가. 청구인은 2006.5.10. 주식회사 OOO”이라 한다) 및 주식회사 OOO라고 한다)가 실시한 유상증자에 참여하여 OOO 주식 546주와 OOO 주식 140주(이하 “종전주식”이라 한다)를 각각 취득하였다.

나. OOO 2006.8.14. 코스닥상장법인인 주식회사 OOO”이라 한다)과의 포괄적 주식교환을 통하여 우회상장하였고, OOO 주주인 청구인에게 OOO 신주 264,174주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 교부하였다.

다. 서울지방국세청장은 2009.8.25. ～ 2009.10.20. 기간 동안 OOO 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 종전주식과 쟁점주식의 주식교환과 관련하여 양도소득세를 신고하지 아니한 사실을 확인하고, 주식교환일인 2006.8.14. 당시 쟁점주식의 종가(1주당 2,070원)를 양도가액으로 하여 과세자료를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2009.12.14. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 16,997,860원을 결정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2006.1.6. 이의신청을 거쳐 2010.3.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 OOO 등으로부터 주식교환 통보를 받지 못하여 주식매수청구권을 행사할 수 없었는 바, 이러한 주주의 권리변동 및 이익 침해 등을 고려하지 아니하고 주식교환일 당시의 종가로 양도가액을 산정하여 과세한 처분은 부당하며, 청구인의 계좌에 주식이 입고되어 매도 등을 행사할 수 있는 증권계좌 입고일(2006.9.18.) 당시의 종가(1주당 1,760원)로 쟁점주식의 양도가액을 산정함이 타당하다.

(2) 조사관청은 2007.4.1. OOO 등의 2006사업연도 법인세 신고자료 등에 의하여 이 건 주식교환을 인지하였음에도 불구하고 정당한 사유 없이 과세처분을 미루어 오다 2년 6개월이 지난 2009.12.1. 이 건 양도소득세를 과세하면서 납부불성실가산세를 적용한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 종전주식을 현물출자하여 OOO 주주로서의 지위를 취득한 시기인 주식교환일을 양도시기로 보는 것이 타당하므로 당해 주식교환일 당시 쟁점주식의 종가를 양도가액으로 산정하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 종전주식과 쟁점주식의 주식교환과 관련하여 양도소득세를 무신고하였다가 세무조사 착수 이후인 2009.9.23. 기한후 신고를 하였고, 이에 처분청은 기한후 신고납부분을 기납부세액 등으로 반영하여 이 건 양도소득세를 과세하였는 바, 납세자의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 양도소득세를 무신고한 사안에 대하여 과세관청은 국세 부과제척기간 내에 경정·결정할 수 있고, 이 경우 경정·결정이 지연되었다는 사유만으로 가산세 등을 감면할 수 없다 할 것이므로 납부불성실가산세를 가산한 처분이 부당하다는 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 주식교환일 당시의 종가를 양도가액으로 산정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

(2) 납부불성실가산세를 적용한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것)

제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

제115조【양도소득세에 대한 가산세】② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “납부불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

(2) 소득세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것)

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. 「민법」제245조 제1항의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해 부동산의 점유를 개시한 날

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO 주식등변동상황명세서 및 이 건 심리자료에 의하면, 아래 사실들이 확인된다.

(가) 청구인은 2006.5.10. OOO 유상증자에 참가하여 종전주식을 취득하였다.

(나) OOO 2006.8.14. 코스닥상장법인인 OOO과의 포괄적 주식교환을 통하여 우회상장하였고, 청구인은 종전주식을 양도하고 쟁점주식을 취득(주식교환)하였다.

(다) 서울지방국세청장은 2009.8.25. ～ 2009.10.20. 기간 동안 OOO 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 이 건 주식교환과 관련하여 양도소득세를 신고하지 아니한 사실을 확인하였고, 청구인은 위 세무조사 착수 이후인 2009.9.23. 증권계좌 입고일(2006.9.18.) 당시 쟁점주식의 종가(1주당 1,760원)를 양도가액으로 하여 양도소득세 기한후 신고를 하였다.

(라) 처분청은 이 건 주식교환일(2006.8.14.)을 주식의 양도시기로 보아 주식교환일 당시 쟁점주식의 종가(1주당 2,070원)을 양도가액으로 하고 납부불성실가산세 6,410,334원 가산을 가산하여 2009.12.1. 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세처분하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴보면, 「소득세법」제88조 제1항에 의하면, “자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것”을 “양도”로 정의하는 한편, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 “등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일”을 자산의 양도시기로 규정하고 있는 바, 청구인이 종전주식을 현물출자하여 OOO 주주로서의 지위를 취득한 날인 주식교환일을 양도시기로 보는 것이 타당하므로 특별한 사정이 없는 한, 당해 주식교환일 당시의 쟁점주식 종가를 양도가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴보면, 세액을 미신고하였거나 납부할 세액을 납부하지 아니한 경우 국세부과제척기간 이내에 경정ㆍ고지할 수 있는 것이고, 이에 부가되는 가산세는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우 이를 부과할 수 없는 것이나, 청구인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 인정할 만한 특별한 사정이 있다고 보기 어렵고, 납부불성실가산세는 납부기한내 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 대한 지연이자적 성격을 갖고 있고, 청구인이 양도소득세 신고ㆍ납부기한까지 납부할 세액을 납부하지 아니한 이상, 처분청이 납부할 세액에 상당하는 납부불성실가산세를 가산한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2009중1979, 2009.6.23. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.