2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 11. 26. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 61,722,626원, 2012 사업연도 법인세 181,746,023원, 2013 사업연도 법인세 227,267,678원의 각 경정청구 거부처분을 취소한다.

가. 원고는 비영리 의료법인으로서, 2011 사업연도부터 2013 사업연도까지 원고가 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제6항 제3호, 구 법인세법 시행규칙(2014. 3. 13. 기획재정부령 제409호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조의2에서 정하는 '의료기기 등' 고정자산을 취득하기 위하여 지출한 다음 아래 [표] 기재 금액을 구 법인세법 시행령 제56조 제10항에 따라 '의료발전회계'상 고유목적사업준비금 지출액으로서 의료발전준비금으로 대체하는 것으로 구분경리하였고, 피고에 대하여 같은 내용의 고유목적사업준비금 조정명세서를 첨부하여 과세표준 신고를 마쳤으며, 이에 피고는 해당 과세표준에 따라 원고에 대하여 2011 사업연도부터 2013 사업연도까지 법인세를 부과하였다.

"나. 한편 원고는 2012. 11. 8.경 OO OO구 OO동 909 토지 등(이하이 사건 토지'라고 한다)을 매매대금 19,536,000,000원에 취득하면서 그 대금 및 취득세 등 부대비용의 지급을 위하여 2012 사업연도에 19,123,000,000원을, 2013 사업연도에412,702,580원을 각 지출하였는데(이하 위 각 지출 금액을 '이 사건 지출 금액'이라고 한다), 이 사건 지출 금액을 '의료발전회계'상의 고유목적사업준비금 지출액으로 구분경리하지는 아니하였다.",다. 이후 원고는 2015. 7. 23. 피고에 대하여 "이 사건 지출 금액은 실질적으로 고유목적사업준비금 지출액에 해당하는데, 원고 측의 단순한 착오로 이 사건 지출 금액을 일반 지출 금액으로 잘못 경리하였으니 이를 다시 '의료발전회계'상 고유목적사업준비금 지출액으로 경리하고 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제2항에 따라 2011 사업연도부터 2013 사업연도까지 손금으로 계상・산입되어 있던 고유목적사업준비금에서 순차로 상계하여1) 원고의 법인세 과세표준을 변경하여 주고, 그 변경에 따라 2011 사업연도 법인세 61,722,626원, 2012 사업연도 법인세 181,746,023원, 2013 사업연도 법인세 227,267,678원을 각 감액경정하여 달라"는 내용의 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라고 한다) 제45조의2, 부칙 제7조 제1항에 따른 법인세 경정청구를 하였으나, 피고는 2015. 11. 26. 위 경정청구에 대하여 거부처분을 하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라고 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 12. 7. 기각결정을 받았다.

2. 원고의 주장

1) 원고의 계산에 따르면 2011 사업연도 손금(고유목적사업준비금) 561,114,780원, 2012 사업연도 손금 1,418,385,297원, 2013 사업연도 손금 2,272,676,786원에서 순차로 상계된다. 이 사건 지출 금액은 원고가 병원 부지로 사용할 목적으로 이 사건 토지를 매입하면서 발생한 지출인바, 이는 구 법인세법 시행령 제56조 제6항 제3호, 구 법인세법 시행규칙 제29조의2 제1항 제1호에서 정하는 바에 따라 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로서 구 법인세법 제29조 제2항에 따라 2011 사업연도부터 2013 사업연도까지 손금으로 계상・산입되어 있던 고유목적사업준비금에서 순차로 상계처리되어야 한다. 원고가 당초 과세표준 신고를 하면서 이 사건 지출 금액을 구 법인세법 시행령 제56조 제10항에 따라 '의료발전회계'상 고유목적사업준비금 지출액으로서 의료발전준비금으로 대체하는 것으로 구분경리하지 못하였던 것은 사실이나, 구 법인세법 시행령 제56조 제10항은 회계기술적 규정에 불과하므로 위 규정을 위반한 경우에도 비영리법인의 수익사업・비수익사업간 구분경리에 관하여 규정한 구 법인세법 제113조를 위반한 경우와 같이 형식적인 회계처리에 따를 것이 아니라 실질에 맞게 과세되어야 한다. 구 법인세법 제29조 제2항에서도 고유목적사업준비금에서 지출하는 경우는 '먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 한다'고 규정하고 있을뿐 이에 대하여 반드시 회계처리까지 하여야 한다는 취지의 규정을 두고 있지 아니하므로, 위 규정의 문언상 고유목적사업준비금의 사용・지출에 있어서 반드시 사전에 구분경리 등 회계처리를 하여야 하는 것은 아니라고 할 것이다. 따라서 이 사건 지출 금액이 손금 산입되어 있던 고유목적사업준비금의 사용에 의하여 지출된 것으로 과세표준을 경정하여 달라는 원고의 청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 판단

가. 관계 법령

별지1 '관계 법령' 기재와 같다.

나. 판단

(1) 앞서 본 인정사실 및 갑 제4 내지 11호증의 각 기재에 의하면, 원고가 2012.11. 8.경 이 사건 토지를 매입하고 이 사건 지출 금액을 지출한 다음 2012 사업연도에 19,123,000,000원을, 2013 사업연도에 412,702,580원을 지출한 것으로 회계처리한 사실, 2014. 12. 2. 이 사건 토지 지상에 지하 2층, 지상 10층, 연면적 38,737.97㎡의 의료시설(종합병원)을 건설하기 위한 건축허가를 받은 사실이 인정되고, 이러한 인정사실에 의하면 이 사건 지출 금액은 원고가 병원 부지로 사용할 목적으로 이 사건 토지를 매입하면서 발생한 지출인 사실이 인정된다.

(2) 그러나 ① 법인세법 등에 의하여 일정한 법령상의 제한을 받는 법인의 익금이나 손금 항목 중에서 설정(계상) 여부나 범위가 법인 자신의 의사에 의하여 결정되는 것들은 법인의 회계처리를 통한 결산 반영에 의하여 최종적으로 확정된다고 할 것이므로[이른바 '결산조정(closing adjustment)'], 법인이 특정 사업연도에 결정・실행한 비용지출의 항목이나 재원 등의 사항은 해당 사업연도에 있어서의 위와 같은 법인의 회계처리를 통한 결산 반영으로써 객관적으로 드러날 뿐만 아니라 확정된다고 보아야 하는 점, ② 구 법인세법 제29조 제1항은 의료법인 등 비영리 내국법인의 경우 각 사업연도에 고유목적사업준비금을 '손금으로 계상한 경우' 일정한 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다고 규정하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하는 회계처리를 한 경우에 한하여 손금으로 산입되는 것으로 명시하고 있는 점, ③ 구 법인세법 제29조 제2항도 의료법인 등 비영리 내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 하는 것이고, 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항과 같이 손금에 산입한다고 규정하여 고유목적사업준비금의 사용에 있어서도 상계 순서 및 고유목적사업 지출 금액이 손금 계상 고유목적사업준비금 잔액을 초과하는지 여부를 법인의 손금 계상 등 회계처리의 결산조정 대상기간인 각 사업연도를 기준으로 판단하도록 규정하고 있는 점, ④ 구 법인세법 제29조 제1항을 적용받기 위한 요건으로서 구 법인세법 제29조 제7항은 고유목적사업준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치・보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제56조 제9항도 과세표준 신고(각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3월 이내에 신고하여야 한다. 구 법인세법 제60조 제1항)와 함께 기획재정부령이 정하는 '고유목적사업준비금 조정명세서'를 제출하도록 정하고 있으며, 구 법인세법 시행규칙 서식 제27호(별지2)에 따르면 이러한 고유목적사업준비금 조정명세서에는 각 사업연도별 손금 산입액과 함께 직전 사업연도까지의 고유목적사업준비금 지출액과 해당 사업연도 고유목적사업준비금 지출액을 기재하도록 하고 있는 점, ⑤ 더구나 구 법인세법 시행령 제56조 제10항이 의료법인이 같은 조 제6항 제3호에 따라 고유목적사업준비금의 '사용(지출)'으로 인정받고자 하는 경우 손금으로 계상하고 있는 고유목적사업준비금 상당액을 '고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계'인 '의료발전회계'(구 법인세법 시행규칙 제29조의2 제2항)로 구분하여 경리하여야 한다고 명시적으로 규정하고 있는 점, ⑥ 구 법인세법 제29조 제1항이 정한 고유목적사업준비금의 손금 산입은 실제 지출이 되지 아니하고 법인이 이를 보유하고 있어 익금으로 과세되어야 하는 상황임에도 고유목적사업을 위한 손금 계상만으로도 손금으로 산입되는 것으로 인정하여 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 과세하지 아니하도록 하는 것(구 법인세법 제29조 제4항 제4호)으로서 특혜규정인 이상 조세공평의 원칙상 엄격하게 해석되어야 하는 점, ⑦ 구 법인세법 제29조 제4항 제4호, 제5호에 의하면, 법인의 입장에서 고유목적사업준비금을 손금 계상한 사업연도 종료일 이후 5년의 기간 내에서 고유목적사업준비금의 사용 여부나 금액을 스스로 정할 수 있고 필요에 따라서는 그 기간 내에 손금 계상 고유목적사업준비금 중 일부나 전부를 익금으로 환입하여 보유하거나 다른 용도에 사용할 수도 있을 뿐만 아니라, 의료법인이 의료기기 등 고정자산을 취득하기 위하여 지출을 하는 경우라도 하더라도 그 지출이 당연히 손금으로 계상되어 있는 고유목적사업준비금으로 이루어져야 하는 것이라 할 수 없고 얼마든지 고유목적사업준비금과 무관한 자산이나 채무 부담 등을 통하여 이루어질 수도 있는 이상, 결국 의료기기 등 고정자산의 취득을 위한 지출을 손금 계상된 고유목적사업준비금의 사용에 의할지 여부는 의료법인의 의사와 선택에 따라 정해지는 것이라 할 것인 점, ⑧ 의료법인이 의료기기 등 고정자산의 취득을 위한 지출을 하면서 이를 손금 계상되어 있는 고유목적사업준비금으로 충당할지 또는 이와 무관한 자산 등으로 충당할지 여부에 관한 의료법인의 의사 결정 여부나 내용은 객관적 자료에 의하여 공식적으로 드러나지 않는다면 제3자나 과세관청의 입장에서 확인이 용이하지 않을 뿐만 아니라 그 확정 여부 또한 명확하다고 할 수 없고, 결국 이는 의료법인의 해당 사업연도에 있어서의 회계처리를 통한 결산, 이를 전제로 하여 해당 사업연도 종료일 이후 3월 이내에 이루어지는 과세표준 신고 및 이와 함께 이루어지는 고유목적사업준비금 조정명세서 제출에 의하여 비로소 대외적으로 명확히 드러나고 공식화되는 것으로 볼 수 있으므로, 의료기기 등 고정자산의 취득에 있어서 해당 사업연도 종료에 따른 회계처리를 통한 결산과 이에 근거한 과세표준 신고가 손금 계상되어 있는 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 이루어지지 않았다면 이는 해당 의료법인이 고유목적사업준비금이 아닌 자산 등으로 이를 지출하기로 선택한 것으로 볼 수밖에 없고, 해당 사업연도 종료에 따른 회계처리 결산과 이에 근거한 과세표준 신고가 이루어진 이후에 회계처리 내용의 사후적 변경을 통하여 의료기기 등 고정자산의 취득을 위한 고유목적사업준비금 사용 여부에 관한 의료법인의 의사 결정 내용이 달라지게 될 수는 없다고 할 것인 점 등을 종합하여 보면, 의료법인이 의료기기 등 고정자산을 취득하기 위한 지출을 함에 있어 손금 계상하여 두고 있던 고유목적사업준비금을 사용하기 위하여는 해당 사업연도에 구 법인세법 시행령 제56조 제10항이 정한 바와 같이 손금 계상되어 있던 고유목적사업준비금을 의료발전회계로 구분경리하여야 하고, 지출 해당 사업연도 에 이러한 구분경리가 된 바 없이 회계처리되어 결산이 이루어지고 해당 사업연도 종료일 이후 이루어지는 과세표준 신고까지 이루어졌다면 해당 사업연도에 고유목적사업준비금의 사용이 이루어진 것으로 인정될 수 없다고 봄이 상당하다.

(3) 한편 원고는 경정청구에 대하여 5년의 기한을 정한 구 국세기본법 제45조의 2 일반 경정청구 제한규정 외에 구 국세기본법이나 여타 관련 법령에서 의료법인의 선택으로 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있는 기한을 정한 규정이나 고유목적사업준비금 사용에 있어서의 경정청구를 명시적으로 제한하는 규정을 두고 있지 아니하므로, 고유목적사업준비금 사용에 관한 회계처리와 관련하여서도 구 국세기본법 제45조의2의 일반 경정청구 제한규정의 기한 요건만을 충족하면 경정청구가 허용되어야 한다는 취지로 주장하므로 살피건대, 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호는 '과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때' 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구할 수 있도록 정하고 있는데, 앞서 본 바와 같이 고유목적사업준비금 손금 산입의 취지와 규정 내용, 특혜규정에 대한 엄격 해석의 원칙 등에 비추어 의료기기 등 고정자산의 취득을 위한 지출에 있어 해당 사업연도에 손금 계상되어 있던 고유목적사업준비금을 의료발전회계로 구분경리된 바 없이 회계처리되어 결산이 이루어지고 해당 사업연도 종료일 이후 과세표준신고까지 이루어졌다면 해당 사업연도에 고유목적사업준비금의 사용이 이루어진 것으로 인정될 수 없다고 봄이 상당한 이상, 원고가 종전에 신고한 과세표준 자체가 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준액에 해당하고 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에서 경정청구의 사유로 정하고 있는 '신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 과세표준을 초과할 때'에 해당한다고 할 수는 없으므로, 고유목적사업준비금의 의료발전회계로의 구분경리가 된 바 없이 과세표준 신고가 이루어진 경우에도 경정청구가 허용된다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

다. 소결

그렇다면 앞서 본 인정사실에 나타난 바와 같이 원고가 이 사건 지출 금액을 2012 사업연도 및 2013 사업연도에 지출하면서 각 해당 사업연도 종료일로부터 3월이 지난 후까지도 구 법인세법 시행령 제56조 제10항에서 정하는 바와 같이 이 사건 지출 금액에 상응하는 고유목적사업준비금 사용 내역을 '의료발전회계'로 구분경리하지 아니하였을 뿐 아니라 과세표준 신고를 하면서 구 법인세법 제29조 제7항, 같은 법 시행령 제56조 제9항에서 정하는 바와 같이 피고에게 제출한 고유목적사업준비금 조정명세서상에 그 지출 금액을 반영하지도 아니하였던 이상, 이 사건 지출 금액을 사후적으로 고유목적사업준비금 사용액으로 인정하여 기존 손금 계상 고유목적사업준비금에서 상계하여 달라는 원고의 경정청구는 허용된다고 할 수 없다. 따라서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다