처분청은 청구인이 ㅇㅇ공사가 2001.11.14. 건축허가를 득하여 발주한 ㅇㅇ ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 9필지 고속도로 휴게소 및 주유소용 건축물 2,171.33㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 완공 후 기부채납조건의 민간투자시공방식으로 수탁 받아 시공하고, 2002.7.23. 임시사용승인을 받자, ㅇㅇ공사가 취·등록세 등 관련 세액을 납부하므로 수납하였으나, 그 후 청구인이 완공 후 임대료에서 상계하는 조건으로 ㅇㅇ공사에 기부 채납한 사실을 알고 이를 원시취득한 것으로 보아 이 사건 건축물 신축비용 4,661,573,455원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 93,231,460원(헌법불합치 결정에 따른 가산세 제외), 농어촌특별세 10,255,450원(가산세 포함), 합계 103,486,910원을 2003.12.11. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ㅇㅇ와 이 사건 건축물 이전신축 공사를 민간투자방식으로 수탁 받아 시공하고 완공 후 기부채납하는 계약을 체결함에 따라, ㅇㅇ공사는 발주자로서 건축허가신청이나 설계서 자체승인, 시공감독 등의 행정절차를, 청구인은 공사비 부담 등 공사시공을 각각 담당하여 이를 완공하자, 2002.7.23. 임시사용승인 후, 청구인이 전액부담한 공사비는 건축물 감정을 걸쳐서 그 가격에 상응하는 임차료를 상계하는 조건으로 기부채납 하므로, ㅇㅇ공사는 취·등록세 등을 신고납부와 함께 소유권 보전등기를 경료 한 사실 등을 보면, 청구인은 단순히 건축물 신축에 따른 용역을 제공하고 이에 따라 공사비 보전을 위하여 기부채납과 임차료 상계 등의 방식을 취한 것 뿐인데도 이를 원시취득한 후 기부재산에 의한 재산의 이동으로 보고 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 기부채납조건의 민간투자시공방식으로 계약을 체결하여 공사비를 부담하고 준공과 동시에 건축주에게 기부채납한 경우, 이를 원시취득한 것으로 보아 취득세를 부과할 수 있는지의 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제105조 제1항 및 제2항에서 취득세는 부동산등의 취득에 대하여 그 취득자에게 부과하며, 관계법령의 규정에 의한 등기·등록을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 당해 취득건물의 소유자를 취득자로 한다고 규정하고 있고, 고속국도법 제7조제2항에는 도로 또는 대통령령으로 정하는 교통용의 통로 및 시설 이외에는 고속국도에 연결시키지 못한다고 규정한 다음 같은 법시행령 제3조제1항에는 고속국도에 연결시킬 수 있는 교통용의 통로는 주유소나 휴게소 등의 시설만 할 수 있다고 하며, 같은 법시행령 제2조제1항에는 건설교통부장관은 법 제6조제1항의 규정에 의하여 ㅇㅇ로 하여금 법 제8조, 제9조제2항과 도로법 제6조제2항 등에 규정된 고속국도에 관한 그의 권한을 대행하게 할 수 있다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인이 2000.4.1.부터 소유자인 ㅇㅇ로부터 기존의 휴게소 건물을 임차운영 중 건축물 안전진단 결과 동 건축물의 이전신축이 요구되어 2000.4.12. ㅇㅇ에게 휴게소 임차료 상계조건으로 신축을 제의하자, ㅇㅇ는 2001.7.3. 청구인에게 민간투자시공방식으로 기존휴게소 이전신축을 승인하므로, 청구인은 공사비 전액을 부담하여 완공하고, ㅇㅇ는 2001.11.14. 건축허가부터 2002.7.23. 사용승인까지의 제반 행정절차를 거쳐 취·등록세 등을 납부하였으며 2002.11.15. 이 사건 건축물의 소유권보존등기를 경료 하였으나, 그 후 처분청은 청구인이 사건 건축물을 원시취득한 것으로 보고 2003.12.11 취득세 등을 부과 고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 건축물의 경우는 고속국도법 제6조제1항의 규정에 의하여 ㅇㅇ가 고속국도에 관한 건설교통부장관의 권한을 대행할 수 있고, 휴게소 등 법령에 정한 시설이외는 고속국도에 통로로 연결할 수 없는 데 이러한 시설들은 국가나 ㅇㅇ공사이외는 소유할 수 없다고 하였고, 2000.4.1. ㅇㅇ와 체결한 휴게소 운영권 임대차 계약서 제10조제1항에는 임대인과 합의하에 임차인의 부담으로 시설물에 대한 제반 건축행위를 할 때는 완성된 시설물을 임대인에게 기부를 전제로 축조를 승인하며, 준공과 동시에 그 소유권은 임대인에 귀속됨을 명시했고, 그 제2항에 임차인 부담으로 하는 건축행위를 할 경우는 임대인에게 설계 및 시공감독 업무의 전부를 위임하여야 하고, 그 제3항에는 건축한 시설물에 대한 공사정산금액(투자비)은 임차인이 납부할 매월 임대료에서 보전키로 하였으며, 그 제4항에는 투자비 보전 잔액이 있는 경우는 그 잔액을 보전하도록 하고 있고, 또 2001.6.7. ㅇㅇ 문서(영업시 08306-368호)에서는 휴게시설의 신·증·개·재축 등의 자본적 지출 사업 중 투자비 보전대상 사업에 대해서 시행하고 있는 수탁사업을, 휴게시설 운영자의 자율경영권 보장과 공사시행의 관리감독 체제 강화를 위하여 임차운영자 주관공사로 변경하되 이에 따른 설계발주, 시공감독 업무 전반을 ㅇㅇ공사에서 주관하는 방식으로 개선하고 그 회계처리 방법도 부대비용 지급시와 민간투자사업 진행시, 그리고 감정평가후 자산편입시로 구분하는 지침을 정하여 휴게소 건축공사에 대한 민간위탁계약시 적용하고 있음을 알 수 있다.

이러한 ㅇㅇ공사의 방침에 따라, 청구인과 ㅇㅇ공사의 그간의 과정을 보면, 2000.4.12. 최초로 청구인은 ㅇㅇ공사에 사용료 상계조건의 신축을 제의하였으며, 2001.12.11. ㅇㅇ공사는 청구인에게 민자투자시공 휴게소 이전신축 실시설계 승인을 하였고, 2001.7.3. ㅇㅇ공사는 휴게소 이전신축 민자투자사업을 승인하였으며, 2001.11.14. ㅇㅇ공사는 공사명의로 건축허가를 받아 2002.7.23. 임시사용승인을 받자 취·등록세를 신고납부하고 2002.11.5. 소유권보존등기를 완료하였으며, 2002.12.31. 청구인이 투자비 보전조건의 기부체납보고를 하고, 같은 날 2003.1월부터 신축공사투자비 4,610,268,785원에 대하여 임대료를 상계하는 조건으로 보전 통보를 한 것들이 틀림이 없음을 확인 할 수 있다. 위와 같은 계약이나 방침에 따라 건축주이며 발주자인 ㅇㅇ공사는 공사명의의 건축허가신청, 설계승인, 시공감독, 관련세금의 납부, 소유권 보전등기, 그리고 투자비 보전가액을 과대공사비 계상을 방지하기 위해 감정기관의 평가가액으로 한 점 등 소유자로서의 제반절차와 사후조치를 수행하였으나, 청구인은 기부채납 후 감정평가액을 월 임대료에서 상계하는 투자비 보전방법을 가지고 이 사건 건축물의 공사비 전액을 부담하는 것만 이행한 것을 보면, 비록 그와 같은 약정에 기부채납이라는 표현이 있다 하더라도 그것은 임차운영자가 그 투자금에 상응하는 소유권을 주장하지 않겠다는 취지를 주의적으로 확인하는 의미일 뿐, 그 소유권에 일단 귀속되었다가 별도의 기부행위를 통하여 ㅇㅇ공사에 귀속되는 것으로는 볼 수 없다 할 것이므로, 이는 청구인이 휴게소 건축공사에 대하여 위수탁 계약을 체결하여 단순이 용역을 제공한 것으로 보아야 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 3. 29.

행 정 자 치 부 장 관