가. 청구법인은 2000.5.6. 환경부 설립허가 제171호로 설립된 지하수‧토양환경 보전을 위한 학술연구단체로서, 2004년 제1기 ～ 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO원 상당의 지하수 및 토양환경 관련 연구용역(82건)을 기업‧정부‧지방자치단체 등에 제공하고, 위 연구용역이 「부가가치세법」상 면세용역에 해당한다고 보아 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.

나. 처분청은 2010년 1월 청구법인에 대한 부가가치세 조사 결과, 총 연구용역(82건) 중 OOO원 상당의 용역(37건, 이하 “쟁점용역”이라 한다)이 과세용역에 해당한다고 보아 2010.6.4. 청구법인에게 2004년 제1기 ～ 2009년 제1기 부가가치세 OOO원(2004년 제1기 OOO원, 2004년 제2기 OOO원, 2005년 제1기 OOO원, 2005년 제2기 OOO원, 2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원, 2007년 제1기 OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제1기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원)을 경정‧고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.31. 이의신청을 거쳐 2011.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「부가가치세법」 제12조 제1항 제13호 및 같은 법 시행령 제35조 제2호 라목에는 법인이 독립된 자격으로 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등에 관한 학술연구용역과 기술연구용역은 면세용역에 해당한다고 규정되어 있는바, 쟁점용역은 토목공사 및 골프장 건설 과정에서 발생할 수 있는 문제점 및 해결방법을 새로운 이론이나 방법에 의하여 제시한 것이고, 그 후 논문으로 발표되거나, 국제적 학술지에 논문발표를 준비 중이거나, 발주기업이 비공개를 요청하였거나, 특허, 신기술인증, 환경부의 새로운 예규 개정 등에 제공된 것이므로 새로운 이론 등에 관한 연구용역으로서 면세용역에 해당한다.

(2) 「부가가치세법」(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1의2호(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전에는 제1호 후단, 이하 같다)에는 공익을 목적으로 하는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역은 면세용역에 해당한다고 규정되어 있는바, 청구법인은 환경부의 허가를 받아 설립된 학술연구단체이자 비영리법인으로서 공익을 목적으로 활동하고 있고, 쟁점용역은 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 제공하는 용역이므로 면세용역에 해당한다. 또한, 처분청은 과세전적부심사결정서 등에서 쟁점용역을 연구용역으로 표현하고 있어 당초부터 연구용역으로 인정하고 있었던 것으로 보이며, 기획재정부‧국세청의 예규(재부가- 265, 2006.11.29., 서면3팀-3042, 2006.12.6.)는 학술연구단체 등이 고유의 목적사업으로 제공하는 모든 연구용역을 면세로 하고 있으므로, 쟁점용역은 같은 법 시행령 제37조 제1의2호의 면세용역에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점용역은 공급자의 성격이 아니라 연구용역 실질내용에 따라 면세 여부를 판단하여야 하는바, 과업지시서 등에 의하면 쟁점용역은 터널, 교량 등 각종 토목공사현장 및 골프장 등의 건설과정에서 설계 등에 필요한 기초자료를 제공하거나 시설물의 성능시험결과 등을 보고하기 위하여 기존의 정형화된 실험방법과 측정방법을 이용하여 결과보고서를 제출하는 용역으로서, 청구법인은 기존 이론 등을 포함한 여러 방법으로 분석하여 결과를 발주자에게 제공하고, 발주자는 이를 이용하여 설계계획을 수립하는 등 기초자료로 이용하는 것에 불과하여 쟁점용역은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 이론‧공법 등에 관한 용역에 해당하지 않으므로 부가가치세가 면제되는 학술‧기술연구용역으로 볼 수 없으며, 일부 결과치가 이후 학위논문 등에 게재되었다 하더라도 논문작성이 당초 수탁한 연구용역 수행의 목적이라거나 성과물이라고 볼 수 없으므로 쟁점용역은 「부가가치세법」제12조 제1항 제13호의 면세용역에 해당하지 아니한다.

(2) 「부가가치세법 시행령」 제37조 제1호에서는 면세대상을 「부가가치세법」 제12조 제1항 제16호의 공익단체 등이 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역으로 규정하고 있는바, 쟁점용역 중 일부 용역계약서에 첨부된 용역비 산출내역서는 계약시 용역가액 산정을 위한 것으로 실제 지출된 경비를 청구하거나 입증하는 서류가 아니고, 청구법인이 제출한 용역대가 사용내역은 용역제공과 관련이 없는 연구관리비 및 일반관리비가 포함되었을 뿐만 아니라 증빙도 미비하며, 청구법인은 연구용역 외에 단기교육용역을 제공하고 있고, 연구용역 대가에서 운영비 명목의 연구관리비(용역대가의 10%)를 공제한 금액을 회원에게 지급하였으나 원천징수신고 및 수익사업에 대한 법인세 신고 등 사후관리를 하지 아니하였던바, 청구법인은 청구법인이 제공한 용역 중 처분청이 면세대상으로 인정한 용역에는 이 건 과세대상인 쟁점용역과 유사한 용역이 다수 있다고 주장하면서도 이를 구체적으로 제시하지 않았고, 계약서 용역 명칭에 ‘학술연구’로 되어 있는 것이 부가가치세 과세여부를 판단하는 근거가 될 수 없으며, 과세전적부심사결정서에 연구용역이라고 표현한 것은 청구법인이 공급한 교육용역과 구분하기 위한 것이고, 이 건 과세근거는 「부가가치세법」 제12조 제1항 제13호 및 제16호로서 쟁점용역이 제공된 후에 결과치가 학위논문 등에 이용되었다 하더라도 사후 작성된 논문이 당초 수탁한 연구용역 수행의 목적이나 성과물은 아니며, 사후 연구활동은 당초 용역공급과 별개로서 그 결과물인 논문의 학술적 가치판단이 당초 연구용역의 과세여부를 판단하는 근거가 될 수 없으므로, 쟁점용역은 같은 법 제12조 제1항 제16호의 면세용역에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점용역이 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역에 해당하는지 여부

② 쟁점용역이 학술‧기술연구단체가 학술‧기술연구와 관련하여 공급하는 학술‧기술연구용역에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 「부가가치세법」 제12조 제1항 제13호, 같은 법 시행령 제35조 제2호 라목 및 같은 법 시행규칙 제11조의3 제3항은 개인‧법인 등이 독립된 자격으로 공급하는 용역으로서 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등에 관한 학술연구용역과 기술연구용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점용역이 「부가가치세법」 제12조 제1항 제13호 등에서 규정하고 있는 새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등에 관한 학술‧기술연구용역으로서 면세용역에 해당한다고 주장하며, 쟁점용역은 터널, 교량 등 토목공사 및 골프장 건설에서 발생하는 문제점 및 해결방법에 관한 새로운 이론‧방법을 제시한 것임에도 전문가가 아닌 처분청이 이해하지 못하고 있고, 청구법인의 연구용역 중 처분청이 면세용역으로 구분한 용역에는 쟁점용역과 유사한 용역이 다수 포함되어 있어 면세와 과세의 구분기준이 불명확하며, 발주처의 과업지시서에 새로운 이론‧방법이 포함되어 있으므로 과업지시서에 따라 연구가 진행되었다고 하여 쟁점용역을 새로운 이론‧방법에 관한 연구용역이 아니라고 볼 수 없고, 새로운 이론‧방법‧공법‧공식‧개념이 적용된 연구용역이라면 연구자는 이를 연구논문으로 발표할 수 있으므로 학술지에 게재된 사실은 새로운 이론‧방법임을 증명하는 것이라며 쟁점용역 및 관련 논문 요약서, 과업지시서 등을 제출하였다.

(다) 처분청은 쟁점용역(37건)을 골프장의 투수계수시험, 농약종류별 흡착능시험, 공법전환 적정성 등 골프장 관련 용역(14건), 토목공사시 현장수리시험, 지하수 유동 및 오염물 거동분석, 지반토질정수특성파악, 지하수‧토양의 위해성 조사 등 지하수 관련 용역(12건), 폐기물시설 건설시 지반의 수리특성, 오염농도 파악, 폐기물 성상분석 등 환경정화 관련 용역(5건), 지하수 함유량, 신기술공인검증, 준설토 특성 등 용역(6건)으로 구분하면서, 청구법인의 역할은 발주자 요청에 따라 대상지역의 지하수 및 토양 등의 특성을 기존의 이론 등 여러 방법으로 분석하여 그 결과물을 발주자에게 제공하는 것이고, 발주자는 청구법인이 제출한 용역보고서 등을 활용하여 설계계획을 수립하는 등 용역결과를 기초자료로 이용하는 것에 불과하여, 쟁점용역은 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 행하는 이론‧공법 등에 관한 용역에 해당하지 않는 것으로 보았고, 쟁점용역 중 일부가 학위논문 등에 게재되었다고 하나 논문작성이 당초에 발주자로부터 위탁받은 연구용역의 목적이나 성과물은 아니라고 보았다.

(라) 위 내용을 종합하면, 청구인은 쟁점용역이 「부가가치세법」 제12조 제1항 제13호에서 규정하고 있는 새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등에 관한 면세용역이라고 주장하나, 쟁점용역은 토목공사 및 골프장 건설에 필요한 기초자료를 제공하거나 시설물 성능시험결과 등을 보고하기 위하여 기존의 정형화된 실험방법과 측정방법을 이용하여 결과보고서를 제출하는 용역으로서, 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 이론‧공법 등에 관한 용역으로 보기 어렵고, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하여 공급하는 용역에 불과하여면세용역에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 「부가가치세법」 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1의2호는 학술 등 공익을 목적으로 하는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점용역이 「부가가치세법」 제12조 제1항 제16호의 학술연구 또는 기술연구용역으로서 면세용역에 해당한다고 주장하며, 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역은 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역인지와 관계없이 면세대상인바(재부가-265, 2006.11.29., 서면3팀-3042, 2006.12.6.), 쟁점용역은 발주처의 각종 토목공사 현장 등 건설과정에서 향후 발생할 수 있는 문제점을 기존의 이론이나 실험적 방법을 통하여 자료를 획득‧분석하여 제기할 뿐만 아니라 이를 해결할 수 있는 새로운 이론‧방법을 제시한 것이고, 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 제2조 제12호에서도 ‘기초연구단계’를 특수한 응용 또는 사업을 직접적 목표로 하지 아니하고 현상 및 관찰 가능한 사실에 대한 새로운 지식을 얻기 위하여 수행하는 이론적 또는 실험적 연구단계라고 정의하고 있으므로 실험방법 등이 완전히 새로워야만 연구행위로 인정되는 것은 아니며, 처분청도 과세전적부심사결정서 등에서 ‘쟁점연구용역’으로 표현하고 있어 당초부터 쟁점용역을 연구용역으로 인정하고 있었던 것이라고 주장하고 있다.

(다) 처분청은 쟁점용역이 「부가가치세법」 제12조 제1항 제16호의 면세용역에 해당하지 않는다고 주장하며, 쟁점용역은 발주자의 요청에 따라 대상 지역의 지하수 및 토양 등의 특성을 분석하여 발주자에게 제공하고, 발주자는 이를 활용하여 설계계획을 수립하는 등 기초자료로 이용하는 것에 불과하고, 쟁점용역 중 일부가 사후 학술지 등에 게재되었다 하더라도 논문작성이 당초 위탁받은 연구용역 수행의 목적이나 성과물은 아니며, 당초 용역제공과 사후 연구는 별개로서 사후 연구결과물인 논문의 학술적 가치판단이 연구용역의 과세여부를 판단하는 기준이 될 수 없고, 계약서상 용역명이 ‘학술연구’로 되어 있으나 부가가치세 과세여부의 판단기준이 될 수 없으며, 과세전적부심사결정서 등에서 ‘연구용역’이라고 지칭한 것은 청구법인의 교육용역 등과 구분하기 위한 것이므로 쟁점용역을 학술연구용역으로 인정한 것은 아니며, 부가가치세가 면제되는 ‘학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역’의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정ㆍ보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만,단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다는 입장이다(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결, 같은 뜻임).

(라) 위의 내용을 종합하면, 청구법인은 쟁점용역이 「부가가치세법 시행령」 제37조 제1의2호의 면세대상 용역에 해당한다고 주장하나, 위 규정에서 규정하고 있는 면세용역은 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 모든 용역이 대상이 되는 것이 아니라, 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 학술연구용역 또는 기술연구용역과 관련하여 공급되는 것만이 면세대상이 되는 것인바, 쟁점용역은 골프장 건설 등에 필요한 지하수 오염방지대책, 투수계수시험, 활성탄 포설에 따른 농약의 흡착능시험 등 환경영향평가를 위한 시험에 관한 것으로서 전문가들이 보유한 전문지식을 개별 사업현장에 적용한 일반적인 용역의 성격으로 보일 뿐, 이를 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론‧방법‧공법 또는 공식 등의 연구용역에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 기존의 학술연구 또는 기술연구 결과를 수정‧보완하기 위한 연구용역에 해당하지도 아니하며, 쟁점용역 중 일부가 학술지 등에 게재되었다 하더라도 논문작성이 당초 위탁받은 연구용역의 목적이나 성과물은 아니어서 학술연구 또는 기술연구 해당 여부를 판단하는 근거로 삼을 수는 없는 것이므로, 처분청이 쟁점용역을 「부가가치세법 시행령」 제37조 제1의2호의 면세용역에 해당하지 아니하는 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.