1. 무신고․납부불성실․미등록 및 세금계산서미교부가산세를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

가. OOO는 1983년경부터 「집단에너지사업법」에 따라 OOO 등에서 다수의 사용자에게 열 또는 열과 전기를 생산․공급하는 집단에너지 공급 사업을 아래 ＜표1＞과 같이 다른 기관에 위탁하여 시행하였고, 2002.1.1.부터 「지방자치법」제104조 제3항 및 「서울특별시 집단에너지 공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례」(이하 “위탁조례”라 한다)에 따라 청구법인과 「집단에너지 공급사업 업무 위･수탁 협약」(이하 “위탁협약서”라 한다)을 체결하여 청구법인에게 관련 업무를 위탁하였다.

OOO

나. 청구법인은 1989.1.18. 「지방공기업법」제49조 및 「OOO 설립 및 운영에 의한 조례」에 따라 토지 및 주택의 개발 및 공급, 임대 및 관리, 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무의 수행 등을 목적으로 OOO가 100% 출자하여 설립한 지방공사로서, OOO에 집단에너지사업단(본사와는 별도의 직원 187명, 이하 “사업단”이라 한다)을 설치하여 2002.1.1.부터 OOO로부터 위탁받은 집단에너지 공급 사업에 대한 수탁관리업무를 수행(이하 “쟁점용역”이라 한다)하면서 OOO로부터 아래 ＜표2＞의 합계 금액의 사업비 등(이하 “사업비”라 한다)을 수취하였고, 사업단은 상기 위탁사업을 면세로 보아 부가가치세를 무신고하고 이 중 위탁수수료인 사업단의 인건비 및 경비의 3% 상당액 부분만을 청구법인의 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하여 왔다.

OOO

다. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인세 정기 통합조사를 실시하여 청구법인이 OOO로부터 집단에너지 공급 사업 대행용역을 포괄적으로 위탁받으면서 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 공급가액 OOO원 상당액(＜표2＞의 위탁수수료를 제외한 금액)을 부가가치세 신고시 누락하였다고 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.

라. 처분청은 이에 따라 2006년 제1기부터 2007년 제2기까지는 미등록가산세(OOO원)를, 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지는 무신고가산세(OOO원) 및 납부불성실가산세(OOO원)를, 2008년 제1기부터 2012년 제2기까지는 세금계산서 미교부가산세(OOO원)를 각각 적용하여 2013.6.10. 청구법인에게 ＜별지＞와 같이 2006년 제1기분 ～ 2012년 제2기분 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 (2006년 제1기분은 2013.8.29. 이의신청을 거쳐) 2013.12.6. 심판청구를 제기하였고, 이에 대하여 우리 원은 2017.12.7. 집단에너지 공급 사업이 공익법인이 공급하는 면세용역에 해당하는지 여부 등을 재조사하라는 취지의 재조사 결정을 하였으며, 이에 따라 조사청은 2018.1.5.～2018.1.9. 동안 재조사를 거쳐 2018.1.10. 청구법인에게 아래 ＜표3＞과 같이 당초 처분을 유지하는 취지의 세무조사결과통지를 하였다.

OOO

바. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.9. 재차 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 OOO에 제공한 쟁점용역은 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 용역으로 부가가치세 면제 대상에 해당한다.

(가) 당초의 심판청구에서도 조세심판원은 청구법인이 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체’에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인의 집단에너지 수탁사업은 공익사업에 해당하는 것으로 보는 것이 상당한 점, 청구법인이 OOO로부터 지급받는 집단에너지 수탁사업과 관련된 대가를 실비로 볼 여지가 있는 점 등에 비추어 청구법인의 사업이 면세사업인지 조사할 필요가 있다고 보았다(조심 2014서307, 2017.12.7.).

(나) 공익단체라 함은 주무관청에 등록되어 사회일반의 복리증진을 그 고유의 직접 목적으로 하는 단체를 말하고(대법원 1996.6.14. 선고 95누14428 판결), 청구법인은 지방공기업법 및 OOO 조례에 따라, OOO민의 주거안정을 사업목적으로 하여 1989년 설립·등록된 지방공사이다.

청구법인과 같은 지방공기업은 공공사업 또는 주민의 복리증진에 이바지할 수 있는 일정한 사업을 영위하여야 하고, 쟁점용역은 ‘다수의 사용자를 대상으로 열 또는 열전기를 생산하여 공급하는 사업’인 집단에너지 공급 사업으로 산업자원부장관의 허가를 받은 자만이 운영할 수 있으며, 산업자원부장관은 사업개시가 공익에 이바지하는 등의 일정한 요건을 충족한 경우 사업 허가를 내어준다.

따라서 청구법인은 주무관청에 등록되어 주민의 복리증진에 이바지할 수 있는 공익사업으로서의 집단에너지 공급 사업을 영위하는 공익단체에 해당한다.

(다) 청구법인은 쟁점용역을 실비로 공급하였다.

1) 용역대가가 실비에 해당하는지 여부는 관련 법령 내지 계약 등을 기초로 용역의 공급의도, 목적, 용역의 내용과 성력, 공급 이후 과세기간 종료시까지의 제반사정(용역 대가에 이윤 포함 여부 등) 등을 종합하여 합리적으로 판단하여야 하는바(인천지방법원 2013구합11318 판결), 집단에너지 공급 계약은 OOO와 사용자 간에 체결되고, 열 요금도 OOO가 결정하며, 열 요금 등 징수도 OOO 명의로 징수되고, 징수된 열 요금은 곧바로 OOO의 세입예산에 귀속(OOO 계좌에 입금)된다.

집단에너지 공급 사업의 시행주체는 OOO로, 청구법인은 OOO의 공익사업인 위 집단에너지 공급 사업을 대행하고, 열 요금의 징수업무만을 대행할 뿐이며, 그 실비로 사업비를 보전받는 것에 불과하다. 또한 청구법인은 사업비 지출 사유가 발생할 때마다 증빙자료를 첨부하여 OOO에 청구하고, OOO는 예산으로 편성된 사업비 범위 내에서 청구가 있으면 특별회계에서 집행을 하며, 정산 후 남은 금액이 있을 경우 전액 OOO에 반납된다.

2) 청구법인은 실비로 집단에너지 공급 사업을 대행하고 수수료(사업단의 인건비 및 경비의 3% 상당액)를 지급받으나, 위 위탁대행수수료가 집단에너지 공급사업의 부가가치세 면제 여부에 영향을 미칠 수 없다.

대행수수료는 전체 사업비(2006～2012 사업연도 중 OOO원)에 비하여 극히 미미한 금액에 불과(같은 기간 OOO원)하고, 집단에너지 공급 사업 그 자체와 그 사업의 대행은 구분되는 것으로, 청구법인은 실비로 집단에너지 공급 사업을 위탁받아 그 공급을 대행하였으며, 그 위탁·대행에 대한 대가를 지급받았다는 사정만으로 대행한 용역(집단에너지 공급 사업)에 대한 위 전체 사업비가 실비로 공급된 것이 아니라고 볼 수는 없다.

법원도 지방공사가 실비로 공급하는 용역의 대행 등과 관련하여 일부 수수료를 지급받았다고 하더라도, 그러한 일부 수수료를 이유로 해당 용역 자체가 실비로 공급되는 용역이 아니라고 단정할 수는 없다는 입장이다(인천지방법원 2013구합11318 판결).

(2) 당초 심판청구에서도 조세심판원은 청구법인의 매입세액은 공제되어야 한다는 취지로 결정(조심 2014서307, 2017.12.7.)하였다.

(가) 조세심판원은 ① 등록전 매입세액 불공제 제도는 처음 사업을 시작하는 사업자를 염두에 두고 만든 제도로 보이는 점, ② 청구법인은 당초 수탁사업을 면세사업으로 보아 면세 사업자등록을 하였다가, 2002.4.18. 과세사업으로 보아 과세사업자로 사업자등록을 정정신고 후 부가가치세를 신고․납부하였는데, 처분청이 청구법인에게 기납부한 부가가치세를 직권으로 환급한 사실에 따라 면세사업자로 등록한 것으로 보이는 점, ③ 처분청은 면세분 매출에 대하여 과세매출로 보아 과세하면서 이에 대응되는 매입세액 불공제 처분은 위와 같은 사실로 보아 청구법인에게 과도한 제재로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 부가가치세 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 과세기간 중 수탁사업과 관련한 등록전 매입세액은 공제되는 매입세액으로 볼 여지가 있다고 판단하였다.

(나) 「부가가치세법」상 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료의 확보 등에 입법취지가 있어, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하다(대법원 2000.2.11. 선고 98누2119판결, 같은 뜻임).

(다) 등록전 매입세액 불공제는 과세자료 파악의 근간이 되는 사업자등록 제도의 실효성을 확보하기 위해 처음 사업을 하는 자가 사업자등록을 태만히 한 것에 대해 부과하는 예외적․징벌적 성격의 제재이고, 청구법인은 당초 수탁사업을 면세사업으로 보아 면세 사업자등록을 하였다가 2002.4.18. 과세사업으로 보고 과세사업자로 사업자등록을 정정신고 후 부가가치세를 신고·납부하였는데, 2003년 6월 처분청에서 집단에너지 공급 사업을 면세사업으로 인정해 기납부한 부가가치세를 직권으로 환급함에 따라 청구법인은 이를 신뢰하고 면세사업자로 정정신고한 것일 뿐 사업자등록을 태만히 한 것이 아니다.

(라) 또한 청구법인은 OOO가 100% 출자한 지방공사로서, 집단에너지 사업 관련 예산은 전액 OOO에서 출연하므로 사업자등록의무나 부가가치세 납세의무를 회피 또는 절감할 동기나 유인이 없고, 조세심판원 및 법원도 납세자가 사업자등록을 하지 못한 데에 과세관청의 잘못이 개입되어 있는 경우 매입세액을 불공제할 수 없다고 일관되게 판결하고 있다.

(3) 당초 심판청구에서도 조세심판원은 청구법인에게 가산세 면제의 정당한 사유가 있다는 취지로 결정(조심 2014서307, 2017.12.7.)하였다.

(가) 조세심판원은 ① 과세관청이 관계규정의 해석에 있어서 확실한 견해를 가지지 못하였던 경우 등은 납세의무자에게 정당한 사유가 있어 가산세부과를 할 수 없다고 보이는 점, ② 청구법인이 2003.6.12. 면세사업자로 정정등록한 것은 처분청의 부가가치세 직권 환급결정이 있은 후 이를 신뢰하여 그에 따른 적법한 사후처리를 위해 정정신고를 한 것이므로 사업자등록의무를 태만히 하였다고 볼 수 없고, ③ 재정경제부장관의 유권해석이 있었음에도 처분청은 청구법인에 대하여 적정한 행정지도나 과세사업자로의 직권등록조치가 없었던 점 등에 비추어 가산세 부과와 관련하여 청구법인에게 정당한 사유가 있다고 볼 여지가 있다고 보았다.

(나) 재경부 회신(재소비-288, 2004.3.5.)은 집단에너지 공급 사업이나 처분청의 직권 환급결정과는 전혀 무관하게, 청구법인의 택지조성 대행사업 부서에서 택지조성 대행사업과 관련해 기존에 신고·납부한 부가가치세를 환급해달라는 취지의 고충민원을 제기함에 따른 것이었고, 그 내용도 (구)「부가가치세법 시행령」(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것)이 적용되는 1998년 및 1999년도에 택지조성 대행사업과 관련해 신고·납부한 부가가치세를 환급해달라는 것이었다.

이 건의 대상사업은 집단에너지 공급 사업이었고, 2002년 이후 사업을 시작하였으므로 당시 적용법령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 구 부가가치세법 시행령)도 재경부 회신 대상 적용법령과 다르며, 재경부 회신이 집단에너지 공급 사업에도 적용되어 사업자등록을 정정신고 해야 할 사정이 발생한 것으로 판단할 수는 없었을 것이다.

(다) 처분청은 위 예규 생성 이후에도 청구법인에 부가가치세 신고납부를 안내 또는 지도한 적이 전혀 없었고, 청구법인은 처분청의 종전 결정을 신뢰하여 면세사업자로 정정신고한 것으로, 위 결정에 반하여 과세사업자로 등록하고 세금계산서 발급 및 매출부가가치세를 신고할 것을 기대하기는 어려우므로 가산세 면제 사유인 정당한 사유가 있다.

나. 처분청 의견

(1) 부가가치세 법령에 따라 부가가치세가 면제되는 “공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 용역”은 ① 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체가 ② 기획재정부령이 정하는 사업, 즉 비영리법인의 사업으로서 공익을 목적으로 하는 사업을 ③ 그 고유의 목적사업을 위하여 ④ 실비로 공급하는 용역에 해당할 경우에 인정될 수 있으나, 쟁점용역은 이에 해당하지 아니한다.

(가) 공익목적 단체인지 여부는 단체를 기준으로 판단하여야 한다.

단체는 주무관청에 등록된 “단체” 자체를 전제로 한 개념이며, 그 단체 내부기관 또는 지점별로 공익을 목적으로 하는 단체인지 여부를 판단할 것이 아니므로 청구법인 내부의 사업장별(청구법인의 지점별)로 판단하여야 한다는 청구주장은 부가가치세법령의 “문언”에 반하는 주장으로 타당하지 않다.

(나) 청구법인은 실질적으로 출자자에게 이익을 배분하는 영리법인에 해당한다.

청구법인은 정관에서 손익금의 처리와 관련하여 OOO 일반회계에 대한 납입을 이익배당으로 처리하도록 규정하고 있고, 매분기별로 사업비를 정산하고 남은 금액을 OOO에 반납하고 있다. 즉, 청구법인은 출자자인 OOO 일반회계에 납입하는 방법으로 이익잉여금을 지급하고 있는바, 이는 실질에 비추어 볼 때 영리법인의 이익분배와 동일하여 출자자에 대한 이익배당에 해당한다.

(다) 집단에너지 공급 사업은 청구법인의 고유목적사업이 아니다.

청구법인의 정관상 사업목적으로 국가․지방자치단체로부터 위탁받은 업무가 열거되어 있기는 하나, 청구법인은 기본적으로 택지의 개발과 공급, 주택의 건설, 개량, 공급 및 관리 등을 통하여 시민의 주거생활 안정과 복지향상에 기여함을 목적으로 하는 법인인바, 청구법인이 수행하는 모든 위탁업무가 고유목적사업에 포함되는 것으로 볼 수 없다.

(라) 청구법인은 실비로 용역을 공급하지도 아니하였다.

청구법인은 쟁점용역을 수행하고 이에 대한 대가로서 재료비, 인건비, 경비, 건설비, 위탁수수료 등 다양한 명목으로 용역수행에 대한 대가를 지급받아 왔으므로 쟁점용역이 “실비”로 공급하는 용역에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 대법원은 “ 「부가가치세법」제5조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하기 전의 매입세액이라고 함은 ‘적법한’ ‘등록신청’을 하기 전의 매입세액이라고 보아야 할 것”이라고 판시(2003.11.27. 선고 2002두318 판결)하고 있는바, 청구법인은 2002.4.18. 과세사업자로 사업자등록을 하고, 2003.6.12. 면세사업자로 사업자등록을 정정신청한 상태에서 재정경제부 예규(재소비-288, 2004.3.15.)를 회신하였다.

이는 국세청보다 상위기관인 재정경제부에서 이미 청구법인이 공익을 목적으로 단체에 해당하지 않는다는 점을 명백하게 확인하였고, 이러한 재정경제부의 회신을 통해 청구법인은 공익을 목적으로 하는 단체에 해당하지 않는다는 점을 알고 있었음에도 불구하고 이를 반영하여 적법한 사업자등록을 신청한 사실이 없다.

따라서 처분청의 법리오해에 기인한 직권취소 결정이 있었다는 이유만으로 청구법인의 과세사업자 사업자등록 미이행에 어떤 정당성이 존재한다고도 볼 수 없다.

(3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고납부의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지 등은 위의 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바, 처분청이 2003.6.9. 법리오해에 기인한 직권취소 결정을 하였다는 이유만으로 청구법인의 과세사업자 사업자등록 미이행에 어떤 정당한 사유를 인정할 수 없으며, 이후 2004.3.15. 위 재정경제부 예규에서 공익을 목적으로 하는 단체에 해당하지 않는다는 점이 명확히 판단되어 있으므로 청구법인에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점용역이 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로 부가가치세 면제 대상에 해당하는지 여부

② 쟁점용역이 부가가치세 면제 대상이 아니라고 할 경우, 쟁점용역의 공급과 관련하여 수취한 세금계산서상의 매입세액을 등록 전 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부

③쟁점용역이 부가가치세 면제 대상이 아니라고 할 경우, 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 일부 개정된 것)

제5조(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) [등록] ① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

제12조[면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제13조[과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

제22조[가산세] ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제5조 제1항에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간(대통령령으로 정하는 경우에는 그 과세기간 말의 다음 달 10일)까지 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우

(2) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 일부 개정된 것)

제11조(2006.2.9. 대통령령 제19330호로 일부 개정되기 전의 것) [등록정정] ① 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 지체없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 정정사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록정정신고서에 사업자등록증 및 임차한 상가건물의 해당 부분의 도면(괄호 생략)을 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(단서 생략)

4. 사업의 종류에 변동이 있는 때

제37조[종교·자선·학술·구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위] 법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역

제48조[과세표준의 계산] ① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

(3) 부가가치세법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제269호로 일부 개정된 것)

제11조의5[종교·자선·학술·구호단체 등의 범위] ① 영 제37조 제1호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

(4) 국세기본법

제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인은 1989.1.18. 「지방공기업법」제49조 및「OOO 설립 및 운영에 의한 조례」에 따라 토지 및 주택의 개발 및 공급, 임대 및 관리, 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무의 수행 등을 목적으로 OOO가 100% 출자하여 설립되었다.

(나) 청구법인의 집단에너지 공급 사업의 연혁은 아래와 같다.

1) 집단에너지 공급 사업이란, 다수의 사용자를 대상으로 열 또는 열･전기를 생산하여 공급하는 사업으로서 「집단에너지사업법」제2조에 규정된 사업을 의미하고, 같은 법 제9조 등에 의하면 이러한 집단에너지 공급 사업은 산업통상자원부장관의 허가를 받은 자만이 영위할 수 있는바, OOO는 1983년경부터 위 사업의 허가를 받아 목동 및 노원, 신정지구 등에서 집단에너지 공급 사업을 영위하였다.

2) OOO는 「지방자치법」제104조 제3항 및「서울특별시 집단에너지공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례」(이하 “위탁조례”라고 한다)에 의하여 집단에너지 공급사업의 운영을 민간에 위탁하여 시행하였는데, 청구법인은 2002.1.1.경부터 OOO와 ‘위탁협약서’를 체결하고 지점인 사업단을 설치한 후 사업단에서 집단에너지 공급 사업에 대한 수탁관리 업무를 수행하였다.

(다) 협약서, 집단에너지공급사업 업무처리지침(이하 “업무처리지침”이라 한다), 위탁조례, OOO 집단에너지 공급사업 특별회계설치조례(이하 “특별회계설치조례”라 한다), OOO집단에너지사업단설치 및 관리규정(이하 “설치 및 관리규정”이라 한다)의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(2) 청구법인의 부가가치세 신고 및 환급과 관련된 사실은 아래 ＜표8＞과 같고, 청구법인 및 조사청 모두 사실관계에 다툼이 없다.

OOO

(가) 청구법인은 2002.1.1. OOO와 이 건 위･수탁협약을 체결하고 수탁업무를 시작하면서 당초 사업단이 위치한 OOO를 사업장으로 하여 청구법인의 지점(면세사업자)으로 사업자등록을 하였다.

※1990.7.1.～1999.2.28. 기간 동안 OOO(117-82-*****)에서 수탁운영하다 이후부터 2001.12.31.까지 OOO(주)(117-81-*****)에서 수탁운영을 하였으며, 해당기간 동안 사업비 전체에 대하여 부가가치세 과세대상으로 신고함

(나) 청구법인은 2002.4.18. 위 수탁사업을 부가가치세 과세사업으로 판단하여 과세사업자로 변경한 후, 2002년 제1기 예정부터 2002년 제2기 예정까지 청구법인이 수령한 사업비 중 인건비와 경비를 과세대상으로 하여 관할 처분청에 부가가치세를 신고･납부하였다.

(다) 청구법인은 OOO의 지도점검 결과 해당 위․수탁관리사업에 대한 위수탁관리용역이 공익을 목적으로 하는 단체의 실비공급에 따른 면세에 해당한다는 지적에 따라 2003.1.14. 처분청에 기존에 신고․납부한 부가가치세 OOO원에 대한 경정청구를 하였으나, 처분청은 2003.1.24. 위 경정청구를 거부하였고, 2003.5.9. 청구법인의 이의신청에 대하여 기각결정을 하였다.

(라) 청구법인은 2003.5.21. 위 경정청구 거부처분에 대하여 우리 원에 심판청구를 제기하여 그 심리가 계속되던 중, 처분청에게 OOO에 대한 부산고등법원 판례(부산고등법원 2002.6.14.선고 2002누42판결) 등을 제시하면서 직권시정 요청을 하였다.

(마) 처분청은 2003.6.9. 청구법인의 위 직권시정 요청을 받아들여 부가가치세 OOO원에 대한 환급결정을 하였고, 청구법인은 2003.6.5. 우리 원에 제기하였던 심판청구를 취하한 후 2003.6.12. 면세사업자로 사업자등록을 정정하였다.

(바) 한편, 청구법인은 2003.3.31. 택지개발 대행사업에 대해서 부가가치세 면제대상에 해당한다는 사유를 들어 기납부한 부가가치세의 환급을 구하는 감사원 고충민원을 제기하였는데, 감사원장은 국세청장에게 위 고충민원을 이송하였고, 국세청장은 2003.5.7. 재정경제부장관에게 질의하였는바, 재정경제부장관은 2004.3.15. 아래와 같이 회신(소비세제과-288)하였다.

OOO

(3) 사업단 사업비의 편성과 집행에 관한 청구법인의 주장 및 처분청 의견 중 주요 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인 주장

1) 위탁조례 제7조 제2항 및 업무 위･수탁협약 제8조에 따라 사업단은 매년 다음 사업연도의 예산을 편성해 OOO의 승인을 받고 있고, 사업단의 예산을 세부항목별로 살펴보면, 지역난방운영과 관련한 항목으로 열생산재료비, 인건비, 경비 등 항목과, 지역난방 건설과 관련한 항목으로 각종 공사나 시설 설치와 관련한 비용(건설비)으로 구성되어 있다.

2) 이 건 수탁사업과 관련한 예산 및 비용 등의 회계는 청구법인의 회계와 구분되는 ‘OOO집단에너지공급사업특별회계’로 운영되고 있는바, 사업단은 이 건 수탁사업과 관련한 예산, 비용 등 회계를 청구법인의 회계로 처리하는 것이 아니라, OOO 특별회계설치 조례에 따라 OOO에서 관리․운영하도록 되어 있는 OOO 집단에너지공급사업특별회계에서 집단에너지 공급 사업과 관련하여 비용을 지출할 일이 발생하는 경우 사업단이 OOO에 비용을 청구하면 OOO가 위 특별회계에서 사업단 명의의 계좌로 자금을 이체해 지출을 대행하고 있을 뿐이므로 집단에너지 공급 사업과 관련하여 발생하는 수입이나 비용은 모두 위 특별회계에 직접 반영될 뿐 청구법인의 회계상 수입이나 비용에 아무런 영향을 미치지 않고 있다.

3) 사업비(열생산재료비, 인건비, 경비, 건설비)는 예산에 반영되었다고 해서 매달 자동적 또는 확정적으로 사업단에 지급되는 것이 아니라, 집단에너지 공급 사업의 운영과정에서 실제 비용을 지출할 일이 발생하면 사업단이 해당 고지서 등 증빙자료를 첨부해 OOO에 필요자금을 청구하고, 그에 따라 OOO가 내역을 검토 후 집단에너지사업단 명의의 계좌로 자금을 입금하면 집단에너지가 각 해당 공급자에게 대금을 지급하는 구조로 집행되고 있어 청구법인이나 사업단은 위 사업비와 관련해서 어떠한 이윤도 취한 사실이 없고, 이윤을 취할 수도 없는 구조이다.

(나) 처분청 의견

1) 사업비(열생산재료비, 인건비, 경비, 건설비) 총액은 해당 사업연도의 예산안(전년도말경 마련됨)에 의하여 잠정적으로 책정된 다음 위 사업비를 구성하는 각 비용이 관련 업무의 실행 후에 확정되면 그 사업비 총액이 사후적으로 확정되는데, 잠정적으로 책정된 총 사업비는 매월 분할하여 실제로 위탁사무를 실행 완료함에 소요된 사업비가 지급된다(업무처리지침 제10조 참조).

2) 청구법인의 위탁사무에 대한 대가는 사업비와 이윤으로 구성되는데, 청구법인이 사업비를 보장받게 되어 원활하게 집단에너지 공급 사업을 운영할 수 있고, 이와 같이 위탁사무 대가를 사업비와 이윤 부분으로 각 구분하여 보장하는 것은 사업단이 무리한 비용감축을 통해 이윤을 추구함으로써 집단에너지 공급 사업을 해할 수 있음을 방지하고, 반대로 사정변경에 의해 사업비가 급증하는 경우 이 사건 위탁사무 실행으로 인하여 적자를 보는 것을 방지하기 위함이므로 청구법인이나 사업단이 위 사업비와 관련해서 어떠한 이윤도 취한 바가 없고, 이윤을 취할 수도 없는 구조라는 것은 사실과 다르다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」제12조 제1항 제17호에서 ‘종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것’을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있는 한편, 같은 법 시행령 제37조 제1호에서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역’을 위 같은 법 제12조 제1항 제17호의 부가가치세 면제대상인 용역으로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에서 ‘재정경제부령이 정하는 사업’이라 함은 ‘비영리법인의 사업으로서 종교·자선·학술·구호·사회복지·교육·문화·예술 등 공익을 목적으로 하는 사업’을 말하는 것으로 규정하고 있는바, 여기서 단체는 주무관청에 등록된 “단체” 자체를 전제로 한 개념이지 법인 내부의 사업장별 또는 사업부별로 주장하는 것은 타당하지 아니한 점, 청구법인의 정관을 살펴보면 손익금의 처리와 관련하여 OOO 일반회계에 대한 납입을 이익배당으로 처리하도록 규정하고 있어 청구법인을 출자자에게 이익을 배분하는 실질적인 영리법인으로 볼 수 있으므로 청구법인을 위 부가가치세법령에서 규정하는 “공익을 목적으로 하는 단체”로 보기 어려운 점, 부가가치세가 면제되는 용역은 “비영리법인의 사업으로서 공익을 목적으로 하는 사업을 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역”을 말하는데 반해, 청구법인은 정관상 사업목적으로 국가․지방자치단체로부터 위탁받은 업무가 열거되어 있기는 하나, 청구법인이 수행하는 쟁점용역을 고유목적사업에 포함되는 것으로 볼 수 없고, 청구법인은 쟁점용역을 수행하고 이에 대한 대가로서 재료비, 인건비, 경비, 건설비, 위탁수수료 등 다양한 명목으로 용역수행에 대한 대가를 지급받아 왔으므로 쟁점용역을 “실비”로 공급하는 용역에 해당한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점용역이 부가가치세 면제 대상에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」제5조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하기 전의 매입세액이라고 함은 ‘적법한 등록신청’을 하기 전의 매입세액이라고 보아야 할 것(대법원 2003.11.27. 선고 2002두318 판결)인바, 청구법인은 2003.6.12. 이후 면세사업자로 등록되어 있는 것으로 확인되고, 쟁점용역 관련 매입세금계산서는 청구법인이 과세사업자 등록 전에 발급받은 것이므로 관련 매입세액은 “등록전 매입세액”에 해당하는 점(서울고등법원 2013.8.30. 선고 2011누27188 판결 참조), 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 수취한 세금계산서의 해당 매입세액은 등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없는 점(조심 2008서4058, 2009.2.17.), 「부가가치세법」제17조 제2항 제5호는 사업자등록의 성실한 이행을 확보하기 위하여 사업자등록 전의 매입세액을 공제대상에서 제외하면서도, 그 단서와 그에 따른 같은 법 시행령 제60조 제9항은 예외를 인정하여 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 이내의 매입세액은 이를 공제할 수 있도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점용역 공급과 관련된 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 부과하는 것이나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니하는 것으로, 여기서 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것(대법원 2005.11.25. 선고 2004두930 판결)이고, 과세관청이 관계규정의 해석에 있어서 확실한 견해를 가지지 못하였던 경우 등은 납세의무자에게 정당한 사유가 있어 가산세를 부과할 수 없다고 할 것(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임)인바, 처분청은 2003.1.24. 청구법인이 신청한 경정청구에 대하여 당초 거부하였다가 2003.6.9. 법원 판례 등을 참고하여 직권으로 부가가치세를 환급해 주는 등 청구법인의 집단에너지 공급 사업에 대한 과․면세 해당 여부에 대해 확실한 견해를 가지지 못했던 점, 청구법인이 2002.4.18. OOO 수탁사업을 부가가치세 과세사업으로 보아 사업자등록을 정정한 후 2003.6.12. 다시 면세사업자로 정정․등록한 것은 처분청이 청구법인의 쟁점용역을 면세사업으로 보아 청구법인의 경정청구에 대해 직권으로 환급결정을 하였고, 청구법인은 이를 신뢰하여 그에 따른 적법한 사후처리를 위해 정정신고를 한 것이므로 사업자등록 의무를 태만히 하였다고 보기 어려운 점, 2004년 청구법인에 대한 재정경제부장관의 유권해석은 집단에너지 공급 사업과는 무관한 택지조성 대행사업과 관련한 것이고, 청구법인이 동 유권해석만으로 면세사업에서 과세사업으로 사업자등록 정정신고를 해야 할 사정이 발생한 것으로 보아 다시 정정신고를 하여야 할 것으로 기대하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 인정되므로 처분청이 이 건 부가가치세 경정 시 무신고가산세 등을 포함하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.