가. 청구법인은 2015.3.4. 설립한 OOO 소재의 영농조합법인으로 2015∼2017사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제66조의 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 규정을 적용하여 각 사업연도 귀속 법인세를 신고하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2019.3.7.부터 2019.3.26.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과 청구법인이 2017사업연도 말까지 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 “농어업경영체법”이라 한다)에 따른 농업경영체 등록을 하지 아니하여 법령상 감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 해당 감면 적용을 배제하고 가산세를 포함하여 관련 법인세를 과세하도록 감사지적을 하였고, 처분청은 2019.9.10. 청구법인에게 법인세 합계OOO)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.11.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO지방국세청장은 2017년 하반기 처분청에 대한 교차감사를 실시한 결과 청구법인이 조특법 제66조에 따른 법인세 감면을 신청하면서 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니한 사실을 처분청에 지적하였고, 처분청은 청구법인으로부터 임시 농업경영체 등록확인서를 제출받아 해당 지적에 대한 소명을 하였다. 이후 감사청은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 OOO지방국세청장이 지적한 부분에 대하여 재차 감사지적을 하였고, 감사청의 감사결과 처분지시에 따라 처분청은 이 건 법인세 부과처분을 하였다. 따라서 감사청의 처분청에 대한 감사는 「공공감사에 관한 법률」제33조를 위반한 중복감사로서 위법한바, 감사청의 위법한 감사처분에 따라 처분청이 한 이 건 법인세 부과처분은 위법․부당하다.

(2) 청구법인은 농업경영체 등록을 하지 아니하였다 하더라도 실질적으로 농어업경영체법상 영농조합법인에 해당하여 조특법 제66조의 법인세 면제 대상에 해당한다.

(가) 청구법인은 최초 법인을 설립할 당시 조합원 OOO로 구성하여 각 개인명의의 농업경영체 등록확인서를 청구법인 관할 등기소에 제출하여 2015.3.2. 법인설립등기를 마쳤고, 이후 2014년경 구「조세특례제한법 시행령」(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 개정시 농업경영체 등록확인서를 제출하여야 한다는 요건이 있다는 사실을 인지하지 못하여 2015∼2017사업연도 법인세 신고시 처분청에 농업경영체 등록확인서를 제출하지 못하였으나, 청구법인이 2015년경 최초 영농법인으로서 설립등기를 하기 위해 조합원 개인명의 농업경영체 등록확인서를 발급받아 제출하였으므로 청구법인 명의의 농업경영체 등록을 하지 아니하였더라도 사실상 농업경영체로서 2015∼2017사업연도 법인세 신고시 이미 조특법상 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제요건을 충족하였다고 볼 수 있다.

(나) 2017년경 청구법인은 OOO이라 한다)에게 법인명의의 농업경영체 등록신청을 하였으나, OOO은 신청 당시 OOO으로 승격되면서 농업경영체 종합시스템 전산연계가 지연된다는 사유로 인해 농업경영체 등록확인서를 발급해주지 아니하였고, 2017.12.29. 청구법인에게 농업경영체 등록 임시확인서를 교부해주었으며, OOO으로부터 2017.12.29. 농업경영체 등록 임시확인서를 교부받아 처분청에 제출하였으므로 처분청은 2017사업연도 법인세 감면을 적용하여야 한다.

(3) 「조세특례제한법 시행령」제63조 제7항에서 법인세 감면을 신청하는 영농조합법인이 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정한 것은 협력의무에 불과한 것이고, 법인세 감면시 필수적인 서류라면 이를 납세의무자인 법인에게 명시적으로 고지를 하였어야 한다. 최소한의 절차 및 고지 없이 형식상 명의 변경만 하면 되는 법인명의의 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니하였다고 가산세를 부과하는 것은 과잉금지의 원칙을 위반한 것으로 위법․부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 감사청의 처분청에 대한 감사가 「공공감사에 관한 법률」제33조를 위반한 중복감사이므로 그에 따른 처분청의 이 건 부과처분이 위법하다는 의견이나, 감사청은 처분청에 대한 업무감사를 실시하여 청구법인이 조특법상 감면요건인 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니한 것을 확인한 것이고, 감사청이 실시한 감사는 청구법인에 대한 감사가 아니므로 청구주장을 받아들이기 어렵다. 또한 감사청의 감사결과 조세법 적용의 오류 및 감면요건의 미비사실이 확인되어 처분청에게 처분지시를 한 경우 처분청은 세법상 명백한 사유가 없는 한 감사청의 처분지시에 따라 과세처분을 하여야 하므로, 감사청의 처분지시에 따라 처분청이 한 이 건 법인세 부과처분은 정당하다.

(2) 「조세특례제한법 시행령」제63조 제7항은 조특법 제66조에 따른 법인세 감면을 신청하는 납세자는 처분청에 농어엽경영체법에 따른 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 규정하고 있다. 농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 달리 감면을 적용하기 위한 요건으로 농업경영체 등록 사실이 없어 확인서를 제출하지 못하는 법인까지 법인세 감면을 적용할 수 없다. 따라서 청구법인은 2017사업연도 말까지 농어업경영체 등록 사실이 확인되지 아니하였으므로 조특법 제66조에 따른 법인세 면제 규정 적용대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 감사청의 처분청에 대한 종합감사가 「공공감사에 관한 법률」에 따른 중복감사에 해당하여 위법하므로 감사청의 감사지적에 따른 이 건 법인세 부과처분이 위법하다는 청구주장의 당부

② 농업경영체 등록을 하지 아니한 경우에도 「조세특례제한법」제66조 제1항에 따라 영농조합법인 등에 대한 법인세 면제를 적용할 수 있는지 여부

③ 이 건 가산세 부과처분이 위법․부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)

제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ①「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

⑧ 제1항․제2항․제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2018.1.9., 대통령령 제28575호로 개정되기 전의 것)

제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ① 법 제66조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위의 금액"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조 제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득금액을 말한다.

1. 곡물 및 기타 식량작물재배업(이하 이 조 및 제65조에서 "식량작물재배업"이라 한다) 외의 작물재배업에서 발생하는 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액

2. 작물재배업에서 발생하는 소득을 제외한 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액

④ 법 제66조 제4항 본문 및 제68조 제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지ㆍ초지 또는 부동산(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말하며, 법 제66조 제7항 및 제68조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지등이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구, 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말한다.

⑦ 법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 "농어업경영체 등록확인서"라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체 :「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농업경영정보"라 한다)

2. 어업경영체 :「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」제27조에 따른 어선ㆍ양식시설 등 생산수단, 생산수산물, 생산방법 및 어업생산규모 등 어업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 농어업경영정보의 등록 및 변경 절차와 농어업경영정보 등록부의 작성ㆍ관리 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다.

제8조(자금 지원 등의 제한) 중앙행정기관의 장은 다음 각 호에 해당하는 농어업경영체에 대하여는 농어업경영체의 육성 및 소득 안정 등을 위한 각종 지원의 전부 또는 일부를 제한할 수 있다.

1. 농어업경영정보를 등록하지 아니하거나 등록정보를 수정하지 아니한 농어업경영체

2. 제7조의2 제1항에 따른 부기등기를 이행하지 아니한 농어업경영체

3. 보조금을 지원받아 취득한 재산을 제7조의2 제3항 각 호의 사유가 발생하지 아니하였음에도 중앙행정기관의 장의 승인 없이 보조금의 교부 목적에 위배되는 용도에 사용하거나 양도, 교환, 대여 및 담보의 제공을 한 농어업경영체

제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.

(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙

제3조(농업경영정보의 등록) ① 농업경영체는 법 제4조 제1항 각 호 외의 부분 전단에 따라 농업경영 관련 정보(이하 "농업경영정보"라 한다)를 등록하려면 별지 제1호 서식 또는 별지 제2호 서식의 등록신청서를 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 제출하여야 한다. 다만, 농업경영정보 중 임야와 관련된 정보를 등록하려면 별지 제1호의2 서식 또는 별지 제2호의2 서식의 등록신청서를 산림청장에게 제출하여야 한다.

1. 영 별표 1 제5호 각 목에 따른 보조금 등의 신청(이하 "보조금등의 신청"이라 한다)을 하지 아니하는 경우: 국립농산물품질관리원장

2. 보조금등의 신청을 하는 경우: 농지 소재지 관할 읍장ㆍ면장 또는 동장(이하 "읍장ㆍ면장ㆍ동장"이라 한다)이나 국립농산물품질관리원장

② 읍장ㆍ면장ㆍ동장은 제1항 제2호에 따라 등록신청서를 제출받으면 농림축산식품부장관이 정하는 기간 내에 등록신청서를 제5조에 따른 농어업경영정보시스템 등을 통하여 국립농산물품질관리원장에게 이송하여야 한다.

③ 국립농산물품질관리원장은 제1항 제2호에 따라 등록신청서를 제출받은 경우에는 등록신청서의 내용 중 보조금등의 신청에 관한 사항을 농림축산식품부장관이 정하는 기간 내에 제5조에 따른 농어업경영정보시스템 등을 통하여 읍장ㆍ면장ㆍ동장에게 알려야 한다.

④ 국립농산물품질관리원장 또는 산림청장(농업경영정보 중 임야와 관련된 정보의 경우만 해당한다. 이하 같다)은 제1항 또는 제2항에 따라 등록신청서를 받으면 농업경영정보 등록부를 작성하고, 별지 제2호의3서식의 농업경영체 등록확인서를 신청인에게 발급해주어야 한다.

(5) 공공감사에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "자체감사"란 중앙행정기관, 지방자치단체 및 공공기관의 감사기구의 장이 그 소속되어 있는 기관(그 소속 기관 및 소관 단체를 포함한다) 및 그 기관에 속한 자의 모든 업무와 활동 등을 조사ㆍ점검ㆍ확인ㆍ분석ㆍ검증하고 그 결과를 처리하는 것을 말한다.

2. "중앙행정기관"이란 「정부조직법」 제2조에 따른 부ㆍ처ㆍ청과 감사원, 국가인권위원회, 국민권익위원회, 공정거래위원회, 금융위원회, 방송통신위원회 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관을 말한다.

5. "자체감사기구"란 중앙행정기관, 지방자치단체 및 공공기관에 설치되어 자체감사를 수행하는 기관 또는 부서를 말한다.

6. "감사기구의 장"이란 자체감사기구의 업무를 총괄하고 감사담당자를 지휘ㆍ감독하는 사람 및 제6조 제1항에 따른 합의제감사기구를 말한다.

제33조(중복감사 금지) 감사기구의 장은 이미 감사원 감사 등이 실시된 사안에 관하여는 새로운 사실이 발견되거나 중요한 사항이 누락된 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 자체감사기구의 자체감사 대상에서 제외하고 종전의 감사결과를 활용하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 감사청의 처분청에 대한 종합감사가 「공공감사에 관한 법률」 제33조를 위반한 중복감사라는 의견이며 OOO지방국세청장의 처분청에 대한 교차감사 당시 처분청으로부터 청구법인의 농업경영체 등록확인서 제출 등에 따른 자료제출을 요구받았다고 주장하였으나, 이와 관련된 객관적인 증빙자료를 제출하지 아니하였다.

(2) 청구법인과 관련된 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인의 등기사항 전부증명서에 따르면 개업일은 2015.3.4., 소재지는 OOO로 확인되고, 생산성 향상을 위한 협업적 농업의 경영과 쌀 증산사업을 주사업으로 하며, 농축산물의 생산․유통․가공․판매, 농축산작업의 전부 또는 일부 대행 등을 부대사업으로 규정한 사실이 나타난다.

(나) 청구법인의 농업경영체 등록확인서에 따르면 청구법인은 2015∼2017사업연도에 농업경영체 등록을 한 사실이 없고 2018.1.19. 최초로 농업경영체 등록을 한 것으로 확인된다. 다만, 청구법인은 2017사업연도 기간 중 농업경영체 등록신청서를 청구법인 관할 OOO장에게 제출하였으나, 2017.12.11. OOO으로 승격되어 농어업경영체법 시행규칙 제5조에 따른 농업경영체통합시스템 연계지연으로 인해 농업경영체 등록 및 확인서 발급이 지연되었고, 2017사업연도 기간 내 농업경영체 등록이 되었다고 주장하며 2017.12.29. 국립농산물품질관리원 경기지원 이천․용인 사무소장이 발급한 농업경영체 등록 임시 확인서를 제출하였다.

(다) 청구법인의 조합원 명부내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

(3) 국세청통합전산망에 의하면, 청구법인은 2015∼2017사업연도 기간 동안 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니하고 조특법 제66조에 따른 영농조합법인 등에 관한 법인세 면제를 신청한 것으로 나타난다.

OOO

(4) 처분청의 이 건 가산세 부과처분 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구법인은 감사청의 처분청에 대한 감사가 「공공감사에 관한 법률」제33조의 중복감사에 해당하므로 감사청의 감사지적에 따라 처분청이 한 이 건 법인세 부과처분이 위법하다고 주장하나,「공공감사에 관한 법률」제2조 제1호에서 ‘자체감사란 중앙행정기관이 그 소속되어 있는 기관의 업무와 활동 등을 조사․점검․확인․분석․검증하고 그 결과를 처리하는 것’이라고 규정하였고, 같은 법 같은 조 제2호에서 ‘중앙행정기관이란 「정부조직법」 제2조에 따른 부ㆍ처ㆍ청과 감사원, 국가인권위원회, 국민권익위원회, 공정거래위원회, 금융위원회, 방송통신위원회 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관’이라 규정하였으므로 감사청의 처분청에 대한 감사는 「공공감사에 관한 법률」에 따른 자체감사에 해당하지 않아 같은 법 제33조에 따른 중복감사에도 해당하지 않는 점, 감사청의 처분청에 대한 감사는 자기 시정을 위한 내부행위로서 그 자체만으로는 납세자의 권리를 침해한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵다 할 것이다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구법인은 농어업경영체법에 따른 농업경영체 등록확인서를 과세관청에 제출하지 아니하였어도 청구법인은 사실상 영농조합법인에 해당되므로 조특법 제66조에 따른 법인세 면제대상이라고 주장하나, 조특법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제7항에서 영농조합법인이 법인세 면제를 받기 위한 요건으로 법인세 신고시 농어업경영체법에 따른 농업경영체 등록확인서 등을 제출하도록 규정한 점, 조특법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제7항에서 영농조합법인에게 세액면제신청서 및 면제세액계산서를 제출토록 하여 과세관청의 감면세액 결정에 협력할 의무를 부여함과 동시에 농업경영체 등록 여부를 확인할 수 있는 등록확인서까지 제출하도록 요구하고 있는 이유는 농어업경영체법 제4조 제1항에 따른 농업경영정보를 등록하였는지 여부 등을 확인하여 정부 등으로부터 농업경영체 육성 및 지원을 위한 융자ㆍ보조금 지원 요건을 충족하였는지 여부와 영농조합법인에 대한 세액 감면요건의 충족 여부까지 확인하기 위한 것으로 보여, 농업경영체 등록확인서 제출 여부는 조세지원 측면에서도 혜택을 부여하기 위한 전제조건으로 해석되는 점, 청구법인은 2015∼2017사업연도 법인세 신고시 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니한 점, 실제 청구법인이 2018.1.19. 농업경영체로 등록을 하였고, 이 건 과세는 그 이전 사업연도를 대상으로 하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 영농조합법인에 대한 법인세 면제의 적용을 배제하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.

청구법인은 조특법상 법인세 감면 신청을 위해 농업경영체 등록확인서를 제출하여야 한다는 사실을 인지하지 못하였을 뿐이므로 이 건 가산세 부과처분이 위법․부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에서 규정한 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반하는 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 다만 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 당해 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 불가피한 사정이 있을 때 등과 같이 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 한하여 이를 부과할 수가 없다 할 것인바(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결, 같은 뜻임), 법령의 부지 또는 오인을 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점에 비추어 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.