(1) 청구인은 1995.10.21. OOOOO OOO OOO 산 101 소재 무허가주택을 취득한 후 OOOO시의 도시재개발사업의 시행에 따라 재개발조합원의 지위에서 1998.1.22. OOOOO OOO OO동 OOOO타운 123-401 109.42㎡(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하여 2003.10.8. 양도하고, 2003.10.28. 쟁점아파트 양도가 1세대 1주택 양도에 해당된다 하여 비과세소득으로 양도소득세과세표준을 신고하였다.

(2) 처분청은 쟁점아파트 양도당시 청구인이 소득세법 시행령 제154조에 규정하는 1세대 1주택 요건 중 1년 이상 거주요건을 충족하지 못하여 1세대 1주택 양도에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2004.6.30. 쟁점아파트 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하여 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 15,121,579원을 결정고지하였다가, 청구인이 2004.7.23. 제기한 이의신청에 대한 결정시 2004.9.1 쟁점아파트 양도소득이 조세특례제한법 제99조 규정에 의하여 양도소득세가 100% 감면되는 것으로 보아 2004.9.1. 위 양도소득세 부과처분을 취소하는 한편, 농어촌특별세 2,987,640원을 결정고지하였다.

(3) 청구인은 이에 불복하여 2004.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2003.10.28. 쟁점아파트 양도와 관련한 양도계약서, 취득계약서, 기타 부대비용영수증 등을 첨부하여 비과세소득으로 신고하였으나, 처분청은 2004.6.30. 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 청구인에게 양도소득세 15,121,570원을 결정고지하였다가, 동 부과처분에 대한 이의신청에 대한 결정에서 쟁점아파트의 실지거래가액에 의한 양도차익이 14,531,871원임을 인정하면서도 청구인이 실지거래가액으로 양도소득세과세표준을 신고하지 아니한 것으로 보아 기준시가에 의하여 산출한 양도소득세 상당액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세 2,987,640원을 부과하였는 바, 실지거래가액을 기준으로 양도차익을 계산하여 과세함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점아파트 양도소득에 대하여 소득세법 제1항 제6호에 규정하는 바와 같이 양도 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 신고하지 아니하였으므로 기준시가에 의하여 양도소득세를 산출한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 양도 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 신고한 것으로 보아 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산할 수 있는지 여부.

나. 관련 법령

이 건 과세요건 성립 당시의 관련법령은 다음과 같다.

(1) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함 께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우

(2) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

(3) 농어촌특별세법 제5조【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

호별 과 세 표 준 세율

1호 조세특례제한법·관세법 및 지방세법에 100분의 20

의하여 감면을 받는 소득세·법인세·

관세·취득세 또는 등록세의 감면세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 결정결의서를 살펴보면, 쟁점아파트의 양도차익을 기준시가에 의하여 79,742,896원으로 계산하여 양도소득세액을 13,580,224원으로 결정하고 이를 조세특례제한법 제99조의 3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)의 규정을 적용하여 100% 감면하고, 동 감면세액을 농어촌특별세 과세표준으로 하여 농어촌특별세 2,987,640원을 결정한 것으로 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점아파트 양도소득을 비과세소득으로 신고하였으나, 신고시에 실지거래가액을 확인할 수 있는 양도계약서, 취득계약서, 기타 부대비용영수증 등을 첨부하여 제출하였다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인이 제시하는 2003.10.28.자 양도소득세 과세표준신고서를 살펴보면, 신고서상의 모든 기재항목이 공란이며, 과세표준란에 “1세대 1주택 비과세”라고 기재하여 신고한 사실이 확인되며, 그 첨부서류로 쟁점아파트 양도매매계약서, 1995.10.21.자 OOOOO OOO OOO 산 101 소재 무허가주택 취득 매매계약서, 동 무허가건물 소재 토지를 OOOO시로부터 매수 사실을 입증하는 서류, 조합원용 쟁점아파트 공급계약서 및 기타 부대비용 영수증을 제출한 것으로 보인다.

(나) 또한, 2004.6.30.자 양도소득세 부과처분에 대한 이의신청에 대한 결정문(OOOOO OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)을 살펴보면, 처분청은 청구인이 실지거래가액으로 양도소득세과세표준을 신고하지 아니한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 양도소득세 13,580,224원을 산출하였으며, 이는 청구인이 제출한 증빙에 의하여 확인되는 실지거래가액에 의한 양도차익 14,531,871원(양도가액 273백만원, 실지취득가액 255,410,329원, 기타필요경비 3,057,800원)의 범위내에 있어 헌법상 실질적 법률주의 및 과잉금지의 원칙상 정당한 것으로 판단하면서도, 조세특례제한법 제99조의 3의 규정을 적용하여 양도소득세를 100% 감면하고, 이 건 농어촌특별세를 부과한 것으로 확인된다.

(다) 이러한 사실을 종합하여 판단해 볼 때, 청구인이 쟁점아파트를 양도하고 양도소득세 과세표준 신고를 함에 있어서 “1세대 1주택” 양도에 해당되는 것으로 보아 비과세로 신고하였으나, 처분청은 “비과세”가 아닌 “양도소득세가 100% 감면되는 것”으로 결정하였는 바, 처분청은 청구인이 제시한 증빙서류가 신빙성이 있어 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산할 수 있는 것으로 판단하고 있고, 비록, 청구인이 쟁점아파트 양도소득이 비과세되는 것으로 잘못 인식하여 과세표준신고서에 양도 및 취득가액을 기재하지 아니하였다 하더라도 첨부된 증빙서류에 의하여 실지거래가액을 확인할 수 있다면 실지거래가액으로 양도소득세과세표준을 신고한 것으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 그러므로 청구인이 쟁점아파트의 양도 및 취득당시 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 양도소득세 과세표준을 신고한 것으로 보이는 이 건의 경우, 처분청이 신빙성이 있다고 인정하는 실지거래가액(양도가액 273백만원, 취득가액 255,410,329원, 기타필요경비 3,057,800원)에 의하여 산출한 양도소득세액 감면세액을 과세표준으로 하여 경정결정함이 타당하다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.