가. 청구인은 86.4.12 취득한 서울특별시 노원구 OO동 OOO, OOOOO 전 95.34㎡(이하 “쟁점토지①”라 한다)와 88.4.7 취득한 같은 동 OOOOO 대지 6㎡(이하 “쟁잼토지②”라 하며, 쟁점토지①와 쟁점토지②를 합쳐 “쟁점토지”라 한다)를 95.6.15 양도한 후 95.9.29 쟁점토지의 자산양도차익 예정신고시 장기보유특별공제를 적용하여 세액을 산출하고 양도소득세 116,540,070원을 자진납부하였다.

나. 처분청은 쟁점토지의 양도당시 이용현황이 주거용 나대지였다고 보아 청구인이 신고시 적용한 장기보유특별공제를 배제한 후 97.6.26 청구인에게 95년 귀속 양도소득세 21,261,520원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 97.8.12 심사청구를 거쳐 97.11.22 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

쟁점토지는 86년 취득시부터 양도일 현재까지 토지대장상 田으로 되어 있으며, 청구인의 쟁점토지 보유기간동안 청구외 OOO이 밭작물을 직접 경작하였다고 확인하고 있으며, 지목이 전·답 등으로 사실상 농지인 경우에는 도시계획법상의 거주지역내에 소재하는 경우에도 장기보유특별공제대상이다(재일 01254-2902, 91.9.16)라는 유권해석이 있으므로 양도일 현재 쟁점토지를 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

쟁점토지②는 등기부등본상 양도당시 지목이 대지로서 관련법령상 장기보유특별공제가 배제되며, 쟁점토지①은 지목이 田 이나 대지와 바로 인접한 주거지역내의 田으로서 토지등급이 250등급으로 대지의 등급과 같고, 양도당시의 쟁점토지①에 대한 종합토지세과세내역서에 토지이용현황이 나대지로 기재되어 있으며, 청구인이 쟁점토지①에 대하여 89.7.26 토지형질 변경행위허가를 받은 사실이 있는 점 등으로 보아 쟁점토지①은 사실상 주거지역내에 있는 나대지 상태이었음을 알 수 있고, 청구인이 직접 경작하지는 않았지만 청구외 OOO이 양도당시까지 밭 경작물을 경작하였다는 사실확인서를 제시하고 있으나 이는 사인간에 작성된 서류로 신빙성이 없으므로 지방세를 과세하기 위하여 작성된 종합토지세 과세내역서상의 토지이용현황에 나타난 바와 같이 쟁점토지①을 유휴토지인 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득금액과 세액을 결정한 처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지를 양도당시 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

소득세법(94.12.22 법률 제4803호로 개정전) 제23조에서 “당해 자산의 보유기간이 5년 이상인 것에 대하여 장기보유특별공제를 하도록”규정하면서, 같은 법 시행령 제46조의 3에서 “나대지는 장기보유특별공제를 배제하되, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지는 장기보유특별공제를 적용하도록” 규정하고 있다.

한편, 당시 적용되던 토지초과이득세법 제8조 제1항 제5호에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지 또는 특별시·직할시 및 시 지역의 도시계획구역(대통령령이 정하는 농지는 제외)안의 농지는 일정한 예외의 경우를 제외하고는 유휴토지로 한다”고 규정하고 있다.

다. 판 단

쟁점토지②는 그 지목이 대지로서 관련법령에 의거 장기보유특별공제가 배제되는 것은 당연하고 쟁점토지①과 관련하여 처분청이 제시한 증빙을 검토하면, 양도당시의 쟁점토지①에 대한 종합토지과세내역서상 토지이용현황이 나대지로 기재되어 있고, 청구인이 쟁점토지①에 대하여 89.7.26 노원구청장으로부터 토지형질 변경행위허가를 받은 사실이 확인(도정 30310-1177, 89.7.26)되며, 양도당시 토지대장상 토지등급이 OOOOO 전(田)은 231등급, OOOOO 전(田)은 250등급, OOOOO 대지(垈地)는 250등급으로 확인된다.

또한, 청구인은 청구외 OOO이 쟁점토지①을 양도일 현재까지 밭작물을 경작하였다면서 청구외 OOO의 사실확인서만 제시하고 있으나 이는 사인간에 작성된 서류로서 객관성이 없으므로 쟁점토지 양도일 현재 쟁점①토지상에 밭작물을 경작하였는지 여부가 확인되지 않는다 할 것이다.

사실이 이러하다면, 지방세를 과세하기 위하여 작성된 종합토지세 과세내역서상의 토지이용현황에 나타난 바와 같이 쟁점①토지를 유효토지인 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 정당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.