가. 청구인 OOO는 1995.4.10.개업하여 OOO 제조업을 영위하던 주식회사 OOO의 최대주주OOO 겸 대표이사를, OOO의 배우자 청구인 OOO은 쟁점법인 2대 주주OOO로서 감사를 각각 역임하다가 청구인들은 2016.6.30. 주식회사 OOO에 쟁점법인 발행주식 전부인 OOO를 OOO원에 양도하는 내용의 주식매매계약(이하 “쟁점계약”이라 하고, 그에 따른 계약서를 “쟁점계약서”라 한다)을 체결하였고, 2016.8.26. 매매대금을 지급받았으며, 쟁점주식 명의를 양수인측에 이전해 주었다.

나. 한편 OOO는 쟁점계약상 지위와 권리의무 일체를 주식회사 OOO에 양도 및 이전하였고, 청구인들은 2016.8.26. 매수법인과 쟁점계약상 지위 이전 승인 및 매매대금 중 일부에 대한 예금근질권 설정계약을 체결하는 내용의 추가합의서(이하 “쟁점①합의서”라 한다)를 체결하였으며, 이에 따라 2016.8.29. OOO에 개설된 청구인들 명의 예금계좌에 예치된 OOO원에 대해 매수법인을 근질권자로 하는 예금근질권 설정계약OOO을 체결하였고, 청구인들은 2016.11.30. 쟁점계약상 쟁점주식 OOO원을 양도가액으로 하여 2016년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다.

다. 이후 청구인들은 2018.8.16. 매수법인을 2016.12.1.자로 흡수합병 하여 쟁점예금근질권계약상 근질권자의 지위를 승계한 쟁점법인과 쟁점예금근질권을 조기에 해지하는 대가로 쟁점주식 OOO원으로 감액하는 내용의 합의서(이하 “쟁점②합의서”라 한다)를 체결하였고, 2018.12.26. 처분청에 쟁점②합의서에 따라 쟁점주식 양도가액 합계 OOO이 감액되었으므로 관련 양도소득세 및 증권거래세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2019.3.19. 이를 거부하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2019.6.10. 이의신청을 거쳐 2019.11.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점②합의서(2018.8.16.)는 쟁점주식 단가변경계약으로 양도가액 감액 사유에 해당된다.

(가) 쟁점계약서 제9조 면책 규정과 이에 따른 쟁점예금근질권 설정 계약은 쟁점계약 체결 이후 2년 동안 발생할 손해에 대한 보상책임을 “일체의 채무”로 규정한 것으로 매수인과 매도인이 합의 하에 손해에 대한 내용을 산정하여 양도가액을 변경할 수 있도록 정한 것이다.

(나) 쟁점주식 OOO 단가는 현금흐름할인법OOO으로 산정하여 다양한 추정이 적용되고 추정이 적정하지 않은 경우 단가 감액 사유가 발생할 수 있으므로 양도가액 중 OOO원의 예금근질권을 설정하고 추가합의서를 통해 쟁점주식 단가를 감액 조정한 것이다.

(다) 쟁점②합의서는 계약 당사자 간의 동의하에 쟁점주식의 단가를 변경하는 합의서이고, 예금근질권 설정 해지는 실질적 대금 정산을 위한 과정에 불과한데, 쟁점주식 매매계약서에 단가를 변경할 수 있다는 내용이 없다는 이유만으로 처분청이 쟁점②합의서를 새로운 근질권 해지계약으로 보아 양도가액이 변경된 것을 인정하지 않고 청구인들의 경정청구 거부한 처분은 부당하다.

(라) 쟁점②합의서에 의한 쟁점주식 단가 감액조정 사유는 다음과 같이 당초 쟁점주식 단가산정에 포함되었던 해외현지법인 가치가 하락되었기 때문이다.

1) 쟁점법인은 쟁점주식 양도 당시 OOO에 해외현지법인을 두고 있었고, 해외현지법인의 가치를 포함하여 쟁점주식의 단가를 산정하였는데, OOO의 해외현지법인은 OOO의 규제로 정상적으로 사업을 영위할 수 없는 상태로 2016년부터 2018년의 해외현지법인 재무상황표에 의하면 매출액이 현저히 줄어든 사실이 확인되고, 이에 쟁점법인은 2017.8.11.OOO에 해외현지법인을 설립하여 OOO 해외현지법인의 역할을 수행하고 있다.

2) 청구인들이 쟁점계약 체결 당시 위와 같은 쟁점법인의 OOO 해외현지법인의 상황을 매수법인에게 고지하지 않았는데, 이는 쟁점계약서 제6조 진술 및 보증 별첨 6) 나. OOO 관련 진술 및 보증 21. 제공정보의 정확성을 위반한 것이다.

3) 청구인들이 OOO 현지법인의 현지 사정에 관한 자료를 충분히 제공하지 않아 쟁점주식 평가가 적정하게 이루어지지 않았고, OOO 현지법인의 매출 감소는 쟁점주식의 단가를 감소시키는 사유에 해당되어 매수법인이 예금근질권이 설정된 금액 중 일부를 반환할 것을 요구하여 쟁점②합의서를 작성하게 된 것이다.

4) 쟁점②합의서 제3조에 “을의 확약사항에서 본 합의서에 따라 을의 모든 의무 이행이 완료되고 진술과 보장이 종료된 것으로 간주한다”고 명시한 것은 위와 같은 사실관계를 뒷받침 하는 것으로, 쟁점②합의서에 따라 쟁점주식의 매매계약이 최종 완결된 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점②합의서에 감액된 쟁점주식 단가로 쟁점주식 양도소득세를 경정하는 것이 타당하다.

(2) 설령 쟁점②합의서가 쟁점주식 단가변경이 아닌 당사자 간의 합의에 의한 변경계약으로 본다 하더라도 계약의 변경과 당사자 간의 합의에 따른 양도가액 변경은 경정청구 사유에 해당되는데, 이는 유사한 사례에 대한 판례, 선결정례 등도 같은 취지이다.

1) 대법원 판례OOO에 의하면 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우, 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도소득의 총수입금액은 감액된 금액으로 보아야 한다는 취지로 판시한바 있다.

2) 조세심판원OOO도 손해배상 약정에 따른 합의서와 순자산가치의 중대한 차이 발생으로 주식대금에 관한 약정을 합의해제하고, 양도가액을 변경하는 합의서를 작성한 경우 양도가액의 변경에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라는 취지로 결정한바 있다.

3) 국세청 심사청구OOO에서도 매매계약서상 사후정산 특약조항으로 사업시행 성공 여부에 따라 주식양도대금을 확정하기로 특약한 경우 특약에 의한 양도가액의 변경을 인정한바 있다.

4) 위와 같은 판례 및 선결정례와 같이 2018.8.16.일자 쟁점②합의서가 최초 쟁점계약과 별개의 계약이라는 사실을 처분청에서 입증하지 못하는 이상, 예금근질권 해지계약이 아닌 추가합의로 인한 대금정산으로서 양도가액이 감액된 것으로 보아야 한다.

(3) 쟁점②합의서를 예금근질권 해지계약으로 보는 것은 실질과세원칙에도 부합하지 않는다.

(가) 처분청 의견대로 쟁점②합의서가 예금근질권을 조기에 해지하는 대가로 일정 금액을 반환받는 계약이라면 매수인의 입장에서는 실질적으로 수익이 실현된 것으로 해석될 수도 있는데, 이는 실제 거래내용과 맞지 않다.

(나) 청구인들과 매수법인은 양도가액의 변동가능성에 따라 예금근질권 설정계약을 하였고, 추가합의서에 따라 실제 양도가액을 감액하기로 합의한 것으로 양도가액을 정산하지 아니한 채 별개의 채권･채무관계로 보아 손익을 구분하는 것은 거래의 실질과 상거래 관행에 어긋나는 것이다.

(다) 처분청은 청구인들이 예금근질권이 설정된 예금 OOO원을 조기에 사용하기 위하여 예금근질권 설정을 해지하고OOO원을 반환하였다는 의견이나, 쟁점②합의서 체결 이후 10일이 지나면 당초 계약상 유보기간이 종료되어 OOO원을 출금할 수 있는데도 청구인들이 예금근질권 조기 해지에 대한 대가로 OOO원을 지급하였다는 것은 상식적인 판단으로 볼 수 없으며, 청구인들은 쟁점주식 양도대금 중 OOO원을 제외한 금액을 지급받은 상태라서 자금운영에 별다른 어려움도 없었다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점②합의서에 따라 쟁점주식의 양도가액이 변경된 것으로 볼 수 없다.

(가) 2016.6.30. 쟁점계약 체결 당시 결정된 쟁점주식 OOO 가액은 당사자 간에 합의된 금액이고, 동 가액대로 OOO 잔금을 청산하여 쟁점주식 매매거래는 종료되었다.

(나) 쟁점②합의서에 따라 청구인들이 쟁점법인에게 반환할 금액 OOO원은 예금근질권 조기해지에 따른 대가로서 최초의 주식매매계약과는 무관하고, 청구주장대로 의무이행 위반에 의한 손실에 따른 금액으로 보기는 어렵다.

(다) 쟁점②합의서 제2조 제1항에 “갑은 본 건 예금근질권을 조기에 해지하기로 하고, 을은 이에 대한 대가로 매매대금을 감액 조정하기로 한다”라고 정하였는데, 이는 감액조정으로 반환할 금액이 예금근질권 조기해지에 따른 것이라는 것을 분명히 한 것이다.

(라) 쟁점계약상 2년의 유보기간을 열흘 정도 남겨 놓은 상황에서 청구인들이 OOO원을 반환한 것은 예금근질권 설정에 따라 출금할 수 없던 예금을 조기에 현금화하여 사용하기 위한 대가로 보인다.

(마) 또한 쟁점계약에 예금근질권을 해지하고 양도가액을 감액한다거나 현금흐름할인법을 적용하여 청구인들의 의무이행 위반에 따른 손실을 주식가액에 반영하여 평가한다는 내용을 별도 약정한 사실이 없고, 쟁점②합의서에 따라 쟁점주식 양도가액을 감액한다는 것은 당초 계약과는 관련 없는 것으로 판단된다.

(2) 청구인들이 이 건 처분의 부당성의 근거로 제시한 판례 및 선결정례 등은 사실관계가 상이하여 이 건에 그대로 적용할 수 없다.

(가) 대법원 판례OOO의 경우 잔금청산 전에 해당회사의 사업부분을 줄여 매각대금을 변경한 것은 본 계약에 따른 것이고, 사업축소는 주식평가에 중대한 부분으로서 양도가액의 감액을 인정한 것이므로 이 건과는 사실관계가 다르다.

(나) 조세심판원 결정례OOO는 OOO의 채권이 채무자의 도산으로 회수불능이 되어 회사의 손실이 발생한 것에 대한 손해배상으로 양도가액이 반환된 것을 인정한 것으로 매수법인의 손실이 확인되지 않는 이 건과는 사실관계가 다르고,

다른 선결정례OOO의 경우도 잔금지급 전에 변경된 계약의 양도대금 산정에 문제를 제기하여 소송으로 다투다가 조정된 가액으로 양도가액을 인정한 것으로 이 건에 적용하는 것은 타당하지 않다.

(다) 국세청 심사청구OOO는 최초 계약 시 거래처법인으로부터 받을 채권가액이 중재 판결 중에 변동될 가능성을 사후정산조항에 명시하여 주식가액의 변동을 인정한 결정으로 쟁점계약서에 별도 규정이 없이 쟁점②합의서를 근거로 경정청구한 이 건과는 사실관계가 다르다.

(3) 쟁점②합의서는 청구인들의 쟁점법인 해외현지법인 주식 양도계약으로 쟁점주식 양도와는 관계가 없으므로 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(가) 쟁점②합의서는 청구인 OOO가 보유하던 쟁점법인의 OOO 해외현지법인 지분 OOO를 양도하는 계약으로, 쟁점주식 매매계약과는 별개의 새로운 계약이고, 동 계약과 관련하여 예금근질권이 조기 해지되고 반환금액이 발생한 것으로 보아야 한다.

(나) 또한 쟁점②합의서에는 청구주장과 같이 OOO 현지사정에 따른 OOO의 매출감소를 고지하지 않아 쟁점주식 매매계약서상 제6조 진술 및 보증을 위반하여 쟁점주식의 양도가액을 감액하여 반환되었다는 사실이 명시되어 있지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점②합의서에 따라 당초 쟁점계약상 쟁점주식 양도가액을 감액하였으므로 관련 양도소득세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 등의 양도로 발생하는 소득

나. 주권비상장법인의 주식 등.

제96조【양도소득의 범위】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들이 2016년 귀속 양도소득세 신고내역 및 경정청구 내역은 다음과 같다.

(2) 국세청전산자료에 의하면 쟁점법인의 사업자등록 내역은 다음과 같다.

(3) 국세청전산자료에 의하면 쟁점법인의 쟁점주식 변동사항은 다음과 같다.

(4) 국세청전산자료에 의하면 쟁점법인의 OOO 해외현지법인의 출자명세와 재무상황은 다음과 같다.

(5) 청구인들이 2016.6.30. OOO와 체결한 쟁점계약서의 주요내용은 다음과 같다.

(6) 청구인들이 2016.8.26. 매수법인과 쟁점주식 매매계약에 대한 추가합의 내용을 정한 쟁점①합의서의 주요내용은 다음과 같다.

(7) 청구인들이 2016.8.29. 매수법인과 쟁점①합의서에 따라 쟁점예금금질권설정계약을 체결하였는데, 주요내용은 다음과 같다.

(8) 청구인들이 2018.8.16. 쟁점법인과 체결한 쟁점②합의서의 주요내용은 다음과 같다.

(9) 청구인들은 쟁점법인의 OOO 해외현지법인 경영상황이 쟁점계약 체결 이후 악화되었고, 쟁점②합의서에 따라 쟁점주식 OOO 가액을 감액하게 된 사유라고 주장하며 매수인과 매도인측 간에 주고받은 이메일 내역 사본을 제시하였다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「소득세법」제95조 제1항은 “양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ‘양도가액’이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.”라고 정하고 있고, 여기서 양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것이므로 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 할 것OOO이다.

(나) 처분청은 쟁점②합의서는 쟁점주식 양도와 별도의 독립된 계약으로 쟁점예금근질권계약 체결금액 중 일부를 청구인이 양도인측에 지급한 것은 예금근질권 조기 해소에 대한 대가로서 쟁점주식 양도가액과 무관하다는 의견이나,

(다) 청구인들이 예금근질권 설정된 예금 OOO원을 쟁점주식 양수인측에 지급한 경위를 보면 2016.6.30. 쟁점주식 양도를 위한 쟁점계약서 제9조(면책)에서 매도인(청구인들)측 진술 및 보증한 사항의 위약벌로서 OOO원을 지급하기로 하면서 매매대금 중 OOO원을 OOO 계좌에 입금하기로 하였다가 청구인들이 2016.8.26. 매수법인과 체결한 쟁점①합의서에서 OOO에 갈음하여 예금근질권을 설정하기로 함에 따라 청구인들은 2016.8.29. 매수법인과 쟁점예금근질권계약을 체결하게 된 것으로 쟁점예금근질권 계약은 쟁점계약 체결 이후 2년 동안 쟁점주식 매수인측에 발생될 손해에 대한 양도인측의 보상책임을 담보하고, 매매대금을 정산하기 위한 장치를 둔 것으로 보여 쟁점주식 매매계약과 독립된 계약으로 보기는 어려운 점, 청구인들은 2018.8.16. 쟁점법인과 체결한 쟁점②합의서에 따라 예금근질권을 설정한 OOO원을 지급하고 이를 해지하였는바, 쟁점예금근질권계약에 따른 보장기간이 불과 10여일 남은 시점에 예금근질권 조기 해지를 위해 OOO원을 지급하였다는 처분청 의견은 상식에 부합하지 않는 것으로 보이는 점, 쟁점②합의서에 쟁점주식 매매가액 감액의 대가로 예금근질권 설정액 중 OOO원을 매수인측에 지급하는 내용이 명시되어 있고, 처분청이 이를 부인할 만한 구체적인 정황이나 입증자료를 제시하지 못한 점 등에 비추어 청구인들이 예금근질권 해지 조건으로 양수인측에 지급한 금원은 쟁점주식 양도가액이 감액된 것으로 보이므로 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.