가. 처분청은 2008년「종합부동산세법」이 개정되면서 종합부동산세가 원칙적 부과과세방식으로 변경됨에 따라 2011년분 종합부동산세를 과세함에 있어 「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의과세대상 부동산의 과세표준금액에 대하여 공제하는 종합부동산세 과세대상분재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액을 과세기준금액 초과금액, 재산세 공정시장가액비율, 종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 곱하는 방법으로 산정하여 2011.11.23.청구법인에게 2011년분 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.

나.청구법인은 이에 불복하여 2012.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2011년분 종합부동산세에서 공제할 재산세액을 계산함에 있어 처분청은 과거 과세표준적용비율과 동일한 기능을 하는 공정시장가액비율을 한번 더 적용시킴으로 그 비율만큼 공제할 재산세액이 적어지게 되었고 반대로 납부할 종합부동산세액은 증가하게 된 것인 바, 이는 종합부동산세법령의 문언해석과 부합하지 아니하는 자의적 해석에 기인한 것으로 명백한 이중과세이며 정부의 공적 견해표명 및 헌법재판소의 명시적 결정에 의하여 확인된 바 있으므로정당금액을 초과한 부분에 대하여는 이를 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」제9조 제4항 및 제14조 제7항은 종합부동산세 과세시 재산세액의 공제 등에 대하여 시행령에 위임하였고, 같은 법시행령 제4조의2 및 제5조의3이 개정되었고,조세법률주의의 원칙상 과세요건인지 비과세요건 또는 조세감면요건인지를 따질 것 없이 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이지 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는것은 허용되지 않고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할것인바(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결 등 참조),개정법은 종전법과 달리 ‘과세기준금액’ 이라는 개념을 삭제하면서주택 등 공시가격 중 6억 원 등을 초과하는 부분에 공정시장가액비율을 곱한 금액을 과세표준으로 규정하였고, 공제되는 재산세액의 기준이 되는 금액을 ‘과세기준금액’에서 ‘과세표준’으로 변경하였으며, 개정된 「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항에서 규정한 공제되는 재산세액 계산을 위한 산식 중 ‘주택 등 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이란 「지방세법」제188조가 재산세 과세표준별로 차등 세율을 규정하고있으므로, 결국 「지방세법」제187조에 따른 재산세 과세표준(시가표준액에공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액)에 해당세율을 적용하여 계산한 금액[(공시가격 - 6억원 등) × 개정법상 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]‘을 의미한다고 할 것이고, 위 산식은「종합부동산세법 시행규칙」작성요령이 정한 산식과 일치하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종합부동산세의 계산시 공제되는 재산세를 종합부동산세공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 위법·부당한 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 종합부동산세법

제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액〔과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액〕에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은경우에는 영으로 본다.

제9조【세율 및 세액】③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제13조【과세표준】① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제14조【세율 및 세액】③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의 2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제2조의4【공정시장가액비율】①법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다.

제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】

법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법

제187조【과세표준】① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

(4) 지방세법 시행령

제138조【공정시장가액비율】법 제187조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 「종합부동산세법 시행령」제5조의3에 규정된 재산세공제액의 산출방식에 대하여 과세대상인 토지분 과세기준을 초과하는 분”에서 과세대상의 토지분 과세표준 으로 개정된 것을 반영하여 기 납부한 재산세부과세액 합계액에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 재산세 상당액이 전체 공시가격에 대한 재산세상당액에서 차지하는 금액을 종합부동산세액에서 공제하는 방식으로 아래 <표1>과 같이 과세한 것으로 나타난다.

<표1> 종합부동산세 처분내역

(2) 청구법인은 원칙적으로 세액은 과세표준에 세율을 곱하여 계산하는 것이므로 “대상부동산분 과세표준에 대하여 대상 부동산분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이란 “대상부동산분 과세표준

(과세기준 초과분 공시지가×공정시장가액비율)×재산세 표준세율”로 해석되는 것으로, 이미 공정시장가액비율을 적용하여 산정된 과세표준에 다시 한번 공정시장가액비율을 적용한 것은 결과적으로 종합부동산세에서 공제되는 재산세액은 실제로 공제되어야 할 재산세액 중 공정시장가액비율 상당액에 한정되는 결과가 되었는 바, 이는 명백한 이중과세이며, 헌법재판소 결정사례 및 정부의 공적 견해표명 역시 종합부동산세 과세대상 부동산에 대하여 재산세가 전액 공제된다고 천명하고 있으므로 정당세액 및 취소대상세액은 아래 <표2>·<표3>과 같다고 주장한다.

<표2> 정당세액

(3) 「종합부동산세법」 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하면, 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」제187조 제1항에 의하면, 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에 의하면, 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세로부과된 세액의 합계액 중 주택 또는 종합·별도합산과세대상 토지를 합산하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액에서 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있으며,「종합부동산세법 시행규칙」별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령7번에 의하면,“과세표준 표준세율 재산세액”을“(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 ×재산세율)”의 금액으로 하도록 규정하고 있다.

(4) 살피건대,「종합부동산세법」상재산세액 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된재산세를납부할 종합부동산세에서 공제하여 이중과세문제를 조정하는 것에 입법취지가 있다 할 것인바, 같은 법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법 」에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분/(종합·별도)합산과세대상인토지분 과세표준에 대하여 주택분/(종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라 하겠다.

따라서, 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세를 산정할 때종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 이 건 처분은 적법·타당한 것으로 판단된다(조심 2011서651, 2011.3.28.외 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기 본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.