가. 청구인(1943년생)은 2010.2.4. OOO, 425, 425-6, 425-8, 425-22 소재 토지(1,150㎡) 및 같은 동 423, 425-2 및 425 소재 지상 건물 3동(주택 1동 99㎡ 및 창고 1동 66㎡, 창고 1동 178.19㎡ 합계 343.19㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 상속(피상속인 : 배우자)을 원인으로 취득하였다.

나. 청구인은 2014.12.22. 위 토지(1,150㎡) 중 일부(683㎡)와 쟁점건물(이하 “양도부동산”이라 한다)을 OOO시청에 양도(공익사업을 위한 협의 수용)한 후, 2015.3.31. 양도부동산이 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 보아 과세대상 양도차익을 “0”으로 하여 처분청에 양도소득세 예정신고서를 제출하였다.

다. 처분청은 2016.3.16.～2016.4.4. 기간 중 위 양도소득세 신고에 대한 실지조사를 실시하여 청구인이 3주택을 보유하다 양도한 것으로 판단하였고, 이에 따라 청구인의 1세대 1주택 비과세 신고내역을 부인하여 2016.6.9. 청구인에 2014년 귀속 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 결정․고지하였다..

라. 청구인은 이에 불복하여 2016.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점건물은 한 울타리 안에 소재한 토지에 건축한 농가 1동, 농업창고 1동, 무허가 창고 1동 등 총 3개 동의 건물로, 청구인은 쟁점건물과 부수토지를 상속받아 10년 전부터 창고를 주택으로 개조하여 임대해 오다 공익사업용 토지로 양도하였다.

청구인은 쟁점건물 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 대상으로 보아 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 1997년 사건에 대하여 2000년에 생산된 심판례와 2011년에 생산된 질의 회신을 근거로 1세대 3주택으로 보아 2주택에 대하여 양도소득세를 과세하였다.

1999.5.7.「소득세법 시행규칙」이 개정되어 그 전에는 한 건물만 다가구주택이었으나, 개정 이후에는 하나의 대지위에 다수의 건물도 다가구주택의 범주에 포함하게 되었고,「소득세법 시행령」에서 다가구 주택이 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다고 하였다.

따라서, 쟁점건물의 양도가 1세대 1주택 비과세 대상에 해당함에도 처분청이 1999년 시행규칙 개정 이후에 적용될 수 없는 예규 및 일반주택에 적용될 회신문을 근거로 1세대 3주택으로 판단한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점건물이 OOO시청에 수용될 당시 쟁점건물은 공부상 용도 구분 및 등기 유무와 상관없이 실제로 각 세대가 독립하여 주거생활을 영위하고 있었다.

또한 OOO시청에서 쟁점건물을 실측하여 주택 감정평가를 한 후, 실입주자들에게 각각 이주보상금 명목의 보상을 한 사실이 있다.

위 사실을 종합해 볼 때, 쟁점건물은 각 세대별로 독립하여 거래의 객체가 될 수 있고, 개별 주택별로 매매가 가능하다고 판단되므로 세법상 실질과세원칙에 따라 청구인의 1세대 1주택 비과세 신청을 배제한 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점건물(3동)이 한 울타리 안에 소재한 주택으로 1세대 1주택 비과세대상에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1.～2. 생략

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

(2) 소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.(단서 생략)

제155조【1세대 1주택의 특례】⑮ 제154조 제1항을 적용할 때「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.

(3) 건축법 시행령 제3조의5【용도별 건축물의 종류】법 제2조 제2항 각 호의 용도에 속하는 건축물의 종류는 별표 1과 같다.

[별표 1]

용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련)

1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집․공동생활가정․지역아동센터 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

다. 다가구주택 : 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 바닥면적 2분의 1 이상을 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(부설 주차장 면적을 제외한다. 이하 같다)의 합계가 660제곱미터 이하일 것

3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 예정신고서에 의하면, 청구인은 OOO으로 하고, 양도차익 전체를 비과세 양도차익(1세대 1주택 비과세)으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 양도부동산의 부동산 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1943년생으로 2010.2.4. 배우자인 은OOO이 사망함에 따라 OOO, 425, 425-6, 425-8, 425-22 소재 토지(1,150㎡) 및 같은 동 423, 425-2 및 425 소재한 연면적 343.19㎡의 쟁점건물을 상속 취득한 것으로 나타난다.

(3) OOO시청의 수용가액 및 보상금내역서 등에 의하면, OOO시청은 2014.12.22. 청구인의 위 상속부동산 중 일부 토지(683㎡), 쟁점건물 및 기타 지장물 등을 수용한 것으로 나타나고, 이 중 토지가액은 OOO원, 쟁점건물(주택 3동) 가액은 OOO, 기타 지장물 가액은 OOO원 등 총 보상가액을 OOO원으로 산정하여 2015.1.5. 보상금을 지급한 것으로 나타나는바, 수용 관련 부동산의 내역(지장물 제외)은 ＜표1＞과 같다.

OOO

(4) OOO시청에서 2016.4.18. 처분청에 통보한 보상 관련 과세자료제출 공문(도시과-6259)에 의하면, 청구인을 포함하여 쟁점건물에 거주하는 총 5세대에게 총 OOO의 손실보상금(이주보상조로 이주정착금, 주거이전비, 이사비 등)을 지급한 것으로 나타난다.

(5) 청구인이 수용 보상금을 수령(2015.1.5.)하기 직전에 촬영된 사진 자료(처분청 제출)에 의하면, 쟁점건물(3동) 모두 판넬 소재의 가건물 형태 창고가 아닌 연와조, 블록조, 철근콘크리트조의 주거용 주택의 외관을 띠고 있는 것으로 나타난다.

(6) 쟁점건물의 건폐율과 관련하여 청구인은 쟁점건물의 일반건축물대장 및 건물등기부등본, 쟁점건물 소재 토지의 토지이용계획확인서, 관련 규정 등을 제시하고 있는바, 쟁점건물이 소재하는 토지는 토지이용계획확인서상 자연녹지지역으로 지정되어 있고,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제36조에 의하면 자연녹지지역의 경우 적용 기준 건폐율(건축면적/토지면적)은 20% 이하로 규정되어 있으며, 일반건축물대장에 나타난 쟁점건물의 건폐율은 15.18%(343.19㎡/2,260㎡)로 법정건폐율 이하로 나타나나,OOO시의 보상내역서(평가조서)상 면적을 기준으로 한 쟁점건물의 실제 건폐율은 20.52%(463.8㎡/2,260㎡)로 법정건폐율을 초과한 것으로 나타난다[쟁점건물 수용당시 부속토지의 면적(분할 후) 기준 실제 건폐율은 99.31%(463.8㎡/467㎡)에 이른다].

(7) 처분청 조사담당자(6급 강** 외 1인)가 2016.4.4. 작성한 양도소득세 조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 1세대 1주택 비과세 대상인 1동 주택을 제외한 나머지 2주택(부속토지 포함)을 과세대상으로 하여 양도가액 OOO으로 조사 결정하였다.

(나) 양도가액은 우선, 1세대 1주택으로 비과세되는 주택을 제외한 주택의 과세면적 비율로 토지의 과세면적을 구한 후, 총 보상금액 OOO원을 양도당시 주택 및 토지의 기준시가 비율로 안분하여 실지양도가액을 OOO원으로 산정하였고, 취득가액은 2010년 상속으로 취득한 건물 3동에 대해 취득 당시 기준시가인 OOO원으로 산정하였다.

(8) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점건물이 「소득세법 시행령」제155조 제15항 단서에 규정하는 1세대 1주택 특례 대상 주택에 해당하는지 여부에 대해 살펴본다.

(가)「소득세법」에서 “주택”이라 함은 건축물관리대장 등 공부상의 용도구분이나 건축 또는 용도변경에 대한 관할관청의 허가 및 등기 유무와는 관계없이 주거에 사용하는 건물을 뜻하는 것이고, 사실상의 용도가 주거용이고 사회통념상 전체로서 하나의 주택으로 볼 수 있는 이상 반드시 1동의 건물이어야 하고 그 대지도 1필지의 토지이어야 하는 것은 아니라 할 것이며, 한울타리 안에 2동 이상의 주거용 건물이 있는 경우로서 2동 이상의 주거용 건물이 동일한 생활영역 안에 있다면 1세대 1주택 판정시 이를 하나의 주택으로 보는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2010중3866, 2011.4.7., 대법원 1992.8.18. 선고 91누10367 판결 같은 뜻임).

(나) 현장 사진자료에 의하면, 쟁점건물(3동)은 하나의 울타리에 둘러 싸여 있고, 쟁점건물의 출입구가 하나로 되어 있어 사실상 동일한 생활 영역 내에 위치하는 점, 쟁점건물 중 임대한 2개동은 공부상 창고로 등록되어 있는 개조된 건물이고, 쟁점건물 모두 공부상 등록된 건축면적과 달리 법정 건폐율을 초과하여 불법으로 증․개축된 건물이어서 이를 분리하여 소유하거나 개별적으로 양도하기 어려운 건물로 보여지는 점, 수용주체가 공부상 창고로 등록된 2개동에 대해 가옥으로 수용 보상한 것이「소득세법」상 주택 개념에 따른 것이 아닌 실제 거주하고 있는 임차인들에 대한 이주보상 차원에서 관련 법령에 따라 보상을 한 것으로 보여지는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점건물 3동은 사회통념상 전체로서 하나의 주택으로 판단되는바, 처분청이 쟁점건물을 독립된 3개의 주택으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.