1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고가 서울 서초구에 소재하는 원심 판시 토지를 양도한데 따른 양도차익예정신고를 함에 있어 그 당시 위 토지의 개별공시지가인 ㎡당 금 3,300,000원으로 계산한 양도가액을 기준으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 금 537,082,120원을 자진납부하였으나, 그 후 서초구청장이 개별토지가격합동조사지침(국무총리훈령 제248호)에 따라 새로이 선정된 표준지를 기준으로 삼아 위 토지의 개별공시지가를 ㎡당 금 4,500,000원으로 변경하는 경정결정을 하게 되자 송파세무서장은 원고의 양도차익예정신고가 잘못되었다는 이유로 변경된 개별공시지가인 위 금 4,500,000원을 기준으로 위 토지에 관한 양도차익을 다시 산정하여 원고에게 양도소득세 금 279,577,030원을 추가로 부과하는 과세처분(이하 추가부과처분이라고 한다)을 하였고, 이에 피고가 자진납부된 양도소득세액 금 537,082,120원과 추가로 부과된 양도소득세액 금 279,577,030원을 합산한 금 816,659,150원의 양도소득세액을 과세표준으로 하여 산정된 소득세할 주민세를 원고에게 부과하는 이 사건 과세처분을 한 사실을 당사자 사이에 다툼이 없는 사실로 확정한 다음, 서초구청장의 위 개별공시지가 경정결정이 공고된 바 없어 그 효력을 발생하지 아니하였다 하여 판결에 의하여 취소 확정되었으므로 이를 기준으로 삼은 위 양도소득세추가부과처분이 위법하다는 이유로 이 사건 주민세 부과처분 전부를 취소하였다.

2. 그러나 지방세법 제172조 제3호, 제176조 제2항에 의하면 소득세할 주민세는 소득세액을 과세표준으로 삼아 7.5%의 세율을 적용하여 산정하도록 규정하고 있는바, 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서 하나의 과세처분에 대하여 그 일부에 대한 과세권만 없을 뿐 나머지 부분에 대하여는 적법한 과세권이 있고 그 과세표준 및 세율적용이 가능한 경우에는 법원은 그에 따라 정당한 세액을 심리 확정한 후 이를 초과하는 부분만을 취소할 것이지 그 과세처분 전부를 취소할 수는 없다고 할 것 이므로(당원 1992.7.24.선고 92누4840 판결 참조), 사실관계가 원심이 확정한 바와 같다면, 원심으로서는 이 사건 주민세 부과처분 중 위법한 것으로 판명된 위 양도소득세액(추가부과처분액)에 상응한 액수만을 취소하여야 할 것임에도 불구하고 원심이 자진납부된 양도소득세액이 위법하다고 보지 아니하면서도 이를 포함한 전체 양도소득세액을 과세표준으로 삼은 이 사건 주민세 부과처분 전부를 취소한 것은 심리를 다하지 아니하였거나 과세처분 취소의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법을 저지른 것이라고 하지 아니할 수 없다. 따라서 이를 지적하는 논지는 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기환송하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.