2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2007. 3. 1. 원고에 대하여 한 2000년도 제2기분 부가가치세 23,199,780원, 2000 사업연도 귀속 법인세 13,726,830원, 2001 사업연도 귀속 법인세 13,100,610원, 2002 사업연도 귀속 법인세 7,768,890원의 각 부과처분 및 2003 사업연도 귀속 10,122,070원, 2004 사업연도 귀속 5,557,017원, 2005 사업연도 귀속 6,761,531원의 각 금액을 각 해당연도 이월결손금에서 공제한 결정처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

원고는 제1심에서 피고를 상대로 청구취지 기재 각 처분의 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 그 중 2003 사업연도 귀속 10,122,070원, 2004 사업연도 귀속 5,557,017원, 2005 사업연도 귀속 6,761,531원의 각 금액을 각 해당연도 이월결손금에서 공제한 결정처분의 취소를 구한 부분을 각하하고, 법인세 및 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분을 인용하였다. 이에 대하여 피고만이 항소하였으므로, 이 법원의 심판대상은 법인세 및 부가가치세 부과처분 취소청구 부분에 한정된다.

2. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 제7쪽 제9행의 '부족하고' 다음에 '(원고의 통장 인출금액이 원고가 받은 입금표 금액과 다소간 차이가 있다든지 이 사건 물품 중 일부에 대하여 원고의 유형자산감가상각비명세서에 취득일자와 공급가액이 상이하게 기재되어 있다는 사정을 보태어 보아도 역시 추인하기에 부족하다)'를 추가하는 외에는 제1심 판결 이유란 기재(2. 본안전 판단 제외)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

그렇다면, 제1심 판결은 정당하고, 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[서울행정법원2007구합47619 (2008.04.11)]

2. 피고가 2007. 3. 1. 원고에 대하여 한 2000년도 제2기분 부가가치세 23,199,780원 2000 사업연도 귀속 법인세 13,726,830원, 2001 사업연도 귀속 법인세 13,100,610원, 2002 사업연도 귀속 법인세 7,768,890원의 각 부과처분 을 취소한다.

3. 소송비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제2항 및 피고가 2007. 3. 1. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 귀속 10,122,070원 2004 사업연도 귀속 5,557,017원, 2005 사업연도 귀속 6,6761,531원의 각 금액을 각 해당연도 이월결손금에서 공제한 결정처분을 각 취소한다.

가. 원고는 ◯◯ ◯◯구 ◯◯동 212-8 ◯◯◯◯타워 1차 6층에서 테이터베이스 및 온라인 정보 제공업을 하는 법인으로서, 2000. 10. 27, 2000. 11. 22. 및

2000. 12. 13. 주식회사 ◯◯ ◯◯통신(이하 '소외 회사'라 한다)으로부터 아래 표 기재와 같은 2000년도 제 2기 매입세금계산서 3장(공급가액 96,145,000원, 이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아 매입세액을 공제하여 2000년 제2기분 부가가치세를 신고하였다. 또한 원고는 아래 표와 같은 물품(이하 '이 사건 물품'이라 한다)을 유형자산으로 계상하고 위 공급가액에 해당하는 감가상각비 89,380,469원(200 사업연도 1,680,697원, 2001 사업연도 33,583,399원, 2002 사업연도 18,437,286원, 2003 사업연도 10,122,070원, 2004 사업연도 5,557,017원, 2005 사업연도 6,761,531원)을 손금에 산입하여 2000 사업연도부터 2005 사업연도까지 법인세를 신고하였다.

거래 일자

품목

수 량

공급 가 액

세액

거래일 자

품 목

수량

공 급 가 액

세 액

2000. 10.27

◯◯모니터17"

5

2,345

234

2000. 11.22

◯◯PC

1

982

98

◯◯모니터15"

2

560

56

◯◯프린터

2

582

58

◯◯모니터E17"

5

1,600

160

1/4inchCartrige

50

22,500

2,250

◯◯모니터NF19"

2

1,240

124

고속프린터

1

15,400

1,540

컴팩PCP3-600

3

9,150

915

소 계

39,464

3,946

컴팩PCP3-400

2

5,200

520

2000. 12.13

Router3501

7,500

750

삼성PCM5315

5

6,000

600

◯◯PC4340

2,231

223

컴팩PCM5317

2

2,342

234

호브액톤ES3024

4,200

420

조립 PC

3

3,267

327

소 계

13,931

1,393

PC팩◯◯G3

1

946

95

◯◯센스(노트북)

2

5,600

560

허브3COM3C1675

3

4,500

450

소 계

42,750

4,275

합 계

96,145

9,614

나. 피고는 ◯◯세무서장으로부터 소외 회사가 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 자료상이라는 과세자료를 통보받고, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 사실과 다른 허위의 세금계산서라고 보아 2007. 3. 1. 원고에게 매입세액을 불공제하여 부가가치세 2000년 제2기분 23,199,780원을 경정, 고지하였다. 또한 이 사건 물품에 대한 감가상각비를 손금불산입하여 2000사업연도 귀속 법인세 13,726,830원, 2001 사업연도 귀속 법인세 13,100,610원, 2002 사업연도 귀속 법인세 7,768,890원의 각 부과처분을 하였고, 이 사건 물품에 대한 2003 사업연도 10,122,070원 204 사업연도 5,557,017원, 2005 사업연도 6,761,531원의 각 감가상각비를 이월결손금에서 공제하는 것으로 2003, 2004, 2005 사업연도 과세표준을 결정하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2007. 6. 19. 국세청에 심사청구를 하였으나 국세청장은 2007. 9. 20. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 10 내지 13호증, 을 제1 내지 6호증(이상 각 가지번호 포합), 변론 전체의 취지

2. 본안전판단

살피건대, 원고의 이 사건 소 중 2003 사업연도 귀속 10,122,070원, 2004 사업연도 귀속 5,557,017원, 2005 사업연도 귀속 6,761,531원의 금액을 각 해당연도 이월결손금에서 공제한 결정처분의 취소를 구하는 부분은 법인세 과세표준 결정으로서 법인세 과세 처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 바로 과세처분의 효력이 발생하는 것이 아니고 또 후일에 이에 의한 법인세 과세처분이 있을 때에 그 부과처분을 다룰 수 있는 방법이 없는 것도 아니므로 위 법인세 과세표준 결정이나 손금불산입 처분은 항고소송이 대상이 되는 행정처분이라고는 할 수 없다(대법원 1996. 9. 24. 선고 95누12842 판결등 참조).

따라서 이 사건 소 중 2003 사업연도 귀속 10,122,070원, 2004 사업연도 귀속 5,555,017원, 2005 사업연도 귀속 6,761,531원의 각 금액을 각 해당연도 이월결손금에서 공제한 결정처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하되어야 할 것이다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 소외 회사로부터 이 사건 물품을 실제로 매입하고 이 사건 세금계산서를 교부받아 부가가치세 및 법인세 신고를 하였으므로, 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부과한 이 사건 부과 처분은 위법하다.

나. 관계법령

다. 판단

1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청인 피고가 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재에 관하여는 납세의무자인 원고에게 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가는 것이므로 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙정으로 과세관청에 있다. 다만 구체적 비용항목에 관한 입증의 난이라든가 당사자의 형평등을 고려하여 납세의무자측에 그 입증책임을 돌리는 경우가 있는 것이다(대법원 1992. 3. 27. 선고 91누12912 판결 등 참조).

2) 과연 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서인지 여부에 관하여 살피건대, 을 제7호증의 기재에 의하면, ◯◯세무서장은 소외 회사에 대하여 200. 1. 1.부터 2001. 12. 31.까지 기간 동안 자료상 혐의 조사를 하여 소외 회사를 자료상으로 판단하고 그 대표자를 고발한 사실은 인정된다. 그러나 한편 갑 제2 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고가 피고로부터 이 사건 세금계산서에 대한 실물거래 여부에 관하여 소명할 것을 요구받고 원고 통장에서 현금을 인출하여 일부를 물품대금으로 지급하고 이에 대한 증비서류로 아래표 기재와 같은 입금표(갑 제7호증의 1. 2. 3)와 세금계산서를 제출하고 있는 점, ② 소외 회사가 ◯◯세무서장으로부터 자료상으로 조사받을 당시 원고에게 실물거래 없이 허위의 이 사건 세금계산서를 발행하였다는 사실이 직접 조사되어 확인된 것은 아니고 이 사건 변론에 현출된 모든 자료를 종합하여도 소외 회사가 '100% 자료상'이라고 인정하기엔 부족한 점, ③ 원고는 이 사건 세금계산서상의 거래가 실물거래라고 주장하면서 실제로 이 사건 물품에 대한 거래가 있었다고 보이는 소외 회사와 사이의 2000.10.5. 및 2000.10.7. 2회에 걸친 이 사건 물품에 대한 견적서(갑 제3호증의 1, 2)와 2000.10.23. 작성된 물품공급계약서(갑 제4호증), 2000.10.27. 및 2000.12.13. 이 사건 물품이 원고 회사에 설치되어 있음을 확인하는 물품설치확인서(갑 제6호증의 1, 2) 등의 소명자료를 제출하고 있는 점, ④ 원고는 이 사건 물품을 구입하였다는 거래내용을 확인하기 위해 제품 제조업체인 ◯◯정보통신 주식회사 외 3개 업체에 유통과정을 확인해 달라는 공문을 발송하였으나, 이 사건 물품의 제조업체가 이 사건 세금계산서 발행이후 약 7여년이 지난 현재 이 사건 물품에 관하여 판매하고 유통하였다는 점에 관하여 이를 인정할 만한 자료를 찾을 수 없다는 회신을 하여 온 점, ⑤ 기타 원고가 소외 회사의 조세포탈행위에 가담하였다거나 이를 알았다고 볼 만한 사정도 달리 발견 되지 않는 점 등을 종합하면, 앞서 인정한 바와 같이 이 사건 세금계산서를 발행한 소외 회사가 자료상으로 고발되었다는 사정만으로는 이 사건 세금계산서가 실물거래를 동반하지 않은 사실과 다른 세금계산서라고 추인하기에는 부족하고, 그 밖에 달리 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라고 볼 만한 증거가 없다.

(단위 : 천원)

통장인출

세금계산서

입금표

일자

금액

공급일자

공급가액

세액

일자

금 액

2000.11.7.

30,000

2000.10.27.

42,750

4,275

2000.11.7.

27,000

2000.12.8.

141,016

2000.11.22

39,464

3,946

2000.12.8

53,000

2000.12.26

26,819

2000.12.13

13,931

1,393

2000.12.26

25,759

합계

197,835

96,145

9,614

105,759

3) 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 것을 전제로 하여 부과된 이 사건 부과 처분은 위법하다.

4. 결 론

그렇다면, 이 사건 소 중 주문 제1항 기재 처분의 취소를 구하는 부분은 각하하기로 하고, 원고의 이 사건 청구 중 주문 제2항 기재 처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.