가.청구법인은 1985.6.12. 대도시 외의 지역인 OOO를 본점소재지로 하여 설립된 법인으로 2008.5.19. 경기도 OOO 외 1필지 공장용지 2,376.2㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고, 2008.12.23 이 건 토지 상에 건물 6,870.37㎡(이하 “이 건 건물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 각각의 취득가액에 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 및 등록세 등을 신고납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2009.1.9. 이 건 토지와 건물에 사업자등록을 하고 지점으로 사용하고 있는 사실을 확인하고, 이 건 토지와 건물의 등기를 등록세 중과대상인 대도시내에서의 지점 설치에 따른 부동산 등기로 보아 이 건 토지와 건물의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고, 구「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고·납부한 세액을 차감한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.4.24. 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 부동산에 사업자등록이 이루어졌다는 점만으로 등록세 중과세대상인 지점이 설치되었다고 볼 수 없고, 이 건 부동산은 OOO에 소재한 본점 및 서울특별시 OOO에 소재하는 지점과는 별개로 독립적으로 대외적인 영업행위를 하기 위해 새로 설치한 사업장이 아니라 단순히 청구법인 내부적으로 고객들로부터 주문받은 물품을 제조·가공하기 위한 장소에 불과하여, 구 「지방세법 시행령」제102조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제55조의2규정에 의한 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소이며, 이 건 부동산에 별도로 지점등기도 하지 않았고, 사업자등록은 관리상의 편의를 위한 것일 뿐 세금계산서 발급업무를 서울지점에서 수행하고 있으므로, 이 건 부동산은 지점 설치에 따른 부동산으로 볼 수 없고 이 건 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2008.12.29. 및 2009.1.9. 이 건 부동산을 사업장 소재지로 하여 공장등록 및 사업자등록을 한 후, 이 건 부동산에 제조설비(2～4층) 및 사무시설(5층)을 갖추고 인원이 상주하면서 당해 사업장의 사무와 생산활동이 함께 행하여지고 있는 장소로 사용하고 있음이 2011.12.29. 처분청의 출장복명서 및 현지확인 사진 등에서 확인되고 있고, 이 건 부동산을 사업장으로 하여 부가가치세 신고를 하고 있으며, 부가가치세 신고서에서 부가가치세 과세표준이 되는 매출·매입실적이 발생하고 있음이 청구법인이 제출한 2009년 1기 및 2기 부가가치세 신고서에서 확인되고 있으므로, 이 건 부동산을 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소로 보기 어렵고, 구 「지방세법 시행령」제102조 제2항에서 지점으로 규정하고 있는「부가가치세법」등의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

따라서, 처분청에서 이 건 부동산 등기를 등록세 중과대상인 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 이 건 등록세 등을 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 취득·등기한 이 건 부동산이 대도시내의 지점용부동산에해당하는 것으로 보아 중과세율을 적용한 등록세 등을 과세한 처분이 적법한지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 법인등기부등본에 의하면 청구법인은 1985.6.12. 대도시 외 지역인 OOO를 본점소재지로 아이스크림 등 제조 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 1994.2.24. 서울특별시 OOO에 지점을 설치한 후, 2007.1.3. 서울특별시 OOO로 지점을 이전하였음이 확인된다.

(나) 청구법인은 2008.5.19. 및 2008.12.23. 이 건 부동산을 취득하고, 이 건 부동산의 취득가액인 OOO에 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였다.

(다) 처분청이 2008.12.29. 청구법인에게 보낸 공장설립완료 문서OOO에 의하면 청구법인은 업종을 빵류제조업OOO으로, 제조시설 면적을 5,495.33㎡으로, 부대시설 면적을 3,671.85㎡으로, 종업원수를 45명으로 하여 이 건 부동산에 공장을 등록하였음이 확인된다.

(라) 처분청이 2008.12.29. 발행한 공장등록대장에 의하면 이 건 공장이 소재한 지역은 일반공업지역에 해당하고, 업종은 빵류제조업으로, 종업원 수는 45명으로 기재되어 있다.

(마) 안양시장이 2009.1.7. 발행한 영업신고증에 의하면 청구법인은 이 건 부동산 소재지에 영업소명칭을 OOO(주)OOO, 영업의 종류를 식품제조·가공업, 영업장면적을 5,970.37㎡로 하여 영업의 신고를 하여 수리받은 것으로 기재되어 있다.

(바) OOO세무서장이 2009.1.9. 발행한 청구법인의 사업자등록증에 의하면 청구법인은 이 건 부동산 소재지에 법인명을 OOO(주) OOO공장, 사업의 종류를 제조업, 종목을 도너츠류, 개업년월일 2009.1.15.로 하여 사업자등록을 하였음이 확인된다.

(사) OOO(주) OOO공장이 2009.7.24. OOO세무서장에게 신고한 부가가치세 2009년도 제1기분 확정신고서에 의하면 상호는 OOO(주) OOO으로, 사업장 주소는 이 건 부동산 소재지로 되어 있고, 매출액은 OOO, 매입액은 OOO, 납부할 세액은 OOO으로 기재되어 있으며, 매출처별 계산서 합계표에 의하면 매출처는 OOO 등 320개 인 것으로 기재되어 있다

(아) 처분청 담당공무원이 2011.12.30. 이 건 부동산에 현지출장한 후 작성한 출장보고서에 의하면 1층에는 출입구에 안내소가 있으며 대부분 연료창고 및 제품출하장으로, 2～4층은 도너츠류 생산제조라인으로, 5층은 제품을 생산하지 않으며 공장사무실·직원식당·교육장·실험실·제품분석실·검사실 등으로 사용 중이라고 기재되어 있고, 처분청 담당공무원은 출장보고서에 안양공장 내선 전화번호표와 사진을 첨부하였으며, OOO공장 내선전화번호표에 의하면 생산팀, 공무팀, 자재팀, 물류팀, QA팀, R&D팀별 전화번호가 기재되어 있다.

(자) 처분청은 2012.4.24. 이 건 부동산의 등기가 대도시내에서의 지점 설치에 따른 부동산등기로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고·납부한 세액을 차감한 등록세 등 OOO을 2012.4.24. 부과고지 하였다.

(차) 청구법인은 이 건 심판청구를 제기하면서 이 건 부동산의 인원현황을 제출하였고, 이 건 부동산에 생산팀 17명, 생산관리팀 6명, QA팀 9명, 물류팀 5명, R&D팀 9명 등 46명이 근무하고 있다고 주장하며 그 명단을 제출하였다.

(카) 청구법인은 심판청구를 제기하면서 물류팀은 OOO지점에서 지시한 배송처에 이를 배달해 주는 업무를 처리하고, 대외적인 영업지원 및 판매관리업무, 세금계산서 발급업무 등은 OOO지점에서 수행하고 있다고 주장하고 있다.

(타) 청구법인은 이 건 심판청구를 제기하면서 청구법인의 영업조직은 OOO지점에 근무하고 있다고 주장하며, 청구법인의 조직도를 제출하였다.

(2) 구 「지방세법」제138조 제1항의 규정에 의하면 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하되 다만, 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하면서 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제2항의 규정에 의하면 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설·공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함하며, “지점 등”이라 함은 행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제55조의2의 규정에 의하면 영 제102조 제2항 후단에서 “행정안전부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」또는「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장과 부가가치세법 시행령 제6조의3에 따라 승인을 얻은 사업자 단위 과세적용사업장의 종된 사업장으로 신고된 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하되 다만, 다음의 장소는 제외한다고 규정하면서 그 제1호에서 영업행위가 없는 단순한 제조·가공장소, 그 제2호에서 물품의 보관만을 하는 보관창고를 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, ① 이 건 부동산은 대도시 지역내에 소재하고 있는 점 ② 청구법인은 2009.1.9. 이 건 부동산 소재지에 법인명을 OOO(주) OOO공장, 사업의 종류를 제조업, 종목을 도너츠류, 개업년월일 2009.1.15.로 하여 사업자등록을 한 점, ③ 처분청이 이 건 부동산에 현지출장 후 작성한 출장복명서에 의하면 이 건 부동산에 청구법인의 직원 46명이 근무하고 있다고 기재되어 있는 점 ④ 청구법인은 2009.7.24. OOO세무서장에게 이 건 부동산 소재지를 사업장으로 하여 2009년도 제1기분 부가가치세 확정신고서를 제출한 점 등을 종합하여 볼 때 이 건 부동산은 대도시내에 소재하고 「부가가치세법」에의한 사업자등록을 한 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여사업이 행하여진 장소로서 지방세법령상 지점 등에 해당된다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 부동산의 등기에 대해 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 중과세율을 적용한 등록세 등에서 기 납부세액을 차감한 등록세 등을 부과한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.