청구인은 2006.12.26. OOOOO OOO OOO OOO OOOO 소재 OOOOOOOO OOOO OOOOO(주거전용부분 84.96㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 790,000천원에 양도하고 2007.2.21. 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고하였다가 2007.10.9. 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 제2호의 신축주택취득자의 양도소득세 감면에 해당한다 하여 납부한 세액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

처분청은 2008.1.14. 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호의 자기가 건설한 신축주택에 해당하고 신축주택 취득기간(2001.5.23～2003.6.30) 경과후인 2004.9.30. 사용승인을 받은 주택으로 신축주택취득자의 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세 감면 적용을 배제하여 청구인에게 경정청구거부통지를 하였다.

청구인은 이에 불복하여 2008.4.10. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호의 규정은 주택조합 등이 조합원과 조합원 외의 자에게 주택을 분양할 경우 일반분양자에게만 조세감면을 적용하는 것은 과세형평상 문제가 발생하므로 조합원도 일반분양자와 동일하게 감면규정을 적용하도록 하는 것이 그 취지라고 할 것인 바, 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호에서 규정한 대통령령이 정하는 주택에 해당하며 동법시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정에 부합하여 감면요건을 충족하였으므로 처분청이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을, 제2호는 자기가 건설한 신축주택의 경우를 규정하고 있고, 제1호와 제2호는 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택을 포함하고 있지만 조세특례제한법시행령 제99조의3 제1항 제1호의 위임근거내에서 해석되어야 할 것이므로 제1항 제1호의 단서 규정의 해석은 조합원이 조합원의 자격으로 당연히 취득하는 주택이 아닌 일반분양자의 자격으로 참가하여 주택을 취득시(조합원 일반분양분), 조합원 외의 자(일반분양자)가 신축주택 취득기간 중에 조합원분양 외의 주택에 대하여 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우가 있는 경우 사용승인 또는 사용검사가 신축주택취득기간을 경과한 경우에도 감면을 적용받을 수 있는 것으로 해석하여야 할 것이다.

(2) 쟁점주택은 조합원의 자격으로 당연히 취득하는 주택에 해당하므로 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호의 규정이 아닌 제1항 제2호의 규정을 적용받는 주택에 해당하며 신축주택 취득기간을 경과하여 사용승인이 되었으므로 감면요건을 충족하지 못한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주택 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조의 3 규정을 적용하여 양도소득세 감면특례를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】(2002.12.11, 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

조세특례제한법시행령 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14 제목개정)(2001. 12. 31, 대통령령 제17458호로 개정된 것)

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택” 이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원” 이라 함은 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

(2) 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14 제목개정)(2002. 12. 11, 법률 제6762호로 개정된 것)① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(3)조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)

제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택을 양도하고 2007.2.21. 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고하였다가 2007.10.9. 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 제2호의 신축주택취득자의 양도소득세 감면에 해당한다 하여 경정청구를 한데 대하여 처분청은 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호의 자기가 건설한 신축주택에 해당하고 신축주택 취득기간(2001.5.23～2003.6.30) 경과후인 2004.9.30. 사용승인을 받은 주택으로 신축주택취득자의 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세 감면 적용을 배제하여 청구인에게 경정청구거부통지한 사실이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호에서 규정한 대통령령이 정하는 주택에 해당하며 동법시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정에 부합하여 감면요건을 충족하였으므로 처분청이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(3) 쟁점주택 등기부등본에는 청구인이 2004.11.26. 쟁점주택을 소유권 보존으로 취득하여 2006.12.26. 청구외 OOOOOOO에게 790,000천원에 소유권이전한 사실이 나타나고 있고, 청구인이 제시한 조합원분담금납부계약서 사본(2001.9.19)에는 OOOOOOOOOOOOO OOO과 시공사인 OOOOOOOO OOOO OOO와 조합원인 청구인이 2001.9.19. 조합원분담금 납부계약을 체결한 내용이 나타나고 있으며, 청구인이 위 조합의 조합원임에는 다툼이 없다.

또한, 조합원 분담금 및 회차별 납부일자는 아래와 같다.

(단위:천원)

(4) 조세특례제한법 제99조의3 제1항에서 제1호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을, 같은 조 같은 항 제2호는 자기가 건설한 신축주택의 경우를 규정하고 있으며, 위 제1호와 제2호 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택의 경우를 포함하고 있고, 조세특례제한법시행령 제99조의3 제3항 제2호에서 조합원이 취득하는 주택은 상위법인 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호의 위임근거 내에서 해석하여야 할 것이므로 조합원이 일반 분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 할 것이므로 조합원의 주택취득이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호에 해당하는지 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정하여야 할 것이다(OOOOOOOOOOO, 2006.5.24 합동회의, 같은 뜻임).

(5) 살피건대, 이 건의 경우 청구인은 쟁점주택을 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호에 해당되고 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30)이 경과한 2004.9.30.에 쟁점주택에 대한 사용승인을 받아 조세특례제한법 제99조의3의 규정에 의한 신축주택취득자의 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였으므로 처분청이 양도소득세 감면 적용을 배제한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.