가. 청구인은 1990.8.31. OOO 단독주택 52.43㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다), 토지 139㎡를 취득하고, 2003.7.28. 같은 곳 토지 46㎡(부속토지 185㎡을 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2009.2.3. 쟁점토지를 OOO에 양도한 후, 2009.4.30. 양도소득세 69,003,720원을 신고․납부하였다.

나. 그 후 청구인은 쟁점토지는 1세대 1주택 부속토지로 비과세 대상에 해당하고, 설령 비과세 대상이 아닌 것으로 볼 경우에도 장기보유특별공제(공제율 80%) 적용대상으로 보아 2010.1.20. 기 납부한 양도소득세를 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 청구인이 비거주자에 해당되어 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제(공제율 80%) 적용 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2010.1.22. 청구인의 경정청구를 거부 통지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.20. 이의신청을 거쳐 2010.8.11.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 1992년부터 1996년 7월

미국 유학전까지OOO연구원에서 근무하였고, 미국에서는 뉴욕시 소재 OOO대 및 OOO 대학원에서 사회복지 분야를 연구(건강 문제로 2008년 이후 휴학중임)하고 있으며, 박사학위를 취득할 경우 귀국하여 국내에서 거주 예정(청구인 및 가족의 주소지가 쟁점주택으로 되어 있고, 연구분야가 주로 한국 노인 문제임)이므로 청구인은 「소득세법 시행령」제2조 제4항에서 규정하는 비거주자에 해당하지 아니하며, 이 경우 쟁점토지는 1세대 1주택 부속토지로 비과세 대상에 해당한다.

(2) 장기보유특별공제에 관한 규정인 「소득세법 시행령」제159조의 2는 �대통령령이 정하는 1세대 1주택 �의 정의에서 거주자와 비거주자를 차별하지 아니하고 있고, 그 입법취지도 보유기간 동안의 물가상승분을 공제하겠다는 취지이므로 비거주자에 대하여 장기보유특별공제(80%)를 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 미국에서 학업수료후 귀국할 예정이므로 비거주자에 해당하지 아니하는 것으로 주장하고 있으나, 청구인은 해외에서 장기간 거주(13년 10월)하는 동안 단 2회 입국하였고, 국내 체류기간도 2개월 미만이며, 자녀 역시 미국에서 출생하여 시민권을 획득한 것으로 보이므로, 청구인을 비거주자로 보아 1세대 1주택 비과세를 배제한 처분은 정당하다.

(2) 「소득세법」제95조 제2항에서 규정하고 있는 �1세대 1주택에 해당하는 자산 �의 1세대의 범위는 거주자만 해당되므로 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제 30%를 적용하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 유학목적으로 출국하여 해외에서 장기 거주하고 있으나 국내에 재산 및 주민등록이 있는 경우 비거주자에 해당하는지 여부

② 장기보유특별공제 80%를 적용할 것인지, 30%를 적용할 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제1조 【납세의무】① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)

④ 제1항에 규정하는 주소ㆍ거소와 거주자ㆍ비거주자의 구분은 대통령령이 정하는 바에 의한다.

제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제95조【양도소득금액】② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

표1