지방세법 제107조 제1호 와 제127조 제1항 제1호 는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다( 대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 등 참조).

원심판결 이유와 같이 원고 교회의 신도 수 등에 비추어 담임목사 외에 부목사가 필요한 사정은 수긍이 되나, 한편 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고 교회에 적용되는 헌법에서 부목사는 담임목사를 보좌하는 임기 1년의 임시목사로서 계속 시무하게 하려면 매년 당회장이 노회에 청원하여 승낙을 받도록 정하고 있는 점 등을 알 수 있는바, 원고 교회의 부목사가 담임목사를 보좌할 목적으로 수시로 노회의 승낙을 받아 임시로 시무하는 것이라면 원고 교회의 종교 활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없으므로, 부목사의 사택으로 제공된 부동산들이 원고 교회의 목적사업에 직접 사용되는 것이라고는 할 수 없어 위 각 규정에서 정한 비과세 대상에 해당하지 않는다고 할 것이다( 대법원 1997. 12. 12. 선고 97누14644 판결 등 참조).

그럼에도 원심은 위 각 규정의 해석상 교회의 목적사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 그 용도에 직접 사용하는지 여부를 묻지 않고 취득세와 등록세를 부과할 수 없다고 판단하고, 가사 위 각 규정에서 정한 비과세 대상에 해당하기 위하여는 해당 부동산을 그 용도에 직접 사용할 것이 요구된다고 하더라도 원고 교회와 같은 대형화된 교회에서는 부목사의 도움 없이 담임목사 혼자서 교회의 본질적인 업무를 수행하는 것이 불가능한 점 등 그 판시와 같은 사정에 비추어 원고 교회의 부목사는 원고 교회의 종교 사업에 필요불가결한 존재이고, 따라서 부목사에게 사택을 제공하는 것은 원고의 목적사업인 예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것으로서 그 목적사업에 직접 사용하는 것이라 봄이 상당하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 위 각 규정에서 정하는 ‘그 사업에 사용’하는 점에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

그러므로 원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.