청구인은 경기도 구리시 OO동 OOOOO 대지외 2필지 906.4㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 77.1.1(의제취득일 기준) 취득하여 90.4.12 및 90.8.29 양도하였다.

처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가로 양도차익을 계산한 후, 쟁점토지를 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 96.4.16 청구인에게 90년도 귀속분 양도소득세 60,976,720원 및 동 방위세 12,249,820원을 과세하였다.

청구인은 이에 불복하여 96.5.4 심사청구를 거쳐 96.8.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 과세당시 기준시가를 적용하게된 근거규정인 94.12.22 개정되기 이전의 구 소득세법 제60조의 규정은 헌법재판소에서 헌법불합치 결정이 내려졌음에도 처분청이 동 규정에 근거하여 양도소득세 및 동 방위세를 과세한 처분은 위법·부당하므로 이를 취소함이 타당하고,

(2) 청구인은 쟁점토지를 10년이상 보유하다 양도하였고, 쟁점토지는 90.12.31 개정되기 이전의 구소득세법시행령 제46조의3 제2호의 규정에 해당되는 토지로서 나대지에 해당되지 아니하므로 장기보유특별공제를 하여야 함에도 처분청이 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 자산양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 함에 있어서 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출한 때에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정할 것이나, 위와 같은 신고가 없거나 신고를 하였더라도 증빙서류의 제출이 없을 때에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 것인 바, 청구인이 위 관련법령에 의한 신고기한내에 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출하여 양도소득세 신고를 한 사실이 없는 이 건의 경우, 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 과세한 처분은 정당하고,

(2) 지적법상 지목이 대지로서 건축법상 건물이 없는 토지는 장기보유특별공제의 대상에서 제외되는 것인 바, 쟁점토지는 지목이 대지이고, 그 지상에 건축물이 없는 사실에 대하여 다툼이 없으므로 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점토지의 양도당시 시행된 구 소득세법 제60조의 규정은 헌법불합치 결정을 받은 바 있으므로 이를 근거로 과세한 처분이 위법부당한 것인지

(2) 쟁점토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 구소득세법(82.12.31 법률 제3576호로 개정된 후 90.12.31 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제23조 제4항 및 제45조 제1항 제1호에서는 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액 및 취득가액은 양도당시 및 취득당시의 기준시가에 의하되, 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 제60조에 의하면, 제23조 제4항과 제45조 제1항 제1호에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정한 바에 의한다고 규정하고 있으며, 동법시행령 제170조 제1항에서는 법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 규정하고 있으며,

(2) 소득세법 제23조 제2항 제2호 (나)목에서는 제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 10년이상인 것에 대하여는 당해 자산의 양도가액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액에서 다시 양도차익의 100분의 30을 공제한 금액(이하 “장기보유특별공제” 라 함)등을 순차적으로 공제한 금액을 양도소득금액으로 한다고 규정하고 있고, 90.12.31 개정되기 이전의 동법시행령 제46조의3 제2호에 의하면, 법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 것” 이라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지를 말하며, 다만 양도일전 2년이상의 기간동안 계속하여 재무부령이 정하는 주차장·농경지·체육시설용지·제조장 기타 사업용으로 사용하는 토지로서 재무부령이 정하는 것이라고 규정하고 있으며, 90.3.15 개정된 동법시행규칙 제18조의3 제2항에서는 영 제46조의3 제2호에서 “재무부령이 정하는 것” 이라 함은 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 처분청이 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세한데 대하여, 청구인은 이 건 양도당시 시행된 구 소득세법 제60조가 포괄위임금지의 원칙에 위배되어 이를 근거로 과세할 수 없다고 주장함으로써 다툼이 있다.

(나) 구 소득세법 제60조에 대한 95.11.30자 헌법재판소의 결정요지를 보면, 구 소득세법 제60조가 조세법률주의 및 위임입법의 한계를 규정한 헌법의 취지에 반하나, 94.12.22 법률 제4803호로 헌법에 합치하는 내용의 개정입법이 이미 행하여져 위헌조항이 합헌적으로 개정되어 시행되고 있으므로 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 부과처분 모두에 대하여 위의 개정법률을 적용할 것을 내용으로 하는 헌법불합치 결정을 하기로 한 것으로 나타나고 있다.

특히, 위의 법률조문에 대하여 단순 위헌결정을 선고하여 당장 그 효력을 상실시킬 경우에는 기준시가에 의한 양도소득세를 부과할 수 없게 됨은 물론, 이 법률조항의 위임에 근거한 소득세법시행령 제115조를 인용하고 있는 법인세법등도 이를 시행할 수 없게 되는 등 법적 공백상태를 야기하게 되고 이에 따라 조세수입을 감소시키고 국가재정에 상당한 영향을 준다는 점과 이미 이 조항에 따라 양도소득세를 납부한 납세의무자들과의 사이에 형평에 어긋나는 결과를 초래하는 점 및 위 법률조항의 위헌성이 단지 입법형식의 잘못에 기인하는 것이므로 이를 한시적으로 계속 적용한다고 하더라도 그것이 반드시 구체적 타당성을 크게 해쳐 정의와 형평 등 헌법적 이념에 심히 배치되는 것이라고는 생각되지 아니하는 점을 고려하여 위와 같이 헌법불합치 결정이 내려진 것으로 나타나고 있다.

(다) 위와 같은 점등을 종합하여 볼 때 이 건과 같이 공시지가 고시 이전에 취득 및 양도하여 개정소득세법을 적용하게 되면 양도 및 취득당시의 기준시가를 산정할 방법이 없어 양도차익의 산출이 불가능하게 되는 부득이한 사정이 있는 경우에는 조세부담의 형평등을 고려하여 구 소득세법 제60조를 한시적으로 계속 적용할 수 있는 것으로 해석하는 것이 위 헌법불합치 결정 취지에 부합한다 할 것이므로(같은뜻 : 국심 96 중 1658, 96.11.18), 처분청이 기준시가로 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 적법한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 10년이상 보유하다 양도한 쟁점토지가 90.12.31 개정되기 이전의 구소득세법시행령 제46조의3 제2호의 규정에 해당되는 토지로서 나대지가 아니므로 장기보유특별공제를 하여야 한다고 주장하나,

(나) 쟁점토지의 경우 청구인이 77.1.1(의제취득일 기준) 취득하여 90.4.12 및 90.8.29 양도함으로써 10년이상 보유하기는 하였으나, 이는 지적법상 지목이 대지로서 그 지상에 건축물이 없는 사실상 나대지이고, 양도일 현재 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 주차장·농경지·체육시설용지·제조장 기타 사업용으로도 사용되고 있지 아니한 바, 89.8.1 개정된 구소득세법시행령 제46조의3의 규정에 의하여 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 토지임을 알 수 있다.

(다) 그렇다면, 쟁점토지는 장기보유특별공제 대상에 해당되지 아니하므로 처분청의 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.