청구인은 94.8.20 서울특별시 노원구 OO동 OOOOOO 대지 544㎡ 및 지상상가 2,485.19㎡(이하 “쟁점상가”라 한다)를 분양하고 이에 대하여 94년 귀속 과세표준확정신고를 하면서 부동산매매업자에 대한 “종합소득세율방식”에 의하여 세액을 산정하여 서면조사결정 대상자로 자진신고납부하였다.

처분청은 96.9.16 부동산매매업자인 청구인에 대한 종합소득세액을 계산함에 있어서, 소득세법(94.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전의 것 : 이하 같음)제82조 제2항의 규정에 의거 “종합소득세율방식”과 “양도소득세율방식”에 의한 산출세액을 비교하여 그 중 많은 금액인 “양도소득세율방식”에 의하여 세액을 산출하여 94년 귀속 종합소득세 22,785,590원을 청구인에게 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 96.10.17 심사청구를 거쳐 97.1.3 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

부동산매매업에 대한 종합소득세액의 계산시 소득세법 제70조 제3항 제3호의 양도소득세 세율(2년미만 보유 60%)을 적용함은 부당하며, 동법 제3항 제1호의 양도소득세 누진세율을 적용하거나 매매차익계산시 양도소득세 과세방식에 따라 과세하여야 추계결정대상자와 형평이 유지된다.

나. 국세청장 의견

소득세법 제70조 제3항 제3호의 규정에 의하면, 보유기간 2년 미만의 자산을 양도할 시는 세율 60%를 적용하는 것이며 종합소득세를 기장에 의하여 신고하는 부동산매매업자의 경우 “종합소득세율방식”에 의한 세액과 “양도소득세율산출방식”에 의한 세액을 비교하여 높은 금액으로 과세하는 것이므로 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

“종합소득세율방식”과 “양도소득세율방식”에 의한 산출세액을 비교하여 그 중 많은 금액인 “양도소득세율방식”에 의하여 산출된 세액으로 과세한 처분의 당부

나. 관계법령

소득세법 제82조 제2항에서 “부동산매매업자로서 종합소득금액에 토지 등의 매매로 인하여 발생하는 사업소득 이외의 종합소득이 있는 자에 대한 종합소득에 대한 세액의 계산에 있어서는 제70조의 규정에 의한 종합소득산출세액과 제92조 제2항의 규정에 의한 산출세액의 당해 연도분 합계액과 종합소득과세표준에서 제92조 제1항의 규정에 의한 토지 등 매매차익의 당해 연도분 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고, 이에 기본세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액중 많은 금액을 종합소득산출세액으로 한다”고 규정하고 있고, 같은법 제3항에서 “제2항의 부동산매매업자에 대한 종합소득세액의 계산에 관한 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제134조 제2항에서 “법 제82조에 규정하는 종합소득산출세액의 계산은 재무부령이 정하는 바에 의한다”고 규정하고, 같은법 시행규칙 제67조에서 “영 제134조 제2항의 규정에 의한 종합소득산출세액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다”고 규정하고 제2호에서 “토지 등의 매매로 인하여 발생한 소득 이외의 종합소득이 있는 경우에는 다음 (가)(이하 “종합소득세율방식”이라 한다) 및 (나)(이하 “양도소득세율방식”이라 한다)에 의하여 계산한 금액중 많은 금액을 그 종합소득산출세액으로 한다”고 규정하고 있다.

(가) 종합소득 과세표준 = (매매차익 - 기타 필요경비 + 다른 종합소득금액) - 소득공제액

종합소득산출세액 = 종합소득 과세표준 × 기본세율

(나) {(매매차익 - 양도소득공제 - 법 제68조 제2항의 규정에 의한 소득공제액) × 법 제70조 제3항 각호의 규정에 의한 양도소득세율} + {(다른 종합소득금액 - 소득공제액) × 기본세율} = 종합소득산출세액

한편 소득세법 제120조에서 대통령령이 정하는 명백한 객관적 사유로 인하여 제117조 내지 제119조의 규정에 의하여 결정을 할 수 없는 때에 한하여 추계조사결정을 하도록 규정하고 있고, 같은법 시행령 169조에서 추계결정사유로서 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때 등을 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

부동산 매매업자의 토지 등의 양도소득에 대하여는 “종합소득세율방식”에 의한 세액과 “양도소득세율방식”에 의한 세액을 비교하여 그 중 많은 금액을 종합소득산출세액으로 하도록 규정한 위 관계법령의 취지는, 부동산매매업자가 토지 등 부동산을 양도하는 경우에는 사업소득에 해당하므로 “종합소득세율방식”으로 과세되는 반면, 부동산 매매업자 이외의 자인 경우에는 “양도소득세율방식”이 적용되므로, 동일한 과세물건임에도 불구하고 업태 분류의 차이로 인하여 조세부담이 상이하게 됨에 따라 이를 시정하여 과세형평을 도모하려는데 있는 것으로 보인다.

청구인은 94.8.20 쟁점상가를 신축분양하고, 쟁점상가분양에 따른 소득금액 116,293,952원과 다른사업장인 서울특별시 노원구 OO동 OOOOO소재 노원 OOO 등 2개 사업장에 대한 사업소득금액 32,052,900원 합계 148,346,852원에서 2,220,000원을 소득공제한 146,126,852원을 과세표준금액으로 하고, 소득세법 제70조 제1항의 종합소득세율 45%를 적용한 총결정세액을 54,797,080원으로 하여 서면조사결정대상자로 94년 귀속 과세표준확정신고를 자진신고 하였으며, 이러한 청구인의 “종합소득세율방식”에 의한 신고에 대하여 처분청은 소득세법 제70조 제3항 제3호의 규정에 의한 세율 60%(보유기간 2년 미만의 자산을 양도할 시 적용세율)을 적용하여 “양도소득세율방식”에 의하여 세액을 산출하여 94년 귀속 종합소득세 22,785,590원을 청구인에게 결정고지 하였음이 제출된 과세자료에서 확인되며 그 사실에 대하여 다툼이 없다.

청구인은 부동산매매업에 대한 종합소득세액의 계산시 소득세법 제70조 제3항 제3호의 양도소득세 세율(2년미만 보유 60%)을 적용함은 부당하며 같은법 제3항 제1호의 누진세율을 적용하거나 매매차익계산시 양도소득세 과세방식에 따라 과세하여야 추계결정대상자와 형평이 유지된다며 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 이 건 과세는 소득세법 제119조에 의거 비치·기장된 장부와 증빙서류에 의한 청구인의 과세표준확정신고에 의해 과세된 것으로 추계결정대상에 해당하지 아니하며, 결손이 발생하였을 경우에 청구인이 양도소득세 과세방법에 의하여 세액을 계산하여 별도로 납부하는 것은 아니므로, 처분청에서 소득세법 제82조 및 동법 시행규칙 제67조의 규정에 따라 “종합소득세율방식”에 의한 세액과 “양도소득세율방식”에 의한 세액을 비교하여 그 중 많은 금액인 “양도소득세율방식”에 의하여 산출된 세액으로 결정고지한 이 건 과세처분은 적법한 것으로 판단된다.

라. 결론

위와 같은 이유로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.