[2] 어떤 회사가 생산·판매하는 보일러와 관련된 특허권 및 실용신안권이 그 회사와 특수관계에 있는 대주주 명의로 등록되어 있으나 실제로는 회사와 대주주가 공동으로 소유하는 경우, 그 회사가 대주주에게 지급한 특허권 등의 사용료에 대하여 손금 부인한 법인세부과처분이 정당하다고 한 사례

1. 일반적으로 과세처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다고 할 것이다 ( 대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 , 대법원 2005. 1. 13. 선고 2003두10343 판결 등 참조).

2. 원심이 인정한 사실관계에 의하면, 원고의 대주주인 소외인은 원고를 비롯한 소외 주식회사 귀뚜라미 가스보일러, 귀뚜라미 보일러 주식회사, 귀뚜라미 기계 주식회사(이하 위 3개 회사를 통틀어 ‘소외회사들’이라 한다)의 실질적인 창업주이고, 소외인과 원고는 법인세법 소정의 특수관계에 있는데, 소외인이 1997. 12. 31. 이전에 출원·등록된 일부 특허권 등과 1998. 1. 1.부터 2002. 12. 31.까지 사이에 걸쳐 소외인 명의로 출원·등록된 보일러 관련 특허권 및 실용신안권(이하 ‘이 사건 특허권 등’이라 한다)에 대하여 원고 및 소외회사들에게 통상실시권을 허락하고 그 사용료로 특허권 등을 사용하여 생산한 제품 매출액의 2.5%를 지급받자, 피고는 이 사건 특허권 등이 소외인의 단독소유가 아니라 원고와 소외인의 공동소유라고 보아 법인세법상의 부당행위계산 부인 규정을 적용하여, 원고가 1998. 1. 1.부터 2001. 12. 31.까지 소외인에게 지급한 특허권 등의 사용료 중 50%를 손금부인하고, 소외회사들이 위 기간 동안 소외인에게 지급한 특허권 등의 사용료 중 50%를 익금 산입하여 2003. 3. 6. 원고에게 원심 판시 별지 1 기재와 같이 이 사건 법인세 부과처분을 하였으며, 이어 피고는 원고가 소외인에게 지급한 특허권 등의 사용료 중 50%에 해당되는 금액의 매입세액을 불공제하고, 소외회사들이 소외인에게 지급한 특허권 등의 사용료 중 50%를 원고의 소외회사들에 대한 매출로 보아 이를 부가가치세 과세표준에 각 가산하여 2003. 3. 14. 원고에게 원심판시 별지 2 기재와 같이 이 사건 부가가치세 부과처분을 하였다는 것이므로, 이 사건 각 과세처분의 기본적인 요건은 ‘이 사건 특허권 등이 소외인 명의로 등록되어 있지만, 그 실질은 소외인과 원고의 공동소유이고 원고의 지분비율이 최소 50%를 상회한다’는 사실이라 할 것이다.

기록에 의하면, 이 사건 특허권 등은 원고와 소외회사들이 생산·판매하는 보일러에 적용되는 기술인데, 원고는 이 사건 특허권 등의 출원이 이루어진 기간 중 부천개발실 또는 연소기 연구실, 자동화연구실이라는 부서를 두고, 보일러 연소기, 보일러 운전제어장치, 보일러 온도제어장치, 소음저감기술 등 보일러 전반에 관한 기술개발을 해 온 사실(을 제10호증 및 그에 부속된 서류), 특히 1999.에는 연소기 연구실에서 3 PASS 온수보일러, 3 PASS 급탕보일러(간접열교환방식의 온수보일러), 공기조절뎀퍼(유압실린더를 사용하는 구조로 누유 등의 잦은 하자요인을 해결할 수 있는 모터 공기뎀퍼), 터보소용돌이 버너, 저소음 버너, 전자펌프형 버너 등을 개발하였고, 자동화연구실과 함께 2000.에는 콘덴싱보일러, 저가형 가스보일러와 관련한 가스감지기, 열교환기, 배관 등 수정에 관한 기술, 송풍기검사프로그램, 모터를 이용한 급수밸브, 소음개선 열교환기 및 소음기구조, 저 NOx 버너 등을 개발할 예정으로 있었던 사실(을 제11호증), 2002. 11.경에는 ‘설계 및 개발업무 절차서’라는 연구개발에 관한 메뉴얼을 만들고, ‘설계개발 관리 규정’도 시행하는 등 조직적·체계적으로 신기술·신제품을 개발하여 온 사실(을 제10호증에 첨부된 ‘설계 및 개발업무 절차서’, ‘설계개발 관리 규정’), 위 기간 중 소외인은 하향식 가스보일러 연소기 등의 특허권과 전기온수순환펌프의 기포배출구조 등의 실용신안권 등 원고와 소외회사들의 보일러제품과 관련한 거의 모든 특허권 및 실용신안권을 출원하였으나 원고는 특허권이나 실용신안권 등록을 한 바 없는 사실, 원고와 경쟁관계에 있는 경동보일러 주식회사의 경우 2001.에 29억여 원, 2002.에 35억여 원, 2003.에 39억여 원 등의 연구개발비를 지출하였으며, 회사 명의로 약 200여개의 특허권 및 실용신안권 등을 보유하고 있는 사실(을 제27호증의1 내지 5, 제28호증), 한편 소외인은 1997. 이전에도 원고와 소외회사들이 생판·판매하는 보일러 관련 특허권 등을 자신의 명의로 출원한 다음 원고 및 소외회사들에 그 통상실시권을 부여하고 제품 매출액의 2.5%씩을 사용료로 지급받아 왔었는데, 당시의 과세관청이 1997. 2.경 원고와 소외인이 위 특허권 등을 공유한다고 보아 원고가 소외인에게 지급한 사용료의 50%를 손금부인하고, 소외회사들이 소외인에게 지급한 사용료의 50%를 익금에 산입하여 법인세를 부과하자, 원고, 소외회사들 및 소외인은 이를 수용하여 1997. 6.경 원고와 소외인이 위 특허권 등을 각 2분의 1 지분의 비율로 공유하는 것을 전제로 소외인은 당초 원고로부터 지급받기로 약정한 사용료 중 50%만 지급받기로 하고, 소외인이 소외회사들로부터 지급받기로 약정한 사용료는 소외인과 원고가 50%씩 지급받기로 하는 내용의 합의서를 작성하기까지 하였으나, 1997. 12. 말경 이후 다시 원래대로 소외인이 원고 등에게 이 사건 특허권 등의 통상실시권을 부여하고 그 실시료를 지급받음으로써 이 사건 과세처분을 받게 된 사실을 인정할 수 있다.

이러한 사실 및 일반적인 경험칙상 이 사건 특허권 등은 보일러를 생산·판매하는 원고와 소외회사들이 그 생산·판매 과정에서 보일러의 기능향상 및 생산비 절감에 관하여 얻은 아이디어 등을 토대로 한 것이거나, 다른 보일러 제조회사와 신제품·신기술 개발을 위해 경쟁하는 과정에서 획득된 것일 가능성이 높고, 그 기술의 내용에 비추어 단순한 구상만으로는 개발이 불가능하며, 기술의 실현가능성, 효율성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하고, 거기에는 상당한 설비 및 비용이 소요될 것이므로 어느 한 개인의 힘으로 이를 모두 고안해 내는 것은 매우 어려운 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 특허권 등이 소외인 명의로 되어 있기는 하지만, 실제로는 원고가 개발하였거나 소외인과 공동으로 개발한 것으로 원고와 소외인의 공동소유이고 원고의 지분비율이 최소 50%를 상회한다는 사실이 충분히 추정된다고 할 것이다.

따라서 앞서 본 법리에 따라, 이 사건 각 과세처분이 위법하다고 주장하는 원고에게 이 사건 특허권 등이 원고와 소외인의 공유가 아니라 소외인의 단독소유라는 사정( 소외인의 단독발명이었다는 사정) 또는 소외인의 지분비율이 원고의 지분비율보다 더 높다는 사실을 입증하여야 할 부담이 돌아간다고 할 것인데, 기록에 의하면 소외인이 1960.경부터 독자적으로 보일러 관련 기술개발을 해 오면서 여러 권의 서적을 저술하는 등 전문적인 지식을 가지고 있는 사실을 인정할 수 있으나, 그러한 사정 및 이 사건 특허권 등 등록 관련서류, 소외인의 자필메모(갑 제10 내지 15호증의 각 1, 2, 제16, 17, 18호증) 등의 각 기재만으로는 이 사건 특허권 등을 소외인 단독으로 발명하거나 고안하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 각 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 것으로서 위법하다고 단정할 수는 없다고 할 것이다.

그럼에도 불구하고, 원심은 원고와 소외인이 이 사건 특허권 등을 2분의 1 지분의 비율로 공유하고 있다는 점에 대한 증명이 없다고 보아 이 사건 각 과세처분이 위법하다고 판단하고 말았으니, 원심판결에는 과세요건의 입증책임에 관한 법리를 오해하였거나 채증법칙을 위배하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.