가. 청구법인은 경기도 OOO에 소재지를 둔 의료법인으로서 2011.4.30. 서울특별시 OOO을 증여를 원인으로 취득한 후 「지방세특례제한법」제38조의 규정에 의하여 의료법인이 의료업에 사용할 부동산이라는 사유로 취득세를 면제받았고, 처분청은 쟁점부동산에 대하여 2011년도와 2012년도분 재산세 등도 면제하였다.

나. 그 후, 처분청은 쟁점부동산의 이용현황에 대하여 현지조사를 한 결과 청구법인이 쟁점부동산을 의료업에 직접 사용하지 아니하고 임대하고 있음을 확인하고, 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당되는 것으로 보아 쟁점부동산의 시가표준액 OOO을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO과 쟁점부동산의 2011년 및 2012년도분 재산세 OOO, 지역자원시설세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2013.5.15. 청구법인에게 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 이사장으로부터 쟁점부동산을 증여받아 이를 목적사업에 활용하고자 기본재산편입과 분사무소 설치를 위한 정관변경에 대한 이사회승인을 거쳐 OOO시장에게 정관변경허가신청을 하였으나 OOO시장은 기본재산에 편입된 부동산 중 일부가 OOO에 수용될 예정이므로 보상금 등의 지급조건이 확정된 후 처리함이 바람직하다는 사유로 신청을 반려하였고, 정비사업조합의 사정으로 사업추진이 지연되다가 2012.4.23. 최종 보상협의가 확정되었고, 이에 따라 쟁점부동산 등의 기본재산 편입 및 처분에 대한 이사회 재결의를 거쳐 용인시장에게 정관변경허가 신청을 하여 정관변경허가를 받고, 추가적으로 쟁점부동산에 분사무소개설을 위한 정관변경허가 신청을 하였으나 용인시장은 처분청 보건소의 의료기관 개설허가가 어렵다는 답변에 따라 이를 반려하였으며, 청구법인은 처분청에 분사무소 개설의 타당성을 설명하고 협조를 구하였지만 처분청에서는 서울특별시 지역에 의료기관이 과도하게 많다는 사유로 분사무소 개설을 거절하였고, 이에 따라 쟁점부동산을 의료업에 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이기 때문에 처분청이 쟁점부동산에 대하여 면제한 취득세와 재산세 등을 추징한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

먼저, 관계법령을 살펴보면, 「지방세특례제한법」제38조 제1항에서 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 「지방세법」 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감)하도록 규정하고 있고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세( 「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제한다고 규정하고 있으며, 「지방세특례제한법」제94조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별한 규정을 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

여기에서의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다했으나 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로서OOO,

청구법인은 OOO시장과 처분청의 행정절차 지연 등으로 인하여 쟁점부동산을 유예기간 이내에 사용하지 못하였다고 주장하나, 의료기관 개설허가 주무관청의 행정지도에 따라 행정절차를 진행했다 하더라도 주무관청의 불허가 처분에 사실의 기초를 결여하였다든지 또는 사회관념상 현저하게 타당성을 잃었다는 등의 사유가 있지 아니하고, 주무관청이 그와 같은 결론에 이르게 된 판단과정에 일응의 합리성이 있음을 부정할 수 없는 경우에는 다른 특별한 사정이 없는 한 그 불허가 처분에 재량권을 일탈, 남용한 위법이 있다고 할 수 없다 할 것이고OOO, 의료기관 개설에 관한 주무부서인 보건복지부 유권해석을 살펴보면, 의료법인에 대한 설립허가는 정책적 판단에 따른 재량행위인 바, 허가권자가 지역의 특수성을 반영한 의료법인 설립허가 기준안을 마련하여 운영할 수 있으며 OOO, 의료법인을 설립하여 주사무소를 개설 후 목적사업을 원활히 추진하기 위하여 분사무소 (의료기관)를 개설 시에는 주무관청 및 개설 해당관청과 협의하여 승인을 득한 후 소재지를 명시한 정관변경 등 적법 절차를 거친 후에 개설하여야 한다고 해석하고 있는바OOO,

청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 종전 임차인에게 이를 계속 임대하다가 취득한 날로부터 1년 5개월이 지난 이후에 비로소 주무관청인 OOO시장에게 쟁점부동산을 기본재산으로 편입하는 정관변경허가를 받았을 뿐이며, 현재까지도 쟁점부동산에 분사무소를 개설하기 위한 주무관청인 OOO시장의 허가 및 의료기관 개설 해당관청인 OOO구청장의 허가가 되지 않았으며, 청구법인이 정관변경 지체요인으로 주장하는 ‘서울특별시 OOO 부동산 처분’과 쟁점부동산의 기본재산 편입 및 의료기관 개설과는 전혀 상관관계가 없고, 쟁점부동산을 취득한 이후 새로운 법률적·사실적 장애로 의료기관 개설이 불가된 것이 아니라 쟁점부동산을 증여로 취득하기 전에 충분히 의료기관 개설 주무관서의 유권해석을 통하여 서울특별시 지역에서 의료법인이 새로이 의료시설을 개설하는 것이 상당히 어렵다는 사실을 충분히 인지할 수 있었으며, 쟁점부동산 취득일로부터 1년 7개월이 지난 시점인 2012년 11월 OOO을 방문하여 의료기관 개설 불허가 사실 등을 인지한 점 등을 종합하면, 청구법인이 쟁점부동산을 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이므로 쟁점부동산에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다 할 것이며,

재산세는 과세기준일(6.1.) 현재 사실상 현황에 따라서 과세하는 세목으로, 재산세 면제를 받기 위해서는 과세기준일(6.1.) 현재의료업에 직접 사용하고 있어야 할 것인바, 청구법인의 경우 2011년과 2012년 재산세 과세기준일현재 쟁점부동산을 임대하고 있었으므로 의료업에 직접 사용하고 있지 아니하여 재산세 등을 부과 고지한 처분도잘못이 없다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

의료법인이 대표이사로부터 증여받은 부동산에 대하여 취득세를 면제받았으나 이를 취득일로부터 2년 이내에 직접 사용하지 아니하고 임대한 것에 대하여 정당한 사유가 있으므로 면제한 취득세의 추징대상에 해당되지 아니한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령 : 별첨

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 쟁점부동산 중 건물의 경우 2개동의 건축물로서 건축물의 용도는 노유자시설(노인복지시설)이고, 청구법인의 대표자인 김OOO 소유이었다가 2011.6.1. 청구법인 명의로 소유권 이전등기가 이루어진 것으로 건축물대장에 나타난다.

(나) 청구법인은 2011.4.30. 대표자인 김OOO와 쟁점부동산에 대하여 증여계약을 체결한 것으로 증여계약서에서 나타난다.

(다) 청구법인은 2011.9.26. 이사회를 개최하여 쟁점부동산과 서울특별시 OOO 토지, 묵동 소재 3필지 토지 및 건축물에 대하여 이를 기본재산에 편입하고, 편입된 부동산과 관련된 금융채무를 청구법인이 인수하기로 한 내용이 이사회회의록에서 나타난다.

(라) 청구법인은 2011년 10월에 기본재산 편입과 분사무소 설치를 위한 정관변경허가 신청을 하였던 것으로 신청서에서 나타난다.

(마) 청구법인은 2012.4.23. OOO과 기본재산에 편입될 예정이었던 서울특별시 OOO 소재 부동산에 대하여 수용합의를 하였고, 이에 따라 2012.8.20. 및 2012.8.23. 기본재산변경 및 기본재산처분과 관련된 이사회결의를 하고, 2012.9.5. 쟁점부동산 등을 기본재산에 편입하는 내용의 정관변경신청을 하여 허가를 받은 사실이 이사회회의록 등에서 나타난다.

(바) 청구법인은 2012년 10월에 다시 쟁점부동산에 분사무소를 설치하는 내용의 정관변경허가신청을 하였으나 정관변경허가를 받지는 못한 것으로 나타난다.

(사) 처분청에서 2013.3.10. 현장조사를 실시하고 작성한 조사서에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

○ 청구법인 설립허가일 : 2009.9.16.OOO

○ 추진내용

- 2011.4.30 : 증여 취득

- 2011.4.30. : 부동산 월세계약 OOO

- 2011년 10월 : 의료법인 정관 변경허가 신청

(기본재산변경 및 OOO와 OOO에 분사무소 설치건)

- 2012.4.23. : OOO소재 부동산 OOO정비사업조합과 수용보상 등 합의

※ 2011년 10월에 OOO에 기본재산편입과 분사무서 설치를 위한 의료법인 정관변경 허가신청서를 제출하였으나 기본재산편입 무동산 중 OOO 부동산이 OOO에 수용예정으로 있어 보상금 및 지급일 등 지급조건이 확정된 후 처리함이 바람직하다는 의견으로 반려되어 진행하지 못하였고, 이후 조합의 사정으로 사업추진이 지연되다가 2012.4.23. 합의서가 작성되어 보상금 및 일정 등이 합의됨에 따라 2012년 8월 기본재산편입에 대한 정관변경허가를 경기도 용인시 주무부서에 신청하여 2012.9.6. 허가를 득하였음.

- 2012년 10월 : 의료법인 정관변경허가 신청OOO

(OOO OOO OOOO OO O OOOO O)

- 2012년 10월 : 정관변경허가신청 반려

- 2012년 10월 : OOO 보건소 방문(개설협조 불가 통보)

○ 부동산 이용현황

임차인 이OOO과 종전소유자 김OOO와의 계약조건 중 잔여기간(2011.5.31.)까지 월세계약서를 2011.4.30.자로 다시 작성하였고, 조사일(2013.1.30.) 현재까지도 이OOO이 사업자등록을 하고 OOO과 OOO으로 운영하고 있음.

(2) 이에 대하여 청구법인은 쟁점부동산을 기본재산에 편입하여 의료업에 사용하고자 하였으나 정관변경허가의 지연 및 처분청의 의료기관개설허가 불허로 인하여 이를 유예기간 이내에 의료업에 직접 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있기 때문에 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제38조 제1항에서 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 「지방세법」 제11조제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감)하도록 규정하고 있고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세( 「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제한다고 규정하고 있으며, 「지방세특례제한법」제94조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별한 규정을 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 위 규정에서의 ‘정당한 사유’라 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하고자 정상적인 노력을 다 했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 여부 등을 참작하여 사안별로 구체적, 개별적으로 판단하여야 할 것으로서OOO,

(다) 청구법인의 경우2011.4.30. 쟁점부동산을 취득한 후 2011년 10월에 기본재산편입 및 분사무소 개설을 위하여 OOO시장에게 정관변경허가신청을 하였다가 쟁점부동산과 관련없는 서울특별시 OOO 소재 부동산으로 인하여 신청이 반려되었고, 반려 이후 반려사유가 된 부동산을 제외한 부분에 대하여 허가신청을 하지 아니한 채 유예기간을 경과할 무렵인 2012.4.23. 서울특별시 OOO 소재 부동산에 대하여 수용협의가 이루어질 때까지 별다른 조치를 취하지 아니한 채 종전의 임차인에게 이를 계속 임대하고 있었으며,

(라) 청구법인은 2011.4.30. 쟁점부동산을 증여받은 후 이를 의료기관으로 사용하고자 한다면 「의료법」의 관련 규정에 의하여 처분청으로부터 개설허가를 받아야 한다는 사실을 알 수 있었다고 보여지고,청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 서울특별시 지역은 대부분 의료기관이 포화상태에 있으므로 의료법인의 설립허가가 이루어지지 아니하고 있는 실정이라고 처분청의 유선통화에서 답변하고 있으며, 청구법인도 충분한 주의를 기울였다면 이러한 사실을 알 수 있었다고 보여지므로, 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 이내에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 처분청의 부당한 행정절차지연이나 의료기관개설허가 거부로 인하여 쟁점부동산을 사용하지 못한 것이라고 보기는 어렵다고 보여진다.

(마) 따라서, 처분청이 쟁점부동산에 대하여 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당되는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

관 련 법 령

(1) 지방세특례제한법

제38조(의료법인 등에 대한 과세특례)① 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 「지방세법」제11조 제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세( 「지방세법」제112조에 따른 부과액을포함한다) 및 「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 2012년 12월 31일까지 면제한다.

제94조(감면된 세액의 추징 등) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다.

제105조(과세대상) 재산세는 토지, 건축물, 주택, 항공기 및 선박(이하 이 장에서 “재산”이라 한다)을 과세대상으로 한다.

제107조(납세의무자)① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다.

(2) 의료법

제48조(설립 허가 등) ① 제33조 제2항에 따른 의료법인을 설립하려는 자는대통령령으로 정하는 바에 따라 정관과 그 밖의 서류를 갖추어 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시·도지사의 허가를 받아야 한다.

②의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 한다.

③ 의료법인이 재산을 처분하거나 정관을 변경하려면 시·도지사의 허가를 받아야 한다.

④ 이 법에 따른 의료법인이 아니면 의료법인이나 이와 비슷한 명칭을 사용할 수 없다.

제33조(개설)② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다.이 경우 의사는 종합병원·병원·요양병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원·요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.

1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사

2. 국가나 지방자치단체

3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 "의료법인"이라 한다)

4.「민법」이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인

5. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 준정부기관, 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원, 「한국보훈복지의료공단법」에 따른 한국보훈복지의료공단

제49조(부대사업) ① 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다.

1. 의료인과 의료관계자 양성이나 보수교육

2. 의료나 의학에 관한 조사 연구

3. 「노인복지법」 제31조제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치·운영