가. 청구법인은 2003사업연도 법인세 신고시 발행주식 총수의 100분의 1에 미달하는 주식을 소유한 주주 중에서 액면가금 3억원 이상의 주식을 보유한 일반주주의 주식변동분 1,712,155주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주식 등 변동상황명세서(이하 “주식변동상황명세서”라한다)의 소액주주란에 소액주주의 주식변동분과 합계로 일괄기재하여 제출하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2003사업연도 중 쟁점주식을 주식변동상황명세서의 소액주주란에 소액주주의 주식변동분과 합계로 일괄기재하여 제출한 것은 「법인세법 시행령」제119조 제5항 제1호 내지 제3호에 열거된 기재사항의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나, 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보아 2009.6.12. 청구법인에게 쟁점주식에 대한 주식변동상황명세서 제출불성실가산세(이하 “제출불성실가산세”라 한다) 171,215,500원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 조세회피 의도가 없는 단순한 착오로 인하여 주식변동상황명세서상 쟁점주식을 소액주주란에 소액주주의 주식변동분과 합계액으로 일괄기재하였지만, 그 밖의 기재사항으로 확인할 수 있고, 처분청이 보정요구를 하였다면 성실히 협력하여 변동내역을 확인할 수 있는데도 보정요구를 하지 아니하고 제출불성실가산세를 부과하는 것은 협력의무 불이행에 대한 제재로는 무리한 처분이다.

또한 단순착오에 의한 협력의무 위반에 대한 회사의 부담을 완화시키고자 하는 개정된「국세기본법」의 취지에도 위배되므로 제출불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

(2) 설령, 제출불성실가산세를 적용하는 것이 정당하다고 하더라도 미제출, 누락제출, 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산세로 징수하여야 한다고 규정하고 있는 바, 이 건 제출불성실가산세 부과시 액면금액을 적용하는 것은 부당하다.

(3) 청구법인은 2003사업연도의 법인세 조사를 받았는데도 불구하고 제출불성실가산세를 부과하는 것은「국세기본법」상 중복조사 금지규정에 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 법인이 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 경우에 「법인세법」제119조 제1항 및 같은 법 시행령 제161조 제5항에 의하여 주식변동상황명세서를 제출함에 있어서 소액주주가 아닌 주주의 주식이 변동사항이 있는데도 이를 주식변동상황명세서상 소액주주란에 합계로 일괄기재함으로써 주식의 변동상황을 확인할 수 없는 경우에는 같은 법 제76조 제6항에 의한 제출불성실가산세를 부과하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 제출불성실가산세 부과시 주식의 출자가액을 기준으로 하여야 한다고 주장하나, 「법인세법 시행령」제161조 제2항 및 제3항에 의하면, 제출불성실가산세를 부과함에 있어서 주식의 액면금액을 기준으로 한다고 규정하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 2003사업연도의 법인세 조사를 받았다고 주장하나, 2006사업연도 주식수 불부합 정비에 따라 2006사업연도 기초 주식수와 2005사업연도 기말 주식수가 불일치하여 청구법인에게 소명요구한 사실은 있으나, 이는 중복조사에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점주식을 소액주주란에 소액주주의 주식변동분과 합계로 일괄기재하여 제출한데 대하여 제출불성실가산세를 부과한 처분의 당부

(2) 제출불성실가산세 부과시 주식 등의 액면금액을 기준으로 하여야 하는지 여부

(3) 이 건 과세처분이「국세기본법」상 중복조사 금지규정에 위배되는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법(2004.12.31. 법률 제7317호로 개정되기 전의 것)

제76조【가산세】⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여주식 등 변동상황명세서(이하 이 조에서 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출ㆍ누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

제119조【주식 등 변동상황명세서의 제출】① 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식 등 변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

②주권상장법인 및 협회등록법인의 소액주주가 소유한 주식과 주식회사가 아닌 법인의 출자지분으로서 대통령령이 정하는 주식등에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

(2) 법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것)

제87조【특수관계자의 범위】② 제1항 제2호에서 "소액주주 등" 이라 함은 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식또는 출자지분을 소유한 주주 또는 출자자를 말한다. 다만, 당해 법인의지배주주 등과 특수관계에 있는 자는 소액주주 등으로 보지 아니한다.

제120조【가산세의 적용】⑤ 법 제76조 제6항에서 “대통령령이 정하는 불분명한 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만,제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.

1.제출된 변동상황명세서에 제161조 제5항 제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 이 항에서 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우

제161조【주식 등 변동상황명세서의 제출】② 법 제119조 제2항에서 “대통령령이 정하는 주식 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주식 등을 말한다.

1.주권상장법인의 소액주주의 주식

2. 협회등록법인의 소액주주의 주식. 다만, 협회등록 전에 주식을 취득한 경우에는 당해 주식의 액면금액의 합계액이 500만원 이하인 주주의 주식과 중소기업의 주식으로서 증권거래법의 규정에 의한 협회중개시장을 통하여 양도하는 것

3. 주식회사가 아닌 법인의 소액출자자의 출자지분

③ 제2항 제1호 및 제2호에서 "소액주주" 라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억원에 미달하고 그 주식의 시가(재정경제부령이 정하는 시가를 말한다)의 합계액이 100억원 미만인 주주를 말하며, 제2항 제3호에서 “소액출자자”라 함은 출자총액이 500만원 이하인 출자자를 말한다.

⑤법 제119조의 규정에 의한 주식 등 변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다.

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황

3. 사업연도 중의 주식 등의 변동사항

4. 소득세법 시행령 제165조 제1항 제2호 및 제3호 가목의 규정에 의한 기준시가

⑥ 제5항 제3호에서 주식 등의 변동은 매매ㆍ증자ㆍ감자ㆍ상속ㆍ증여 및 출자 등에 의하여 주주 등ㆍ지분비율ㆍ보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다.

(3) 국세기본법

제81조의4 【세무조사권 남용 금지】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(4)국세기본법 시행령

제63조의2【중복조사의 금지】법 제81조의3 제2항에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기ㆍ매점매석ㆍ무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의4 및 법 제81조의7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2003사업연도분 주식변동상황명세서를 보면, 청구법인이 주식변동상황명세서에 쟁점주식을 소액주주란에 소액주주의 주식 변동분과 합계로 일괄기재하여 주주별 변동상황을 확인할 수 없는 쟁점주식수는 1,712,155주(감소 366,955주+증가 1,345,200주)이고, 액면금액은 8,560,775천원(1,712,155주×5,000원)인 사실이 나타난다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 2003사업연도 주식변동상황명세서 제출시 쟁점주식을 소액주주의 주식 변동분과 합계로 일괄기재한 바, 소액주주 합계란의 기재사항으로 쟁점주식의 변동상황을 확인할 수 있는데도, 처분청이 소액주주별 변동내역에 대한 보정요구없이 제출불성실가산세를 부과하는 것은 협력의무 불이행에 대한 제재로는 형평상 무리한 처분이라고 주장만 할 뿐, 동 명세서의 필요적 기재사항인 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호, 주주 등별 주식 등의 보유현황, 사업연도중의 주식 등의 변동사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는지를 입증할 만한 구체적인 입증자료(결산서, 영업보고서 등)는 제시하지 못하고 있다.

(나) 살피건대, 주식변동상황명세서 제출에 관한 제도는 과세관청이 주식 등의 변동상황과 관련하여 발생하는 과세자료를 수집하여 납세자가 상속세, 증여세 및 양도소득세 등을 탈루하거나 회피하는 것을 방지하고 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위해 법인에게 협력의무를 부여하고 있는 제도로서, 청구법인이 쟁점주식을 주식변동상황명세서의 소액주주란에 소액주주의 주식 변동분과 합계로 일괄기재하여 제출함으로써 처분청이 이들 일반주주에 대한 주식변동사항을 파악할 수 없었다고 하겠다OOO

따라서, 처분청이 주식변동상황명세서에 기재사항의 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우라 하여 청구법인에게 제출불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 제출불성실가산세를 부과하는 것이 정당하다고 하더라도 미제출, 누락제출, 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산세로 징수하여야 한다고 규정하고 있으므로 당해 가산세 부과시 액면금액이 아닌 출자가액을 기준으로 하여야 한다고 주장하고 있다.

(나) 「법인세법」제76조 제6항에 의하면, 주식변동상황명세서를 제출하여야 할 국내법인이 동 명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 당해 명세서가 불분명한 경우에 는 미제출·누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 해당하는 금액을 가산세로 징수한다라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제161조 제2항 및 제3항에 의하면, 제출불성실가산세 적용시 주식회사는 액면금액으로 하고 주식회사가 아닌 법인은 출자가액을 기준으로 하는 것으로 보이므로 제출불성실가산세는 쟁점주식의 액면금액이 아닌 출자가액을 기준으로 산정하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아 들일 수 없다고 하겠다.

(4) 쟁점(3)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 「국세기본법」제81조의4 제2항에 의하면, 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등이 아니면 중복조사를 할 수 없다고 규정하고 있고, 이 건의 경우 주식변동상황명세서 작성과 관련한 단순한 착오가 조세탈루의 혐의와 무관하는데도 중복조사를 하여 이 건 가산세를 부과하는 것은「국세기본법」규정에 위배된다고 주장하고 있다.

(나) 국세통합전산망 조회자료를 보면, 청구법인에 대한 세무조사는 OOO지방국세청장이 2004.3.15.～2004.5.3. 기간에 1999.4.1.부터 2001.3.31.까지 2개 사업연도를 조사대상기간으로 하여 조사하였고, 2003사업연도에 대하여 세무조사를 한 사실은 없는 것으로 나타난다.

(다) 살피건대, 처분청은 청구법인에 대하여 2003사업연도에 대한 세무조사를 실시한 사실이 없고, 청구법인의 2006사업연도 기초 주식수와 2005사업연도 기말 주식수가 불일치함에 따라 청구법인으로부터 그 사유 소명을 받은 사실은 있으나, 2003사업연도에 대하여 중복조사를 한 사실은 없으므로「국세기본법」상 중복조사 금지규정에 위배된다는 청구법인의 주장도 받아 들일 수 없다고 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.