, 특별조치법에 따른 소유권이전등기시 등기원인이 ‘1983.1.15. 매매’로 기재되어 있다 하여 동 등기원인일을 취득시기로 보고, 의제취득일(1985.1.1.)을 기준으로 환산가액을 OOO원으로 재계산하여 2013.1.10. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1983.1.15. 최OOO과 매매대금 OOO원에 전체토지의 매매계약서를 작성하고, OOO원을 지급한 후 소유권이전등기를 하려 하였으나, 매매대금의 다툼으로 등기이전이 불가하여 1995.6.22. 소유권이전등기를 받아야 할 채권보전등기를 하였다가 1995.6.22. 매매대금 OOO원을 추가로 지급한 후 같은 날 특별조치법에 따라 소유권이전등기를 한 것인바, 특별조치법에 따라 소유권이전등기를 하였다 하더라도 잔금청산일은 1995.6.22.이므로 그 날을 취득시기로 보아야 하고, 위 잔금청산일이 불분명하다고 본다면 특별조치법에 따른 등기원인일(1983.1.15.)이 잔금청산일인지도 불분명하다는 것이므로 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제1호에 따라 소유권이전등기접수일인 1995.6.22.를 취득시기로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지의 취득시기는 1995.6.22.이라고 주장하나, 쟁점토지의 등기부등본상 특별조치법에 따라 등기원인일을 1983.1.15.로 하여 등기된 것으로 나타나고, OOO시청에서 회신한 공문(민원지적과-40966호, 2012.10.17.)에 첨부된 확인서 발급신청서, 확인서 발급신청사실 통지서 및 인근 주민들의 보증서에 의하면 취득일자가 1983.1.15.로 확인되므로 쟁점토지의 사실상 취득시기를 등기부등본상 매매원인일로 기재된 1983.1.15.로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

한편, 청구인은 쟁점토지의 취득시기(잔금청산일)가 1995.6.22.이라는 증빙으로 전체토지의 매매대금으로 OOO원을 추가로 지급하는 것으로 되어 있는 부동산매매계약서(추가분)와 최OOO의 사실확인서를 제출하였으나, 등기원인일인 1983.1.15.로부터 12년 5개월이 지난 1995.6.22.에 매매대금으로 OOO원을 추가로 지급하기로 하였다는 것는 정상적인 거래로 보기 어렵고, 최OOO(전소유자, 청구인의 누나)의 사실확인서는 특수관계자가 작성한 것이므로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지의 취득시기가 의제취득일(등기원인일 : 1982.12.11.)인지, 아니면 소유권이전등기접수일(1995.6.30.)인지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

(3) 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법 제1조 [목적] 이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다.

제3조 [적용범위] 이 법은 제2조에 규정된 부동산으로서 1985년 12월 31일 이전에 매매․증여․교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 전체토지의 등기부등본에 의하면, 최OOO이 1974.2.5. 매매를 원인으로 1981.8.14. 소유권이전등기를 하였고, 청구인이 1983.1.15. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 받아야 할 채권보전 등기를 1995.6.22. 하였으며, 같은 날 청구인이 1983.1.15. 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기를 한 것으로 나타난다.

(2) 특별조치법에 따른 전체토지의 소유권이전등기와 관련하여 OOO시장이 회신한 확인서 발급신청서 및 보증서에 의하면, 청구인이 최OOO으로부터 전체토지를 1983.1.15.부터 매수하여 현재 사실상 소유하고 있다는 내용이 기재되어 있고, 김OOO과 최OOO 및 최OOO이 보증인으로 기재되어 있으며, 청구인은 동 보증서를 근거로 OOO시장으로부터 등기에 필요한 확인서를 발급받은 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 제출한 전체토지 매매계약서에 의하면, 매매대금은 OOO원이고, 계약금은 계약시에 지불하고 잔금 OOO원은 1995.6.22. 지불하며, 특약사항으로 ‘1983년 1월 15일 매매 계약건임(추가분)’이라고 기재되어 있고, 작성일은 1983.1.15.로 소급기재되어 있는 것으로 나타나며, 청구인은 당초 체결된 매매계약서 및 동 매매대금 지급증빙과 추가로 작성된 매매계약서상 매매대금 지급증빙은 제출하지 못하고 있다.

(4) 최OOO은 친동생인 청구인에게 전체토지를 OOO원에 양도하기로 1983.1.15. 약정하였으나, 1995.6.22. OOO원을 추가로 받고 양도한 사실이 있음을 확인한다는 내용으로 2012.11.10. 사실확인서를 작성‧제출하였다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구인은 최OOO과 체결한 당초 매매계약상 매매대금에 다툼이 있어 소유권이전등기를 하지 못하고 있다가 1995.6.22. 매매계약을 추가로 체결한 후 그 날 잔금을 청산하였다고 주장하며 매매계약서를 제시하고 있고, 최OOO도 위와 같은 내용으로 사실확인서를 제출하였는바, 동 추가 매매계약서에 따른 잔금청산일이 확인되지 않아 잔금청산일이 불분명한 경우에 해당하는 점,

설령, 위 추가 매매계약을 진실한 것으로 인정할 수 없다고 하더라도 특별조치법은 1995.6.30. 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산에 대한 등기부의 정리를 간편한 절차에 의하여 할 수 있도록 한 것에 불과하므로 특별조치법에 의한 소유권 이전등기가 있었다 하더라도 동법에 의하여 소유권 이전등기가 된 법률행위가 언제나 1995.6.30. 이전에 이루어진 것이라고 보아야 하는 것은 아니고(대법원 83누283, 1983.12.13. 참고), 특별조치법에 따른 소유권이전등기시 기재된 등기원인일은 확인서발급신청서 및 인근주민의 보증서에서 확인되는 매매일이기는 하나 이 날 매매대금이 청산되었다고 보기는 어려우며, 청구인이 명의신탁 또는 명의신탁의 환원에 의하여 전체토지를 취득하였음이 객관적으로 확인되지도 아니하므로 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기접수일을 취득시기로 봄이 타당한바(조심 2013전1600, 2013.6.27., 국심 95구2814, 1996.8.8. 합동회의 등 다수 참고), 매매계약서 등 기타 증빙에 의하여 쟁점토지의 대금청산일이 확인되지 아니하는 점으로 볼 때, 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호의 규정에 따라 소유권이전등기접수일을 쟁점토지의 취득시기로 보아야 하므로 처분청에서 특별조치법에 따른 쟁점토지의 소유권이전등기시 등기원인이 ‘1983.1.15. 매매’로 기재되어 있다 하여 의제취득일(1985.1.1.)을 취득시기로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.