2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 계면활성제 등의 제조업을 영위하는 법인으로, 비상장법인인 ○○유지주식회사(이하 '○○유지'라 한다)가 발생주식 총수의 100분의 40을 소유하고 있다.

나. 원고는 2009년 사업연도(2008. 10. 1. ~ 2009. 9. 30.) 법인세 신고 시 조세특례

제한법상 중소기업에 대한 특별세액 감면과 연구・인력개발비에 대한 세액공제를 신청하여 법인세를 감면・공제받았다.

다. 피고는, 직전 사업연도인 2008년 사업연도(2007. 10. 1. ~ 2008. 9. 30.) 말일을

기준으로 자산총액 5,000억 원 이상인 ○○유지가 원고 발생주식 총수의 100분의 30

이상을 소유하고 있어 원고는 2009년 사업연도에 중소기업 특별세액 감면 및 연구 ・

인력개발비 세액공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 조세특례제한법상

중소기업 관련 세액 감면 및 공제 규정의 적용을 배제하고 2011. 7. 27. 원고에 대하여 2009년 귀속 법인세 ○원(가산세 ○원 포함)을 부과하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2011. 9. 20. 감사원에 심사청구를 하였으나 2013. 4. 11.

기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함),

을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 조세특례제한법 시행령에 따른 유예기간 적용

구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라고만 한다) 제2조 제5항에 따라 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업 관련 조세특례가 적용된다.

2005년 사업연도 기준 자산총액이 약 6,050억 원인 ○○유지가 발행주식 총수의 100분의 40을 소유하고 있는 원고는 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 중소기업기본법 시행령'이라고만 한다) 제3조 제2호 및 별표 2에 따른 중소기업에 해당하였으나, 2006년 사업연도 중인 2005.

12. 27. 대통령령 제19189호로 중소기업기본법 시행령 별표의 개정(이하 위와 같이 개정된 시행령을 '개정 중소기업기본법 시행령'이라 한다)으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으므로, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 2009년 사업연도까지 중소기업 관련 조세특례가 적용되는 중소기업으로 보아야 한다.

그럼에도 원고에 대하여 조세특례제한법상 중소기업 관련 세액 감면 및 공제 규정의

적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 중소기업기본법 시행령에 따른 유예기간 적용

원고는 개정 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호에 따른 기업의 소유 및 경영의 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하여 중소기업에 해당하지 않게 되었는바, 개정 중소기업기본법 시행령 부칙 제2조 제2항은 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 위 시행령의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 위 시행령의 시행일로부터 3년이 되는 날인 2008. 12. 27.까지 중소기업으로 보도록 유예기간을 두고 있다.

따라서 원고의 2009년 사업연도에는 중소기업에 해당하는 기간(2008. 10. 1. ~ 2008.

12. 27.)과 해당하지 않는 기간(2008. 12. 28. ~ 2009. 9. 30.)이 존재하는 바, 이러한 경우 세법에서는 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 원고는 2009년 사업연도 전체 또는 적어도 중소기업에 해당하는 기간까지는 중소기업으로 보아야 할 것이다.

그럼에도 원고에 대하여 중소기업 관련 세액 감면 및 공제 규정의 적용을 배제한 이

사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 조세특례제한법 시행령에 따른 유예기간 적용 주장에 대하여

1) 유예기간 적용 여부

가) 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 '실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것'을 요구하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항은 '제1항의 규정을 적용함에 있어서 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3과세연도까지 중소기업으로 본다'고 규정하고 있다.

한편 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 및 별표 2는 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준의 하나로 '제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식 총

수의 100분의 30 이상을 소유하는 기업이 아닐 것'을 요구하고 있는데, 제3조 제1호 나목은 '증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다, 이하 같다)이5,000억 원 이상인 법인'이라고 규정하고 있었다. 그런데 구 중소기업기본법 시행령이2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되면서 제3조 제1호 나목은 '자산총액이 5,000억 원 이상인 법인'으로 개정되었는바, 구 중소기업기본법 시행령 제3조에서는'주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액이 5,000억 원 이상인 법인'이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것이 중소기업의 요건이었다가, 개정 중소기업기본법 시행령 제3조에서는 '주권상장법인 또는 협회등록법인인지'와 상관없이 자산총액이 5,000억 원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것을 요구하는 것으로 개정된 것이다.

나) 이 사건에 관하여 보건대, 당사자 사이에 다툼 없는 사실과 갑 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 발행주식 총수의 100분의 40을 보유하고 있는 ○○유지는 비상장법인으로서 원고의 2005년 사업연도(2004. 10. 1. ~ 2005. 9. 30.) 말일 현재 자산총액이 6,050억 원이었던 사실을 인정할 수 있다.

구 중소기업기본법 시행령 제3조가 계속하여 시행되었더라면, 2006년 사업연도의 경우 발행주식 총수의 100분의 40을 보유하고 있는 ○○유지가 비상장법인이었으므로 원고는 ○○유지의 자산총액에 관계없이 중소기업에 해당하였다. 그러나 2006년 사업

연도(2005. 10. 1. ~ 2006. 9. 30.) 도중 개정 중소기업기본법 시행령이 시행되면서 자산총액이 5,000억 원을 넘는 ○○유지가 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 보유하고 있는 원고는 ○○유지가 비상장법인인지와 상관없이 2006년 사업연도에 중소기업에 해당하지 않게 되었으므로, 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 '중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때'에 해당한다고 할 것이다.

따라서 원고는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 2006년 과세연도 및 그 다음 3과세연도인 2007년 과세연도, 2008년 과세연도, 2009년 과세연도까지 중소기업으로 유예되었다고 할 것임에도, 원고에 대하여 중소기업 조세특례의 적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장에 대한 판단

가) 이에 대하여 피고는, 구 조세특례제한법 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준에 적합하지 않은 기업에 대하여는 중소기업 유예기간이 적용되지 않으므로, 자산총액이 5,000억 원 이상인 ○○유지가 발행주식 총수의 100분의 40을 소유하고 있어 실질적인 독립성이 인정되지 않는 원고에 대하여는 중소기업 유예기간의 적용이 배제된다고 주장한다.

살피건대, 구 조세특례제한법 시행령 제2조는 제2항에서 중소기업이 그 규모의 확대

등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때의 유예기간을 규정하면서, 같은 항 단서

제3호에서 소유와 경영의 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합하지 아니한 기업에 해당하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 정하고 있고, 한편 같은 조 제5항은 기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때의 유예기간을 정하면서, 유예기간의 예외에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니하다.

이는 기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우와는 달리 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 당사자의 책임 없는 사유로 인하여 조세특례 등의 적용을 받지 못하게 된 것이므로, 이러한 경우에는 유예기간의 예외를 두지 않고 중소기업 조세특례 적용에 대한 당사자의 신뢰를 두텁게 보호하기 위함이라고 할 것이다.

따라서 규모의 확대 없이 구 중소기업기본법 시행령 별표의 개정만으로 2006년 과세연도에 중소기업에 해당하지 아니하게 된 원고는 위에서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따라 2009년 과세연도까지 중소기업으로 유예된다고 할것이고, 원고에 대하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항이 적용될 여지가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

나) 다음으로 피고는, 중소기업기본법 시행령상 '별표'는 2002. 5. 20. 대통령령 제17606호로 중소기업기본법 시행령이 개정되면서 더 이상 존재하지 아니하고, 원고는 구 중소기업기본법 시행령 '별표 2'의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것일 뿐, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 중소기업기본법 시행령 '별표'의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때가 아니므로 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에 따른 유예기간의 적용을 받지 아니한다고 주장한다.

살피건대, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항은 '기업이 중소기업기본법 시행령 별표의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한

날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다'고 규정하고 있는 바, 구 중소기업기본법 시행령(2002. 5. 20. 대통령령 제17606호로 개정되기 전의것)은 '별표'에서 중소기업의 업종별 상시근로자수・자본금 또는 매출액의 규모기준을

정하고 있었으나, 위 구 중소기업기본법 시행령의 개정으로 중소기업의 기준이 추가되면서 이 사건에서 문제된 구 중소기업기본법 시행령 및 개정 중소기업기본법 시행령은'별표 1'에서 중소기업의 업종별 상시근로자수・자본금 또는 매출액의 규모기준을, '별표 2'에서 중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성 기준을 각 정하고 있다.

"나아가 ① 구 조세특례제한법 시행령 제2조는 제1항 제1호에서 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준 이내일 것을 중소기업의 요건으로 정하는 등 중소기업기본법 시행령이 '별표1'과 '별표 2'로 구분되어 있음을 전제로 하면서도 제2조 제5항에서는 이를 구분하지 않고 중소기업기본법 시행령별표'라고만 정하고 있는 점, ② 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에서 정한 중소기업기본법 시행령 '별표'의 개정에 중소기업기본법 시행령 '별표 1'과 '별표 2'의 개정이 포함되지 않는다고 해석하는 경우 위 조항이 사문화되는 결과가 되고, 규모의 확대 등으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 구 조세특례제한법 제2조 제2항에 따라 유예기간의 적용을 받는 반면, 규모의 확대등이 없이 오로지 중소기업기본법 시행령의 개정만으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 아무런 유예기간의 적용을 받지 못하는 부당한 결과가 되는 점, ③ 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항은 구 조세특례제한법 시행령이 2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되면서 '중소기업기본법 시행령 별표 1의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때'로 개정되었는바, 이는 중소기업기본법 시행령 별표 1 또는 별표 2 의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에 유예기간을 적용하던 것을 변경하여 중소기업기본법 시행령 별표 1의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에만 유예기간을 적용하기 위한 것으로 봄이 자연스러운 점 등을 고려하면, 구 조세특례제한법 제2조 제5항의 중소기업기본법 시행령 '별표'의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 중소기업기본법 시행령 '별표 1' 또는 '별표 2'의 개정으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때 모두를 포함한다고 해석함이 상당하므로, 피고의 위 주장도 이유 없다.",나. 소결론

따라서 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하므로 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.