청구인은 일본국에 거주하는 자로서 국내에서 골프장을 영위하기 위해 1994.12.23 제주도 남제주군 안덕면 OO리 OOOOO에 소재하는 (주)OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)를 설립하고 총 출자금의 65%를 출자하여 주식을 소유하여 오다가 1998.5.30 당시 골프장을 건설중인 법인 (주)OOO의 출자지분 65%(19,500주)(이하 “쟁점주식”이라 한다) 전부를 일본국 법인인 (주)OOO재팬에 1주당 10,000원으로 양도하고 취득가액을 10,000원으로 하여 양도차익이 없는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

처분청은 청구인이 국내의 거주자에 해당되고, 쟁점주식의 양수자 (주)OOO재팬의 과점주주로 양도·양수자간에 특수관계에 있어 부당행위계산부인대상에 해당되므로 양도당시의 쟁점주식 시가를 기준시가로 재계산(1주당 가액 : 44,840원)하여 2000.3.11 양도소득세 190,090,630원을 결정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2000.6.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인의 생활근거는 일본국이고, 청구인이 쟁점법인의 대표이사의 직(회장)에 있기는 하나 양도당시 사업개시 전으로 도급에 의하여 골프장을 건설 중인 상태이어서 청구인이 국내에 주재하면서 계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것을 필요로 하는 직업을 가진 자로 보기 어려우므로 거주자를 전제로 한 부당행위계산 부인규정을 적용한 양도소득세 부과처분은 부당하다.

또한, 처분청은 쟁점주식의 평가시 쟁점법인의 대차대조표상의 토지계정금액 2,072,018,730원과 소득세법에서 정하는 기준시가에 의한 토지평가액 3,569,536,800원과의 차액 1,497,518,070원을 쟁점법인의 순자산가액에 가산하여 평가하였으나, 쟁점법인의 대차대조표상 건설가계정에 계상된 골프장 조성원가 17,101,915,629원 중에서 1997년 말 현재 공사 완료된 일반제 코스에 대한 조성원가는 5,267,384,456원임이 당해 법인의 장부에 의하여 확인됨에도 이를 토지의 장부가액으로 보지 아니하고 순자산가액을 산출한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점법인은 1994.12.23 법인설립 시부터 현재까지 골프장 건설공사를 계속하고 있고 골프장건설은 대규모의 자본투입과 장기간의 공사를 요하는 점에서 청구인은 소득세법 시행령 제2조 제3항 제1호 규정에 의한 “계속하여 1년이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때”에 해당되므로 거주자에 해당된다.

또한 쟁점법인은 1994.12.23 설립되어 제주도 남제주군 안덕면 OO리 OOOOO 번지 일대의 임야에 골프장용지를 조성하였고, 쟁점법인의 대표이사인 청구인의 개인소유의 토지를 1996.6월～1996.8월 기간 중 380,150㎡, 1997.4월～1997.9월 기간 중 12,443㎡를 취득하는 등 골프장조성공사가 진행중인 토지를 취득하였으므로 쟁점법인의 토지취득일 이후의 골프장조성원가만을 건설가계정에 계상하여야 하며 또한, 쟁점법인의 소유하는 토지에 한하여 토지에 대한 자본적 지출을 인정하여야 할 것이므로 전체토지에 대한 토지조성비를 가산하여 기준시가에 의한 평가금액보다 크다고 주장하는 것은 타당하지 아니하며 개인소유의 토지에 지출한 골프장조성비는 청구인에 대한 별도의 소득으로 과세되어야 타당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구인이 거주자에 해당하는지 여부와

(2) 쟁점주식의 평가시 쟁점법인의 토지장부가액에 토지조성원가를 포함하여야 하는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련 법령

소득세법 제1조【납세의무】제1항에서는 “다음 각호의1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다”라고 규정하면서 제1호에서 “국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 「거주자」라 한다)을 열거하고 있으며,

같은 법 시행령 제2조【주소와 거소의 판정】제3항에서 “국내에 거주하는 개인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 국내에 주소를 가진 것으로 본다”라고 규정하면서 제1호에서 “계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때”를 열거하고 있다.

한편, 소득세법 제99조【기준시가의 산정】제1항에서는 “제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다”라고 규정하면서 제2호에서 “제94조 제2호 내지 제5호의 자산(※ 제4호 : 비상장주식)”은 “양도자산의 종류·규모·거래상황과 상속재산의 평가가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액”이라고 정하고 있고,

같은 법 시행령 제165조【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】제1항에서는 “법 제99조 제1항 제2호에서「대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액」이라 함은 다음 각호의 가액을 말한다”고 규정하면서 제2호에서 “법 제94조 제4호의 규정에 의한 주식 등”은 “ 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목(장외등록법인 주식평가) 및 다목(비상장주식평가)의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기나 평가액은 재정경제부령이 정하는 바에 의한다. 다만, 장부분실 등의 사유로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 적용한다”고 규정하고 있고,

제2항에서는 “제1항 제2호 및 제3호 가목의 규정에 의하여 산정한 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가가 동일한 경우에는 제1항 제2호 및 제3호 가목의 규정에 불구하고 당해 자산의 보유기간과 기준시가의 상승률을 참작하여 제정경제부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 가액을 양도당시의 기준시가로 한다”고 규정하고 있다.

같은 법 시행규칙 제81조【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】제2항에서는 “영 제165조 제1항 제2호의 규정에 의한 평가기준시기나 평가액은 다음 각호에 정하는 바에 의한다”라고 규정하면서 제2호에서 “제1호외의 주식 등의 경우 : 다음 각목에 정하는 바에 의한다”규정하고, 가목에서 “1주당 가액의 평가”는 『1주당 가액 = (당해법인의 순자산가액 / 발행주식총수 + 1주당순손익액 / 100분의 15) ÷ 2』의 산식을 정하고 있고, 나목에서 “가목의 산식에서 순자산가액은 양도일 또는 취득일(이하 이 항에서는 「양도일 등」이라 한다)이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의하고, 1주당 순손익액은 양도일 등이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 순손익액에 의하여 평가한 가액에 의한다(단서 생략)”라고 규정하고 있다.

또한, 제4항에서 “영 제165조 제2항에서 「재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 가액」이라 함은 다음의 가액을 말한다(단서 생략)”라고 규정하면서 제1호에서 “당해 법인이 동일한 사업연도 내에 취득하여 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액”이라고 규정하면서 『양도당시의 기준시가 = 취득일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 기준시가 + (취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 기준시가 - 취득일이 속하는 사업연도의 전전사업연도 기준시가) × 양도자산보유월수 / 취득일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 월수』의 산식을 규정하고 있다.

소득세법 제101조【양도소득의 부당행위 계산】제1항에서는 “납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다”라고 규정하고 있고,

소득세법 시행령 제167조【양도차익산정의 특례】제4항에서는 “제98조 1항 각호의 규정에 의한 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

먼저, 청구인이 거주자에 해당하는지 여부를 살펴본다.

청구인은 쟁점법인의 대표이사(회장)로 재직 중이며, 청구인이 쟁점주식을 양도한 시점에는 쟁점법인이 대규모의 자본투입과 장기간의 공사를 요하는 골프장 조성공사를 진행 중에 있어 쟁점법인의 주요 의사결정하여야 하는 직에 종사한 것으로 보이는 점에 비추어 “계속하여 1년 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 것”으로 보아야 할 것이고 따라서 청구인은 소득세법상의 거주자에 해당하는 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점주식의 평가시 쟁점법인의 토지장부가액에 토지조성원가를 포함하여야 하는지 여부를 가려본다.

첫째, 청구인은 쟁점법인의 설립당시 총출자금의 65%를 출자하여 쟁점주식을 취득하였다가 1998.5.30 청구인과 특수관계에 있는 일본국 법인 (주)OOO재팬에 보유주식의 전부인 19,500주를 양도한 사실에 대해서는 처분청과 청구인간에 서로 다툼이 없다.

둘째, 청구인이 쟁점 주식을 양도한 당시 쟁점법인은 골프장을 건설중인 상태이었으며, 1997년 12월 말 현재 쟁점법인의 대차대조표상 토지계정 금액은 2,072,018,730원, 건설가계정 금액은 41,252,684,671원이었음이 결산서 등에 의하여 확인되며, 건설가계정에 계상된 금액 중 1997.12.31 현재 골프장 조성이 완료된 일반제 골프장 코스조성비 상당액은 5,267,384,456원이 계상되어 있음이 쟁점법인의 1997.12.31 현재 건설가계정 금액의 세부 공사별 세부내역서에 의해 확인된다.

셋째, 골프장용지의 경우 토지의 개별공시지가에는 표준적 조성공사비 및 그 부대비용, 개발부담금 등 제세공과금, 적정이윤이 반영된 가액으로 산정된 평가가액으로 보아야 하는 것임은 “지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률”에 관한 훈령(건설교통부 장관 훈령 제163호) 제21조【평가방식의 적용】제4항에서 “표준지의 평가가격을 복성식평가법에 의하여 결정할 경우에는 다음과 같이 한다”라고 규정하면서 그 산식은 『〔조성전 토지의 소지가격 + (표준적 조성공사비 및 그 부대비용 + 개발부담금 등 제세공과금 + 적정이윤)〕÷ 당해토지의 면적 ≒ 평가가격』으로 정하여져 있고, 제41조【골프장용지 등】제1항에서 “골프장용지는 복성식평가법에 의하여 평가하되, 표준적 조성공사비 및 그 부대비용은 토지에 체화되지 아니한 골프장 안의 관리시설(클럽하우스·창고·오수처리시설 기타 골프장 안의 모든 건축물을 말한다, 이하 이조에서 같다)의 설치에 소요되는 금액상당액을 뺀 것으로 하고, 골프장의 면적은 체육시설의 설치·이용에 관한 법률 시행령 제20조 제1항의 규정에 의하여 등록된 면적(조성공사 중에 있는 골프장용지는 같은 법 제12조의 규정에 따라 사업계획의 승인을 얻은 면적을 말한다, 이하 이조에서 같다)으로 한다”라고 규정되어 있는 점 등에 비추어 인정된다.

넷째, 소득세법 제99조 및 같은 법 시행령 제165조【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】 및 같은 법 시행규칙 제81조【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】등 비상장주식의 평가와 관련된 법령을 모아 보면,

주식평가시 순자산가액은 양도일 등이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의하도록 규정되어 있어 토지의 경우에는 장부가액 대신 기준시가로 평가하는 것임을 알 수 있고 위에서 보는 바와 같이 “지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률”에 관한 훈령(건설교통부 장관 훈령 제163호) 제21조 및 제41조 규정에 의하면 골프장용지의 경우 개별공시지가는 표준적 토지조성비용이 포함된 가액으로 결정되므로 토지의 장부가액 대신 토지의 기준시가(개별공시지가)로 평가하는 경우 토지의 장부가액에 포함되지 아니한 토지조성비용을 차감하지 아니하는 경우에는 토지조성비 상당액이 순자산가액 계산시 이중으로 가산되는 결과가 된다 할 것이므로 골프장업을 영위하는 법인이 골프장 시설을 조성하는 데 지출한 비용 중 토지와 일체가 되어 코스를 구성하는 시설의 조성비용은 토지에 대한 자본적 지출로 보아 토지의 장부가액에 포함하여 기준시가와 대체하는 것이 순자산가액 평가시 이중으로 계상될 소지가 있는 토지조성비용(토지에 대한 자본적 지출)을 감안하는 결과가 되어 타당한 것으로 판단된다(같은 뜻, 국세청의 골프장 자산평가에 관한 업무처리기준, 국세청 재일4614-1104, 1999.6.9)

다섯째, 쟁점법인의 토지에 대한 개별공시지가의 변동내용을 보면 ㎡당 1996년 5,170원, 1997년 9,000원 1998년 19,000원 1999년 20,000원으로 변동되어 쟁점주식의 평가시 적용되는 1997년도 개별공시지가에는 토지에 대한 자본적 지출(골프장 조성비용)이 반영된 것으로 보이고,

처분청도 「쟁점법인의 토지취득일 이후의 골프장조성원가만을 건설가계정에 계상하여야 하며 또한, 쟁점법인이 소유하는 토지에 한하여야 토지에 대한 자본적 지출을 인정하여야 할 것」이라고 주장하는 점에서 골프장업 법인이 골프장 시설을 조성하는 데 지출한 비용은 자본적 지출로 토지의 장부가액으로 인정하는 것으로 보인다.

위 확인된 사실을 종합해 판단해 보면

쟁점법인의 1997.12.31 현재 건설가계정상의 금액 중 쟁점법인이 소유하고 있고, 골프장 조성이 완료된 일반제 코스 조성공사와 관련하여 토지와 일체가 되어 코스를 구성하는 시설의 조성비용은 위에서 확인한 바와 같이 쟁점법인의 토지에 대한 자본적 지출에 해당하므로 토지의 장부가액에 포함되는 것으로 보아야 할 것이며, 따라서 양도당시의 쟁점법인의 순자산가액 계산시 토지의 기준시가를 산입하면서 토지의 장부가액에 해당되는 토지계정 금액 2,072,018,730원과 자본적 지출로 확인되는 토지조성비용 상당액은 차감하여 계산하는 것이 타당하다 할 것이다.

그러므로 처분청은 이와 같은 방법으로 1997.12.31 현재 쟁점법인의 순자산가액을 토지계정의 장부가액과 토지의 자본적 지출액에 상당하는 금액을 합한 금액에 대체하여 토지의 기준시가 3,569,536,800원을 산입하는 방법으로 쟁점주식의 시가를 계산하여야 타당한 것으로 판단되므로 토지의 자본적 지출액에 상당하는 금액을 확인하여 재산정하여 청구인이 양도한 쟁점주식의 시가를 계산하고 이를 양도가액으로 하여 이 건 양도소득세를 재조사 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.