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경정
청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이「조세특례제한법」제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

조세심판원 조세심판 | 조심2011서3593 | 법인 | 2012-06-28

[사건번호]

[사건번호]조심2011서3593 (2012.06.28)

[세목]

[세목]법인[결정유형]경정

[결정요지]

[결정요지]전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보이나, 쟁점재위탁비 발생당시 연구 및 인력개발비를 재위탁 받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액이 확인되지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당함

[관련법령]
[참조결정]

[참조결정]조심2009서3678 / 조심2011서1923 / 조심2011전0080

[주 문]

OOO세무서장이 2011.6.20. 청구법인에게 한 법인세 2005(2005.4.1.~2006.3.31.)사업연도 OOO. 2007사업연도O,OOO,OOO,OOOO, 2008사업연도OOO의 부과처분 중

1. 2005사업연도 법인세 관련 심판청구는 이를 각하한다.

2. 2007~2008사업연도 법인세는 처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 금액 OOO 중 주식회사 OOO부터 재위탁 받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 재조사하여 이를 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정한다.

3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구법인은 금융업(손해보험업)을 영위하는 법인으로, 각종 보험업에 필요한 전산시스템(차세대시스템, 보험관리콜센타시스템 등) 개발과 관련하여 주식회사 OOO(이하 “수탁자”라 한다)에게 개발을 위탁하고, 2005~2008사업연도(2005.4.1.~2009.3.31.)에 대한 법인세 신고 또는 경정청구를 통해 수탁자가 재위탁한 비용을 포함한 위탁비용을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 총 18,691,408,870원을 납부할 세액에서 공제하였다.

나.처분청은 수탁자가 재위탁한 연구개발용역비 OOO은(이하 “쟁점재위탁비”라 한다) 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다 하여 쟁점재위탁비에 대한 연구개발용역비를 제외하고 세액공제를 재계산하여 2011.6.20. 청구법인에게 2005사업연도(2005.4.1.~2006.3.31.) 법인세 OOO, 2011.7.25. 2007사업연도(2007.4.1.~2008.3.31.) 법인세O,OOO,OOO,OOOO, 2008사업연도(2008.4.1.~2009.3.31.) 법인세 OOO, 합계OO,OOO,OOO,OOOO(OOO O,OOO,OOO,OOOO OO)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조특법상 수탁자인 연구개발 전담부서가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 다시 위탁하는 경우인 재위탁 기술개발비용에 대해서 세액공제의 적용을 배제하는 명문의 규정은 존재하지 않는바, 과세관청이 새로운 유권해석(기획재정부 조세특례제도과-844, 2009.9.25., 법인세과-675, 2010.7.14.)을 통하여 쟁점재위탁비를 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 대상에 제외하는 것은 엄격해석의 원칙에 반하는 것인 점,

청구법인은 2009.2.18. 국세청의 유권해석(서면2팀-724, 2008.4.17. 외 다수)을 근거로 수탁자의 재위탁 기술개발비용까지 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 포함하여 2005사업연도~2007사업연도에 대한 경정청구를 하였고, 처분청은 경정청구 내용이 정당한 것으로 판단한다는 공적인 견해를 문서로 명확하게 표명하고 법인세액까지 환급하는 등 청구법인이 수탁자의 재위탁 기술개발비용까지 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 포함되는 것으로 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없으며, 청구법인은 처분청의 견해표명을 신뢰하여 수탁자의 재위탁 기술개발비용까지 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 대상에 포함하여 2008사업연도 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고ㆍ납부하였고, 처분청은 새로운 유권해석을 통하여 쟁점재위탁비를 세액공제의 대상에 제외하였으므로, 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙을 위반한 점,

기업으로부터 기술개발용역을 위탁받은 수탁자가 이를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁하는 경우에도 제3자가 수행한 용역의 결과물이 수탁자의 기술개발의 결과물에 포함되어 있으므로 재위탁 기술개발비용도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 대상이 되는 것으로 해석하는 것이 기술개발의 활성화라는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제제도의 취지에 부합하는 점,

우리나라의 IT산업의 상황에서 재위탁 기술개발비용에 대하여 세액공제를 적용하지 않는 경우에는 대기업과 중소기업간 양극화 현상이 심화되고, 대기업 OOO가 하나의 시스템을 구축함에 있어 필요한 모든 기술을 보유하는 것은 현실적으로 불가능하며, 대기업 OOO를 중심으로 대기업과 중소기업간의 원활한 기술교류를 통하여 전문화된 기술을 보유한 하청업체들의 용역의 결과물이 융합되는 것이 국가 차원에서의 기술발달에 공헌하는 바가 더 클 수 있는 점 등을 고려하여 볼 때 처분청의 과세처분은 부당하고,

수탁자가 재위탁한 비용 전체를 세액공제대상으로 보기 어려운 경우에도, 1차 수탁자가 연구개발 전담부서를 보유한 2차 수탁자에게 다시 위탁하는 경우(전자)와 위탁자가 연구개발 전담부서를 보유한 2차 수탁자에 직접 위탁하는 경우(후자)는 계약의 주체에만 차이가 있을 뿐 동일한 기술개발용역을 제공받는다는 점에서 거래내용의 실질은 동일한 점,

1차 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 연구개발 전담부서를 보유한 2차 수탁자에게 다시 위탁하는 경우에도 전담부서 재위탁 기술개발비용에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하지 않는 경우 위탁자는 1차 수탁자에 기술개발용역을 위탁하지 아니하고 재위탁되는 기술분야에 대해서는 2차 수탁자에 직접 위탁할 것이며, 이 경우 동일한 기술개발용역을 제공받음에도 불구하고 조세목적상 계약을 분리하여 체결하고 공정을 분리하여 관리하여야 한다는 점에서 불필요한 납세협력비용이 발생하는 점 등으로 보아, 수탁자가 재위탁받았는지 여부에 관계없이 연구개발 전담부서를 보유하고 있는 경우에는 이에 해당하는 재위탁 기술개발비용에 대해서는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제가 적용되어야 한다.

(2) 청구법인은과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰하였고 이러한 신뢰에 대해서 청구법인의 귀책사유가 없는 경우에 해당하므로 청구법인이 2008사업연도 귀속 법인세과세표준 및 세액을 신고ㆍ납부함에 있어 수탁자의 재위탁 기술개발비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 대상에서 제외하도록 하는 것은 납세자에게 불가능한 의무를 지우는 것이며, 이행불가능한 의무에 위반하였다고 하여 가산세를 부과하는 것은 위법한 과세처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 조특법 시행령 제9조 제2항은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있으며, 시행령 별표 6에서 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있고, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 국가정책적으로 조세측면에서 특별히 지원하는 제도인바, 이와 같이 납세자에게 혜택을 주는 규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 위탁개발용역을 수탁법인이 아닌 자체적으로 영리활동을 하는 독립기관인 제3자에게 재위탁하였을 경우 그에 상당하는 금액은 세액공제를 받을 수 없는 점,

청구법인은 조특법에 연구개발비에 대하여 제3자에게 재위탁한 기술개발비용에 대해 세액공제 적용을 배제한다는 규정은 없다고 하면서 전산개발용역의 경우 수탁받은 업체가 제3자에게 재위탁하는 것은 IT업계의 일반적인 수직적 하청구조 및 기술발달 추세에 따라 사회통념상 세액공제를 하여야 함이 타당하다 주장하나, 해당업계만 특정하여 사회·경제적 관행적으로 이루어지고 있다 하여 명문규정에 없는 제3자 재위탁비용을 조특법에 대한 엄격해석원칙에 반해 임의로 해석하여 세액공제를 받을 수 없는 점,

재위탁비용은 세법을 납세자가 임의로 확대해석하고 있었던 부분을 예규로서 관련내용을 명확히 해석한 것으로 과세관청에서는 공제대상이라는 견해를 표명한 사실이 없고, 납세자의 질의에 대한 과세관청의 회신 또는 견해표명의 내용이 불분명하거나 합리적인 근거에 입각하지 아니하여 납세자의 일정한 행위 또는 재산의 원인이 되지 아니하는 경우로서 보호할 만한 가치가 있는 신뢰의 대상이 없는 때에는 동 원칙이 적용되지 아니하는 점 등을 고려할 때 처분청의 과세처분은 정당하며,

청구법인은 실질과세의 원칙 및 조세형평상 재수탁업체가 전담부서를 보유하고 있는 경우 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되어야 한다고 주장하나, 세법규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 위탁업체에서 직접 위탁용역을 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였을 경우, 위탁용역을 재위탁하는 경우 전담부서 및 계약여부를 불문하고 세액공제를 받을 수 없는 것이며, 기획재정부 및 국세청 유권해석(재조특-884, 2009.9.25., 법인세과-483, 2010.5.26.)도 같은 입장이다.

(2) 청구법인은 2008사업연도 납부불성실가산세 부과처분에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제 규정의 해석이 불분명한 상황에서 가산세를 부과하는 것은 부당하다는 주장이나, 쟁점재위탁비의 경우 청구법인이 엄격히 해석되어야 할 조특법을 임의로 해석하여 세액공제를 신청한 것으로서, 납세의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2005사업연도에 대한 심판청구가 적법한 청구인지 여부

② 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이 「조세특례제한법」제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부

③청구법인에게 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1.중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구 및 인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

(2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

〔별표6〕

연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항관련)

구분

비용

1. 기술개발

나. 위탁 및 공동기술개발

①다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용

고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학

㉯국·공립연구기관

㉰정부출연연구기관

㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

(5) 국세기본법 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

국세기본법 제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

제68조【청구기간】① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항의 규정을 준용한다.

제47조【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다.

제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다.

납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①(2005사업연도에 대한 심판청구가 적법한 청구인지 여부)에 대하여 살펴본다.

(가) 우편물송달자료를 보면, 처분청은 2005사업연도 법인세 OOO에 대한 납세고지서를 2011.6.20. 등기우편물OOO로 청구법인에게 송달(수령자 : 회사동료)하였고, 청구법인은 2011.9.27. 이 건 심판청구를 제기한 사실이 확인된다.

(나) 청구법인은 「국세기본법」제68조에 의하여 처분의 통지를 받은 날인 2011.6.20.부터 90일 이내일 2011.9.18.까지는 심판청구를 하여야 하는바, 99일이 경과한 2011.9.27. 비로소 제기한 2005사업연도에 대한 심판청구는 법정청구기간을 경과한 부적법한 것(조심 2011전80, 2011.1.17. 같은 뜻)으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)기업부설연구소 인정서를 보면, 수탁자에 소속된 주식회사 OOO 정보기술연구소는 2007.2.15. OOO으로부터 기업부설연구소 인정을 받은 것으로 나타난다.

(나)처분청이 조사한 청구법인의 연구 및 인력개발비 세액공제 및 지출내역은 아래 <표1> 및 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO : OO O OOOOO OOOO OO

(OO : OOO)

O OOOO, OOOO, OOOOOOOOO OOOOO OO OOOOO O,OOOOOO OO

(다) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지에 대하여 살펴보면,

금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 조특법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점,

위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점,

1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된「조세감면규제법 시행령」별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조),

전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고,「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조) 등을 감안할 때, 쟁점재위탁비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)으로 보이나, 연구 및 인력개발비를 재위탁받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액이 확인되지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

(3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것이다.

(나) 이 건은 쟁점재위탁비에 대하여 세액공제를 적용하여 납부세액을 과소하게 신고한 경우로 당초 납부한 세액을 환급받음과 동시에 환급가산금을 수령하였고, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 그 납부의무의 이행을 확보하고자 하는 목적 외에도 세법상의 신고기한까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로 청구법인이 미달납부(초과 환급)한 세액에 대하여납부(환급)불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구의 심리결과 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.