2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가.당사자의지위

(1) 원고 엘○○○○엔피엘인베스트먼트 주식회사(이하 '원고 1'이라 한다)는 미국 델라웨어주에 있는 IREKOR Capital II, LLC가 1999. 7. 19. 100% 출자하여 2000. 3. 3. 버뮤다에 설립한 AAA BBB Investment Company, Ltd(이하 'AAA BBB'이라 한다)의 국내지점이다.

(2) 원고 엘○○○○씨에이치비인베스트먼트원 주식회사(이하 '원고 2'라 한다)는 2000. 1. 21. 버뮤다 법인인 AAA KKK Holdings I, Ltd.가 2000. 3. 3. 버뮤다에 설립한 AAA KKK Investment Company I, Ltd(이하 'AAA KKK 1'라 한다)의 국내지점이다.

나. 원고들의 부실채권 등의 양수 및 유동화증권 발행

(1) 원고 1은 1999. 12. 21. 한국자산관리 공사(KAMCO)로부터 액면 약 847억 원의 저당권부채권 등을 약 214억 원에 매수하였고, 2000. 4. 6. 위 저당권부채권 등을 기초자산으로 하여 ① 발행가액의 1/7은 약 30억 6천만 원에 해당하는 미화 상당액의 주식형 증권으로, ② 발행가액의 6/7은 약 184억 원에 해당하는 미화 상당액의 5년 만기, 연리 15% 조건의 채권형 증권으로 각 유동화증권(ABS)을 발행하였다. IREKOR Capital II, LLC는 2000. 4. 6. 위 주식형 유동화증권을 전부 인수하였고, 버뮤다 법인인 KAM2 Finance Company Limited는 같은 날 위 채권형 유동화증권(이하 '제1유동화증권'이라 한다)을 전부 인수한 후, 2000. 7. 31. 아일랜드 법인인 Korean Debt Investment Company Limited(이하 'GG'라 한다)에 매도하였다.

(2) 원고 2는 2000. 6. 29. 조○은행로부터 액면 약 622억 원의 담보부채권 및 무담보채권 등율 약 291억 원에 매수하였고, 2000. 6. 29. 위 채권 등을 기초자산으로 하여 ① 발행가액의 1/7은 약 41억 6천만 원에 해당하는 미화 상당액의 주식형 증권으로,② 발행가액의 6/7은 약 249억 원에 해당하는 미화 상당액의 7년 만기, 연리 17% 조건의 채권형 증권으로 각 유동화증권을 발행하였다. AAA KKK Holdings I, Ltd는 2000. 6. 29. 위 주식형 유동화증권을 전부 인수하였고, 아일랜드 법인인 BBB-C Debt Investment Company Limited(이하 'BBBCD'라 한다)는 같은 날 위 채권형 유동화증권 (이하 '제2유동화증권'이라 한다)을 전부 인수하였다.

다. 원고들의 GG, BBBCD에 대한 각 이차 지급 내역

아래 표의 기재와 같이 원고 1은 GG에게 제1유동화증권에 대한 이자를, 원고 2는 BBBCD에게 제2유동화증권에 대한 이자를 각 지급하였다.

라.서울지방국세청의세무조사

(1) 서울지방국세청은 2003. 2. 4.부터 2003. 6. 13.까지 사이에 원고 1의 2000. 2. 18.부터 2001. 12. 31.까지의 사업연도, 원고 2의 2000. 4. 26.부터 2001. 12. 31.까지의 사업연도에 관하여 세무조사(이하 '제1차 세무조사'라 한다)를 실시하였고, 그 후 다시 2005. 7. 7.부터 2005. 10. 31.까지 사이에 원고들을 비롯한 콜스타 펀드와 관련된 유동화전문회사들에 대하여 세무조사(이하 '제2차 세무조사'라 한다)를 실시하였다.

(2) 서울지방국세청장은 2005. 10. 14. 피고에게, 2000년에 부실채권 및 리스채권을 기초자산으로 유동화를 실시한 국내의 유동화전문회사 중 유동화증권을 선ㆍ후순위 모두 특수관계가 없는 자에게 공모발행 방식으로 발행한 14개 업체의 유동화증권 발행 이자율을 비교대상거래(이하 '이 사건 비교대상거래'라 한다)로 선정한 후, 국제조세조정에 관한 법률 제5조 제1항 및 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정된 이후의 것, 이하 '국제조세법 시행령'이라 한다) 제5조 제1항 제1호 나목에 의하여 ① 발행시기, ② 발행형식(사모와 공모), ③ 발행통화, ④ 자산가치 대비 대출비율(LTV), ⑤ 만기, ⑥ 신용보강 여부 등에 대하여 원고들의 유동화증권 발행 이자율과의 차이를 합리적으로 조정하고, 그 결과 중위값인 13.31%를 정상이자율로 산정한 다음, 원고들이 국외특수관계자인 GG, BBBCD에게 지급한 제1, 2유동화증권에 대한 이자율이 국제조세조정에 관한 법률 제5조에서 정한 정상이자율보다 높다고 보아, 아래 표 기재와 같이 위 13.31%를 초과하는 부분을 각 손금불산입하여, 원고 1 의 2000. 2. 18.부터 2002. 12. 31.까지 의 사업 연도, 원고 2의 2000. 4. 26.부터 2002. 12. 31.까지의 사업연도에 대한 법인세 합계 약 614,283,000원을 예상ㆍ고지하는 내용 의 세무조사결과를 통보하였다.

마.피고의원고들에대한법인세부과처분

피고는 서울지방국세청장으로부터 위 세무조사결과를 통보받고, ① 2006. 1. 5. 원고1에게 2000사업연도 법인세 117,120,020원 및 2002사업연도 법인세 95,943,770원의 각 부과처분을, ② 같은 날 원고2에게 2000사업연도 법인세 169,239,470원, 2001사업연도 법인세 210,077,670원, 2002사업연도 법인세 29,837,860원의 각 부과처분(이하 통틀어 '이 사건 각 부과처분'이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼없는사실,갑1호증의1 내지5,갑3,4호증,갑12호증의1,2,을1호증의1 내지5,을2호증의1 내지6의각기재,변론전체의취지

2. 부과처분의적법여부

가.원고들의주장

아래와 같은 이유로 피고의 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

(1) 제2차 세무조사의 중복세무조사 해당

제2차세무조사중2000 및2001사업연도에대한부분은제1차세무조사와같은세목및과세기간에대하여실시된중복세무조사이고,국세기본법령이규정하고있는중복세무조사의예외적인허용사유에도해당되지않는다.

(2) 이사건비교대상거래에의한정상이자율산정의위법

피고는 이 사건 비교대상거래가 된 유동화증권을 발행한 14개 업체가 어떠한 경위 로 선정되었는지, 이 사건 비교대상거래가 된 유동화증권의 기초자산과 발행자, 만기, 이자율 등은 구체적으로 어떻게 되는지, 발행시기ㆍ발행형식ㆍLTV 만기ㆍ신용보강여부 등에 관하여 구체적으로 어떠한 방법으로 얼마만큼의 이자율을 증ㆍ감액 조정을 하였는지를 전혀 밝히지 않은 채 임의적으로 제1, 2유동화증권에 대한 정상이자율을 13.31%로 산정하였을 뿐만 아니라, 이 사건 비교대상거래는 제1, 2유동화증권파는 거래영역, 기초자산, 발행방식, 만기, 보증 여부, 발행통화, 발행시기, 선ㆍ후순위 구조 등에서 현저한 차이를 보이므로, 비록 일부 그 차이의 조정이 이루어졌다고 하더라도 정상가격을 산출하기 위한 비교대상거래로 삼을 수 없고, 그 차이의 조정도 합리적이지 못하다.

나.관계법령등

별지기재와같다.

다.인정사실

(1) CALL Star Fund IT, m(u.s.), L.P.(이하 구별 없이 'AAA'라 한다)는 각 미국 델라 웨어주법에 따라 설립된 리미티드 파트너쉽(Limited Partnership)이고, CALL Star International Finance, Ltd(이하 'LSIF'라 한다)는 아일랜드 법률에 의하여 설립된 외국법인이다. LSIF, AAA BBB, AAA KKK 1 등은 콜스타 펀드에 의하여 설립되어 콜스타 펀드가 지배력을 갖는 법인들이고, 콜스타 펀드는 국내 부실채권의 투자와 관련하여 CALL Star Advisors Korea. LLC(이하 'LSAK'라 한다)와 Hudson Advisors Korea, Inc. (이하 'TTT'라 한다)를 설립ㆍ운영하였는데, LSAK는 콜스타 펀드가 한국에 투자하는 부실채권의 물색 및 투자결정을 주된 사업으로 수행하였고, TTT는 콜스타 펀드가 설립한 유동화전문회사의 자산관리 및 수탁업무를 주된 사업으로 수행하였다.

(2) 서울지방국세청장은 원고들을 포함한 LS따(, TTT등 콜스타 펀드와 관련된 20개 회사에 대한 제1차 세무조사를 통보하면서 조사대상 회사들에게 모회사 및 국내외 관 계회사의 조직도, 출자흐름도, 재무제표 및 감사보고서, 세무조정계산서 및 결산서, 국외특수관계자와의 거래시 적용한 이전가격 관련 서류(정상가격 산출근거 포함), 자산평가 관련서류, 자산취득 및 매각계약서, 금융감독기관에 제출한 서류(유동화계획등록신청서ㆍ자산양도등록신청서 및 각 관련 서류), 유동화증권별 발행흐름도 및 발행내역, 자산관리 위탁계약 관련 서류, 원리금 및 배당금 지급 관련 서류, 발행비용 및 액면이 자율 산출 근거서류 등의 자료를 준비할 것을 요구하였고, 제1차 세무조사 중에는 LSIF의 장기부채(Loan payable) 관련 대부자(채권자) 명단과 각각의 이자지급 내역(관계회사 및 제3자 포함), LSIF의 Operating Income 산출과정을 알 수 있는 구체적인 설명자료(예컨대 자금투자시 수취이자율과 투자금액 명세, 자금차입시 지급이자율과 차입 금액 명세) 등의 제출을 요구하였다. 원고들은 위 서류들을 모두 제출하였고, 이전가격 측면에서 유동화증권의 이자율이 적정하다는 취지의 구체적인 의견서를 제출하기도 하였다.

(3) 서울지방국세청장은 2003. 10. 22.경 원고들에게 각 세무조사결과를 통지하였는데, 그 주된 내용은 수익적 소유자 판정에 따른 이자소득 원천징수 누락분을 추정하여 2000사업연도의 법인세(이자소득세)로, 원고 1에 대하여 109,911,000원, 원고 2에 대하여 123,672,000원의 세액을 예상고지하는 것으로서, 제1, 2유동화증권에 대한 각 이자율이 정상가격에 해당되지 않는다는 취지는 기재되어 있지 않았다.

(4) 서울지방국세청은 2005. 4. 12. 콜스타 펀드 계열 국내 회사들이 위치한 서○ 강○구 역○동 737 강남파이낸스센터 30층에 세무조사공무원들을 보내 콜스타 펀드가 국내 투자를 위하여 설립한 법인들에 대한 대대적인 특별세무조사에 착수하였다. 당시 세무조사 대상으로 정식 통보된 법인은 LSAK, TTT, 앨에스에프프로퍼티 유동화천문유한회사, 엘○○○○프로퍼티투 유동화전문유한회사, 엘○○○○쓰리코리아프로퍼티컴파니원, 스○프로퍼티매지지먼트주식회사 등 6개의 유동화전문회사였으나, 실제로는 원고들을 포함한 콜스타 펀드 계열의 국내 유동화전문회사들과 관련된 전반적인 장부 및 서류 일체를 제출받거나 영치하였다.

(5) 그 후 서울지방국세청장은 2005. 6. 30. 원고들에게도 공식적으로, 각 조사대상세목 '법인제세 통합조사', 조사대상기간 2002. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지', 조사기간 '2005. 7. 7.부터 2005. 8. 25.까지'(이후 2005. 10. 31.까지로 연장됨)로 정한 세무조사를 사전통지하면서 법인세 신고서 및 회계장부, 유동화자산 인수관련 증빙서류, 유동화 계획 등록신청서류, 유동화증권 발행 관련서류 및 제증빙, 유동화자산 회수 및 양도관련 서류(각 채권별 회수내역 포함) 등의 자료를 준비할 것을 요구하였고, 2005. 7. 7.부터 2005. 10. 31.까지 원고들의 각 2002. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지 사이 의 각 사업 연도에 대하여 법인제세 범칙조사를 실시하였다.

(6) 서울지방국세청 소속 세무조사공무원은 2005. 8. 30. 하○은행의 대출담당자였던 옥○석 탐장을 방문조사하였는데, 옥○석은 '콜스타 펀드가 설립한 국내 유동화전문회사의 대출과 관련된 문제를 TTT의 회계팀 김○연 이사와 논의해 오던 중 LSIF에게 자금을 대출하였고, 당시 LSIF와 직접 대출조건을 논의하거나 LSIF의 신용도를 고려한 적이 없으며, 국내 유동화전문회사가 보유한 부실채권의 회수가능성을 개별적으로 확 인하여 대출가능 여부를 검토하였다'는 취지로 진술하였다.

(7) 한편, 제2차 세무조사 과정에서 TTT가 제출한 자료 중에는 TTT의 경리팀장 현 진문이 2002. 11. 25. 자금관리담당 강인선 등 2명에게 보낸 '유동화전문회사의 구체적인 주식 담보제공상황, 그 담보가 알려진 범위, 지급이 완료된 차입금이 있다면 최초 차입약정서를 고쳐서 주식담보가 없었던 것으로 처리할 수 있는지에 관하여 알려주기 바란다'는 내용의 이메일과, '스○타워를 제외한 나머지의 경우 전체 국내자금차입시 주식이 담보로 제공되어 있고 유동화전문회사의 경우에는 유동화계획에 등록되어 있는 것으로 알고 있음'이라는 내용의 강인선의 위 이메일에 대한 답장 이메일의 내용이 포함되어 있다.

(8) 피고가 앞서 본 바와 같이 2006. 1. 5. 원고들에게 이 사건 각 부과처분을 함에 있어, 비교가능 제3자 가격방법을 선택하여 정상이자율을 산정한 구체적인 내역은 아래와 같다.

(가) 이 사건 비교대상거래의 선정

원고들과 같이 2000 및 2001 사업연도에 부실채권 및 리스채권 등을 기초자산으로 유동화를 실시한 국내 유동화전문회사의 유동화증권(ABS) 발행내역은 아래 표 기재 와 같은데, 그 중 ① 피고는 원고들과 동일한 방식으로 사모발행을 한 경우는 모두 특수관계자 간의 거래에 해당되어 비교대상으로 선정하지 않았고, ② 원고들이 제1, 2유동화증권을 발행한 2000년에, 특수관계가 없는 자에게 선ㆍ후순위 모두 공모발행 방식으로 유동화증권(ABS)을 발행한 업체는 모두 14개 업체였으며, 이에 따라 피고는 위 14개 업체의 유동화증권(ABS) 이자율을 이 사건 비교대상거래로 선정하였다.

(나) 정상이자율 산출을 위한 조정

① 발행시기의 차이

피고는, 원고들이 제1, 2유동화증권을 발행한 2000년의 시장금리인 LIBOR(London Inter-Bank Offered Rate, 런던 은행간 거래 금리)의 변동폭이 크지 않고 안정적이었으므로, 발행시기면에서 원고들의 제1, 2유동화증권의 발행과 이 사건 비교대상거래가 이자율상 큰 차이를 가져오지 않는다고 판단하여, 발행시기에 따른 차이 조정은 하지 않았다.

② 발행형식(공모와 사모)의 차이

피고는, 사모발행이 공모발행에 비해 대상투자자가 제한적이고, 재판매시장이 존재하지 않으며, 발행자의 경영상태 등에서 취약한 면을 갖고 있으므로, 공모발행의 경우보다 인수에 따른 위험부담이 인수자에게 상대적으로 더 많아 공모발행에 비하여 이자율이 다소 높게 형성된다는 전제 하에서, 원고들이 제1, 2유동화증권을 발행한 시점을 기준으로 한국증권업협회가 인터넷 홈페이지(www.ksda.or.kr)에 고시한 3년 만기 AAA등급 일반 회사채의 공모발행 수익률과 사모발행 수익률의 차이(1-1.5%)를 계산 하여 이 사건 비교대상거래의 이자율에 가산하여 그 차이를 조정하였다.

@ 발행통화간의차이

피고는, 원고들이 기초자산으로부터 원화로 현금을 회수하여 유동화증권(ABS) 채 권에 대한 원리금을 외화(USD)로 지급하는 반면, 이 사건 비교대상거래의 경우 원화로 현금을 회수하여 원리금을 원화로 지급하므로, 원고들이 더 환위험에 노출되고, 이러한 환위험을 회피하기 위한 햇지거래를 할 것을 전제로 하여, 이때 발생하게 될 추가적 비용(=이 사건 비교대상거래의 만기별 통화스왑 거래가격과 국고채 만기수익률과의 차이를 평균한 것)을 이 사건 비교대상거래의 이자율에 산정ㆍ가산함으로써 그 차이를 조정하였다.

④ LTV(Loan to Value)의 차이

피고는, ㉮ 자산가치 대비 대출비율[LTV, 여기에서는 기초자산에 대한 유동화증권(ABS) 발행비율을 의미함]이 높을수록 채권자가 부담하는 내재적인 위험이 더 높아지고 채무불이행의 위험이 커지게 되어 이자율이 높게 형성되고, ㉯ 원고들은 유동화 자산 취득가액의 약 85% 정도를 선순위 또는 후순위의 구별 없이 단일순위로 제1, 2 유동화증권을 발행하여 자금을 조달하였으나, 이 사건 비교대상거래의 경우에는 선순위 및 후순위로 구별하여 유동화증권(ABS)을 발행하였는데, 그 중 선순위의 유동화증권 발행을 통한 자금조달이 40-80%로 다양하여 직접 비교하기는 곤란하며, ㉰ 원고들이 경제적 합리성을 가지고 의사결정을 한다면, LTV에 따라 이자율이 변화한다고 하더라도, 총 유동화증권(ABS) 발행금액(조달금액) 대비 지불해야 할 이자비용이 일정 할 것이라는 전제 하에서, 선ㆍ후순위 발행비율을 불문하고 유동화증권(ABS) 발행으로 수취한 자금을 사용함에 따라 연간 지불해야 하는 비용인 이자의 총금액이유동화증권 (ABS) 발행금액 총액에서 차지하는 비율(즉, 가중평균이자율)을 산정하여, 이로써 원고들의 제1, 2유동화증권 발행과 이 사건 비교대상거래 사이의 LTV 차이에 따른 이자율 의 차이를 조정하였다.

⑤ 만기의 차이

피고는, 채권의 만기가 길수록 위험에 노출되는 기간이 길어져 부담하는 이자율 이 높아지므로, 원고들이 발행한 제1, 2유동화증권과 이 사건 비교대상거래의 만기를 비교하여 차이가 있는 경우 이를 합리적으로 조정하는 것이 타당하다는 전제 하에서, 원고 2가 발행한 제2유동화증권은 약정상 만기가 7년으로 되어 있으나, 세무조사시 제출받은 예상현금흐름 자료 등을 분석한 결과를 토대로 실제 5년을 넘지 않은 것으로 보아 5년 만기를 기준으로 하고, 이 사건 비교대상거래의 유동화증권(ABS)은 만기가 6 개월부터 10년까지 다양하므로, 한국증권업협회가 고시하고 있는 발행일자별 무보증회 사채(AAA 등급)의 만기에 따른 채권수익률 차이(0.4-1.6%) 만큼을 이 사건 비교대상 거래의 이자율에 가산하여 조정을 하였다.

⑥ 신용보강 여부의 차이

피고는, 원고들이 사모방식으로 발행하여 외부적 신용보강[신용보강기관의 신용제공을 통하여 유동화증권CABS) 투자자들의 손실위험에 대비하기 위한 조치를 의미함]이 없는 반면, 이 사건 비교대상거래는 공모방식으로 발행하여 대부분 추가적 수수료 비용을 지불하고 외부적 신용보강을 하였다는 전제 하에서, 이 사건 비교대상거래가 외부신용보강을 위해 업무수탁자에게 추가로 부담하는 수수료 비용(신용공여 수수료는 신용공여자에 따라 다양하지만, 이자율로 환산시 평균 0.01-0.2%에 해당함)을 추가 이자비용으로 보아 이 사건 비교대상거래의 이자율에 가산하여 조정을 하였다.

(다) 정상이자율의 산정

① 정상가격 범위 및 정상이자율 산출

피고는이전가격과세조정여부의판정기준으로아래표기재와같이사분위법을사용하였고,원고들의제1,2유동화증권의이자율에대한정상이자율로중위값인13.31%를산정하여과세조정을하였다.

② 외국계 투자회사가 사모발행한 유동화증권CABS)의 이자율 검토

피고는, 2000년부터 2001년 사이에 외국계 투자회사인 Goldman Sachs Deutsche Bank, Lehman Brothers, Lend Lease, GE Capital 등이 국내에서 부실채권 등을 기초로 자산유동화를 할 때, 원고들과 통일한 방식으로 사모로 발행한 유동화증 권(ABS) 이자율은 특수관계자 간에 형성된 것으로 직접 비교대상거래로 사용할 수는 없지만, 피고가 산출한 정상이자율 13.31%의 적정성 여부를 판단하기 위해, 위와 같은 2000년에 발행한 6개 업체와 2001년에 발행한 11개 업체의 발행이자율을 가중평균하여 중위값을 검토하였는데, 그 결과 2000년은 13.10%(11.94%-14.16%), 2001년은 10.89%(10.74% -11.32%)로서 피고가 산정한 정상이자율과 비슷한 범위 내에 있었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 5호증의 1, 2, 갑 6, 7호증, 갑 9호증의 1, 2, 갑 10호 증의 1 내지 4, 갑 11호증, 갑 12호증의 1, 2, 갑 13 내지 16호증, 갑 17호증의 1 내지 14, 을 3, 4호증, 을 5호증의 1, 2, 을 6호증의 1 내지 15, 을 7호증, 을 8호증의 1 내 지 13, 을 9호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 제2차세무조사가중복세무조사금지원칙에위배되는지여부

(가) 중복세무조사 해당 여부

① 세무조사라 함은 세무공무원이 각 세법에 규정되어 있는 질문검사권 내지 질문 조사권을 행사하여 납세의무자 동에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서 류ㆍ장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하고[법인세법 제122 조, 소득세법 제170조, 조사사무처리규정(국세청 훈령) 제2조 제1호 등 참조], 구 국세 기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3, 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2 및 조사사무처리규정 제13조에서 규정하고 있는 중복세무조사금지원칙의 입법취지는, 반복적인 세무조사를 허용할 경우 납세자의 영업의 자유, 프라이버시를 침해할 뿐만 아니라 과세관청이 자의적으로 세무조사를 하게 될 위험이 있어, 과세관청에 의한 세무조사의 남용을 방지하고자 함에 있다.

따라서 관련규정들을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의3 제2항 및 구 국세기본법 시행령 제63조의2 각호에 규정된 예외적인 사유에 해당하는 경우가 아니면 중복세무조사는 허용되지 않고, 세무조사착수 후에도 중복세무조사 사실이 확인되는 경우에는 과세관청은 즉시 조사철회 및 조사반철수 등 필요한 조치를 취하여야 하며 (조사사무처리규정 제13조 제1항), 부분조사가 이루어진 부분에 대하여 전부조사라는 명목으로 다시 조사할 수도 없다고 봄이 상당하다(조사사무처리규정 제13조 제3항).

다만, 자료상혐의자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무, 세무조사 과정에서 실시하는 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 사실여부 확인, 민원처리 등을 위한 현지출장ㆍ확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무 등의 현지확인은 중복세무조사금지원칙에 따라 금지되어야 하는 조사에 해당되지는 않는다(조사사무처리규정 제13조 제1항 단서, 제2조 제2호).

② 이 사건에 관하여 보면, 앞서 본 바와 같이 ㉮ 서울지방국세청장은 2003. 2. 4.부터 2003. 6. 13.까지 약 4개월 동안 제1차 세무조사를 하면서 원고들을 비롯한 콜스타 펀드와 관련된 회사 전체에 대한 전반적인 자료를 요구하여 이를 모두 제출받고, 특히 LSIF에 대하여는 원고들이 발행한 유동화증권에 대한 투자금 등 투자금액명세서 및 수취이자율, 차입금액명세서 및 지급이자율에 대한 자료를 제출받아 채권형 유동화 증권의 이자율이 이전가격 측면에서 적정한지 여부에 대하여 심도있게 조사한 것으로 보이는 점, ㉯ 또한 서울지방국세청장은 2005. 4. 12. 콜스타 펀드 계열의 법인들에 대한 대대적인 특별세무조사에 착수하면서 원고들을 제외한 몇몇 유동화전문회사 등을 세무조사 대상법인으로 정하여 통보하였으나, 실제로는 위와 같이 조사대상으로 통보한 법인뿐만 아니라 원고들을 포함한 콜스타 펀드 계열의 다른 국내 유동화전문회사들과 관련된 장부 및 서류 일체를 제출받아 조사하였고, 그 제출된 자료에는 유동화전문 회사들의 유동화증권의 이자율에 관련된 자료도 포함되었던 것으로 보이는 점, ㉰ 제2차 세무조사 당시 세무공무원들은 원고들에 대하여 제1차 세무조사 대상기간인 2000. 2. 18.(원고 1) 또는 2000. 4. 26.(원고 2)부터 각 2001. 12. 31.까지의 사업 연도에 대 한 조사에서 이미 보관하고 있던 자료를 검토하거나 단순한 사실확인 등 현지확인을 하는 것에 그치지 아니하고, 제1차 세무조사 대상기간에 대하여도 범칙조사란 명목으로 추가로 자료를 제출받아 조사하였던 점 등에 비추어 보면, 서울지방국세청장이 제1차 세무조사와 제2차 세무조사에 착수하게 된 동기 내지는 계기가 다르다고 하더라도, 그 세무조사의 세목과 기간이 중첩되는 '2000. 2. 18.(원고 1) 또는 2000. 4. 26.(원고 2)부 터 각 2001. 12. 31.까지'의 사업연도에 대한 제2차 세무조사는 중복세무조사에 해당한 다고 할 것이다.

(나) 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 정한 예외적인 허용사유 해당 여부

① '2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'에 해당하는지 여부

위 조항에서 말하는 '2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'라 함은 2 이상의 사업연도와 관련하여 발생한 잘못이 불가분의 일체를 이루고 있어 한 사업연도 에 대한 세무조정이 다른 사업연도에 대한 세무조정에 영향을 미치는 경우를 의미한다고 제한적으로 해석하는 것이 타당하다.

만약 위 조항에서 정한 '2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'를, 피고 주장과 같이, '같은 사안에 대하여 같은 잘못이 매 사업연도에 반복하여 발생하는 경우'도 포함된다고 해석한다면, 과세관청에 의한 자의적인 남용을 방지하고 법적 안정성을 도모하고자 하는 중복세무조사금지원칙이 실효성을 잃게 될 것이므로, 매 사업연도에 계속 반복하여 발생하는 잘못에 대하여 제1차 세무조사를 하여 그 결과 과세표준 및 세액의 신고가 적정하였다는 결정을 받았다면, 그 후 실시된 제2차 세무조사 결과 잘못이 발견되었다고 하더라도, 더 이상 그 부분에 대한 세액 결정 또는 경정을 하는 것은 금지되는 것으로 엄격하게 해석하는 것이 그 입법취지에 부합한다고 할 것이다.

따라서 서울지방국세청장이 원고틀에 대하여 각 조사대상기간인 '2002. 1. 1.부터 2004. 12. 31.까지에 대한 제2차 세무조사를 하면서 그때서야 이자율 과다약정 등으로 이자율 산정에 잘못이 있다는 점을 발견하였다고 하더라도, 위와 같은 이자율 산정에 대한 잘못으로 인한 세무조정이 각 사업연도별로 분리될 수 있는 이상, 제1차 세무조사의 대상기간인 '2000. 2. 18.(원고 1) 또는 2000. 4. 26.(원고 2)부터 각 2001. 12. 31. 까지'의 기간에 대하여 중복하여 세무조사를 할 수는 없는 것이므로, 제2차 세무조사는 위 조항이 정한 예외사유에 해당하지 않는다.

② '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당하는지 여부

위 조항에서 말하는 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 중복된 세무조사를 정당화시킬 정도의 조세탈루에 관한 명백한 자료가 중복된 세 무조사의 실시 전에 이미 존재하고 있는 경우를 말한다. 앞서 본 바와 같이 ㉮ 피고가 주장하는 현진문과 강인선 사이의 이메일 교환 내용(을 5호증의 1)은 그 내용상 콜스타 펀드가 파소자본을 이용한 조세회피행위를 한 것으로 추정하게 할 만한 부분이 있다고는 할 것이나, 조세회피와 조세탈루는 반드시 그 개념이 동일하다고 볼 수는 없다는 측면에서, 그것만으로는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료라고 보기는 어려운 점, ㉯ 피고는 제2차 세무조사 과정에서 위 이메일 교환내용을 알게 된 점, ㉰ 피고가 주장하는 옥○석과의 문답서(을 5호층의 2)는 하○은행 입장에서 LSIF에게 자 금을 대여하게 된 경위 및 과정, 이자율 등 대여조건에 관한 것에 불과한 점, ㉱ 더구나 위 문답서는 제2차 세무조사가 진행 중이던 2005. 8. 30.경에 이르러서야 작성된 것인 점 등에 비추어 보면, 을 5호증의 1, 2의 각 기재만으로는 제2차 세무조사가 '조세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거도 없으므로, 제2차 세무조사는 위 조항이 정한 예외사유에도 해당하지 않는다.

(다) 중복세무조사금지원칙에 위배된 세무조사에 근거한 부과처분의 적법 여부

중복세무조사금지원칙은 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시의 침해를 방지하고 자의적인 세무조사에 대한 사전적 통제를 통하여 납세자의 권리를 절차적인 측면에서 보장함을 목적으로 하고 있는 점에 비추어, 중복세무조사금지원칙에 위배된 세무조사 에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다.

(라) 소결론

따라서 제2차 세무조사가 구 국세기본법 제81조의3 제2항 및 구 국세기본법 시행 령 제63조의2의 규정에서 금지하고 있는 중복세무조사에 해당하여 이 사건 각 부과처 분이 위법하다는 원고틀의 주장은, 제2차 세무조사 중 제1차 세무조사와 그 세목 및 기 간이 중첩 되 는 '2000. 2. 18.(원고 1) 또는 2000. 4. 26.(원고 2)부터 각 2001. 12. 31. 까지'의 사업연도(즉,2000 및 2001 사업연도) 부분의 범위 내에서 이유 있다.

(2) 이 사건 비교대상거래에 의한 정상이자율 산정의 적법 여부에 관한 판단 깨 정상가격(정상이자율) 산출방법 및 선택기준

① 산출방법

'정상가격'이라 함은 거주자ㆍ내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 의미하는데「구 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제 6779호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국제조세법'이라 한다) 제2조 제1항 제10호」, 구 국제조세법 제5조 제1항은 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 '가장 합리적인 방법'에 의하여 계산한 가격으로 하되, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다고 규정하면서, 제1호에서 비교가능 제3자 가격방법을, 제2호에서 재판매가격방법을, 제3호에서 원가가산방법을, 제4호에서 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법을 열거하고 있고, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국제조세법 시행령'이라 한다) 제4조는 위 '대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법'이라 함은 다음 각 호에서 정하는 방법을 말한다고 규정하면서, 제1호에서 이익분할방법을, 제2호에서 거래순이익률 방법을, 제3호에서 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법을 열거하고 있는 한편, 구 국제조세법 시행령 제5조 제4항운 위 제4조 각 호의 규정에 의한 정상가격 산출방법을 적용하는 경우 같은 조 제3호의 방법은 같은 조 제1호 또는 제2호의 방법을 적용할 수 없는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있다.

② 선택기준

정상가격은 '가장 합리적인 방법'에 의하여 계산한 가격으로 산출하도록 하고 있는바, 앞서 본 정상가격 산출방법을 선택함에 있어서는, 구 국제조세법 시행령 제5조 제1항에서 규정하고 있는 바와 같이, ㉮ 비교가능성이 높을 것(제1호), ㉯ 사용되는 자료의 확보ㆍ이용 가능성이 높을 것(제2호), ㉰ 비교하기 위하여 설정된 경제여건ㆍ경영 환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것(제3호), ㉱ 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상가격에 미치는 영향이 작을 것(제4호)이라는 기준을 감안하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 하는데, 그 중 비교가능성이 높기 위해서는 비교가능 제3자 거래와 당해 국제거래 사이의 차이가 비교되는 거래의 가격이 나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우(제1호 가목)가 원칙이겠으나, 중대한 영향을 주는 경우에도 그러한 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능 한 경우(제1호 나목)라면 비교가능성이 높다고 할 수 있을 것이다.

한편, 비교가능 제3자 거래와 당해 국제거래 사이의 차이를 평가하는 방법으로 국제조세법 시행령 제5조 제2항은 가격이나 이윤에 영향을 마칠 수 있는 사업 활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등에 대한 분석을 요구하고 있고, 2006. 8. 24. 신설된 국제조세법 시행령 제6조 제7항은, 국제조세법 기본통칙의 5-0…2의 내용을 반영하여, 정상이자율의 판단시 고려사항으로서 채무액, 채무의 만기, 채무의 보증 여부, 채무자의 신용정도를 열거하고 있다.

(나) 이 사건 비교대상거래 선정의 적법성 여부

① 구 국제조세법 제5조 제2항은 정상가격의 산출방법에 관한 구체적인 사항을 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임에 따라 구 국제조세법 시행령 제5조 제1항 제1호는 정상가격을 산출하는 기준 중 하나로 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 '국제거래' 사이에 비교가능성이 높을 것 을 규정하고 있었는데, 위 규정 은 2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 국제조세법 시행령이 개정됨에 따라, 그 내용이 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 '거래' 사이에 비교가 능성이 높을 것 으로 변경되었고, 위 개정내용은 2005. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용된다(부칙 제1. 2항 참조).

이와 같은 개정이 이루어지게 된 이유는, ㉮ 구 국제조세법 시행령 제5조 제1항 제1호가 거주자가 국외특수관계자와의 국제거래를 함에 있어서 정상가격을 산출하기 위하여 선택하는 비교대상거래를 국제거래로 한정함에 따라, 자료확보가 어렵거나 납세자의 납세협력비용이 과다하게 드는 문제점이 발생하였고, ㉯ 이에 따라 구 국제조세법 시행령 제5조 제1항 제1호 등을 위와 같이 개정하여, 비교가능성이 높은 경우에는 국내거래도 비교대상으로 선택할 수 있도록 비교대상거래의 범위를 확대함으로써, 정상가격 산정의 합리화를 제고하고 납세자의 납세협력비용을 경감시키기 위한 것이다(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정된 국제조세법 시행령의 개정이유 및 주요 내용 참조).

② 서울지방국세청장은 제1. 2유동화증권에 대한 정상이자율을 산정함에 있어서 구 국제조세법 제5조 제1항 제1호의 비교가능 제3자 가격방법(거주자와 국외특수관계 자간의 국제거래에 있어서 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법)을 선택하고, 비교대상거래로서 국내의 14개의 유동화전문회사가 특수관계가 없는 자에게 공모방식으로 발행한 이 사건 비교 대상거래를 선정하였음은 앞서 본 바와 같다.

③ 그렇다면 피고는 구 국제조세법 시행령 제5조 제1항 제1호가 적용되던 2005. 1. 1. 이전의 과세연도에 해당하는 이 사건 각 부과처분을 함에 있어서, 당시 위 규정 에 의하여 비교대상거래가 국제거래로 한정되어 있었음에도, 정상가격을 산출하기 위 한 비교대상거래를 '국내거래'인 이 사건 비교대상거래로 확대함으로써, 구 국제조세법 제5조 제2항 및 구 국제조세법 시행령 제5조 제1항 제1호의 규정에 위반하였다(조세법 규의 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때, 피고의 주장과 같이, 구 국제조세법 제2조 제1 항 제10호가 '정상가격'을 정의함에 있어서 거래의 내용을 국제거래로 한정하고 있지 않은 점, OECD 이전가격과세지침의 내용상 비교대상거래가 국제거래일 것을 맹목적으로 요구하고 있지 않은 점, 국제조세법 전체의 취지 및 국제적 과세기준의 내용, 조세 부담의 불평등의 문제점 등을 고려하더라도 구 국제조세법 시행령 제5조 제1항 제1호 의 '국제거래'에 국내거래가 당연히 포함된다고 해석할 수는 없다).

(다) 이 사건 비교대상거래에 의한 정상이자율 산정의 적법성 여부

설령 피고가 국내거래인 이 사건 비교대상거래를 제1, 2유동화증권의 정상가격을 산출하기 위한 비교대상거래로 선정한 것을 적법하다고 하더라도, 아래와 같은 이유에 서 제1, 2유동화증권 발행거래와 이 사건 비교대상거래의 비교되는 상황간의 차이는 정상이자율의 산정에 중대한 영향을 줄 뿐만 아니라, 피고가 정상이자율을 산정함에 있어서 한 조정이 이러한 상황차이를 제거할 수 있는 합리적인 조정이었다고 보기 어렵다.

① 피고는 제1, 2유동화증권과 이 사건 비교대상거래 사이에 발행형식(공모와 사모)의 차이에 관하여, 한국증권업협회가 고시한 3년 만기 AAA 등급의 일반 회사채의 공모발행 수익률과 사모발행 수익률의 차이를 이용하여 이자율의 차이를 조정하였으나, AAA 등급의 일반 회사채와 제1, 2유동화증권의 신용등급상의 차이점 및 유동화 사채와 일반 회사채의 성질상의 차이점 등을 고려할 때, 위와 같은 조정 방식이 합리적이라고 보기 어렵다.

② 피고는 이 사건 비교대상거래의 만기별 통화스왑 거래가격과 국고채 만기수익률의 차이를 토대로 환위험을 회피하기 위한 햇지거래를 가정하였을 때의 비용으로 추정하고 있으나, 위와 같은 계산방식의 근거를 제시하지 아니하여, 이를 합리적인 조정으로 단정할 수 없다.

③ 채권의 담보가치비율이 높으면 그만큼 채무불이행의 가능성이 작아지므로 이자율이 낮아지게 되는바, 여기서의 담보의 의미는 인적담보, 물적담보 뿐만 아니라 선순 위 및 후순위 발행에 따른 내부 신용보강(후순위 채권자가 상당 부분 투자위험을 흡수하여 상대적으로 선순위 채권자가 투자위험을 회피하게 되는 것) 등도 경제적 의미에서 담보로 보아야 할 것인바, 피고가 제시하는 가중평균이자율을 사용한 조정은 그 근거가 명확히 제시되지 아니하여, 제1, 2유동화증권은 단일순위로 발행된 반면 이 사건 비교대상거래는 선순위 및 후순위로 구별하여 발행되었다는 점을 충분히 고려한 합리 적인 것이었다고 단정하기 어렵다. 이 사건 비교대상거래는 선ㆍ후순위의 단계도 매우 다양하며(8순위까지인 경우도 있다), 순위에 따라 만기에도 차이가 있는데, 이러한 다양한 형태의 신용보강을 가중명균이자율로 단순화하는 것이 합리적이라는 근거를 찾아보기 어렵다.

④ 제1, 2유동화증권의 만기는 5년 및 7년인 반면에, 이 사건 비교대상거래의 만기는 6개월부터 10년까지 다양한바, 만기가 킬수록 경제적 상황 변동에 따른 불확실성 이 커져 위험프리미엄이 높아지고, 위험프리미엄이 높아지는 정도는 채권의 신용도에 따라 달라지는 것이 일반적이므로, 단순히 발행일자별 무보증회사채(AAA등급)의 만기에 따른 채권수익률 차이(0.4-1.6%) 만큼을 가산하여 이자율을 조정하는 것이 합리적 이라고 보기 어렵다.

⑤ 피고는 이 사건 비교대상거래의 주체인 14개 업체가 업무수탁자에게 지급하는 수수료 비용만을 이자율로 환산(평균 0.01-0.2%)하여 신용보강에 따른 차이를 조정하였다고 하지만, 이 사건 비교대상거래에서의 신용보강은 업무수탁자 외에 기초자산양도인 등이 제공하는 부분도 상당하고, 이러한 외부신용보강이 이자율에 미치는 영향에 대하여 분석된 바 없으며, 위 수수료 비용이 어떠한 계산방법에 의하여 이자율에 조정 되었는지를 알기 어려워, 이를 합리적인 조정으로 볼 수 없다.

(라) 소결론

따라서 피고의 이 사건 각 처분 중 원고들에 대한 각 2002사업연도 법인세 부과 처분 부분도 비교대상거래의 선정이 잘못되었고, 정상이자율 산정이 합리적이지 못하여 위법하다.

3. 결론

피고의 원고들에 대한 이 사건 각 부과처분은 모두 위법하고, 원고들의 청구는 모두 이유 있어 이를 받아들인다.