청구인은 1985.1.4. 취득한 OOOOO OOO OOOO OOOOO 전 3,720㎡ 및 같은 동 500-3 대지 53㎡를 OOOOOOO공사에 2006.6.8. 수용협의로 양도하고 2006.8.30. 양도소득세 예정신고를 하면서 같은 동 500-1 전 3,482㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구인이 8년 이상 자경한 농지에 해당한다고 보아 조세특례제한법 제69조의 규정에 의하여 100,000,000원을 감면세액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

처분청은 청구인의 위 양도소득세 감면신청에 대하여 쟁점토지는 다른 곳에서 생산된 묘목 또는 성장한 나무를 구입하여 일시적으로 식재한 토지로 감면대상 자경농지에 해당하지 않는다 하여 2007.2.14. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 100,000,000원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.4.24. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점토지를 1985.1.4. 취득하여 2006.6.8. OOOOOOO에 수용협의로 양도한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고, 지목은 전이며, 양도일 현재 토지대장 및 농지원부상 농업인이 청구인으로 확인되며, 청구인이 농지소재지에 거주한 사실이 주민등록등본에 의하여 확인되고, 청구인이 쟁점토지에 여러 종류의 조경수와 묘목을 8년 이상 자경한 사실이 조경수 등이 확인되는 사진, 농약·종자·농자재·비료 등을 청구인에게 판 OOO의 확인서, 묘목을 청구인과 함께 직접 식재한 OOO의 확인서, OOOOO공사가 쟁점토지 등 수용협의시 보상한 손실보상액명세에 능소화, 두충나무, 등나무, 단풍나무, 배나무, 소나무, 라일락, 모과, 무궁화, 느티나무, 백일홍, 복숭아, 실단풍 등 수십종의 수목과 많은 어린 묘목들이 보상가액에 포함된 것 등에 의하여 확인되는 바, 사실이 위와 같고 국세기본법 제84조의 5의 규정에 의하여 납세자는 성실하고 납세자가 제출한 신고서 및 증빙이 진실한 것으로 추정받음에도 불구하고 처분청이 막연한 추측으로 청구인이 묘목 등을 8년 이상 자경하지 않은 것으로 판단하여 감면을 배제한 것은 부당하므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

OOOOO공사에서 작성한 물건기본조사서 및 손실보상액명세를 보면, 능소화, 두충나무, 등나무, 단풍나무, 배나무, 소나무, 라일락, 모과, 무궁화, 느티나무, 백일홍, 복숭아, 실단풍 등 수십종의 수목과 어린 묘목들이 보상가액에 포함되어 있으나 심판례나 예규에 의하면 소나무, 배나무, 느티나무 등은 성장된 수목들로 타지에서 구입한 후 쟁점토지에 식재된 것으로 지세법시행령제2조&public_ilja=&public_no=&dem_no=2007서1525&dem_ilja=20070901&chk2=1" target="_blank">농지세법시행령 제2조 제3호에서 규정하는 조경 또는 관상용 수목이나 판매를 목적으로 하는 묘목이라기 보다는 성숙된 나무를 외부로부터 구입하여 식재한 것으로 판단되고, 청구인이 제시한 증빙만으로는 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였는지 여부도 불분명하므로 쟁점토지는 조세특례제한법 제69조에서 규정하고 있는 농지에 해당하지 아니하므로 양도소득세 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도가 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면요건을 충족하지 않는다 하여 동 감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주 8년 이상[괄호안 생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자 라 함은 8년(괄호안 생략) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시 군 구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시 군 구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 대통령령이 정하는 토지 라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호안 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(이하 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.(단서 생략)

조세특례제한법시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】 ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다.

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년(괄호안 생략) 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것

2. 주민등록표등본, 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년(괄호안 생략) 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것

(2) 농지법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농지”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

가. 전·답 또는 과수원 기타 그 법적 지목 여하에 불구하고 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년성식물재배지로 이용되는 토지.(단서 생략)

나. 가목의 토지의 개량시설(유지, 양·배수시설, 수로, 농로, 제방 기타 농지의 보전이나 이용에 필요한 시설로서 농림부령이 정하는 시실을 말한다)의 부지와 고정식온실, 버섯재배사 등 농업생산에 필요한 시설중 대통령령으로 정하는 시설의 부지

2. “농업인”이라 함은 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말한다.

농지법시행령 제2조【농지의 범위】 ① 농지법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1호 가목 규정에 의한 다년성식물 재배지는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 식물의 재배지로 한다.

1. 목초·종묘·인삼·약초·잔디 및 조림용 묘목

2. 과수·뽕나무·유실수 그 밖의 생육기간이 2년 이상인 식용 또는 약용으로 이용되는 식물

3. 조경 또는 관상용 수목과 그 묘목(조경목적으로 식재한 것을 제외한다)

③ 법 제2조 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 시설”이라 함은 농작물의 경작 또는 제1항 각 호에 규정된 다년성식물의 재배지로 이용되고 있는 토지에 설치한 다음 각 호의 시설을 말한다

1. 고정식온실·버섯재배사 및 비닐하우스와 그 부속시설

2. 농막·간이퇴비장 또는 간이액비저장소

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 1985.1.4. 취득하였다가 쟁점토지가 OOOOO OOOO에 편입되어 2006.6.8. OOOOOOO공사에 수용협의로 양도하고 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세 예정신고를 한데 대하여, 처분청은 쟁점토지는 다른 곳에서 생산된 묘목 또는 성장한 나무를 구입하여 일시적으로 식재하였다가 판매하는 사업소득을 목적으로 이용된 토지로 감면대상 자경농지에 해당하지 아니한다 하여 양도소득세 감면을 배제하여 이 건 과세한 사실이 등기부등본, 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 등기부등본에 의하면, 쟁점토지(3,482㎡)는 1985.1.4. 같은날에 취득한 OOOOO OOO OOOO OOOOO O O,OOOO와 연접 지번 500-3 대지 53㎡의 일부로 같은 동 500-1의 일부에는 세멘부럭조 세멘와즙 단층주택(69.25㎡)이 소재하고 있는 것으로 나타나고, 개별공시지가자료에 의하면 그 변동내역은 아래 표와 같고, 쟁점토지의 토지이용계획에 의하면 자연녹지지역과 군사시설보호구역으로 되어 있다.

(단위 : 천원)

(3) 등기부등본, 주민등록등·초본, 국세청 전산자료에 의하면 청구인은 쟁점토지를 20년 이상 소유하였고, 1971.6.26.부터 양도일까지 쟁점토지 소재지 및 연접 구에서 거주하였으며, 미등록사업자로 수목, 묘목 등을 판매하는 사업소득에 대한 종합소득세 등을 신고한 사실과 기타 다른 소득발생자료는 없는 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 쟁점토지를 취득하여 OOOOO공사에 수용협의로 양도 할 때까지 20년 이상 소유하고 쟁점토지 소재지에서 거주하면서 농업인으로서 묘목 등을 재배하여 판매하였으므로 쟁점토지 양도에 대해 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면을 배제한 것은 부당하다고 주장하면서 등기부등본, 토지대장, 주민등록등·초본, 농지원부, 전기료영수증, 물건기본조사서 및 손실보상액명세, 사실확인서, 항공사진, 사진 등을 제시하므로 이에 대하여 본다.

(가) 조세특례제한법 제69조 규정에 의하면 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용받기 위해서는 농지소재지에 거주하면서 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 양도 당시 농지에 해당할 것을 그 요건으로 하고 있는 바,청구인이 쟁점토지를 취득한 후 그 소재지에서 8년 이상 거주하였고, 관상수 등을 재배한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(나) 2006.7.6. OOO OOOOO이 발급한 쟁점토지의 농지원부에 의하면, 지목은 전, 농지구분은 진흥밖, 경작구분은 자경, 소유자는 청구인, 주재배작물은 관상수로 기재되어 있고, 전기요금내역자료(보존기간내의 기간인 2001년 7월 이후 자료)에 의하면, 청구인은 쟁점토지 등에서 농사용 전력과 주택용 전력을 구분하여 사용한 것으로 나타난다.

(다) OOOOOO사가 쟁점토지 수용협의시 작성한 물건기본조사서 및 손실보상액명세에는 창고, 비닐하우스, 차양, 정원석, 수목[능소화(11주), 두충나무(7주), 등나무(4주), 단풍나무(46주), 배나무(1주), 소나무(16주), 라일락(21주), 무궁화(3주), 모과(2주), 꽃사과(2주), 목련(2주), 느티나무(2주), 앵두(2주), 백일홍(6주), 향나무(2주), 공작단풍(9주), 실단풍(2주), 매실(2주), 복숭아(3주), 감나무(8주), 수국(2주), 사철나무(104주), 대추나무(4주), 장미(2주), 개나리(65주), 목단(1주), 산당화(4주), 매화(13주), 회양목(51주), 철쭉((1,246주), 등근주목(526주), 선주목(97주), 왕대(4주), 은행나무(3주), 등나무(50싹), 단풍(2,000싹), 무궁화(15싹), 두충(100싹), 능소화(100싹) 등]이 기재되어 있다.

(라) OOO OOO OOO OOO OOOOOO 거주 OOO은 ‘본인은 1984년부터 2005년까지 청구인에게 농약, 종자, 농자재, 비료 등을 연간 45～50만원 정도 판매한 사실이 있다’고 확인하고 있고(2007.3.21.), OOOOO OOO OOO OOOO OOOO 거주 OOO는 ‘본인은 1985～1986년도에 주목, 자산홍, 베니, 백영사, 개나리, 회양목 등 약 3,500주를 청구인과 함께 쟁점토지에 식재한 사실이 있다’고 확인하고 있으며(2007.3.23.), 쟁점토지 인근(OOOO OOOOO, OOOOO)에 거주하는 OOO와 OOO는 ‘청구인은 1985.3월부터 2006.7월까지 약 21년간쟁점토지에서 작물재배농사를 진 사실이 있다’고 확인하고 있다(2006.7. ).

(마) 청구인이 제시한 사진(1999년, 2001년, 2002년, 2005년이 나타남)에 의하면, 쟁점토지상에 식재된 나무, 묘목 등이 나타나고, 항공사진(2005.5.21.)에도 수목이 식재되어 있는 것으로 나타난다.

(5) 위의 내용을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 20년 이상 소유하였고, 쟁점토지 취득 전부터 수용협의로 양도 될 때까지 쟁점토지 소재지에서 거주하였으며, 청구인은 쟁점토지 지번에서 주택용과 농사용으로 구분하여 전력사용요금을 지불한 것으로 나타나고, 청구인이 미등록사업자이어서 묘목, 수목 등을 판매한 사업소득발생자료는 나타나지 아니하나 기타 다른 소득발생자료가 나타나지 아니한 점을 보면 청구인은 전업으로 묘목 등을 재배·판매한 것으로 보이고, 농지원부에도 쟁점토지는 청구인이 관상수 등을 자경한 것으로 나타나며, 항공사진에도 쟁점토지 지상에 수목이 식재된 것으로 나타나고, 쟁점토지는 개발제한구역내 소재하는 토지로서 지목이 전인 쟁점토지와 지목이 대지인 연접지번(500-3)의 개별공시지가와도 2배 이상의 차이가 나는 점에서 쟁점토지는 농지로 보이고, 물건기본조사서 및 손실보상액명세를 보면, 규모가 큰 수종은 소량(1주에서 최대 16주)이나 묘목으로 보이는 규모가 작은 수종은 대량(50싹에서 최대 2,000싹)으로 나타나는 바, 청구인이 영위하는 조경 또는 관상용 수목의 재배·판매업종은 그 특성상 일부 큰 수종의 식재가 필요한 것이고 묘목으로 보이는 대량의 수종이 있음에도 처분청이 소나무, 배나무, 느티나무 등 일부 큰 수종을 예로 들면서 타지에서 구입하여 쟁점토지에 식재된 것으로 보아 쟁점토지 전체가 농지가 아니라고 추정한 것은 합리적이지 못한 점이 있는 것으로 판단된다.

따라서, 쟁점토지는 청구인이 농지소재지에 8년 이상 거주하면서 자경하고 양도 당시 농지에 해당되는 것으로 판단되므로 쟁점토지에 대하여양도소득세 감면을 배제한 이 건 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.