청구인은 서울특별시 관악구 OO동 OOOOOOO 소재 대지 97.9㎡ 및 건물 42.12㎡를 89.2.10 취득하고 같은동 OOOOOOO 소재 대지 89.6㎡ 및 건물 40.4㎡를 89.2.15 취득한 후 구 건물을 멸실하고 동 지상에 5층 여관 건물 487.86㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 89.10.4 신축하여 90.12.13 청구외 OOO에게 양도하고 91.5.31 확정신고시 양도가액을 250,000,000원으로 하고 취득가액을 201,000,000원으로 신고한 사실이 있다.

처분청은 청구인이 쟁점부동산의 양도가액을 250,000,000원으로 확정신고하였으나 등기시의 검인계약서에는 400,000,000원으로 확인되어 공정과세위원회의 자문을 거쳐 실지거래가액의 사실 여부를 판정할 수 없다고 보아 취득 및 양도가액을 기준시가로 양도차익을 계산하여 94.2.15 청구인에게 90년 귀속 양도소득세 102,063,160원 및 동 방위세 20,987,280원을 결정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.3.31 심사청구를 거쳐 94.6.21 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 요지

청구인은 쟁점부동산을 청구외 OOO에게 400,000,000원에 양도하고 250,000,000원에 양도한 것으로 양도소득세 확정신고를 하였는 바,

처분청은 실지 양도가액이 맞지 아니하고 취득가액이 확인되지 아니한다고 하여 기준시가로 이 건 양도소득세를 과세하였는데, 당초 신고한 계약서가 사실과 다르다는 이유로 실사신청을 배제하고 기준시가로 과세함은 소득이 없는 곳에 과세하게 되어 납세자에게 부당한 조세를 부과하게 되어 공평과세에 어긋나게 되므로 처분청에서 조사결정시 확인된 계약서 및 청구인이 실지거래가액으로 확인한 400,000,000원을 양도가액으로 하고 취득가액은 393,000,000원으로 양도소득세를 결정하여야 한다는 주장이고,

국세청장은 청구인이 쟁점부동산을 90.12.13 청구외 OOO에게 양도하고 91.5.31 양도가액은 250,000,000원, 취득가액은 201,000,000원으로 계약서를 첨부하여 자진신고하고 이 건 심사청구시 양도가액은 400,000,000원, 취득가액은 393,000,000원에 대한 계약서등을 제시하면서 실지 거래가액에 의한 양도차익의 계산을 요구하였는 바, 자산양도차익의 계산은 기준시가가 원칙이지만 자진신고시 제출한 증빙으로 실지거래가액이 확인되는 경우에 실지거래가액으로 양도차익을 계산할 수 있으나 청구인이 제출한 증빙으로는 실지거래가액이 확인되지 아니하므로 처분청이 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 과세한 당초 처분에 잘못이 없다고 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 쟁점부동산의 양도에 대하여 기준시가로 과세한 처분이 타당한지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

나. 관계법령

소득세법 제23조 제4항 및 같은법 제45조 제1항 제1호에 의하면 토지 또는 건물을 취득 및 양도하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 당해자산의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의한 금액으로 하되 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 하도록 규정하고 있으며 같은법 시행령 제170조 제4항 및 그 제3호에 의하면 소득세법 제23조 제4항 단서 및 법 제45조 제1항 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”라 함은 양도자가 법 제95조 또는 제100조의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우라고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제170조 제1항에 의하면 『법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인은 당초 91.5.31 확정신고시 양도가액을 250,000,000원으로 하고 취득가액을 201,000,000원으로 신고한 사실이 있으나 이 건 심판청구시 양도가액은 400,000,000원, 취득가액은 393,000,000원에 대한 계약서등을 제시하면서 쟁점부동산의 취득 및 양도가액을 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세하여야 한다고 주장하는 바 이를 살펴보면,

첫째, 청구인이 쟁점토지를 양도하고 신고한 확정신고서에 의하면, 양도가액을 250,000,000원, 취득가액을 201,000,000원, 양도차익 47,888,000원, 양도소득세 28,444,800원, 방위세 5,688,960원으로 신고한 사실이 확인되고 있으며 처분청은 기준시가를 적용하여 취득가액 383,240,500원, 양도가액 222,179,200원, 양도차익 145,745,059원, 양도소득세 102,063,160원, 방위세 20,987,280원으로 이 건을 과세한 사실이 확인되고 있고,

둘째, 쟁점부동산의 취득가액에 대하여 살펴보면, 청구인이 제시한 매매계약서에 의하면 청구인은 쟁점부동산 중 OOOOOOO 소재 97.9㎡를 50,000,000원에 취득하고 쟁점부동산 중 OOOOOOO 소재 89.6㎡는 48,000,000원에 취득하였다고 주장하나 취득시 검인계약서만 제시하고 있고 금융자료등 증빙의 제시는 하지 아니하고 있으며, 청구인은 쟁점부동산 중 여관건물 487.86㎡를 324,500,000원에 신축하였다고 주장하면서 도급계약서 및 주민등록기재분 세금계산서 3매를 제시하고 있으나 시공회사가 부가가치세를 납부하였는지 여부가 확인되지 아니하고 또한 청구인이 동 금액이 시공회사에 지급되었는지에 대한 증빙을 제시하지 아니하므로 동 금액은 확인되지 아니한다 할 것이므로 청구인이 주장하는 취득가액은 사실에 부합하는 것으로 인정하기 어렵다고 보인다.

셋째, 청구인은 91.5.31 확정신고시 양도가액을 250,000,000원(검인계약서)으로 신고하였고 이 건 심판청구시 400,000,000원의 양도가액을 검인계약서상 거래금액으로 하여야 한다고 주장하는 바, 쟁점부동산에 대한 취득가액이 확인되지 아니하는 이상 양도가액이 확인된다 할지라도 취득가액 및 양도가액 모두 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 것이 타당하므로 청구인 주장 양도가액이 진실에 부합한지의 여부를 가릴 필요가 없다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.