가. 청구인은 2000.1.20. OOO 전 331㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 2009.10.15. 효성도시개발주식회사에 양도하고, 2010.5.25. 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 OOO원을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 무허가 건축물의 부속토지인 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 2012.5.15. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세OO,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.7.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 무허가 건축물에 대한 재산세를 납부하였으므로 쟁점토지를 공장용 건축물의 부속토지인 사업용 토지로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 무허가 건축물의 부속토지로 2007년부터 재산세 종합합산 과세대상 토지이고, 청구인이 쟁점토지 보유 기간(9년 9개월) 중 2006.12.30. 지방세법 개정전까지 사업용 토지로 보유한 기간(6년 11개월)이 총 보유기간의 67.1%에 해당되어 사업용 토지의 기간기준에 적합하지 않으므로 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지(무허가 건축물의 부속토지)가 사업용 토지에 해당된다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제104조의 3【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」 또는 관계법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제182조제1항제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황ㆍ관계법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

(2) 소득세법시행령 제168조의 6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (이하생략)

(3) 지방세법 시행령 제131조의 2【별도합산과세대상토지의 범위】① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 "대통령령이 정하는 건축물의 부속토지"라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지를 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 따르면, 쟁점토지에는 무허가 건축물이 있고, 청구인은 이 무허가 건축물에 대하여 재산세를 납부한 것으로 나타난다.

(2) 등기부등본에 따르면, 청구인은2000.1.20. 쟁점토지를 취득한 후2006.3.24. OOO주식회사와 체결한 매매계약에 의하여 2006.4.14. 주식회사 OOO에 쟁점토지를 신탁하였고,2009.10.15. OOO주식회사에 쟁점토지의 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

(3) 국세청 통합전산망 등 심리자료에 따르면,청구인은자동차 부품업체인 OOO에 2003.9.16.부터2009.7.16.까지 쟁점토지를 임대한것으로 나타나고,2007년 제1기분부터 2008년 제1기분까지 부가가치세를 무신고하였으며, 2008년 제1기분부터 2010년 제1기분까지 무실적으로 부가가치세를 신고한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 「소득세법」제104조의3 제1항 및 「소득세법 시행령」제168조의 6 제1호는 비사업용 토지의 기간기준에 포함되는 기간 동안 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지가 종합합산과세대상으로 구분되어 재산세가 과세되는 경우에는 비사업용 토지에 해당되는 것인 바, 무허가 건축물에 재산세가 과세된다고 하더라도 무허가 건축물의 부속토지는 별도합산 과세대상에서 제외되어 종합합산 과세대상으로 구분되는 것이므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2011서4723, 2011.12.13. 참고).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.