처분청은 청구법인이 1992.12.29. 취득하여 1994.6.22. 소유권 이전등기한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 3,309.1㎡(이하 “이건 토지”라 한다)중 비도시형 업종의 공장용 토지에 대하여 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조의3제2항제2호 및 제128조의2제2항제2호의 규정에 의거 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나, 청구법인이 이건 토지의 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지의 취득가액(389,534,015원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 도시형 업종의 공장용 토지에 대하여 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 6,272,200원(가산세 포함), 등록세 10,716,080원, 교육세 2,143,210원과, 공유수면매립법에 의하여 매립된 이건 토지를 1992.5.28. 사용허가를 받은 날로부터 4년 이내에 정당한 사유없이 청구법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 토지의 취득가액(389,534,015원)에 구 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 제112조제1항의 세율에 의한 세액을 차감한 취득세 60,767,300원(가산세 포함)을 합하여 취득세 67,039,500원, 등록세 10,716,080원, 교육세 2,143,210원, 합계 79,898,790원(가산세 포함)을 1997.4.3. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 전자기기 응용기기류 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 국가공업단지인 시화공업단지에 대하여 1992.5.28. 건설부장관이 청구외 ㅇㅇ공사 사장에게 준공전 조성단지 사용허가를 하였고, 1992.5.30. 위 ㅇㅇ공사 사장이 청구외 ㅇㅇ지역 공업단지관리공단 ㅇㅇ사장에게 토지 사용승낙을 하였으며, 1992.6.30. 위 ㅇㅇ지역 공업단지관리공단 ㅇㅇ사장과 청구법인이 시화국가공업단지 입주분양계약을 체결하여 1992.12.29. 이건 토지를 취득한 후 1993.6.18. 이건 토지에 대한 경계점을 인수받았으며, 1994.5.10. 건설부장관으로부터 시화공업단지 준공인가를 받아 1996.3.15. 이건 토지상에 공장을 신축하기 위하여 설계계약을 체결하였고, 1996.4.10. 처분청에 1차 건축심의신청을 하였으나 1996.4.24. 주 출입구를 좁은 도로면 쪽으로 설치하여야 한다는 등의 이유로 부결 통지를 받게 되자 설계를 다시 한 후 1996.5.1. 2차 건축심의신청을 하여 1996.5.15. 가결 통지를 받았으므로 1996.5.16. 건축허가를 신청하여 1996. 5.23. 건축허가를 받은 후 1996.5.31. 건축물 착공신고서를 처분청에 제출하고 건축공사에 착공하여 1996.11.13. 건축물 사용승인을 받아 현재 공장으로 사용하고 있는 바, 이건 토지 사용승낙을 받은 날(1992.5.30.)로부터 법인의 비업무용토지 유예기간(4년) 만료일인 1996.5.30.을 1일 경과한 1996.5.31. 건축공사에 착공하였으나, 공장신축을 위한 일련의 업무를 계속적·정상적으로 추진하였으므로 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유가 있는데도 처분청에서는 유예기간을 1일 경과하였다 하여 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 면제된 등록세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 법인이 공유수면매립법에 의하여 매립된 토지의 사용승낙일 또는 허가일로부터 4년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구 지방세법 제110조의3제2항에서 “다음 각호의 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 관하여는 제110조의2제2항의 규정을 준용한다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “공업배치 및 공장설립에 관한 법률의 규정에 의한 과밀억제지역안에서 공장을 경영하던 자가 제1호의 규정에 의한 국가공업단지와 지방공업단지 또는 유치지역안으로 대통령령이 정하는 바에 의하여 공장시설을 전부 이전(건축물이 없는 토지를 취득하여 공장용 건축물을 신축 이전하는 경우에 한한다)할 목적으로 최초로 취득하는 공장용 토지...다만, 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다”라고 규정하고, 구지방세법제128조의2&public_ilja=&public_no=&dem_no=1997-0332&dem_ilja=19970601&chk2=1" target="_blank">구같은법 제128조의2제2항에서 “다음 각호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다...”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “공업배치 및 공장설립에 관한 법률의 규정에 의한 과밀억제지역안에서 공장을 경영하던 자가 제1호의 규정에 의한 국가공업단지와 지방공업단지 또는 유치지역안으로 대통령령이 정하는 바에 의하여 공장시설을 전부 이전(...)할 목적으로 최초로 취득하는 공장용 토지에 대한 등기...다만, 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우에는 면제된 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있다.

한편, 구지방세법제112조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1997-0332&dem_ilja=19970601&chk2=1" target="_blank">구같은법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호(1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것)에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 다음 각목에 정하는 기간내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보되, 정당한 사유없이 공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있으며, 같은조 제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제9호에서 “공유수면매립법에 의하여 매립된 토지로서 공사준공인가일(공사준공인가일 전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일)부터 4년이 경과되지 아니하는 토지”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구법인이 1992.12.29. 이건 토지를 취득하여 1994.6.22. 소유권 이전등기한데 대하여 구 지방세법 제110조의3제2항제2호 및 제128조의2제2항제2호의 규정에 의거 이건 토지중 비도시형 업종의 공장용 토지에 대하여 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나, 청구법인이 이건 토지의 취득일로부터 2년 이내에 공장용에 직접 사용하지 아니하였으므로 과세면제된 취득세 등을 부과고지하였고, 공유수면매립법에 의하여 매립된 이건 토지를 1992.5.28. 사용허가를 받은 날로부터 4년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다 하여 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 1992.5.28. 토지사용허가 및 1992.5.30. 토지사용승낙을 받고, 1992.6.30. 분양계약을 체결하여 1992.12.29. 이건 토지를 취득한 후 1993.6.18. 경계점을 인수받았고, 그후 건축설계계약 체결 및 1, 2차 건축심의를 거쳐 1996.5.23. 건축허가를 받아 1996.5.31. 착공하여 1996.11.13. 사용승인을 받는 등 공장신축을 위한 일련의 업무를 계속적·정상적으로 추진하였으므로 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유가 있는데도 유예기간을 1일 경과하였다 하여 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 면제된 등록세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

먼저, 이건 토지중 비도시형업종의 공장용 토지에 대하여 과세면제한 취득세 및 등록세를 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관하여 살펴보면, 구 지방세법 제110조의3제2항제2호 및 제128조의2제2항에서 공업배치 및 공장설립에 관한 법률의 규정에 의한 과밀억제지역안에서 공장을 경영하던 자가 국가공업단지와 지방공업단지 또는 유치지역안으로 공장시설을 전부 이전(건축물이 없는 토지를 취득하여 공장용 건축물을 신축이전하는 경우에 한함)할 목적으로 최초로 취득하는 공장용 토지(공장용 토지에 대한 등기)에 대하여는 취득세(등록세)를 면제하되, 취득일로부터 2년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니할 경우에는 면제된 취득세(등록세)를 추징한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제2조제2호 및 같은법시행령 제3조에서 규정하고 있는 과밀억제지역인 부천시내에서 공장을 경영하다가 국가공업단지인 시화공업단지안으로 공장시설을 전부 이전할 목적으로 1992.12.29. 이건 토지를 취득한 후 2년을 경과한 1996.5.31. 건축공사에 착공하였고, 이건 토지에 대한 경계점을 청구외 ㅇㅇ지역공업단지 관리공단으로부터 1993.6.18. 인수받았다 하더라도 이건 토지의 취득일(1992.12.29.)로부터 2년이 되는 1994.12.29.까지 건축공사에 착공할 수 있는 시간적인 여유가 있었음에도 2년 이내에 착공하지 아니한 것이므로 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없으므로 처분청에서 이건 토지중 비도시형 업종의 공장용 토지에 대하여 과세면제한 취득세 및 등록세를 부과고지한 처분은 적법하다 하겠다.

다음으로, 청구법인이 공유수면매립법에 의하여 매립된 이건 토지의 사용승낙일 또는 허가일로부터 4년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다 하여 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관하여 살펴보면, 구 지방세법 제112조제2항, 구 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호 및 제84조의4제4항제9호에서 공유수면매립법에 의하여 매립된 토지로서 공사준공인가일(공사준공인가일 전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일)로부터 4년이 경과되지 아니한 토지는 법인의 비업무용토지로 보지 아니하지만, 4년이 경과하도록 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한다고 규정하고 있고, 위 규정에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이며, 건물신축을 위한 업무추진과정에서 사소한 절차상의 하자가 있더라도 그 과정을 전체적으로 관찰하여 보면 정상적인 노력을 하였다고 볼 여지가 있다면 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1996.3.12, 95누18314)인 바, 청구법인의 경우 국가공업단지인 시화공업단지에 대하여 1992.5.28. 건설부장관이 청구외 ㅇㅇ공사 사장에게 준공전 조성단지 사용허가를 하였고, 1992.5.30. 위 ㅇㅇ공사 사장이 청구외 ㅇㅇ지역 공업단지관리공단 ㅇㅇ사장에게 토지사용 승낙을 하였으며, 1992.6.30. 위 ㅇㅇ지역 공업단지관리공단 ㅇㅇ사장과 청구법인이 시화국가공업단지 입주분양계약을 체결하여 1992.12.29. 이건 토지를 취득한 후 1993.6.18. 이건 토지에 대한 경계점을 인수받았으며, 1994.5.10. 건설부장관으로부터 시화공업단지 준공인가를 받아 1996.3.15. 이건 토지상에 공장을 신축하기 위하여 설계계약을 체결하였고, 1996.4.10. 처분청에 1차 건축심의신청을 하였으나 1996.4.24. 주출입구를 좁은 도로면 쪽으로 설치하여야 한다는 등의 이유로 부결 통지를 받게 되자 설계를 다시 한 후 1996.5.1. 2차 건축심의신청을 하여 1996.5.15. 가결 통지를 받았으므로 1996. 5.16. 건축허가를 신청하여 1996.5.23. 건축허가를 받은 후 1996.5.31. 건축물 착공신고서를 처분청에 제출하고 건축공사에 착공하여 1996.11.13. 건축물 사용승인을 받아 현재 공장으로 사용하고 있는 사실이 제출된 관계 증빙자료에서 입증되고 있으므로 이건 토지의 사용승낙일(1992.5.30.) 또는 허가일(1992.5.28.)로부터 4년을 경과(1일 또는 3일 경과)한 1996.5.31. 건축공사에 착공하게 되었다 하더라도, 공장 건축과정을 전체적으로 보면 이건 토지를 업무용으로 사용하기 위해 정상적인 노력을 다한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것인데도 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

따라서 청구법인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1997. 7. 23.

내 무 부 장 관