2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

청구법인은 합판 제조업을 주업으로 영위하고 있는 법인으로서, 서울특별시 동대문구 OO동 OOOOO, OOOOO 대지 20,572.3㎡ 지상건물 3,077.32㎡(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 공용화물자동차 정류장업을 영위하는 주식회사 OO화물자동차 터미널(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 임대하다가 ’90.12.31 청구외법인으로부터 공용화물자동차 정류장 사업면허와 청구외법인의 건물 1,387.89㎡를 양수받아 ’91.1.1부터 OO화물터미널(이하 “쟁점정류장”이라 한다)을 직접 운영하면서, 그 정류장 구내의 대지 7,950㎡, 건물 4,399.02㎡(’92.9.30 기준, 이하 “쟁점임대부동산”이라 한다)을 타인에게 임대하여 정류장의 부대시설과 편의시설로 운영하도록 하고 있다.

처분청은 청구법인이 ’89.10.1～’90.12.31 기간중 청구외법인에게 임대한 쟁점부동산과 ’91.1.1부터 쟁점정류장을 직영하면서 임대한 쟁점임대부동산에 대하여, 그 부동산의 1년간 임대수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달된다 하여 이를 법인세법상 비업무용부동산으로 판정하고 그 부동산가액에 상당하는 차입금이자와 그 부동산에 대한 재산세·감가상각비등 관련비용을 손금불산입한 다음, ’94.10.1 청구법인에게 다음과 같이 ’89.10.1～’93.9.30 4개 사업년도의 법인세 1,471,035,580원 및 동 방위세 36,273,160원을 결정고지하였다.

다 음

(단위 : 원)

청구법인은 이에 불복하여 ’94.11.25 심사청구를 거쳐 ’95.2.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인주장 및 국세청장의견

가. 청구법인주장

(1) 쟁점정류장의 토지는 도시계획법에 의하여 도시계획시설인 공용화물자동차 정류장의 용도로 지정된 토지이고, 청구법인은 공용화물자동차 정류장 사업 면허를 양수하여 ’91.1.1부터 쟁점정류장을 직접 경영하고 있는 바, 자동차정류장의 원할한 운영을 위하여 그 구내의 부대시설과 편익시설을 임대한다 하여 정류장 기능이 상실되었거나 정류장의 용도가 다른 용도로 변경된 것이 아니므로 쟁점임대 부동산은 청구법인이 자동차정류장업에 사용하고 있다고 보아야 할 것이며, 공용화물자동차 정류장사업에 사용하고 있는 부동산은 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제3호 마목의 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당되지 아니하며,

(2) 법인세법 제16조 제7호, 같은법시행령 제30조 제1호에 의하여 손금불산입하는 업무무관자산을 유지·관리함으로써 생기는 비용이라 함은 그 자산이 법인업무에 관련된 정도를 따져 법인의 업무에 직접 관련이 없는 자산에 대한 유지·관리비만을 의미한다고 보아야 할 것인 바, 청구법인이 ’89.10.1～’90.12.31 기간중 청구외법인에게 임대한 쟁점부동산과 ’91.1.1부터 쟁점정류장을 직영하면서 임대한 쟁점임대부동산은 자동차정류장의 기능을 수행하는 부동산이며, 더구나 그 부동산에서 발생한 임대수익을 과세소득으로 삼고있으므로 그에 대응하는 비용을 손금불산입함은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장의견

(1) 쟁점부동산은 청구법인의 계열기업인 청구외법인이 ’78.1.4 서울특별시로부터 체비지를 매입하여 자동차정류장업을 영위하고 있다가 ’78.5.23 청구법인에게 양도한후 이를 임차하여 정류장업에 사용하던 것으로서, 청구법인이 ’91.2.2 청구외 법인으로부터 쟁점정류장 사업면허를 양수한 다음 쟁점정류장을 직영하면서 정비소, 주유소, 창고, 사무실등 부대시설과 편익시설 용도의 부동산은 임대하고 있는 바, 직영 형태를 취하고 있는 정류장용토지를 제외한 부대시설과 편익시설 용도로 임대하고 있는 쟁점임대부동산은 임대용부동산에 해당된다 할 것이고 그 임대수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하므로 쟁점임대부동산은 비업무용부동산으로 보아야 하며,

(2) 비업무용부동산을 유지·관리함으로써 생기는 유지비등 관련비용은 전액 손금불산입하는 것으로 ’89.10.1～’93.9.30까지의 재산세등을 손금불산입한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은

(1) 공용화물자동차 정류장업을 영위하는 청구법인이 정류장 구내의 부대시설과 편익 시설 용도로 임대하고 있는 부동산에 대하여, 그 부동산의 임대수입금액이 부동산 가액의 일정비율에 미달된다 하여 이를 법인의 비업무용부동산으로 본 처분의 당부와

(2) 임대수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달된다 하여 비업무용부동산으로 판정한 부동산의 유지·관리비용을 법인의 업무에 관련이 없는 비용으로 보아 손금불산입한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여

(1) 관련법령

법인세법 제18조의3 제1항 제1호, 같은법시행령 제43조의2 규정에 의하면, 법인이 비업무용 부동산을 취득하거나 보유하고 있는 경우에는 당해 부동산가액에 상당하는 차입금이자를 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있다.

한편, 같은법시행규칙 제18조 제3항 제3호에서 주차장용토지는 원칙적으로 비업무용부동산으로 규정하면서, 그 마목에서 자동차정류장법에 의하여 면허를 받은 자가 계속하여 사용하는 정류장용 토지는 비업무용부동산에서 제외하도록 규정하고 있고, 또한 같은조 제11호에서는 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 임대 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산은 비업무용부동산으로 보도록 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

이 건 관계기록에 의하면, 청구법인은 ’90.11.5 청구외법인과 쟁점정류장 사업의 양도양수계약을 체결하고 ’90.12.27 서울특별시로부터 사업면허양수에 따른 내인가를 받은 다음 ’91.1.1부터 쟁점정류장을 경영하여 왔으며, 쟁점정류장의 구내에 있는 부대시설(주유소, 정비공장, 세차장등)과 편익시설(식당, 다방, 사무실, 매점등)에 대하여는 청구법인이 직영하지 아니하고 그 시설을 타인에게 임대하여 운영하고 있으며, 처분청은 청구법인이 임대에 공하고 있는 쟁점임대부동산의 1년간의 임대 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달한다 하여 이를 법인의 비업무용부동산으로 판정하였음이 확인된다.

청구법인은 이에 대하여 쟁점임대부동산은 쟁점정류장의 부대시설과 편익 시설로서, 자동차정류장법에 의하여 면허를 받은 청구법인 공용화물자동차 정류장업에 계속하여 사용하고 있는 정류장용 부동산이므로 그 임대수입금액과 관계없이 비업무용 부동산에 해당되지 아니 한다고 주장하고 있으나, 위 관련법령에서 본 바와 같이 주차장용토지는 원칙적으로 비업무용부동산에 해당되나 자동차정류장법에 의하여 면허를 받은 자가 계속하여 사용하는 정류장용토지는 비업무용부동산에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 비업무용부동산으로 보지 아니하는 정류장용 토지라 함은 자동차정류장에 직접 사용되는 토지만을 의미한다고 보아야 할 것이며, 자동차정류장의 부대시설과 편익시설의 용도로 임대하고 있다하여 임대에 공하고 있는 건물과 그 부속토지를 정류장용 토지로 볼 수는 없다고 할 것이다.

그러므로 청구법인이 타인에게 임대하고 있는 쟁점임대부동산은 그 임대수입 금액비율에 의하여 비업무용부동산에 해당되는지 여부를 판단하여야 할 것인 바, 1년간의 임대수입금액이 그 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 사실에 다툼이 없는 쟁점임대부동산을 비업무용부동산으로 판정한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

다. 쟁점(2)에 대하여

(1) 관련법령

법인세법 제16조(손금불산입) 제7호의 규정에 의하면, 법인이 각 사업년도에 지출한 경비중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 손금불산입 하도록 규정하고 있다.

또한, 같은법시행령 제30조에서 『법 제16조 제7호에서 “직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액”이라 함은 다음 각호에 게기하는 것을 말한다』고 규정하면서, 그 제1호(’89.12.30 개정된 것)에서 『법인이 그 업무에 관련이 없는 자산으로서 재무부령이 정하는 것(이하 이 조에서 “업무무관자산”이라 한다)을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이에 관련되는 비용』을 열거하고 있으며, 같은법 시행규칙 제11조 제1항 제3호(’90.4.4 개정된 것)에서 『제18조 제3항 내지 제11항의 규정에 의한 비업무용부동산』을 업무무관자산으로 규정하였으며, ’90.12.31 위 법인세법시행령 제30조 제1호의 규정은 『법 제18조의3 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이와 관련되는 비용』으로 개정되었다.

(2) 사실관계 및 판단

① 이 건 관계기록에 의하면, 청구법인이 ’90.12.31까지 청구외법인에게 임대하고 있던 쟁점부동산이 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제11호에 규정한 비업무용 부동산에 해당된다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없는 것으로 확인되고, 청구법인이 ’91.1.1부터 쟁점정류장을 직영하면서 임대에 공하고 있는 쟁점 임대부동산 역시 쟁점(1)에서 살펴본 바와 같이 법인의 비업무용부동산에 해당됨을 알 수 있다.

② 그런데 위 관련법령에서 본 바와 같이 법인세법시행령 제30조 제1호 (’89.12.30 개정된 것), 같은법시행규칙 제11조 제1항 제3호(’90.4.4 개정된 것)에서 비업무용부동산을 업무와 관련없는 자산으로 규정하고 있어, 이 규정이 적용되기 시작한 ’90.1.1이후 개시하는 사업년도부터는 비업무용부동산에 관련된 지출은 위 관련 법령에 의하여 법인의 각 사업년도 소득금액계산상 손금불산입하는 업무에 관련이 없는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용에 해당되므로, 처분청이 ’90.10.1～’93.9.30 사업년도중에 발생한 이 건 재산세·종합토지세·감가상각비·수선비등 관련비용을 손금불산입한 당초처분은 정당하다고 판단된다.(국심 92서 2897, ’92.9.29 같은 뜻임)

③ 그러나 법인세법시행령 제30조 제1호(’89.12.30 개정된 것), 같은법시행규칙 제11조 제1항 제3호(’90.4.4 개정된 것)에서 비업무용부동산을 업무에 관련이 없는 자산으로 규정하기 전에는 업무에 관련이 없는 자산에 대하여 특별히 규정한 바 없었으며, 또한 법인세법 제18조의3 제1항과 이에 관련된 시행령, 시행규칙은 일정한 요건에 따라 비업무용부동산인지 여부를 가리고 비업무용부동산으로 판정된 경우에는 업무와 관련정도등을 따지지 않고 예외없이 관련 지급이자를 손금불산입하는 규정인데 반하여 법인세법 제16조 제7호와 이에 관련된 시행령은 법인업무와 관련정도를 따져 법인의 업무와 관련이 없는 자산에 대한 유지관리비등을 손금불산입하는 규정으로서 위 2개의 규정은 그 입법취지와 적용대상이 각각 다른 별개의 규정으로 해석되므로 비업무용부동산으로 판정된 부동산을 모두 업무에 관련이 없는 자산으로 볼 수는 없다고 할 것이며, 그 자산의 취득목적, 이용현황, 발생수입금액등에 따라 업무와 관련정도를 따져 업무에 관련이 없는 자산에 해당되는지 여부를 가려야 할 것이다. (국심’92서0351, ’92.4.6 같은 뜻임)

이 건의 경우, 부동산 임대업이 정관상 목적사업으로 되어 있는 청구법인이 청구외법인에게 임대하여 ’89.10.1～’90.9.30 사업년도중 158,296,000원의 임대수입 금액이 발생되었으며, 더구나 위 임대수익을 과세소득으로 삼고 있음이 확인되는 쟁점 부동산에 대하여, 이를 업무와 관련없는 자산으로 볼 수는 없다고 할 것이므로 ’89.10.1～’90.9.30 사업년도중 쟁점부동산에서 발생된 재산세·감가상각비·보험료·수선비등을 손금불산입하는 것은 부당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부는 이유있고 나머지는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.