가. 청구인은 OOO의 답 1,838㎡[2003.1.29. 1,378.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 취득, 2012.2.24. 459.5㎡ 취득, 이하 “이 건 전체토지”라 한다]를 2013.2.5. 양도하고, 이 건 전체토지의 양도가액을 OOO원으로 하고, 취득가액을 OOO원으로 한 후 쟁점토지에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여 2013.4.30. 해당 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점토지에 대하여 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력에 의하여 경작하지 않은 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하여 2016.3.2. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지에서 8년 이상 직접 자경을 하였고, 이는 청구인이 제출한 증빙서류와 항공사진 등을 통해 확인됨에도 처분청은 쟁점토지의 자경여부에 대한 현장확인이나 실지조사 없이 단지 청구인의 근로소득이 높다는 이유로 부당한 처분을 하였다(주위적 청구).

(가) 청구인은 부모님의 고향이자 형제들이 태어난 OOO에서 50여년을 살아오던 중 급매물로 나온 쟁점토지를 구입하게 되었고, 비상근임원으로 근무하던 상황과 가족의 건강을 생각하여 출근하지 않는 날과 주말·휴일 시간을 통해, 2003년부터 2008년까지는 벼농사, 2009년부터 양도당시까지는 밭농사를 지었다. 특히, 농사를 지으면서 그 수확물을 가족·친지와 나누어 자급하였고, 밭농사를 통해 유기농 채소를 재배하여 둘째 아들의 피부병에도 큰 도움이 되었다. 이는 첨부한 농지원부, 농지자격취득증명, 토지거래계약허가증, 토지이용계획 확인원, 재산세 과세대장, 경작사실 확인서, 농기계 작업 확인서, 매도당시 작물사진, 매도당시중개대상물 확인설명서, 2010년～양도시까지의 포탈싸이트 지도(항공사진) 등을 통해 확인된다.

(나) OOO지방국세청장의 기획조사에 따라 이 건 과세가 되었지만, 청구인은 이에 대해 “근로소득금액이 높지만, 근무처에서 비상근임원으로 활동하였고, 실제 출근일자가 일주일에 3일 정도여서 그 외 시간에는 농사일을 할 수 있었다”라는 내용을 소명하였고, 근무처로부터 청구인이 실제 비상근임원으로서 수출 관련 업무에 종사하여 출퇴근이 자유로웠으며, 일주일에 3일 정도 출근한 사실이 확인된다.

(다) 처분청은 청구인의 근로소득이 높다는 점만 착안한 채, 청구인이 제출한 자경에 대한 증빙자료에 대한 실지조사 및 현장 확인 조사도 실시하지 않았을 뿐만 아니라, 근로소득 발생처에서 실제 비상근임원으로 일주일에 3일 정도만 출근하였는지에 대한 조사를 포함하여 자경사실에 대한 어떠한 현장확인이나 실제 조사 없이 청구인에게 부당한 처분을 하였다.

(2) 2010년 이후의 쟁점토지에 대한 항공사진을 살펴보면, 쟁점토지에서 밭작물이 재배되고 있었음이 명확히 확인된다. 그럼에도 처분청은 청구인의 자경여부 및 제출된 자경을 입증할 만한 증빙자료에 대한 실지조사나 현장확인 조사 없이 청구인의 재촌·자경을 인정하지 않고 있다. 따라서, 처분청이 2010년 이후에 쟁점토지에 대한 실제 경작자를 확인하지 못하고 있는 상황에서 청구인만이 자경에 대한 입증자료를 제시하고 있는 것이므로 최소한 청구인이 2010년 이후부터 양도시까지는 재촌·자경한 것으로 보아 비사업용 토지에서 제외하여 양도소득세를 과세하여야 한다(예비적 청구).

나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구에 대하여

(가) 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정은 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주자는 데에 있어 실질적으로 영농에 종사한 자에 한하여 특별히 양도소득세 감면 혜택을 부여하는 것으로 엄격히 해석하여야 하는바, ‘직접경작’을 인정하기 위해서는 법문 그대로 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하여야 한다. 농업경영인과는 달리 농업인과 농지의 장소적, 시간적 근접 또는 농업인 자신의 2분의 1 이상의 직접적인 노동력 투입이 필요하다 할 것이며, 농지소유자가 농업 외의 다른 직업을 가진 상태에서 다른 사람을 고용하여 농지를 경작하면서 간헐적, 간접적으로만 경작하는 경우에는 양도소득세 감면대상에서 제외된다OOO. 청구인은 쟁점토지에 관한 지분을 취득하기 이전인 1986년부터 섬유관련 무역회사인 OOO 주식회사에서 근무하였고, 취득 이전에는 영농에 종사한 이력이 없다.

(나) 토지가 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하더라도 그 소유자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니므로 토지를 농지로 자경한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 양도자가 입증하여야 하는 바OOO, 청구인이 제출한 자료들에 의해 쟁점토지가 답 또는 전으로 경작된 사실 자체는 추정된다 하더라도 그것이 바로 청구인의 자경사실을 입증하는 직접적인 증거가 될 수는 없다.

(다) 자경의 근거로 제시한 인근 주민들의 경작사실확인서와 영농자재 구입관련 간이영수증은 사인 간 임의로 작성이 가능한 서류로 8년 이상 직접 자경한 것으로 볼 객관적인 증빙은 되지 못한다는 결정례OOO에 비추어 청구인이 제시한 근무법인의 확인서, 인근주민의 경작사실확인서 및 농기계작업확인서 등은 사인 간의 임의로 작성이 가능하여 이를 자경의 직접적인 근거로 보는 것은 무리가 있다. 또한, 청구인이 제시한 농지원부, 농지자격취득증명원(후취득분), 토지거래계약허가증, 토지이용계획확인원 및 지방세 납세증명서상 대상 지목이 모두 답으로 되어 있어 위 서류들을 놓고 청구인이 쟁점토지를 전으로 자경하였다는 객관적인 증빙으로 삼기 어려움은 물론, 청구인이 다년 간 쟁점토지를 직접 경작하였다고 주장함에도 종묘, 씨앗 등의 구매내역에 관한 영수증 등이 전혀 없고, 자경하였다고 주장하는 기간의 연평균 총급여액은 OOO원이어서 근로를 하면서 400평이 넘는 토지를 다른 사람의 도움 없이 자경하고 그 경작물을 가족, 친지와 자급자족 하였다는 주장은 관련 증빙서류가 미비하여 신뢰하기 어렵다 할 것이다.

(2) 「소득세법」제104조의3 제1항 제1호 가목 본문의 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"에 해당하여 비사업용 토지의 범위에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점토지를 자경하지 아니하였다고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하고 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 군 구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시 군 구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

③ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」제4조 부칙에 따른 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시 광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍 면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍 면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역 상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1.～3. (생략)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 소득세법

제104조의3【비사업용 토지의 범위 】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 함)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지.(단서 생략)

(4) 소득세법 시행령

제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의8【농지의 범위 등】② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(서울특별시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구, 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주하는 자가 「조세특례제한법 시행령」제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 함)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」제66조 제14항을 준용한다.

다. 사실관계 조사

(1) 청구인의 주소지 이력은 다음과 같다.

◯◯◯

(2) 청구인의 근로소득내역은 아래 <표>와 같다.

<표> 청구인의 근로소득내역

(단위 : 천원)

◯◯◯

(3) 청구인의 출입국사실에 관한 사실증명내역에는 청구인이 2003년부터 2012년까지 통상적으로 연 5～6 차례 해외에 방문하였고, 방문시 평균 4일 정도 머무른 것으로 나타난다.

(4) OOO시장은 청구인의 2003년부터 2013년 까지 쟁점토지에 대한 쌀소득등보전직접지불금에 관하여 해당내역 없음으로 통보OOO하였다.

(5) 청구인이 제시한 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구인이 제시한 농지원부에는 최초작성일자가 2008.7.30.로, 청구인의 직업은 농업인으로, 농지경작 현황구분에는 공부상 지목과 동일한 답으로, 주재배작물은 벼로 기재되어 있다.

(나) 청구인이 제시한 인터넷 OOO의 검색지도에는 청구인의 주소지인 OOO 자택과 쟁점토지까지의 직선거리는 18.39㎡로 나타나고, 자동차이용시 소요시간은 39분으로 나타난다.

(다) 청구인은 쟁점토지의 매매중개업자가 양도 당시 지목이 전임을 확인하고 서명한 확인서 및 쟁점토지 인근주민이 쟁점토지의 경작에 관련하여 경운기(밭갈이) 작업을 해 주고 서명한 농기계작업사실확인서, 쟁점토지 인근주민 6명이 청구인이 2003년 1월부터 2013년 2월까지 쟁점토지를 경작한 사실이 있음을 확인하고 서명한 경작사실확인서를 제출하였다.

(라) 주식회사 OOO 확인서(2015.10.8.)에서 청구인이 주식회사 OOO의 임원으로 출·퇴근에 구속을 받지 않고 현재까지 주 3일 근무하고 있다고 확인하고 있고, OOO은 확인서(2015.10.8.)에서 청구인이 OOO 임원으로 출·퇴근에 구속을 받지 않고 퇴사시(2010년 8월)까지 주 3일 근무하였음을 확인하고 있다.

(마) 청구인은 위의 증빙 외에도 농지자격취득증명, 취득세비과세(감면)확인서, 2012년 재산세 과세대상, 매도당시 작물사진(시금치), 항공사진 및 물품구입 영수증(농약사가 발행한 사인간 영수증 8매) 등을 제시하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정의 체계와 내용에 비추어 자경농지에 대한 양도소득세 감면제도의 입법 목적은 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주고, 외지인의 농지투기를 방지하며 8년 이상 자경한 농민의 조세부담을 덜어주어 농업·농촌을 활성화하기 위한 것으로서 이러한 입법목적은 농업의 보호와 지원을 규정한 헌법 제123조 제1항 등에 비추어 볼 때 정당하다 하겠다OOO. 그런데 이러한 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성이 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용하여야 한다OOO.

이 건의 경우 청구인은 쟁점토지를 직접 경작한 것이라고 주장하나, 청구인은 다른 직업에 전념하면서 농업을 간접적으로 경영하고 있는 것으로 보이고, 다른 직업에 전념하면서 농업을 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 전적으로 농업에 종사하였다고 보기 어려운 점, 청구인이 제시한 증빙만으로 청구인이 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하지 아니하였다고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하고 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.